硝基芳烃类含能材料撞击钝度的比较分子力场分析

基于比较分子力场分析(CoMFA)方法建立34种硝基芳烃类炸药分子的结构与撞击钝度(DH)的三维定量构效关系(3D-QSAR)。训练集中28个化合物用于建立预测模型,测试集6个化合物作为模型验证。已建立的CoMFA模型的交叉验证系数(Q^2)、非交叉验证系数(R^2)分别为0.432、0.923,说明所建模型具有较强的稳定性和良好的预测能力。该模型中立体场、静电场贡献率依次为37.9%、62.1%,表明影响撞击钝度DH的主要因素是取代基的电荷分布,其次是取代基的空间位阻。所建模型可用于指导该类化合物的设计。

α_1-AR拮抗剂DDPH类似物的比较分子力场分析

利用比较分子力场分析(CoMFA)方法, 建立苯(氧)烷胺类α1-肾上腺素受体拮抗剂DDPH及其类似物的三维定量构效关系模型。交叉验证回归系数q2、非交叉验证回归系数r2和标准偏差SEE分别为0.457, 0.953, 0.208,研究结果显示立体场比静电场对活性的影响更大。所得模型具有一定的预测能力,可用来指导设计新的苯氧烷胺类α1-肾上腺素受体拮抗剂 ,并为以后进一步的工作提供依据。

用比较分子力场和比较分子相似性指数分析方法对氮蒽类化合物抗癌活性的三维定量构效关系研究(英文)

用比较分子力场(CoMFA)和比较分子相似性指数分析方法(CoMSIA)对一系列与DNA结合的氮蒽类化合物的潜在抗癌活性进行了3D定量构效关系的研究,对模型中的一些参数进行了优化以期得到最好的三维定量构效关系模型,优化结果显示用CoMSIA构建的模型优于用CoMFA构建的模型．通过CoMSIA分析,用训练集所建立的模型有较好的统计性(20个化合物,q2=0．666,r2=0．916),测试集化合物的预测活性与实验值有很好的一致性．本文还给出了主要分子力场的等势线图．

比较分子力场分析法在天然药物成分研究中的应用

目的综述了比较分子力场分析法(CoMFA法)的主要原理、优缺点及其在天然药物成分研究中的应用进展。方法利用天然药物成分结构不同进行分类,分别对各类天然药物成分三维构效研究的国内外现状进行归纳、分析。结果CoMFA法在各类天然药物成分的构效研究中均可获得预测能力强的定量构效关系(QSAR)模型。结论CoMFA法具有很好的应用前景。

基于分子力场的网联自主车辆跟驰安全特性及模型

为更精准地描述人车路复杂环境下网联异质车流多维感知与交互所呈现的动态特性,本文提出运用分子动力学势场函数定量描述车辆间相互作用关系的车辆跟驰行为模型,从分子力场角度剖析网联自主车辆的自驱动粒子特性和车车交互行为安全特性,独辟系统分析网联异质车群协同关系和安全态势演化规律的新思路。首先,类比复杂交通场景的网联自主车辆为自驱动粒子,基于分子动力学势场理论推导出网联自主车辆跟驰行为模型表达式,引入速度协同项,建立网联自主车辆跟驰行为的分子力场模型;其次,运用人工蜂群算法,采用High_D车辆轨迹数据对已有的跟驰模型和智能驾驶员模型进行参数标定,验证分析分子力场跟驰模型的合理性及安全性;设计数值仿真实验检验分子力场模型对真实车辆跟驰行为的拟合效果及稳定性表现。数值仿真结果表明,分子力场模型得出的车辆加速度结果与实际数据的平均值绝对误差与均方根误差更低,且受到扰动时波动更小,该模型提升了网联自主车辆跟随行驶的安全和效率,宏观车流运行具有更好的稳定性。网联自主车辆的分子力场跟驰模型可系统描述网联异质车群的动态特性、微观车辆跟驰行为和车车安全交互作用关系,为提高行车安全性及通行效率提供理论基础。

