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小串链霉菌XG40全基因组测序及序列分析
1
作者
赖宝春
戴瑞卿
+2 位作者
曾天宝
陈淑妹
姚锦爱
《热带作物学报》
CSCD
北大核心
2023年第9期1754-1765,共12页
小串链霉菌(Streptomyces catenulae)XG40是一株对蜜柚黑斑病等真菌病害具有较好拮抗作用的生防放线菌。本研究通过第三代PacBio全基因组测序平台,对小串链霉菌XG40进行全基因组测序和分析,共获得3个contigs,包含1个染色体DNA和2个质粒D...
小串链霉菌(Streptomyces catenulae)XG40是一株对蜜柚黑斑病等真菌病害具有较好拮抗作用的生防放线菌。本研究通过第三代PacBio全基因组测序平台,对小串链霉菌XG40进行全基因组测序和分析,共获得3个contigs,包含1个染色体DNA和2个质粒DNA,其基因组全长为9772324 bp,GC含量为70.58%,蛋白编码基因8074个,占整个基因组的96.41%。利用antiSMASH软件,预测到46个次级代谢产物合成基因簇,其中包含聚酮合成酶(PKS)和非核糖体肽合成酶(NRPS)的基因簇共有24个,占总基因簇数量的52.17%。有7个基因簇与已知基因簇(desferrioxamin B、pristinol、Neoantimyci、2-methylisoborneol、nigericin、ectoine、geosmin)的相似性为100%,4个基因簇与已知基因簇(miharamycin A/B、SW-163C/E/F/G/UK-63598、gilvocarcin V、coelibactin)的相似性在80%以上,比较分析发现该菌株具备一定的合成尼日菌素和褐黄癌菌素V等抗菌物质的能力。共线性分析表明XG40与根霉链霉菌(S.rhizosphaericus)DSM41760、马来西亚链霉菌(S.malaysiensis)DSM14702、黑孢链霉菌(S.melanosporofaciens)DSM 40318和(S.himastatinicus)ATCC 53653四株链霉基因组之间存在插入和缺失、倒位、易位等基因组重排事件。该研究结果为深入挖掘XG40生防潜力,开发可用于农业生物防治的次级代谢产物提供理论基础。
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关键词
小串链霉菌
全因组测序
次级代谢合成基因簇
比较
基因
组分析
下载PDF
职称材料
链霉菌隐性次级代谢产物生物合成基因簇的激活
被引量:
2
2
作者
钟晶晶
赫卫清
《生命的化学》
CAS
CSCD
2016年第2期231-236,共6页
链霉菌基因组中存在许多隐性次级代谢产物生物合成基因簇(cryptic secondary metabolite biosynthetic gene cluster,CSMG),在实验室条件下,它们多数处于沉默状态或者很低的表达水平。但在一定条件下这些CSMG可以被激活合成次级代谢产物...
链霉菌基因组中存在许多隐性次级代谢产物生物合成基因簇(cryptic secondary metabolite biosynthetic gene cluster,CSMG),在实验室条件下,它们多数处于沉默状态或者很低的表达水平。但在一定条件下这些CSMG可以被激活合成次级代谢产物,这为寻找新的活性天然产物提供新来源。本文总结了目前激活链霉菌CSMG所使用的方法,包括改变发酵条件、核糖体工程、共培养、异源表达、CSR(cluster-situated regulator)基因的遗传改造等。
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关键词
链霉菌
隐性
次级
代谢
产物生物
合成
基因簇
激活
遗传改造
原文传递
紫黑链霉菌进化枝菌株Streptomyces solisilvae HNM0141^(T)的全基因组分析
被引量:
2
3
作者
周奕帆
李陈贵
+5 位作者
许云
吴文嫱
夏薇
黄小龙
黄东益
周双清
《热带作物学报》
CSCD
北大核心
2022年第3期455-462,共8页
链霉菌属放线菌是最重要的抗生素产生菌,也是包含放线菌种类最多的放线菌属。链霉菌属的有效发表种的模式菌株在16S rRNA基因序列系统发育树上分散归簇于不同的进化分枝。紫黑链霉菌16S rRNA基因进化枝(Streptomyces violaceusniger 16S...
