阴沟肠杆菌菌株中携带小肠结肠炎耶尔森菌毒力岛irp-2基因的检测

目的:了解从云南战区感染性腹泻患者粪便标本中分离的阴沟肠杆菌是否携带小肠结肠炎耶尔森菌H IP(H ighPathogen ic ity Island)毒力岛irp-2基因,并研究菌株的毒力及耐药情况。方法:用PCR扩增法检测毒力岛irp-2基因,小白鼠腹腔注射检测毒力。结果:从1040例腹泻病人粪便分离的25株阴沟肠杆菌中,检测出18株携带小肠结肠炎耶尔森菌H IP毒力岛irp-2基因,毒力试验证实有较强毒力,药敏试验筛选出了敏感、中度敏感及耐药三类药敏谱。结论:云南战区检出的阴沟肠杆菌含有小肠结肠炎耶尔森菌H IP毒力岛irp-2基因且为毒力较强的菌株,对人类的健康具有潜在性的威胁。建立的药敏谱,为军队和地方今后在治疗由此菌引起的感染提供重要参考。

海南省类鼻疽伯克霍尔德菌临床分离株的基因岛特征和毒力因子分析

目的分析类鼻疽伯克霍尔德菌(Burkholderia pseudomallei)临床分离株的基因岛(genomic island,GI)特征和毒力因子差异,为类鼻疽病的诊疗研究提供依据。方法收集B.pseudomallei临床分离株,PCR检测和测序分析毒力相关GI,在Islandviewr 4平台上提交全基因组序列注释格式文件,整合SIGI-HMM与IslandPath-DIMOB两种算法预测GI,通过序列比对分析GI独特性和毒力因子差异。结果共收集到52株B.pseudomallei临床分离株,结果显示,52个基因组按进化距离分为3个分枝,其中82.69%(43/52)菌株集中在分枝1。52个B.pseudomallei基因组共识别出828个GI,按序列相似性聚类为157个GI cluster。GI在基因组中占比达2.05%~6.38%。GI cluster1和2存在全部菌株中,但84个(53.50%)GI cluster只聚类到单个基因组。10个GI cluster很可能是特有的,其中5个来源同属细菌,2个来源其他属,3个来源不确定。25个GI cluster与毒力相关,B.pseudomallei BP76和BP169含有其中8个,是所有菌株中毒力相关GI最多的。52株B.pseudomallei的毒力基因除了fhaB1、fhaB2、BPSL1661、cheY1、wzM、tssH-5/clpV、tssA-5、boaA和boaB存在差异,其余都表现一致。与泰国和澳大利亚B.pseudomallei临床菌株比较,boaA、boaB、cheY1和chbp在两个国家的菌株中都表现出差异,同时fhaB1、fhaB3和bimA在澳大利亚菌株中表现出差异。结论海南地区B.pseudomallei GI具有保守性和独特性,通过特有GI和毒力因子研究,可以发现菌株水平基因转移(Horizontal gene transfer,HGT)的来源和分子水平的毒力差异。

禽源性大肠杆菌HPI毒力岛irp2基因PCR检测方法的建立与应用

为了解临床禽源致病性大肠杆菌中高致病性毒力岛(High pathogenicity island HPI)流行情况和基因特征,根据Gen Bank已知禽源irp2基因序列,设计、合成一对特异性引物,建立irp2基因PCR检测方法,优化、确定PCR扩增特性,进行敏感性、特异性、重复性检测评价。对256份临床分离禽源大肠杆菌进行irp2基因PCR检测和基因遗传变异分析。结果显示,建立的PCR检测方法敏感性可达2.14×10^(-4)ng/μL;特异性显示与鸡沙门菌、副鸡嗜血杆菌、鸭疫里默菌、禽巴氏杆菌、鸡毒支原体、鸡新城疫病毒、禽流感病毒(H9N5)核酸均无交叉反应;重复性显示3份阳性样品重复5次检测,变异系数3.4%~5.0%。256份临床样品PCR检测irp2基因,阳性率30.6%。获得了9株分离株irp2基因序列,分析显示,与GenBank已知基因同源性高达96.2%以上。说明建立的禽源大肠杆菌HPI毒力岛irp2基因PCR检测方法具有良好的特异性、敏感性和重复性,可应用于临床致病性大肠杆菌毒力岛基因快速检测。