非肽类凝血酶抑制剂的比较分子力场分析

在血栓症和止血疗法中凝血酶起重要的生物调节作用,凝血酶抑制剂由于其溶血栓作用成为药物设计的热点.对非肽类芳基磺酸酯系列凝血酶抑制剂进行了三维定量构效关系研究,用Autodock方法和比较分子力场分析相结合构建了该类分子的定量构效关系模型,得到三维等值线图.模型的传统相关系数r^2=0.956,交叉验证系数q^2=0.681,F_(4.16)=85.985,标准偏差S=0.158.该模型为凝血酶抑制剂的进一步结构改造提供了有益的启示.

二氢嘧啶酮类α_(1A)-肾上腺素受体拮抗剂的比较分子力场分析

采用比较分子力场分析(CoMFA)构建了二氢嘧啶酮类α1A-肾上腺素受体拮抗剂的三维定量构效关系模型。交叉验证相关系数(q2)、非交叉验证相关系数(r2)和标准偏差(SEE)分别为0.604、0.987和0.105,研究结果显示静电场对活性的影响大于立体场。所构建的模型具有一定的预测能力,可用于指导设计新的二氢嘧啶酮类α1A-肾上腺素受体拮抗剂,为该类化合物的结构优化提供理论依据。

吡咯烷类胞液型磷脂酶A2抑制剂的比较分子力场分析

胞液型磷脂酶A2能引发关节炎,针对胞液型磷脂酶A2的抑制剂有可能成为治疗关节炎的特效药,因此引起了广泛的关注.文章对于吡咯烷类胞液型磷脂酶A2抑制剂进行了三维定量构效关系研究,利用比较分子力场分析构建了该类分子的定量构效关系,得到三维等值线图,为胞液型磷脂酶A2抑制剂的进一步改造提供了有益的启示.

单环β-内酰胺对大肠杆菌受体作用三维构效关系的比较分子力场分析(CoMFA)

模拟受体活性部位与配体分子间作用的势场模型，从三维空间进一步探讨单环β－内酰胺抗生素构效关系，指导新化合物设计与合成．我们根据活性类似物原理，采用比较分子力场分析（ＣｏＭＦＡ）方法，对已知的２６个单环β－内酰胺化合物对大肠杆菌作用的构效关系进行了研究．模拟了大肠杆菌青霉素结合蛋白（ＰＢＰｓ）与配体分子间的作用力场和静电力场模型．该模型有利于指导新型β－内酰胺抗生素ｍｅ－ｔｏｏ类药物的设计．

应用分子图形学、分子力学、量子化学及静电势研究农药分子结构与性能关系(ΧⅢ)──用比较分子力场方法研究4-肟醚基喹唑啉类化合物的结构与抗烟草花叶病毒活性的三维构效关系

应用比较分子力场分析 (Co MFA)方法研究 4 -肟醚基喹唑啉类化合物抗烟草花叶病毒活性的三维构效关系 (3 D-QSAR) ,引入分子的摩尔折射率 (MR)和偶极矩 (DIPOLE)分别作为 Co MFA的第三和第四个场 .在此基础上进行偏最小二乘 (PLS)分析 :交叉验证 (leave-one-out)结果为 r2cv=0 .4 43 ,非交叉验证 (novalidation)结果为 r2 =0 .93 2 ,说明所建立的模型有较好的可靠性 ,并且在三维等值线图的基础上得到了一个此类化合物的模拟作用模型 。

喹唑啉衍生物抗癌活性的比较分子力场研究

运用比较分子力场分析(CoMFA)方法,建立了16种标题化合物对鼠白血病抗癌活性的三维构效模型(3D-QSAR)。在CoMFA研究中,考察了网格结构、步长及探针原子等因素对统计结果的影响。该模型显示立体场、静电场对生物活性贡献依次为61.5%、38.5%,其中立体场是造成这些化合物抗肿瘤活性差异的主要因素。此3D-QSAR模型的交叉验证系数(q2)为0.320,非交互验证系数(R2)为0.992。所建的3D-QSAR模型及其三维等值线图可用于指导新型抗肿瘤喹唑啉衍生物的设计与结构优化。