链霉菌属放线菌是最重要的抗生素产生菌,也是包含放线菌种类最多的放线菌属。链霉菌属的有效发表种的模式菌株在16S rRNA基因序列系统发育树上分散归簇于不同的进化分枝。紫黑链霉菌16S rRNA基因进化枝(Streptomyces violaceusniger 16S rRNA gene clade)是其中的一个分枝。该分枝菌株在燕麦培养基上基内菌丝淡黄色,气生菌丝发育成灰色,表面皱纹的螺旋状孢子丝,培养后期呈黑色。该分枝中的菌株普遍具有丰富的生物活性,能产生抗菌、抗寄生虫、抗肿瘤、免疫抑制等多种活性物质,是新型抗生素开发与利用的重要菌源。Streptomyces solisilvae HNM0141^(T)是紫黑链霉菌16S rRNA基因进化枝放线菌的模式菌株。采用第三代全基因组测序技术,首次获得了菌株S.solisilvae HNM0141^(T)的基因组完成图,其线状基因组长度11639536 bp,GC含量为71.03%,包含9363个蛋白编码基因(CDS),18个rRNA基因和67个tRNA基因。其中有6376、5886、3246个CDS分别在COG、GO和KEGG数据库中得到功能注释。除了一般功能预测之外,有大部分基因参与转录、氨基酸转运和代谢、碳水化合物转运和代谢以及次级代谢生物合成和代谢,基因数占比分别为12.91%、10.25%、8.89%、7.59%。利用antiSMASH软件,预测到48个次级代谢产物合成基因簇,其类型包括8个聚酮(PKS)型、7个非核糖体肽(NRPS)型、14个杂合型、6个terpene、3个siderophore、2个butyrolactone,其余NAPAA、ectoine、lanthipeptide-class-i、ladderane、indole、RiPP-like、hserlactone、redox-cofactor各1个。其中聚酮类(PKS)和非核糖体肽(NRPS)类(包括杂合类型)的基因簇含量丰富,占总基因簇的50%以上。7个基因簇与已知代谢物(pristinol、ectoine、geosmin、desferrioxamin B、echoside A/B/C/D/E、nigericin、coelichelin)基因簇的相似性为100%,34个基因簇的相似性在2%~96%之间,剩余的7个基因簇无法匹配到已知基因簇。全基因组分析表明菌株S.solisilvae HNM0141T具有强大次级代谢产物合成的能力,预示该菌株在新颖抗生素的挖掘上具有良好的研究潜力。
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关键词
紫黑链霉菌
16S
rRNA
基因
进化枝
基因
组测序
次级代谢合成基因簇
下载PDF
职称材料
题名
小串链霉菌XG40全基因组测序及序列分析
1
作者
赖宝春
戴瑞卿
曾天宝
陈淑妹
姚锦爱
机构
福建省漳州市农业科学研究所
福建省作物有害生物监测与治理重点实验室/福建省农业科学院植物保护研究所
出处
《热带作物学报》
CSCD
北大核心
2023年第9期1754-1765,共12页
基金
福建省科技计划项目(No.2020N0057)
福建省农业科学院科技创新团队建设项目(No.STTT2021-2-2)
福建省人民政府中国农业科学院农业高质量发展超越“5511”协同创新工程(No.XTCXGC2021011)。
文摘
小串链霉菌(Streptomyces catenulae)XG40是一株对蜜柚黑斑病等真菌病害具有较好拮抗作用的生防放线菌。本研究通过第三代PacBio全基因组测序平台,对小串链霉菌XG40进行全基因组测序和分析,共获得3个contigs,包含1个染色体DNA和2个质粒DNA,其基因组全长为9772324 bp,GC含量为70.58%,蛋白编码基因8074个,占整个基因组的96.41%。利用antiSMASH软件,预测到46个次级代谢产物合成基因簇,其中包含聚酮合成酶(PKS)和非核糖体肽合成酶(NRPS)的基因簇共有24个,占总基因簇数量的52.17%。有7个基因簇与已知基因簇(desferrioxamin B、pristinol、Neoantimyci、2-methylisoborneol、nigericin、ectoine、geosmin)的相似性为100%,4个基因簇与已知基因簇(miharamycin A/B、SW-163C/E/F/G/UK-63598、gilvocarcin V、coelibactin)的相似性在80%以上,比较分析发现该菌株具备一定的合成尼日菌素和褐黄癌菌素V等抗菌物质的能力。共线性分析表明XG40与根霉链霉菌(S.rhizosphaericus)DSM41760、马来西亚链霉菌(S.malaysiensis)DSM14702、黑孢链霉菌(S.melanosporofaciens)DSM 40318和(S.himastatinicus)ATCC 53653四株链霉基因组之间存在插入和缺失、倒位、易位等基因组重排事件。该研究结果为深入挖掘XG40生防潜力,开发可用于农业生物防治的次级代谢产物提供理论基础。
关键词
小串链霉菌
全因组测序
次级代谢合成基因簇
比较
基因
组分析
Keywords
Streptomyces catenulae
whole-genome sequencing
secondary metabolite biosynthetic gene clusters
com-parative genomic analysis
分类号
S476 [农业科学—农业昆虫与害虫防治]
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职称材料
