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针对蛋白质复合物Other类型的打分函数
被引量:
2
1
作者
沈龙珠
李春华
+3 位作者
马晓慧
常珊
陈慰祖
王存新
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2006年第5期622-626,共5页
在不同类型复合物结合界面的物理化学特征不同的基础上,针对较难预测的Other类型复合物设计出特异性打分函数,用于在对接过程中挑选出有效结构.该函数由原子接触能(EACE)、范德华和静电相互作用能组成,通过多元线性回归方法获得各项的...
在不同类型复合物结合界面的物理化学特征不同的基础上,针对较难预测的Other类型复合物设计出特异性打分函数,用于在对接过程中挑选出有效结构.该函数由原子接触能(EACE)、范德华和静电相互作用能组成,通过多元线性回归方法获得各项的权重系数.对来自CAPRIbenchmark1中17个Other类复合物例子进行打分测试.结果表明,组合打分能够刻画出Other类型复合物单体间相互作用的特征,反映出复合物形成前后的能量变化,具备一定的从众多样本中筛选出有效结构的能力.相对于残基成对势(RP),该组合打分获得了更高的打分成功率.对CAPRI第八轮竞赛中两个结构预测模型进行打分排序,该组合打分也体现出强于RP的鉴别有效结合模式潜力.
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关键词
打分函数
原子接触能
残基成对势
Other类复合物
CAPRI
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职称材料
题名
针对蛋白质复合物Other类型的打分函数
被引量:
2
1
作者
沈龙珠
李春华
马晓慧
常珊
陈慰祖
王存新
机构
北京工业大学生命科学与生物工程学院
出处
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2006年第5期622-626,共5页
基金
国家自然科学基金(30400087
10574009)
+1 种基金
教育部博士学科点专项基金(20040005013)
北京市自然科学基金(5042003)资助项目
文摘
在不同类型复合物结合界面的物理化学特征不同的基础上,针对较难预测的Other类型复合物设计出特异性打分函数,用于在对接过程中挑选出有效结构.该函数由原子接触能(EACE)、范德华和静电相互作用能组成,通过多元线性回归方法获得各项的权重系数.对来自CAPRIbenchmark1中17个Other类复合物例子进行打分测试.结果表明,组合打分能够刻画出Other类型复合物单体间相互作用的特征,反映出复合物形成前后的能量变化,具备一定的从众多样本中筛选出有效结构的能力.相对于残基成对势(RP),该组合打分获得了更高的打分成功率.对CAPRI第八轮竞赛中两个结构预测模型进行打分排序,该组合打分也体现出强于RP的鉴别有效结合模式潜力.
关键词
打分函数
原子接触能
残基成对势
Other类复合物
CAPRI
Keywords
Scoring function, Atomic contact energy, Residue pair potential, Other-type complexes, CAPRI
分类号
O629.73 [理学—有机化学]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
针对蛋白质复合物Other类型的打分函数
沈龙珠
李春华
马晓慧
常珊
陈慰祖
王存新
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2006
2
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职称材料
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