光间受体视黄类物质结合蛋白基因(IRBP)在棉鼠亚科物种中的序列变异及其系统发育意义

以光间受体视黄类物质结合蛋白基因(IRBP)为研究对象,从GenBank中下载了棉鼠亚科66个种的IRBP序列,分析IRBP的结构及其在棉鼠亚科的进化关系。G+C含量高于A+T,密码子第3位点的G+C含量高达61.2%,并且呈现出较低的核苷酸多样性(3.786%)。IRBP在棉鼠亚科没有经历正向达尔文选择。以IRBP构建的系统发育树和以往研究的结果总体上是一致的,但由于本文样本数量的增加,发现Oryzomyini还存在第3个分支,不同于以往研究只划分了2个分支。同时系统发育树的结构表明Ichthyomyini和Sigmodontini很可能不是两个独立的族。另外和前人以细胞色素b基因构建的系统发育树相比较,树的结构总体上也是一致的。这些都表明IRBP在棉鼠亚科中有较好的应用效果,但要更好地解决此亚科存在的系统发育问题,重点在于增加用于分析的物种数量。

棉鼠肺表面活性相关蛋白A基因生物信息学分析及其与肺损伤相关性

目的 分析棉鼠肺表面活性相关蛋白A（SP-A）的基因序列结构和生物信息学特点,观察棉鼠肺损伤模型中SP-A mRNA和蛋白的表达水平,初探SP-A表达规律与肺损伤的相关性。方法 将32只棉鼠随机均分为4组：3个实验组棉鼠分别腹腔注射2mg/kg脂多糖（LPS）处理24、48和96h,对照组腹腔注射等量生理盐水。建模后提取棉鼠肺组织总RNA,经RT-PCR扩增SP-A基因,并对其进行生物信息学分析;组织切片观察LPS作用不同时期肺组织病理学变化;qRT-PCR分析SP-A mRNA的表达水平;蛋白质印迹法检测SP-A蛋白表达。结果 棉鼠SP-A基因编码区长744bp,编码248个氨基酸,具有多个半胱氨酸保守位点、α螺旋结构和糖基化位点,与其他物种相比其核苷酸（75.4%-90.1%）和氨基酸（70.6%-87.1%）序列均具有较高的同源性。在LPS诱导肺损伤模型中发现,与对照组相比,实验组棉鼠肺组织病理学改变随LPS刺激时间延长而加重,具有时间依赖性;SP-A mRNA和蛋白的表达水平在LPS处理24h后开始迅速增加,差异有统计学意义（P〈0.001和P〈0.01）,48h时仍持续上升（P〈0.001和P〈0.01）,96h时略有下降,但仍保持在较高水平,与对照组相比差异有统计学意义（P〈0.05和P〈0.01）。结论 棉鼠SP-A基因具有高度保守性;棉鼠SP-A mRNA和蛋白的表达水平与肺损伤严重程度密切相关,可反应肺损伤的不同时程。