HLA-A*0201限制性CTL表位肽的分子力场分析

运用比较分子力场(CoMFA)和比较相似性指数分析(CoMSIA)方法研究了50个HLA-A* 0201限制性CTL表位九肽结构与亲和性间的关系,另外15个表位九肽作为预测集用于检验模型的预测能力。结果表明,采用CoMSIA得到的构效关系模型(q2 =0.608,r2 =0.987,F=440.4,SD=0. 111)要明显优于采用CoMFA得到的构效关系模型。在CoMSIA计算中,当引入疏水场时,三维构效关系模型得到明显改善,通过该三维构效关系模型,可较精确地估算预测集中15个CTL表位肽与HLA-A* 0201间的亲和力(r2pred=0. 703,SD=0. 368)。通过分析分子场等势面图在空间的分布,可以观察到表位肽分子周围的立体及疏水特征对表位肽与HLA-A* 0201间结合亲和力的影响,从而为进一步对CTL表位肽进行结构改造并基于此进行治疗性疫苗分子设计提供理论基础。

两类HPPD酶抑制剂的比较分子场分析研究

用比较分子场分析法 (CoMFA)研究了环己二酮类及 3 烷基酸 2 环己烯酯类化合物的结构与活性的关系 .本研究从蛋白酶与底物动力学模拟的复合物结构出发构建两类抑制剂化合物分子的构象 ,并进行了全空间搜索 ,CoMFA分析得到了较好的模型 (交叉验证回归系数q2 =0 .779,模型的线性回归系数r2 =0 .989) .该方程不仅可以帮助推测抑制剂与受体的结合方式 ,还可定量地预测结构相近的类似物活性 ,为设计合成新的HPPD酶抑制剂提供了理论依据 .

基于CoMFA方法对氟喹啉-4-酮衍生物的分子建模与设计

基于比较分子力场分析法(CoMFA),建立了16个已知活性的氟喹啉-4-酮衍生物抗肝癌活性(K_(S))的三维定量构效关系(3D-QSAR)模型,并研究该类结构与生物活性之间的关系.CoMFA模型的交叉验证系数(Q^(2))为0.338,拟合验证系数(R^(2))是0.987.此3D-QSAR模型的预测值与实验值基本一致,表明该模型具有显著的统计学可靠性和预测能力.该模型中立体场、静电场贡献率依次为41.9%、58.1%.根据3D-QSAR模型分析结果进行分子设计并完成活性预测,预测结果印证了分析的合理性,为该系列化合物的结构优化提供了合理建议.

利用CoMFA和CoMSIA对氟乐灵抗体识别特异性进行3D-QSAR分析

为了探究氟乐灵多克隆抗体PcAb-2C识别特异性与药物分子三维结构的定量关系,利用PcAb-2C的交叉反应数据,选取比较分子力场分析法(CoMFA),比较分子相似指数法(CoMSIA)进行三维定量构效关系(3D-QSAR)研究,并建立相应的模型。结果表明:CoMFA模型的交叉验证系数(r_(cv)^(2))为0.497,非交叉验证系数(r_(ncv)^(2))为0.999;CoMSIA模型的交叉验证系数(r_(cv)^(2))为0.498,非交叉验证系数(r_(ncv)^(2))为0.979。CoMFA模型中立体场和静电场的贡献值分别为63.10%和36.90%,CoMSIA模型中疏水场、静电场和立体场的贡献值分别为54.90%、38.40%和6.70%。各力场的贡献比例表明基团的疏水作用对化合物影响较大,推测出抗原疏水性的增强特别是N,N-二丙基部位的疏水性增强,有利于诱导出亲和力更强的抗体,为设计氟乐灵半抗原提供了信息。

