比较分子力场分析法(CoMFA)的研究新进展

Co MFA是目前 3D- QSAR中应用最广且最为成功的一种方法 ,但其在设计思想和实施过程中还存在一定缺陷 ,主要表现在匹配规则、新场引入、变量选择及数据处理等几个方面。本文对近年来关于 Co MFA方法的各种改进研究做了较为系统的综述 ,并就Co MFA在药物设计中的作用进行了展望。

单环β-内酰胺对大肠杆菌受体作用三维构效关系的比较分子力场分析(CoMFA)

模拟受体活性部位与配体分子间作用的势场模型，从三维空间进一步探讨单环β－内酰胺抗生素构效关系，指导新化合物设计与合成．我们根据活性类似物原理，采用比较分子力场分析（ＣｏＭＦＡ）方法，对已知的２６个单环β－内酰胺化合物对大肠杆菌作用的构效关系进行了研究．模拟了大肠杆菌青霉素结合蛋白（ＰＢＰｓ）与配体分子间的作用力场和静电力场模型．该模型有利于指导新型β－内酰胺抗生素ｍｅ－ｔｏｏ类药物的设计．

基于CoMFA方法对氟喹啉-4-酮衍生物的分子建模与设计

基于比较分子力场分析法(CoMFA),建立了16个已知活性的氟喹啉-4-酮衍生物抗肝癌活性(K_(S))的三维定量构效关系(3D-QSAR)模型,并研究该类结构与生物活性之间的关系.CoMFA模型的交叉验证系数(Q^(2))为0.338,拟合验证系数(R^(2))是0.987.此3D-QSAR模型的预测值与实验值基本一致,表明该模型具有显著的统计学可靠性和预测能力.该模型中立体场、静电场贡献率依次为41.9%、58.1%.根据3D-QSAR模型分析结果进行分子设计并完成活性预测,预测结果印证了分析的合理性,为该系列化合物的结构优化提供了合理建议.

含氟农药的比较分子场分析研究

用比较分子场分析(CoMFA)方法对112种含氟农药分子的生物活性及毒性同时进行了定量构效关系研究.用78个化合物作为训练集,以距离比较方法(DISCO)确认的药效团为叠合规则构建CoMFA模型,发现影响活性的立体场与静电场的贡献分别为60.4％和39.6％,影响毒性的立体场与静电场的贡献分别为59.2％和40.8％.药效模型与毒效模型在交叉验证时的相关系数平方(R^2)分别为0.652和0.611,非交叉验证的R^2分别为0.982和0.977,方差比F(8,69)值分别为463.6及362.9,活性和毒性的标准偏差-极差比s/Δγ值分别为3.6％和2.9％.,表明模型具有较好的自预测能力.对测试组34个化合物进行了活性和毒性的预测,活性与毒性预测的标准偏差-极差比s/Δγ值分别为10.4％和6.4％.最后,还建立了一个由97个化合物构建的扩大的模型,各种统计量得到了进一步提高.并预计了一个活性较高且毒性很低的新化合物.

利用CoMFA和CoMSIA对氟乐灵抗体识别特异性进行3D-QSAR分析

为了探究氟乐灵多克隆抗体PcAb-2C识别特异性与药物分子三维结构的定量关系,利用PcAb-2C的交叉反应数据,选取比较分子力场分析法(CoMFA),比较分子相似指数法(CoMSIA)进行三维定量构效关系(3D-QSAR)研究,并建立相应的模型。结果表明:CoMFA模型的交叉验证系数(r_(cv)^(2))为0.497,非交叉验证系数(r_(ncv)^(2))为0.999;CoMSIA模型的交叉验证系数(r_(cv)^(2))为0.498,非交叉验证系数(r_(ncv)^(2))为0.979。CoMFA模型中立体场和静电场的贡献值分别为63.10%和36.90%,CoMSIA模型中疏水场、静电场和立体场的贡献值分别为54.90%、38.40%和6.70%。各力场的贡献比例表明基团的疏水作用对化合物影响较大,推测出抗原疏水性的增强特别是N,N-二丙基部位的疏水性增强,有利于诱导出亲和力更强的抗体,为设计氟乐灵半抗原提供了信息。