大肠埃希菌ETT2毒力岛ECs3703基因和HPI毒力岛irp2基因双重LAMP检测方法的建立

根据GenBank中大肠埃希菌ETT2毒力岛保守基因ECs3703和HPI毒力岛的保守基因irp2分别设计一套LAMP引物,在同一体系中进行LAMP扩增,通过对体系Mg2+、dNTP、内引物及反应温度和反应时间等进行优化,建立了在60℃恒温下对大肠埃希菌ETT2和HPI毒力岛进行同步检测的LAMP方法,并进行了特异性和灵敏性试验。结果显示,所建立的双重LAMP检测方法同时检测ETT2和HPI毒力岛大肠埃希菌检测限均可达到100fg,比常规PCR灵敏度高100倍。利用该方法对8株非大肠埃希菌进行LAMP扩增,结果均为阴性。用该方法对采集的20份临床样品进行检测,与双重PCR检测结果一致。结果显示,该双重LAMP方法可用于大肠埃希菌ETT2和HPI毒力岛的同步快速检测,可作为临床疫病诊断的有效手段。

国内首次发现携带耶尔森菌HPI毒力岛irp^(-2)基因的阴沟肠杆菌

目的研究感染性腹泻患者粪便中分离的阴沟肠杆菌携带的小肠结肠炎耶尔森菌HPI毒力岛irp-2基因,并评价其菌株的毒力和耐药情况。方法PCR扩增法检测毒力岛irp-2基因,小白鼠腹腔注射法检测毒力,药敏试验采用K-B纸片扩散法。结果从感染性腹泻患者粪便中分离的9株阴沟肠杆菌均扩增出irp-2基因片段,其相对分子量与对照菌株小肠结肠炎耶尔森菌WA株(O8型)的相应PCR片段一致,并具有较强的毒力。结论检出的阴沟肠杆菌含有小肠结肠炎耶尔森菌HPI毒力岛irp-2基因且为具有毒力的菌株,与致病性密切相关。

致病性大肠埃希菌高致病性毒力岛irp2基因序列的扩增与分析

目的探讨致病性大肠埃希菌(EPEC)中高致病性毒力岛(HPI)irp2基因与致病性的关系。方法根据Genebank中irp2基因设计特异性引物,应用聚合酶链反应(PCR)技术扩增基因全长,克隆入pUCm-T载体,并通过酶切和测序鉴定。结果160株EPEC中有16株(10.00%)扩增出278bp基因片段,该基因片段与GeneBank中公布的耶尔森菌HPIirp2基因的同源性高达97%以上。结论部分EPEC具有耶尔森菌毒力岛HPI基因序列,该毒力岛可能与EPEC的致病性有一定相关性。

云南战区部队首次检出携带耶尔森菌HPI毒力岛基因irp^(-2)的大肠杆菌

目的:了解携带小肠结肠炎耶尔森菌HPI毒力岛基因irp-2的大肠杆菌在云南战区部队腹泻患者粪便标本中的存在情况,并对其菌株做毒力试验。方法:用PCR扩增法检测毒力岛基因irp-2,小白鼠腹腔注射检测毒力。结果:从268份腹泻病人粪便中分离的大肠杆菌菌株中,检测出携带小肠结肠炎耶尔森菌HPI毒力岛基因irp-2的18株,检出率为6.72%(18/268)。毒力试验使小白鼠发病并死亡。结论:云南战区存在携带小肠结肠炎耶尔森菌HPI毒力岛基因irp-2的大肠杆菌,该菌对部队指战员的健康具有潜在性的威胁。