基于CoMFA方法建立预测35种苯砜基羧酸酯衍生物对发光菌急性毒性的构效关系模型

基于比较分子力场分析(CoMFA)方法建立35种苯砜基羧酸酯衍生物对发光菌急性毒性(-lgEC_(50))的三维定量构效关系(3D-QSAR)。训练集中30个化合物用于建立预测模型,测试集12个化合物(含模板分子1及新设计的6个分子)作为模型验证。已建立的3D-QSAR模型的交叉验证系数(R_(cv)^(2))、非交叉验证系数(R^(2))分别为0.665、0.960,说明所建模型具有较强的稳定性和良好的预测能力。该模型中立体场、静电场贡献率依次为70.0%、30.0%,表明影响急性毒性(-lgEC_(50))的主要因素是取代基的疏水性和空间契合,其次是库仑力、氢键及配位。基于三维等势图,设计了6个对发光菌具有较高急性毒性的分子,有待生物学实验验证。

基于赋权TOPSIS与灰色关联分析的风电场电能质量评估模型

为解决多风电场电能质量比较问题并得到客观准确的结果,提出了一种基于赋权的TOPSIS和灰色关联分析组合的评价模型。为统一评价标准,该模型在原始数据中依据国家标准加入最优和最劣样本。为兼顾主观赋权与客观赋权的优点,采用层次分析法与熵权法确定TOPSIS的指标权重,采用灰色关联度确定灰色关联分析指标权重。考虑到TOPSIS法中相对贴近度的缺陷和不同风电场样本数量的差异,将赋权的TOPSIS与灰色关联分析的评价得分进行组合,以充分利用数据信息,使模型更具适用性,评价结果更准确。采用Simulink仿真的风电场和实际风电场的数据进行实例分析,验证了模型的有效性,根据分析结果可得到各风电场的综合电能质量排序以及各风电场中各样本电能质量的优劣。

应用比较分子力场分析法研究氯代苯酚化合物结构与活性的相关性(英文)

苯酚是一类对水生生物有严重危害作用的工业化合物。通过比较分子力场分析(CoMFA)法建立标题化合物对发光菌和浮萍活性的三维定量结构-活性关系(3D-QSAR)模型。其中,对发光菌的研究结果为:交叉验证系数q2=0．921,传统的相关系数(非交叉验证系数)R2=0．990。对浮萍的研究结果为:交叉验证系数q2=0．931,传统的相关系数(非交叉验证系数)R2= 0．995。取得优于文献的结果。

L-精氨酸类氨肽酶N抑制剂的比较分子力场分析

氨肽酶N(aminopeptidase N,APN)在肿瘤细胞的生长、侵袭、转移和新血管生成等过程中发挥着关键作用,是抗肿瘤药物的重要靶点。本文应用比较分子力场分析法(Co MFA)对52个L-精氨酸类APN抑制剂进行了三维定量构效关系分析,得到的模型q2=0.532,最佳主成分数为4,回归相关系数r2=0.907,F=82.479,SEE=0.196,立体场和静电场对构效方程的贡献分别为64.3%和35.7%,结果表明模型有较好的预测能力。最后,用模型的系数等势图解释了分子结构与活性的关系,为进一步对L-精氨酸衍生物进行结构修饰提供依据。

多溴联苯醚生物富集因子的CoMFA模型

研究19种多溴联苯醚(PBDEs)在淡水生物正颤蚓体内生物富集因子(lg B_(CF))的三维-定量构效关系(3D-QSAR).基于比较分子力场分析(CoMFA)建立训练集的3D-QSAR模型,不仅表现出显著的统计质量,而且还表现出令人满意的预测能力,具有高相关系数值(R^(2)=0.80)和交叉验证系数值(Q^(2)=0.32).该模型中立体场、静电场贡献率依次为45.1%、54.9%.基于CoMFA等高线图,多溴联苯醚的lg B_(CF)主要取决于溴原子在苯环上的位置,其次才与溴原子数正相关.