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基于Csy4与MCP的新型迷你基因组编辑系统的构建
1
作者
邓嘉辉
雷建峰
+6 位作者
赵燚
刘敏
胡子曜
尤扬子
邵武奎
柳建飞
刘晓东
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第10期68-79,共12页
MCP是MS2噬菌体的外壳蛋白,Csy4是一种参与CRISPR 1-F系统crRNA生成的小型蛋白,能够以较高的特异性识别并结合RNA。目前CRISPR/Cas等基因组编辑技术存在靶向核酸酶分子量大、脱靶率高、受PAM位点限制等问题,为解决上述问题,构建基于上...
MCP是MS2噬菌体的外壳蛋白,Csy4是一种参与CRISPR 1-F系统crRNA生成的小型蛋白,能够以较高的特异性识别并结合RNA。目前CRISPR/Cas等基因组编辑技术存在靶向核酸酶分子量大、脱靶率高、受PAM位点限制等问题,为解决上述问题,构建基于上述两种小型蛋白的新型迷你基因组编辑系统。本研究采用AlphaFold2预测MCP-FokI、FokI-MCP、Csy4-FokI和FokI-Csy4融合蛋白的结构,通过浸花法将MCP-FokI和FokI-MCP编辑载体分别转化拟南芥,利用拟南芥叶片注射的方法投送CLCrV介导的Csy4-FokI与FokI-Csy4编辑系统,提取拟南芥基因组DNA,通过HI-TOM高通量测序检测新型迷你基因组编辑系统的编辑能力。结果显示,融合蛋白中MCP、FokI和Csy4都各自保持着自身原有的三维结构,预示它们都能正常发挥彼此的功能。构建靶向敲除拟南芥CLA1基因的4个不同中间间隔区的双靶位点MCP-FokI和MCP-FokI植物表达载体,初步证明MCP-FokI和FokI-MCP均不能实现对靶基因的靶向编辑。构建靶向敲除拟南芥CLA1基因的7个CLCrV介导的不同中间间隔区的双靶位点Csy4-FokI编辑载体,其中CLCrV介导的Csy4-FokI编辑系统能够实现对靶基因的靶向编辑,但是突变类型均为碱基置换类型且编辑效率很低,而FokI-Csy4基因组编辑体系并未检测到编辑的发生。成功构建了Csy4-FokI新型迷你基因组编辑系统,为克服CRISPR/Cas基因组编辑技术存在的问题提供了一种新的解决方案。
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关键词
Csy4
MCP
棉花叶皱缩病毒
VIGE
拟南芥
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职称材料
CLCrV介导的VIGE体系承载力的研究
被引量:
3
2
作者
赵燚
雷建峰
+5 位作者
刘敏
胡子曜
代培红
刘超
李月
刘晓东
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第11期210-219,共10页
探索CLCrV介导的VIGE体系的承载力。通过CLCrV介导的sgRNA投送系统将基因编辑载体注射过表达Cas9的棉花,提取棉花基因组DNA,利用PCR/RE的方法筛选有效的sgRNA。然后利用同样的方法来检测CLCrV介导的VIGE体系的承载力。基于棉花GhBsr-k1...