副猪格拉菌血清2型毒力及耐药性分析

【目的】副猪格拉菌是引起猪格拉泽氏病的病原,是危害养猪业最为严重的细菌性病原之一,该菌血清型众多,不同血清型之间交叉保护力弱。血清2型是中等毒力毒株,近年来临床分离比例越来越高,危害越来越严重。从河南某规模化猪场保育猪群分离到副猪格拉菌血清2型并进行系列试验,为科学防控该病提供参考。【方法】对副猪格拉菌临床疑似病例猪只无菌采集肺脏、气管、心血等样品,通过细菌分离纯化、革兰氏染色镜检、常规PCR、豚鼠致病性试验及琼脂扩散药敏试验等方法,对疑似细菌进行形态观察、鉴定、血清型分型、毒力基因检测、耐药基因检测、致病性和耐药性等一系列生物学特性研究。【结果】从肺脏样品中分离获得1株副猪格拉菌,经鉴定为血清2型,该菌株携带vta1、vta2、vta3、wza、ompP2、nanH、cdtA、cdtB、cdtC、espP2毒力基因,对豚鼠有较强的致病力。该菌株携带有aadA1、strA、strB、aphA1、tet(B)、sul2多个耐药基因,对青霉素G、卡那霉素、阿米卡星、链霉素、四环素、土霉素、复方新诺明有较强的耐药性;对头孢噻呋、头孢他啶、阿莫西林、氨苄西林、左氟沙星、氧氟沙星、恩诺沙星、环丙沙星敏感性较好,临床用药效果显著。【结论】分离出的副猪格拉菌2型菌株毒力较强,且能透过血脑屏障,有明显的多重耐药性。研究结果可为副猪格拉菌血清2型流行病学调查、致病机制研究以及临床防控措施制定提供参考。

市售鲜鸡蛋中沙门氏菌的分离鉴定及毒力岛基因检测

目的:监测市售鲜鸡蛋中沙门氏菌的污染情况,检测分离菌株的致病性及其毒力岛基因携带情况,了解沙门氏菌分离株毒力岛基因的携带与其致病力的相关性。方法:从陕西省不同地市的超市中随机购买鲜鸡蛋,无菌取其蛋壳膜分离沙门氏菌,聚合酶链式反应方法扩增沙门氏菌菌属特异性invA基因鉴定分离株;对分离菌株进行无特定病原体(SPF)雏鸡的致病性试验,依据GenBank发表的基因序列,设计引物聚合酶链式反应检测沙门氏菌毒力岛(SPI)核心蛋白基因。结果:从陕西省55家超市1100枚鲜蛋中分离鉴定出30株沙门氏菌,分离率达2.73%;动物致病性实验表明,30株沙门氏菌中13株有致病力,其中强致病力菌株有7株,占23.3%;分离菌株的毒力岛基因携带率分别为:SPI-1 60%、SPI-2 73.3%、SPI-3 100%、SPI-4 90%、SPI-5 76.7%,毒力岛基因SPI-1+SPI-2的携带与细菌致病性有关。结论:市售鲜鸡蛋中沙门氏菌携带率为2.73%,分离菌株对动物具有一定的致病力,毒力岛基因SPI-1+SPI-2的携带与沙门氏菌的致病性呈正相关。

105株携带耶尔森菌强毒力岛大肠杆菌的毒力基因型和部分菌株毒力因子序列研究

为了解105株携带耶尔森菌强毒力岛(HPI)的大肠杆菌(E.coli)中相关毒力因子的流行情况和基因序列,根据GenBank中参考序列设计引物,采用PCR方法对广东地区养殖场来源的105分离株HPI+E.coli的fyuA、tsh、iucD、iss 4种毒力基因进行检测,统计基因类型;并对部分分离株的5种毒力基因(irp2和fyuA、tsh、iucD、iss)进行了克隆与序列分析。结果显示105株HPI+E.coli中4种毒力因子携带情况不尽一致,基因fyuA、tsh、iucD和iss的阳性率分别为55.24%、17.14%、49.52%和23.81%,105株HPI+E.coli共有13种基因型;分析表明,除iss基因与参考序列的同源性在88.0%～90.9%外,irp2、fyuA、tsh、iucD 4种基因与GenBank中参考序列的同源性高达96%以上;广东省养殖场E.coli毒力因子基因型复杂,并以基因型irp2+fyuA+iucD+和仅含irp2+的菌株分离率最高,分别为17.14%和28%。

