基于弹性网络模型的蛋白质结构-功能关系

蛋白质结构-功能关系研究是结构生物学领域的热点问题之一,具有重要的理论和实际应用价值.弹性网络模型(elastic network model,ENM)是获取蛋白质结构本身固有动力学性质,进而揭示其生物学功能的有效方法,在蛋白质结构-功能关系研究中得到了广泛应用.简要介绍了ENM的基本原理及其在蛋白质结构-功能关系中的应用,主要包括蛋白质功能性运动分析和关键位点识别等.

18—冠醚—6及其Na^＋和K^＋络合物振动光谱的研究

通过对１８－冠醚－６的３种构象及其碱金属络合物的正则模计算，考察了构象与振动光谱分布间的关系，并把计算结果与实验进行了比较，结果表明。

杀蚊苏云金芽胞杆菌毒素Cry4Ba柔韧性分析

采用整合正则模式分析(NMA)的Flexserv程序、WEBnm@程序和TTM@程序分析了杀蚊苏云金芽孢杆菌毒素Cry4Ba的柔韧性。对模拟结果进行了主成分、B-因子、低频振动下的归一化原子平方位移和氨基酸残基运动相关性计算,并对Cry4Ba结构域Ⅰ的α4和α5螺旋在细胞膜中的运动进行了模拟。结果表明,Cry4结构域Ⅰ和结构域Ⅱ表现较大柔韧性,其中N端结构域Ⅰ的螺旋α3、α4和α5柔性表现较大。α4和α5螺旋在细胞膜中的旋转运动、平动、滑动和倾斜运动具有相似的幅度和方向,α4和α5的运动具有较好的协同性。结构域Ⅱ的顶端3个突环都表现较大的柔韧性。各个结构域内部的氨基酸残基运动具有一定的相关性,而各结构域之间运动的相关性较小。研究结果支持Cry4Ba结构域Ⅰ在细胞膜上形成孔道的伞状模型机制并显示结构域Ⅱ顶端突环重要性。