比较分子场分析方法研究的最新进展

比较分子场分析方法 ( Co MFA)是目前在三维定量构效关系 ( 3D- QSAR)中应用最为广泛的方法之一。但传统的比较分子场分析方法在具体的实现过程中还存在着一些缺陷和不足 ,包括分子场势能函数的选择 ,活性构象的确定 ,分子的叠合以及分子场变量的选取等等。本文结合我们科研组的工作 ,就近几年Co MFA方法的最新进展做了较为详细的阐述 ,同时对 Co

硝基芳烃类含能材料撞击钝度的比较分子力场分析

基于比较分子力场分析(CoMFA)方法建立34种硝基芳烃类炸药分子的结构与撞击钝度(DH)的三维定量构效关系(3D-QSAR)。训练集中28个化合物用于建立预测模型,测试集6个化合物作为模型验证。已建立的CoMFA模型的交叉验证系数(Q^2)、非交叉验证系数(R^2)分别为0.432、0.923,说明所建模型具有较强的稳定性和良好的预测能力。该模型中立体场、静电场贡献率依次为37.9%、62.1%,表明影响撞击钝度DH的主要因素是取代基的电荷分布,其次是取代基的空间位阻。所建模型可用于指导该类化合物的设计。

用比较分子力场和比较分子相似性指数分析方法对氮蒽类化合物抗癌活性的三维定量构效关系研究(英文)

用比较分子力场(CoMFA)和比较分子相似性指数分析方法(CoMSIA)对一系列与DNA结合的氮蒽类化合物的潜在抗癌活性进行了3D定量构效关系的研究,对模型中的一些参数进行了优化以期得到最好的三维定量构效关系模型,优化结果显示用CoMSIA构建的模型优于用CoMFA构建的模型．通过CoMSIA分析,用训练集所建立的模型有较好的统计性(20个化合物,q2=0．666,r2=0．916),测试集化合物的预测活性与实验值有很好的一致性．本文还给出了主要分子力场的等势线图．

α_1-AR拮抗剂DDPH类似物的比较分子力场分析

利用比较分子力场分析(CoMFA)方法, 建立苯(氧)烷胺类α1-肾上腺素受体拮抗剂DDPH及其类似物的三维定量构效关系模型。交叉验证回归系数q2、非交叉验证回归系数r2和标准偏差SEE分别为0.457, 0.953, 0.208,研究结果显示立体场比静电场对活性的影响更大。所得模型具有一定的预测能力,可用来指导设计新的苯氧烷胺类α1-肾上腺素受体拮抗剂 ,并为以后进一步的工作提供依据。

乙酰胆碱酯酶抑制剂定量构效关系的比较分子场分析

乙酸胆碱酯酶抑制剂是治疗早老性痴呆病的主要药物 ,为了给合成提供一些理论依据 ,可以利用 3 D-QSAR中的 Co MFA方法研究乙酰胆碱酯酶抑制剂定量构效关系 .研究表明 ,从 PL S分析的 rcv2 ,r2值看 ,模型有较强的预测能力 ;从立体与静电作用分数比看 ,立体因素占主要地位 。

酪氨酸激酶抑制剂的比较分子场分析

采用比较分子场分析 (Co MFA)方法研究了一组嘧啶类衍生物酪氨酸激酶抑制剂活性与结构的关系 .所得模型不仅能够很好地预报训练集中的化合物的活性 ,而且还可以准确地预报预报集中的化合物活性 .通过分析分子场等值面图在空间的分布 ,可以观察到叠加分子周围的立体和静电特征对化合物活性的影响 .

比较分子力场分析法在天然药物成分研究中的应用

目的综述了比较分子力场分析法(CoMFA法)的主要原理、优缺点及其在天然药物成分研究中的应用进展。方法利用天然药物成分结构不同进行分类,分别对各类天然药物成分三维构效研究的国内外现状进行归纳、分析。结果CoMFA法在各类天然药物成分的构效研究中均可获得预测能力强的定量构效关系(QSAR)模型。结论CoMFA法具有很好的应用前景。

两类HPPD酶抑制剂的比较分子场分析研究

用比较分子场分析法 (CoMFA)研究了环己二酮类及 3 烷基酸 2 环己烯酯类化合物的结构与活性的关系 .本研究从蛋白酶与底物动力学模拟的复合物结构出发构建两类抑制剂化合物分子的构象 ,并进行了全空间搜索 ,CoMFA分析得到了较好的模型 (交叉验证回归系数q2 =0 .779,模型的线性回归系数r2 =0 .989) .该方程不仅可以帮助推测抑制剂与受体的结合方式 ,还可定量地预测结构相近的类似物活性 ,为设计合成新的HPPD酶抑制剂提供了理论依据 .