广东省猪链球菌2型菌株毒力基因及分子分型分析

目的掌握广东地区猪链球菌2型菌株毒力因子及分子分型情况,为诊断、治疗和制定防控措施提供科学依据。方法选取荚膜多糖(cps2J)、溶菌酶释放蛋白(mrp)、溶血素(sly)、谷氨酸脱氢酶(gdh)、胞外因子(ef)等5个猪链球菌2型主要毒力基因,分别设计引物对分离自病人、病猪的22株猪链球菌2型菌株进行PCR检测,并对菌株进行MLST分型分析。结果 22株菌分为5种毒力基因型,其中cps2J+/mrp+/sly+/gdh+/ef+型别为病人及病猪菌株所共有,cps2J+/mrp+/sly-/gdh-/ef+、cps2J+/mrp+/sly-/gdh+/ef+为病人菌株所特有,cps2J+/mrp-/sly+/gdh+/ef+、cps2J+/mrp-/sly-/gdh+/ef-为病猪菌株所特有;MLST分型结果显示,22株分为ST1、ST7和ST28三个型别,其中ST1、ST7型为病人和病猪菌株所共有,均同属于ST1克隆复合物,ST28型为病猪所特有。结论广东地区病人、病猪的猪链球菌2型菌株毒力基因型及MLST分子分型均呈现多样化,且部分型别为两者所共有,为阐明猪传染给人提供了直接的证据。

Taqman-MGB双重探针PCR技术检测含89K毒力岛猪链球菌2型

目的建立同时检测猪链球菌(Streptococcus suis,SS)种特异性16S rRNA及其89K毒力岛基因的SS2中国毒力株双重荧光定量PCR方法。方法利用SS种特异性16S rRNA和89K毒力岛基因的特异性序列设计引物和MGB探针。优化荧光定量PCR反应条件和反应体系,并对21株猪链球菌2型(Streptococcus suis serotype 2,SS2)、18株其它链球菌、9株葡萄球菌、5株其它菌株进行检测,验证该方法的特异性、敏感性、重复性。结果该技术的种特异性16S rRNA及其89K毒力岛两基因检测灵敏度分别为6个拷贝/反应(或12cfu/mL)及27拷贝/反应(或58cfu/mL);重复性实验,变异系数为0.30%～2.11%;从菌株核酸的提取至检测完成仅需2h左右。用该方法对有关菌株进行考核,21株SS2菌检测结果均为SS种特异性16S rRNA基因阳性,其中15株含有89K毒力岛的SS2菌株的89K毒力岛基因检测均阳性;而非SS菌株的16S rRNA和89K毒力岛基因检测结果均为阴性。对49份呼吸道咽拭子、血液应急样本等进行实际考核,有2份血液样本16S rRNA基因阳性,其中1份血液样本89K毒力岛基因阳性。结论本次建立的Taq Man-MGB双重探针荧光定量PCR方法特异、快速、敏感,可特异性鉴定SS2中国毒力株(含有89K毒力岛),区分SS与非SS菌以及是否含有89K毒力岛基因,该方法的建立将有益于目前针对猪链球菌2型中国毒力株快速定量检测,以及疑似猪链球菌病患者病原的早期甄别、猪链暴发疫情调查及猪群暴发或带菌调查与评估等。

携带HPI毒力岛的大肠杆菌的毒力基因分析

目的检测分离自腹泻病人、家禽粪便和食品标本的携带HPI毒力岛的大肠杆菌携带其他致病性相关基因组岛的情况。方法运用PCR和DNA打点杂交方法。结果在被检测的82株大肠杆菌中,志贺氏菌属的Shi-2岛检出率为62.2%(51/82);大肠杆菌O157:H7的8个O岛中,OI55和OI140的检出率为57.3%(47/82),且二者协同存在;OI28的检出率为35.4%(29/82),OI115的检出率为68.3%(56/82),OI144的检出率为9.8%(8/82),OI43和OI122则均未检出。该82株大肠杆菌中78株携带至少2个毒力岛,如编码RTX的OI28岛、编码III型分泌系统的OI115岛以及编码粘附素的OI144岛,另外还有4株菌携带7个基因岛,20株菌携带6个基因岛。结论一些和细菌致病性有关的基因组岛在肠道大肠杆菌中广泛存在,其中一部分有可能是致病性的,提示基因横向转移在致病性大肠杆菌进化过程中具有重要意义。