题名
链霉菌隐性次级代谢产物生物合成基因簇的激活
被引量:
2
2
作者
钟晶晶
赫卫清
机构
中国医学科学院医药生物技术研究所
出处
《生命的化学》
CAS
CSCD
2016年第2期231-236,共6页
基金
国家自然科学基金项目(81172972)
文摘
链霉菌基因组中存在许多隐性次级代谢产物生物合成基因簇(cryptic secondary metabolite biosynthetic gene cluster,CSMG),在实验室条件下,它们多数处于沉默状态或者很低的表达水平。但在一定条件下这些CSMG可以被激活合成次级代谢产物,这为寻找新的活性天然产物提供新来源。本文总结了目前激活链霉菌CSMG所使用的方法,包括改变发酵条件、核糖体工程、共培养、异源表达、CSR(cluster-situated regulator)基因的遗传改造等。
关键词
链霉菌
隐性
次级
代谢
产物生物
合成
基因簇
激活
遗传改造
Keywords
Streptomyces
CSMGs
activation
genetic manipulation
分类号
Q933 [生物学—微生物学]
原文传递
题名
紫黑链霉菌进化枝菌株Streptomyces solisilvae HNM0141^(T)的全基因组分析
被引量:
2
3
作者
周奕帆
李陈贵
许云
吴文嫱
夏薇
黄小龙
黄东益
周双清
机构
热带生物资源教育部重点实验室
海南大学热带作物学院
桂林医学院药学院
出处
《热带作物学报》
CSCD
北大核心
2022年第3期455-462,共8页
基金
海南省基础与应用基础研究计划(自然科学领域)高层次人才项目(No.2019RC133,No.2019RC069)。
文摘
链霉菌属放线菌是最重要的抗生素产生菌,也是包含放线菌种类最多的放线菌属。链霉菌属的有效发表种的模式菌株在16S rRNA基因序列系统发育树上分散归簇于不同的进化分枝。紫黑链霉菌16S rRNA基因进化枝(Streptomyces violaceusniger 16S rRNA gene clade)是其中的一个分枝。该分枝菌株在燕麦培养基上基内菌丝淡黄色,气生菌丝发育成灰色,表面皱纹的螺旋状孢子丝,培养后期呈黑色。该分枝中的菌株普遍具有丰富的生物活性,能产生抗菌、抗寄生虫、抗肿瘤、免疫抑制等多种活性物质,是新型抗生素开发与利用的重要菌源。Streptomyces solisilvae HNM0141^(T)是紫黑链霉菌16S rRNA基因进化枝放线菌的模式菌株。采用第三代全基因组测序技术,首次获得了菌株S.solisilvae HNM0141^(T)的基因组完成图,其线状基因组长度11639536 bp,GC含量为71.03%,包含9363个蛋白编码基因(CDS),18个rRNA基因和67个tRNA基因。其中有6376、5886、3246个CDS分别在COG、GO和KEGG数据库中得到功能注释。除了一般功能预测之外,有大部分基因参与转录、氨基酸转运和代谢、碳水化合物转运和代谢以及次级代谢生物合成和代谢,基因数占比分别为12.91%、10.25%、8.89%、7.59%。利用antiSMASH软件,预测到48个次级代谢产物合成基因簇,其类型包括8个聚酮(PKS)型、7个非核糖体肽(NRPS)型、14个杂合型、6个terpene、3个siderophore、2个butyrolactone,其余NAPAA、ectoine、lanthipeptide-class-i、ladderane、indole、RiPP-like、hserlactone、redox-cofactor各1个。其中聚酮类(PKS)和非核糖体肽(NRPS)类(包括杂合类型)的基因簇含量丰富,占总基因簇的50%以上。7个基因簇与已知代谢物(pristinol、ectoine、geosmin、desferrioxamin B、echoside A/B/C/D/E、nigericin、coelichelin)基因簇的相似性为100%,34个基因簇的相似性在2%~96%之间,剩余的7个基因簇无法匹配到已知基因簇。全基因组分析表明菌株S.solisilvae HNM0141T具有强大次级代谢产物合成的能力,预示该菌株在新颖抗生素的挖掘上具有良好的研究潜力。
关键词
紫黑链霉菌
16S
rRNA
基因
进化枝
基因
组测序
次级代谢合成基因簇
Keywords
Streptomyces violaceusniger
16S rRNA gene clade
genome sequence
secondary metabolite biosynthetic gene clusters
分类号
Q933 [生物学—微生物学]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
小串链霉菌XG40全基因组测序及序列分析
赖宝春
戴瑞卿
曾天宝
陈淑妹
姚锦爱
《热带作物学报》
CSCD
北大核心
2023
0
下载PDF
职称材料
2
链霉菌隐性次级代谢产物生物合成基因簇的激活
钟晶晶
赫卫清
《生命的化学》
CAS
CSCD
2016
2
原文传递
3
紫黑链霉菌进化枝菌株Streptomyces solisilvae HNM0141^(T)的全基因组分析
周奕帆
李陈贵
许云
吴文嫱
夏薇
黄小龙
黄东益
周双清
《热带作物学报》
CSCD
北大核心
2022
2
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职称材料
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