应用CREG,残基匹配和HLA三维结构选择不完全相合造血干细胞移植的供体

应用造血干细胞库进行检索后 ,往往有多个供体满足一定的检索条件 ,为了确定最适合的供体 ,选择了待进行移植的临床病例 ,分别从交叉反应组 (CREG)抗原、残基匹配理论和HLA抗原模拟三维结构比较等角度对各个供体进行了分析。结果表明 ,3种筛选方法的结果并不完全一致 ,但至少可以排除某些不适合的供体 ,进一步缩小选择范围。结论 :综合应用CREG、残基配型和三维结构比较方法 。

引入序列信息的残基相互作用网络比对算法

残基相互作用网络比对,对于研究蛋白质结构与功能的关系具有重要意义.在基于网络拓扑信息进行网络比对的MAGNA算法基础上,将蛋白质的序列信息(即残基匹配度)引入到其优化函数中,确定拓扑信息和序列信息对比对的影响程度,提出适合于残基相互作用网络比对的SI-MAGNA算法.实验结果表明,SI-MAGNA算法比现有的基于网络拓扑信息的经典比对方法(GRAAL、MI-GRAAL、MAGNA和CytoGEDEVO)具有更高的边正确性(edge correctness,简称EC).最后,使用SI-MAGNA算法对来自不同耐热温度的生物的同源蛋白质进行网络比对和分析,探索蛋白质结构对其热稳定性的影响.