猪链球菌2型福建分离株的主要毒力基因分析

目的为了解福建地区猪链球菌2型菌株毒力因子分布情况。方法选取谷氨酸脱氢酶(gdh)、荚膜多糖(cps)、溶菌酶释放蛋白(mrp)、胞外因子(ef)、溶血素(sly)、纤连蛋白/血纤蛋白原结合蛋白(fbps)及毒力相关序列orf2等7个猪链球菌2型主要毒力基因,分别设计了7对引物,采用PCR方法,对本室分离保存的猪链球菌2型福建分离株的毒力基因进行分析。结果从屠宰生猪体内分离的4个猪链球菌2型菌株和SS2PFJ07株基因型为gdh+/cps2J+/mrp+/ef-/sly-/fb-ps+/orf2+,另1株从生猪体内分离的分离菌株基因型为gdh+/cps2J+/mrp+/ef+/sly+/fbps+/orf2+。结论福建地区生猪中猪链球菌2型至少有两种毒力基因型。

五株临床分离肠炎沙门氏菌同源性及耐药与毒力特征分析

肠炎沙门氏菌是一种重要的食源性致病菌,多重耐药以及高致病性菌株的出现对临床感染及治疗造成严重负担。为了探究临床分离肠炎沙门氏菌菌株的遗传进化关系及其耐药性和毒力特征,该研究对5株临床来源的肠炎沙门氏菌进行了全基因组测序(whole genome sequencing,WGS),并对其抗生素耐药性和毒力进行了表征。基于WGS生物信息学分析表明5株沙门氏菌均为肠炎血清型,ST型为ST11。cgSNP系统发育分析表明,5株肠炎沙门氏菌中菌株48A和公共数据库中一株分离自鸡的菌株聚类在一起,其余4株菌与公共数据库中的临床分离株有较近的进化关系。微量肉汤稀释法测定结果表明,5株菌株均为抗生素耐药菌株,其中抗4株菌为多重耐药菌,并且菌株33A对黏菌素和多黏菌素B具有耐药性。运动能力、生物被膜形成能力和对大蜡螟幼虫的致死率均表明菌株48A的毒力最强,但该菌株对Caco-2细胞的黏附和侵袭能力并不强。研究结果表明,肠炎沙门氏菌48A是一株高毒力菌株且可能是食品来源,菌株33A具有多黏菌素耐药性,应引起重视。该研究结果可为临床耐药肠炎沙门氏菌的溯源及治疗提供参考。

猪圆环病毒2型河北分离株的基因型鉴定及其毒力分析

为了明确河北部分地区猪圆环病毒2型(PCV2)流行毒株的基因型及其毒力,应用免疫过氧化物酶单层实验(IP-MA)对从保定、唐山和衡水分离的3株PCV2进行了鉴定,分别命名为PCV2-BD1A、TSh1和HSh1。以PCV2 Cap基因为靶基因,运用PCR-RFLP技术对3个分离株进行了基因型鉴定,结果分离株BD1A和TSh1为2H基因型,分离株HSh1为2I基因型,提示2H基因型仍然是当前河北地区PCV2流行毒株的优势基因型。通过与已知PCV2强毒株(PCV2-40895)Cap蛋白的氨基酸序列比较分析,推测PCV2-BD1A、TSh1和HSh1 3个分离株均为强毒力PCV2。

应用LAMP技术鉴定含89K毒力岛2型猪链球菌菌株

目的应用LAMP(Loop-Mediated Isothermal Amplification)技术鉴别含89K毒力岛2型猪链球菌(Streptococ-cus suisserotype2,S.suis2)菌株。方法根据S.suis2中国分离株(05ZYH33)89K毒力岛中基因序列设计4条引物(2条内引物、2条外引物);应用LAMP,对21株S.suis2、18株其它链球菌、9株葡萄球菌、5株其它菌株及49份未知样本进行检测,并对LAMP的最低检测限进行测试,结果通过肉眼目测或电泳检测,并将结果与PCR/定量PCR结果比较。结果该方法仅对含89K毒力岛的中国S.suis2特有株检测为阳性,而其它菌株经LAMP检测均为阴性,试验表明本方法特异性好,其最低检测限为24CFU/反应,无需特殊设备,结果通过肉眼即可判断,从菌株核酸的提取至检测完成仅需2h左右。应用本方法对49份不同来源样本进行实际考核,其中32份不明发热病人呼吸道咽拭子应急样本及15份正常猪扁桃体咽拭子样本经检测89K毒力岛基因均为阴性,2份疑似SS2病人血液应急样本中一份检测到该毒力岛基因,该结果与普通PCR/定量PCR检测结果一致。结论成功建立了检测S.suis289K毒力岛的LAMP方法 ,该方法特异性好,操作简便,无需特殊的仪器设备,操作简单方便,极适合在我国广大基层实验室(包括基层医院/动物检疫等部门)开展应用。

