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正交模拟法研究护骨胶囊各单味药及复方药效 被引量:4
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作者 贾欢欢 高建林 +9 位作者 陈珺 卢丽 陆幸妍 杨国柱 曾昭利 曾雯 秦中华 李英彬 万超 李青南 《中国实验方剂学杂志》 CAS 北大核心 2011年第15期161-165,共5页
目的:应用正交模拟法分析护骨胶囊(HG)各药味对该复方药效的贡献值,并对该方不同组合的复方进行药效模拟。方法:采用正交模拟法,将HG 10个药味按照设计的正交表分为13个组(第13组为阴性对照组),通过血清药理学实验得出相应含药血清,采用... 目的:应用正交模拟法分析护骨胶囊(HG)各药味对该复方药效的贡献值,并对该方不同组合的复方进行药效模拟。方法:采用正交模拟法,将HG 10个药味按照设计的正交表分为13个组(第13组为阴性对照组),通过血清药理学实验得出相应含药血清,采用CCK-8法检测各组血清对成骨细胞(Ob)增殖的影响。DAS3.0软件处理数据,分析各药味的药效贡献值并对复方药效进行模拟。结果:以Ob增殖为指标,经正交模拟法分析,确定HG各药味在复方中的药效贡献值顺序为:淫羊藿>骨碎补>巴戟天>山药>龟甲>当归>熟地黄>续断>杜仲>制首乌;以Ob增殖为指标,对复方药效进行模拟研究,结果显示27个模拟组方预测药效值明显优于阴性对照组,而且原方最好,4个模拟组方接近于原方。结论:正交模拟法分析HG,确定了HG各药味在复方中的药效贡献值,并发现多个组方的模拟药效与原方接近。 展开更多
关键词 正交模拟 护骨胶囊 成骨细胞 药效贡献值 模拟药效
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PARP1受体的结构模拟与作用方式研究
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作者 孙熙哲 任乐 +2 位作者 胡百淳 仲烨 刘洋 《中国药物化学杂志》 CAS 2024年第1期7-19,共13页
目的通过多种分子模拟研究方法,探究PARP1受体的结构及其作用方式,为设计PARP1抑制剂提供理论指导。方法基于PARP1受体的晶体结构,结合分子动力学模拟、动态互相关联矩阵及丙氨酸扫描等方法分析受体-配体作用方式,总结关键氨基酸信息,... 目的通过多种分子模拟研究方法,探究PARP1受体的结构及其作用方式,为设计PARP1抑制剂提供理论指导。方法基于PARP1受体的晶体结构,结合分子动力学模拟、动态互相关联矩阵及丙氨酸扫描等方法分析受体-配体作用方式,总结关键氨基酸信息,构建药效团模型,揭示PARP1抑制剂的构效关系。结果与结论PARP1活性结构域的氨基酸高度保守,包括Gly202、Tyr228、Tyr235、Ser243和Tyr246,活性化合物的药效团特征包括一个芳香环、一个氢键受体、一个氢键供体和两个疏水基团,这些PARP1靶点的关键氨基酸和活性化合物的药效团特征可为发现新型PARP1抑制剂提供参考。 展开更多
关键词 PARP1 分子动力学 丙氨酸扫描 动态互相关联矩阵 药效模拟
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护骨胶囊配伍和成骨细胞分化的正交设计 被引量:2
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作者 王晓东 贾欢欢 +6 位作者 曾昭利 曾雯 秦中华 万超 陆幸妍 李青南 胡彬 《中成药》 CAS CSCD 北大核心 2013年第6期1147-1152,共6页
目的以碱性磷酸酶(AKP)为指标,采用正交模拟法分析护骨胶囊十味药不同模拟组合的药效。方法将护骨胶囊十味药按照正交表,分为12个组。血清药理学实验获取12个组的含药血清,AKP法检测各组血清对成骨细胞分化的影响。通过正交模拟法与非... 目的以碱性磷酸酶(AKP)为指标,采用正交模拟法分析护骨胶囊十味药不同模拟组合的药效。方法将护骨胶囊十味药按照正交表,分为12个组。血清药理学实验获取12个组的含药血清,AKP法检测各组血清对成骨细胞分化的影响。通过正交模拟法与非线性混合效应模型,分析各组分在复方背景下的重要程度和相互作用。结果护骨胶囊各组分在复方中的药效贡献值顺序为淫羊藿>山药>巴戟天=熟地黄>杜仲>骨碎补>制首乌>龟甲>当归>续断。最佳药效组合为淫羊藿、巴戟天、骨碎补、杜仲、制首乌、熟地黄、山药。结论采用正交模拟法分析的结果提示护骨胶囊十味药中淫羊藿对成骨细胞分化起主要的作用,续断、当归及龟甲对成骨细胞分化有抑制作用。 展开更多
关键词 正交模拟 碱性磷酸酶(AKP) 护骨胶囊 药效模拟 原发性骨质疏松症
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遗传算法在计算机辅助药物分子设计中的应用 被引量:11
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作者 侯廷军 徐筱杰 《化学进展》 SCIE CAS CSCD 2004年第1期35-41,共7页
作为一种重要的启发式优化算法 ,遗传算法在计算机辅助药物分子设计中得到了广泛的应用。本文介绍了遗传算法的基本概念以及工作原理 ,同时结合作者科研组的工作 ,就遗传算法在定量构效关系、构象分析、药效团模拟。
关键词 遗传算法 计算机辅助药物分子设计 工作原理 定量构效关系 构象分析 药效模拟 分子对接 虚拟组合化学 启发式优化算法
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New lead discovery for novel M_1 agonists:pharmacophore model based on DISCO computation and virtual screening
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作者 高广涛 牛彦 +2 位作者 王栋 雷小平 胡应和 《Journal of Chinese Pharmaceutical Sciences》 CAS 2008年第1期75-78,共4页
To discover new lead compounds for M1 agonists. Ten typical M1 agonists were superimposed to build a M1 agonists 3D-pharmacophore model using distance-comparisons (DISCO) method without the previous knowledge of the... To discover new lead compounds for M1 agonists. Ten typical M1 agonists were superimposed to build a M1 agonists 3D-pharmacophore model using distance-comparisons (DISCO) method without the previous knowledge of the three-dimensional structure of M1 receptor. Virtual screening strategy was used to analyze the Available Chemicals Directory-Screening Compounds (ACD-SC) to identify possible new hits. Twenty-two compounds which fit the pharmacophore model well and are not similar with known M1 agonists were purchased in order to evaluate their M1 receptor agonist activity. One of them shows M1 receptor agonist activity with EC50 of 4.90 μmol/L and maximum response. Multiple of 10.0 which shows it worthy of further study as a new lead compound for M1 agonists. 展开更多
