桑青枯雷尔氏菌MR111的腺苷酸激酶adk基因的克隆和序列分析

腺苷酸激酶是广泛存在的一种重要的核苷酸激酶。进行PCR扩增和克隆测序获得桑青枯雷尔氏菌MR111的腺苷酸激酶adk基因长502 bp的序列,NCBI在线BLAST分析其与大肠杆菌、流感嗜血杆菌同源基因的相似性在80%以上,序列编码蛋白有腺苷酸激酶保守的AMP结合结构域和LID结构域,为长型腺苷酸激酶。聚类分析结果表明,该基因与其他细菌的同源基因聚合在同一分支。

桑青枯雷尔氏菌MR111的GspF基因的获取与结构分析

Gsp F是细菌Ⅱ型分泌系统的内膜平台的重要蛋白,利用PCR扩增技术,获得了桑青枯雷尔氏菌MR111的含有该类基因功能性结构域的Gsp F基因。NCBI在线BLASTP分析发现,该基因与雷尔氏菌属来源的同源基因的一致性在90%以上;在聚类分析中,首先所有雷尔氏菌属同源基因聚合在同一分支,后与皮氏罗尔斯顿菌的同源基因聚合。基因结构分析表明,该基因有2个由α螺旋组成的具有高度相似性的、跨膜胞质结构域,揭示该基因可能参与细菌的跨膜分泌。

桑青枯雷尔氏菌gsp C和gsp M基因的获取与序列分析

Ⅱ型分泌系统广泛存在于革兰氏阴性细菌中,转膜蛋白基因簇是其分泌途径的中心。利用PCR扩增和测序,获得了桑青枯雷尔氏菌MR111的gsp C基因707 bp和gsp M基因575 bp的序列,SMART软件预测gsp C基因编码的7~29位氨基酸为跨膜结构域,羧基末端无PDZ结构,gsp M的胞质结构域有2个α螺旋和4个β折叠。使用gsp C和gsp M的保守序列组成的联合矩阵构建系统发育树,结果表明,桑青枯雷尔氏菌MR111与罗尔斯顿氏菌和雷尔氏菌属优先聚合在同一分支,伯克氏菌和伯克霍尔氏菌位于较远分支。

桑青枯雷尔氏菌MR111的gsp I和gsp J基因的克隆与序列分析

gspI和gsp J两个蛋白可能参与青枯雷尔氏菌II型分泌系统周质复合体的形成。为进一步研究青枯雷尔氏菌基因间的互作,以桑青枯雷尔氏菌MR111为材料,对MR111的gsp I和gsp J基因进行了PCR扩增和测序,分别获得了gsp I基因(391 bp)和gsp J基因(567 bp)序列;序列编码蛋白均含典型的该类基因的功能性结构,N端均以疏水氨基酸亮氨酸(L)和丙氨酸(A)最多,具分泌型信号肽特性,与其他青枯雷尔氏菌的同源基因的一致性在94%以上;以gsp I和gsp J基因联合矩阵进行聚类分析,发现几种青枯雷尔氏菌基因聚合后,再与其他雷尔氏菌属基因相聚合。