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引入序列信息的残基相互作用网络比对算法
被引量:
1
1
作者
陶斯涵
丁彦蕊
《软件学报》
EI
CSCD
北大核心
2019年第11期3413-3426,共14页
残基相互作用网络比对,对于研究蛋白质结构与功能的关系具有重要意义.在基于网络拓扑信息进行网络比对的MAGNA算法基础上,将蛋白质的序列信息(即残基匹配度)引入到其优化函数中,确定拓扑信息和序列信息对比对的影响程度,提出适合于残基...
残基相互作用网络比对,对于研究蛋白质结构与功能的关系具有重要意义.在基于网络拓扑信息进行网络比对的MAGNA算法基础上,将蛋白质的序列信息(即残基匹配度)引入到其优化函数中,确定拓扑信息和序列信息对比对的影响程度,提出适合于残基相互作用网络比对的SI-MAGNA算法.实验结果表明,SI-MAGNA算法比现有的基于网络拓扑信息的经典比对方法(GRAAL、MI-GRAAL、MAGNA和CytoGEDEVO)具有更高的边正确性(edge correctness,简称EC).最后,使用SI-MAGNA算法对来自不同耐热温度的生物的同源蛋白质进行网络比对和分析,探索蛋白质结构对其热稳定性的影响.
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关键词
残
基
相互作用网络比对
序列信息
网络拓扑信息
残基匹配度
蛋白质热稳定性
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职称材料
题名
引入序列信息的残基相互作用网络比对算法
被引量:
1
1
作者
陶斯涵
丁彦蕊
机构
江苏省媒体设计与软件技术重点实验室(江南大学)
工业生物技术教育部重点实验室(江南大学)
出处
《软件学报》
EI
CSCD
北大核心
2019年第11期3413-3426,共14页
基金
国家自然科学基金(21541006)
留学回国人员科研启动基金~~
文摘
残基相互作用网络比对,对于研究蛋白质结构与功能的关系具有重要意义.在基于网络拓扑信息进行网络比对的MAGNA算法基础上,将蛋白质的序列信息(即残基匹配度)引入到其优化函数中,确定拓扑信息和序列信息对比对的影响程度,提出适合于残基相互作用网络比对的SI-MAGNA算法.实验结果表明,SI-MAGNA算法比现有的基于网络拓扑信息的经典比对方法(GRAAL、MI-GRAAL、MAGNA和CytoGEDEVO)具有更高的边正确性(edge correctness,简称EC).最后,使用SI-MAGNA算法对来自不同耐热温度的生物的同源蛋白质进行网络比对和分析,探索蛋白质结构对其热稳定性的影响.
关键词
残
基
相互作用网络比对
序列信息
网络拓扑信息
残基匹配度
蛋白质热稳定性
Keywords
residue interaction network alignment
sequence information
network topological information
residue matching degree
protein thermal stability
分类号
TP391 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
引入序列信息的残基相互作用网络比对算法
陶斯涵
丁彦蕊
《软件学报》
EI
CSCD
北大核心
2019
1
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职称材料
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参考文献
引证文献
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