探索CLCrV介导的VIGE体系的承载力。通过CLCrV介导的sgRNA投送系统将基因编辑载体注射过表达Cas9的棉花,提取棉花基因组DNA,利用PCR/RE的方法筛选有效的sgRNA。然后利用同样的方法来检测CLCrV介导的VIGE体系的承载力。基于棉花GhBsr-k1基因成功构建了6个基因编辑载体,其中2个基因编辑载体实现了对棉花GhBsr-k1基因的靶向编辑;将完整的基因编辑载体元件构建到CLCrV病毒载体上并没有检测到棉花细胞中发生基因编辑。针对棉花GhBsr-k1基因,筛选到两个有效的sgRNA。但承载整个CRISPR/Cas9系统的CLCrV载体难以在棉花叶片中实现有效的基因编辑。
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关键词
棉花叶皱缩病毒
VIGE
棉花
GhBsr-k1
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职称材料
题名
基于Csy4与MCP的新型迷你基因组编辑系统的构建
1
作者
邓嘉辉
雷建峰
赵燚
刘敏
胡子曜
尤扬子
邵武奎
柳建飞
刘晓东
机构
新疆农业大学生命科学学院
新疆农业大学农学院教育部棉花工程研究中心农业生物技术重点实验室
出处
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第10期68-79,共12页
基金
新疆维吾尔自治区重大科技专项计划项目(2021A02001-3)。
文摘
MCP是MS2噬菌体的外壳蛋白,Csy4是一种参与CRISPR 1-F系统crRNA生成的小型蛋白,能够以较高的特异性识别并结合RNA。目前CRISPR/Cas等基因组编辑技术存在靶向核酸酶分子量大、脱靶率高、受PAM位点限制等问题,为解决上述问题,构建基于上述两种小型蛋白的新型迷你基因组编辑系统。本研究采用AlphaFold2预测MCP-FokI、FokI-MCP、Csy4-FokI和FokI-Csy4融合蛋白的结构,通过浸花法将MCP-FokI和FokI-MCP编辑载体分别转化拟南芥,利用拟南芥叶片注射的方法投送CLCrV介导的Csy4-FokI与FokI-Csy4编辑系统,提取拟南芥基因组DNA,通过HI-TOM高通量测序检测新型迷你基因组编辑系统的编辑能力。结果显示,融合蛋白中MCP、FokI和Csy4都各自保持着自身原有的三维结构,预示它们都能正常发挥彼此的功能。构建靶向敲除拟南芥CLA1基因的4个不同中间间隔区的双靶位点MCP-FokI和MCP-FokI植物表达载体,初步证明MCP-FokI和FokI-MCP均不能实现对靶基因的靶向编辑。构建靶向敲除拟南芥CLA1基因的7个CLCrV介导的不同中间间隔区的双靶位点Csy4-FokI编辑载体,其中CLCrV介导的Csy4-FokI编辑系统能够实现对靶基因的靶向编辑,但是突变类型均为碱基置换类型且编辑效率很低,而FokI-Csy4基因组编辑体系并未检测到编辑的发生。成功构建了Csy4-FokI新型迷你基因组编辑系统,为克服CRISPR/Cas基因组编辑技术存在的问题提供了一种新的解决方案。
关键词
Csy4
MCP
棉花叶皱缩病毒
VIGE
拟南芥
Keywords
Csy4
MCP
cotton leaf crumple virus
VIGE
Arabidopsis
分类号
Q78 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
CLCrV介导的VIGE体系承载力的研究
被引量:
3
2
作者
赵燚
雷建峰
刘敏
胡子曜
代培红
刘超
李月
刘晓东
机构
新疆农业大学生命科学学院
新疆农业大学农学院教育部棉花工程研究中心农业生物技术重点实验室
出处
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第11期210-219,共10页
基金
新疆维吾尔自治区重大科技专项计划项目(2021A02001-3)。
文摘
探索CLCrV介导的VIGE体系的承载力。通过CLCrV介导的sgRNA投送系统将基因编辑载体注射过表达Cas9的棉花,提取棉花基因组DNA,利用PCR/RE的方法筛选有效的sgRNA。然后利用同样的方法来检测CLCrV介导的VIGE体系的承载力。基于棉花GhBsr-k1基因成功构建了6个基因编辑载体,其中2个基因编辑载体实现了对棉花GhBsr-k1基因的靶向编辑;将完整的基因编辑载体元件构建到CLCrV病毒载体上并没有检测到棉花细胞中发生基因编辑。针对棉花GhBsr-k1基因,筛选到两个有效的sgRNA。但承载整个CRISPR/Cas9系统的CLCrV载体难以在棉花叶片中实现有效的基因编辑。
关键词
棉花叶皱缩病毒
VIGE
棉花
GhBsr-k1
Keywords
cotton leaf crumple virus
VIGE
cotton
GhBsr-k1
分类号
Q943.2 [生物学—植物学]
S562 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于Csy4与MCP的新型迷你基因组编辑系统的构建
邓嘉辉
雷建峰
赵燚
刘敏
胡子曜
尤扬子
邵武奎
柳建飞
刘晓东
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2023
0
下载PDF
职称材料
2
CLCrV介导的VIGE体系承载力的研究
赵燚
雷建峰
刘敏
胡子曜
代培红
刘超
李月
刘晓东
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2022
3
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职称材料
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