比较分子场分析方法与Hansch方法相结合的定合构效关系研究

比较分子场分析（CoMFA）方法以其独特的优，或吸引了药物化学界的广泛注意，但其主要的不足之处恰好是Hansch方法可弥朴的。因此，CoMFA方法与Hansch方法相结合，可以起到取长补短的作用。本文结合实例综述了CoMFA方法与Hansch方法相结合所取得的研究结呆，并分析了两种方法的主要优缺点，认为两种方法结合进行定量构效关系和药物设计研究将会有广阔的前景。

非肽类凝血酶抑制剂的比较分子力场分析

在血栓症和止血疗法中凝血酶起重要的生物调节作用,凝血酶抑制剂由于其溶血栓作用成为药物设计的热点.对非肽类芳基磺酸酯系列凝血酶抑制剂进行了三维定量构效关系研究,用Autodock方法和比较分子力场分析相结合构建了该类分子的定量构效关系模型,得到三维等值线图.模型的传统相关系数r^2=0.956,交叉验证系数q^2=0.681,F_(4.16)=85.985,标准偏差S=0.158.该模型为凝血酶抑制剂的进一步结构改造提供了有益的启示.

γ-羟基丁烯羟酸内酯类内皮激素拮抗剂的比较分子场分析

采用比较分子场分析方法 ( Co MFA)分析了一组 γ-羟基丁烯羟酸内酯类内皮激素拮抗剂的活性与结构的关系 .在计算中 ,除了考察立体场和静电场 ,还引入了氢键场 ,结果表明 ,引入氢键场可以明显改善计算的结果 .所得模型不仅能够很好地预测训练集中的分子 ,而且还可准确地预测测试集中的化合物 .通过分析分子场等值面图在空间的分布 ,可以观察到叠合分子周围的立体、静电以及氢键特征对化合物活性的影响 .

二氢嘧啶酮类α_(1A)-肾上腺素受体拮抗剂的比较分子力场分析

采用比较分子力场分析(CoMFA)构建了二氢嘧啶酮类α1A-肾上腺素受体拮抗剂的三维定量构效关系模型。交叉验证相关系数(q2)、非交叉验证相关系数(r2)和标准偏差(SEE)分别为0.604、0.987和0.105,研究结果显示静电场对活性的影响大于立体场。所构建的模型具有一定的预测能力,可用于指导设计新的二氢嘧啶酮类α1A-肾上腺素受体拮抗剂,为该类化合物的结构优化提供理论依据。

3-哌啶甲酸和四氢烟酸的4,4-二芳基-3-丁烯衍生物的三维定量构效关系(比较分子力场分析)研究(英文)

目的研究 3 哌啶甲酸和四氢烟酸的 4 ,4 二芳基 3 丁烯衍生物结构和对γ 氨基丁酸摄取抑制活性之间的关系。方法使用三维定量构效关系 (3D QSAR)———比较分子场分析 (CoMFA)方法进行构效关系研究。结果交叉验证系数q2和非交叉验证系数r2 分别为 0 72 6和 0 986 ,方差比F为 117 5 6 2 ,标准估计误差 (SEE)为 0 0 6 2。结论这些数值表明所得的CoMFA模型有实际意义 ,并且对 3 哌啶甲酸和四氢烟酸的 4 ,4 二芳基 3 丁烯衍生物抑制活性具有较好的预测能力。

吡咯烷类胞液型磷脂酶A2抑制剂的比较分子力场分析

胞液型磷脂酶A2能引发关节炎,针对胞液型磷脂酶A2的抑制剂有可能成为治疗关节炎的特效药,因此引起了广泛的关注.文章对于吡咯烷类胞液型磷脂酶A2抑制剂进行了三维定量构效关系研究,利用比较分子力场分析构建了该类分子的定量构效关系,得到三维等值线图,为胞液型磷脂酶A2抑制剂的进一步改造提供了有益的启示.