肠球菌毒力岛基因的检测

目的探索肠球菌中毒力岛基因的存在情况。方法使用PCR和杂交方法对155株肠球菌进行毒力岛相关基因检测。结果155株肠球菌中,88.39%携带至少一个毒力岛基因,各基因阳性率由高至低依次为hyd(81.94%),psaA(78.06%)、nuc(57.42%)、esp(53.55%)、cylB(52.90%)和gls24-like(38.06%);除esp基因,其他5个基因的阳性率均是粪肠球菌高于屎肠球菌,其中nuc、cylB、gls24-like三个基因的阳性率有统计学差异。粪肠球菌中临床分离株各基因的阳性率和所携带的基因数均高于健康人分离株。结论肠球菌普遍携带毒力岛相关基因,粪肠球菌各基因阳性率高于屎肠球菌,粪肠球菌中临床分离株所携带的毒力基因、毒力岛基因数目均明显高于健康人分离株。

产KPC-2肺炎克雷伯菌的基因分型、毒力基因和血清型特征研究

目的分析我院产KPC-2肺炎克雷伯菌基因分型、毒力基因和血清型特点。方法收集碳青霉烯类不敏感肺炎克雷伯菌菌株75株(采用改良Hodge试验和DNA测序以确定其表型和基因型)和同期分离的敏感株97株,脉冲场凝胶电泳(PFGE)分析菌株间的同源性,PCR检测9种毒力基因all S、rmp A、mrk D、kfu BC、cf29a、fim H、uge、wab G、ure A和K1、K2、K5、K54、K57、K206种血清型。比较产KPC-2和非产KPC-2肺炎克雷伯菌的毒力基因和血清型差异。结果 75株碳青霉烯类不敏感肺炎克雷伯菌菌株中,有61株细菌经改良Hodge试验初筛为产碳青霉烯酶菌株,PCR扩增及DNA测序确定其为产KPC-2酶。PFGE结果显示,依据相似度80%的折点,产KPC-2酶组的61株细菌来源于30个克隆菌株,不产KPC-2酶组的111株肺炎克雷伯菌来源于96个克隆菌株。all S基因在不产KPC-2组中的阳性率(21.9%)高于在产KPC-2组的阳性率(3.3%),差异有统计学意义(P<0.05)。血清型K1、K2和K54在产KPC-2组与不产KPC-2组间的分布差异无统计学意义(P>0.05),其他3种血清型未检测到。结论产KPC-2肺炎克雷伯菌临床分离株携带的尿素酶基因all S减少,且大多不属于高致病性血清型,但作为高度耐药菌,应加强监控。

抑制性消减杂交技术分析猪链球菌2型毒力相关基因

以猪链球菌2型四川分离强毒株458#为检测子,国际参考无毒菌株1330#为驱动子,用抑制性消减杂交方法寻找其基因组水平的差异。采用3种不同的限制性内切酶分别酶切458#与1330#基因组获得3套酶切片段,经消减杂交后构建猪链球菌2型强毒株458#特异DNA的差异文库,并对差异序列进行比较分析。结果表明,试验获得了3套差异文库共计42个特异性差异片段,所有差异片段均与已发表的猪链球菌2型05ZYH33株全基因组序列高度同源。构建了具有代表性的猪链球菌2型强毒株与国际无毒参考菌株基因组差异DNA文库,差异片段通过Blast比对,部分差异片段与已知功能基因如转座子、耐药基因、I型限制酶修饰系统、表面蛋白和毒力相关蛋白等有同源性,尚有许多差异片段属于未知功能蛋白或假定蛋白,其中可能包括与猪链球菌2型毒力相关的基因,为进一步分析猪链球菌2型可能的毒力相关基因奠定了基础。