梅花鹿源彭氏变形杆菌F2d株基因组的测序分析

为探究鹿源彭氏变形杆菌(Proteus penneri)致病及耐药机制,利用二代测序技术对从云南野生动物园病死梅花鹿(Cervus nippon)肺组织中分离鉴定出的1株彭氏变形杆菌F2d株进行基因组测序,将获得的F2d株基因组序列注释到毒力因子、耐药基因和代谢通路等数据库中。毒力因子数据库注释结果显示,菌株含黏附、营养代谢、运动和免疫调节等类型毒力因子;耐药基因数据库注释结果显示,F2d株对β-内酰胺类、四环素类、黏菌素类和磺胺类等多种抗生素耐药,并且携带多种抗生素外排机制编码基因;代谢通路数据库注释结果显示,注释的基因富集在42个通路上,其中新陈代谢相关注释的基因数量最多,共有2250个基因分布在12个通路上。利用基因组测序技术分析鹿源彭氏杆菌F2d株致病性、耐药情况及代谢特点,可为预防彭氏变形杆菌感染和相关药物的研发提供理论依据。

CRISPR在食源性致病菌进化分析、检测分型及毒力耐药调控中的应用进展

规律成簇间隔的短回文重复序列(Clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR)与其相关蛋白基因系统可通过限制基因的水平转移而有效防御噬菌体等外源基因元件的入侵,不同细菌之间的CRISPR结构有所差异。基于CRISPR系统的差异性,文中对近几年CRISPR在食源性致病菌进化分析、检测与分型、毒力与耐药中的应用研究进行概述,并对基于CRISPR序列特点开发的细菌检测分型方法以及CRISPR与食源性致病菌的毒力、耐药性之间的相关性进行重点总结分析。此外,文中探讨了CRISPR在进化分析、检测与分型、毒力与耐药应用中的不足,提出将CRISPR分型方法标准化、完善与扩充致病菌CRISPR数据库、进一步探究噬菌体与细菌之间的共进化关系等建议,为进一步探索CRISPR功能提供参考。