关键词 DISCO M1 agonists Pharmacophore model Virtual screening Alzheimer's disease
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Numerical simulation of blasting effect with divided charge structure 被引量:1
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作者 Hu Tao Li Xianglong +1 位作者 Guan Si He Lihua 《Engineering Sciences》 EI 2014年第6期39-45,共7页
This paper numerically simulates the stress development and generates a three-dimensional model of the medium-length hole blasting in infinite rock mass for continuous charge and divided charge in blasting by using th... This paper numerically simulates the stress development and generates a three-dimensional model of the medium-length hole blasting in infinite rock mass for continuous charge and divided charge in blasting by using the large-scale nonlinear dynamic analysis software LS-DYNA and the elastic-plastic model ~*MAT_PLASTIC_KINEMATIC and JWO-EOS.The differences of the decreasing rate in Von Mises effective stress of blasting,element effective stress peak of free surface,bore wall stress and acceleration are investigated.It is shown that divided charge could greatly improve the blasting effect by engineering blasting practice. 展开更多
关键词 medium-length hole bench blasting divided charge ANSYS/LS-DYNA numerical simulation
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几种杀虫剂对4种鳞翅目食叶害虫的毒力和模拟田间防效 被引量:3
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作者 姚双艳 毛培 +5 位作者 韩笑 郜振严 董婉君 鲁梦雨 翟卿 罗梅浩 《农药》 CAS CSCD 北大核心 2015年第7期533-536,共4页
[目的]明确对4种鳞翅目食叶害虫具有较好毒杀作用的药剂。[方法]用人工饲料混药法和浸虫浸叶法测定了几种杀虫剂对4种害虫的室内毒力,并模拟大田进行了药效试验。[结果]处理48 h,2%甲氨基阿维菌素苯甲酸盐SL对甜菜夜蛾、棉铃虫和斜纹夜... [目的]明确对4种鳞翅目食叶害虫具有较好毒杀作用的药剂。[方法]用人工饲料混药法和浸虫浸叶法测定了几种杀虫剂对4种害虫的室内毒力,并模拟大田进行了药效试验。[结果]处理48 h,2%甲氨基阿维菌素苯甲酸盐SL对甜菜夜蛾、棉铃虫和斜纹夜蛾3龄幼虫的毒力均最高,LD50值分别为8.235、0.236、0.267滋g/g;10%高效氯氟氰菊酯EW对黏虫的毒力作用明显,LC50值达13.954 mg/L。模拟田间药效中2%甲氨基阿维菌素苯甲酸盐SL 1 500倍液和10%高效氯氟氰菊酯EW 3 600倍液的1颐1混剂效果最好,校正防效达99.39%。[结论]其结果可为筛选4种鳞翅目食叶害虫的理想防治药剂提供参考。 展开更多
关键词 杀虫剂 鳞翅目食叶害虫 室内毒力测定 模拟田间药效
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Insights into the discovery of new 5-HT1A receptor ligands:receptor based pharmacophore 被引量:1
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作者 杨志瑜 吕炜 +2 位作者 田然 金宏威 曾慧慧 《Journal of Chinese Pharmaceutical Sciences》 CAS 2009年第2期151-155,共5页
5-HT1A receptor is a crucial therapeutic target for the treatment of anxiety, depression, pain, etc. Design and preparation of potent 5-HT1A receptor ligands for drug discovery has attracted extensive attention in the... 5-HT1A receptor is a crucial therapeutic target for the treatment of anxiety, depression, pain, etc. Design and preparation of potent 5-HT1A receptor ligands for drug discovery has attracted extensive attention in the past few years. In this paper, a three dimensional model of human 5-HT1A receptor was constructed by means of homology modeling. And the docking of MP349 to the receptor suggested a reliable binding mode for 5-HT1A receptor ligand. Based on this ligand-receptor binding mode, an elaborate receptor structure based pharmacophore model was established, which revealed many important features responsible for ligand and 5-HT1A receptor interactions. A virtual screening experiment verified the ability of this pharmacophore model to discover true 5-HT1A receptor ligand. The results of this research would provide important information for further optimizations of 5-HT1A receptor ligands and guide related new lead discoveries. 展开更多
关键词 5-HT1A receptor Homology modeling DOCKING PHARMACOPHORE Virtual screening
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Bcl-2抑制剂多维度构效关系研究
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作者 王姝湘 黄隽豪 +2 位作者 胡百淳 王健 程卯生 《中国药物化学杂志》 CAS CSCD 2022年第3期167-177,共11页
目的综合应用各种分子模拟方法,多维度探究Bcl-2抑制剂的构效关系,为设计Bcl-2抑制剂提供理论指导。方法基于Bcl-2晶体结构、结合分子动力学模拟和丙氨酸扫描,分析受体-配体作用方式,总结关键氨基酸信息,构建药效团模型并进行验证,归纳B... 目的综合应用各种分子模拟方法,多维度探究Bcl-2抑制剂的构效关系,为设计Bcl-2抑制剂提供理论指导。方法基于Bcl-2晶体结构、结合分子动力学模拟和丙氨酸扫描,分析受体-配体作用方式,总结关键氨基酸信息,构建药效团模型并进行验证,归纳Bcl-2抑制剂的构效关系。结果与结论Bcl-2靶点活性位点的关键氨基酸包含TYR202、GLY145、TYR108和ASP111,活性化合物的药效团特征包含正电荷基团、氢键受体、疏水基团和芳香体系。这些药效团特征可用于发现新结构类型的Bcl-2抑制剂。 展开更多
关键词 BCL-2 药效模拟 分子动力学 丙氨酸扫描 构效关系
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Evaluation of ceftriaxone dosing regimens based on PK/PD models and Monte Carlo simulations 被引量:1
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作者 Ye Yuan Yanan Li +2 位作者 Qing Zhao Bo Yu Xiuling Yang 《Journal of Chinese Pharmaceutical Sciences》 CAS CSCD 2022年第5期382-388,共7页
In the present study,we optimized the ceftriaxone dosing regimens based on pharmacokinetic/pharmacodynamic(PK/PD)principles using Monte Carlo simulation(MCS).Based on PK/PD theory,MCS was performed using Crystal Ball ... In the present study,we optimized the ceftriaxone dosing regimens based on pharmacokinetic/pharmacodynamic(PK/PD)principles using Monte Carlo simulation(MCS).Based on PK/PD theory,MCS was performed using Crystal Ball software combining PK and PD parameters with 10000 simulation runs to calculate the probability of target attainment(PTA)and cumulative fraction of response(CFR)for the seven clinically common dosing regimens of ceftriaxone(1 g qd,1.5 g qd,1 g bid,2 g qd,1 g tid,1.5 g bid,and 2 g bid).A%fT≥50 as the target value expected to achieve satisfactory clinical efficacy and a dosing regimen with an obtained CFR≥90%or the ability to achieve the highest PTA was used as a reasonable choice for empirical antimicrobial therapy,i.e.the clinically optimal regimen.All eight pathogenic bacteria had a CFR>90%when the dosing regimen was 2 g bid and 1 g tid,seven pathogenic bacteria had a CFR>90%when the dosing regimen was 1 g bid and 1.5 g bid,except for Pseudomonas aeruginosa,and all pathogenic bacteria had a CFR<90%when the dosing regimen was 1 g qd and 1.5 g qd.The dosing regimens of 2 g bid and 1 g tid were effective against all eight pathogenic bacteria infections,and 1 g bid and 1.5 g bid dosing regimens were effective against the other seven pathogenic bacteria except for Pseudomonas aeruginosa. 展开更多
关键词 CEFTRIAXONE PK/PD Monte Carlo simulation Antibacterial drugs Clinical efficacy
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