家蝇GABA受体抑制剂的比较分子相似性指数分析模型研究

目的:寻找家蝇GABA 受体抑制剂的化学结构与生物活性之间的关系,为设计合成新的更高活性的家蝇GA-BA 受体抑制剂提供理论依据,从而为新农药的创制提供线索。方法:选择三类29个家蝇GABA 受体抑制剂,在SGI 工作站上,用SYBYL6.9软件,进行比较分析相似性指数分析。结果:模型的传统相关系数r^2=0.929,交叉验证系数q^2=0.713,F(4,24)=78.392,标准偏差S=0.273。结论:在CoMSIA 模型中,影响抑制剂活性的主要因素包括立体场,静电场和疏水场,对抑制剂的这些属性的合理设计可能增加抑制剂的生物活性。

用比较分子力场和比较分子相似性指数分析方法对氮蒽类化合物抗癌活性的三维定量构效关系研究(英文)

用比较分子力场(CoMFA)和比较分子相似性指数分析方法(CoMSIA)对一系列与DNA结合的氮蒽类化合物的潜在抗癌活性进行了3D定量构效关系的研究,对模型中的一些参数进行了优化以期得到最好的三维定量构效关系模型,优化结果显示用CoMSIA构建的模型优于用CoMFA构建的模型．通过CoMSIA分析,用训练集所建立的模型有较好的统计性(20个化合物,q2=0．666,r2=0．916),测试集化合物的预测活性与实验值有很好的一致性．本文还给出了主要分子力场的等势线图．

比较分子相似性指数分析(CoMSIA)用于皮质类固醇化合物的研究

比较分子相似性指数分析(CoMSIA)方法用于皮质类固醇类化合物的3D-QSAR研究,较系统地分析了立体场、静电场、疏水场、氢键受体场与氢键配体场及其协同作用对皮质类固醇化合物与人体CBG亲合力的贡献,并建立相应的3D-QSAR模型.研究结果表明,使用静电场与立体场协同作用建立的3D-QSAR模型(r2=0.995,q2=0.882),对该类化合物具有良好预测能力.通过静电场、立体场等值面可直观分析到叠合分子周围的各种作用对化合物与CBG间亲合力的影响,对皮质类固醇类化合物的结构改造具有指导作用.

三种方法构建鼻咽癌患者营养指数模型的比较分析及其截断点确定

目的比较三种方法构建鼻咽癌患者的营养指数模型,确定各模型的最佳截断点。方法调查326例鼻咽癌患者的营养状况及生存质量并进行放射敏感性评估,采用主成分分析、独立性权数法和哑变量分析法建立三种营养指数模型;运用ROC曲线评价各模型预测患者生存质量及放射敏感性的能力并确定各模型的最佳截断点。结果在预测患者生存质量时,主成分分析法、独立性权数法和哑变量分析法构建的营养指数模型ROC曲线下面积分别为0.75、0.72和0.68,差异均无统计学意义;在预测患者放射敏感性时,三种方法的营养指数模型ROC曲线下面积分别为0.77、0.70和0.73,差异均无统计学意义。三种方法构建的营养指数模型的营养不良截断点分别为12.1、65.3和6.0。结论三种模型预测生存质量及放射敏感性的能力相同,哑变量分析法构建的营养指数模型最为简便,更适于临床推广。

基于球极坐标划分的蛋白质结构相似性比较

为了指导新药探索,减少耗费过高的实验次数,需要有一个准确、快速的分子相似性判定方法来选择待比较的分子.为此提出一种蛋白质结构相似性比较方法,使用空间球极坐标3个分量划分蛋白质所在区域,得到蛋白质基本组成元素的空间密度特征,进而判定2个蛋白质结构的相似性.实验结果表明,该方法可作为各种结构蛋白质相似性比较的辅助手段,不仅能较好地反映蛋白质分子的空间结构特征,而且还有令人满意的时间复杂性,对大分子的相似性比较及进一步分类将有重要意义.

基于对齐的生物序列相似性分析

生物序列相似性(或差异性)分析是生物信息学研究的一种重要的方法。其中基于对齐的生物序列相似性分析方法,重点介绍基于隐马尔可夫模型的比较方法,并比较基于对齐的各种生物序列分析方法的优缺点。

基于PMC指数模型的边境旅游政策综合量化评价与比较研究——来自广西和内蒙古两个自治区的案例

以广西、内蒙古两个自治区边境旅游政策为研究对象,选取1989—2019年国家层面和两个自治区级层面所涉及的边境旅游政策为研究样本,构建边境旅游政策三维分析框架,并引入PMC指数模型对其边境旅游政策进行系统性量化评价和比较分析。结果表明:(1)边境旅游专项政策均较少,文件形式以规范性文件居多;(2)边境旅游政策工具呈现环境型>供给型>需求型特征,政策工具结构明显失衡;(3)边境旅游政策力度以2009年为节点表现出明显的阶段性特征;(4)在政策指标得分方面两个自治区存在差异,尤以激励方式和交流合作指标得分差异最为显著;(5)国家和地方层面的边境旅游政策力度存在区别,但PMC指数评分没有明显差异。

比较分析法在科学概念模型规律教学中的运用

在新课程教学中运用比较分析法对学生理解科学概念、认知模型、掌握规律都具有比较好的效果．运用比较分析法可以使学生容易接受知识，可以更好地渗透科学思维，更好地体会科学方法．本文就初中科学中分子模型、复分解反应、腐败、内能、自由落体等知识如何运用比较分析法进行教学作了一些整理．

ERIC-PCR分子杂交技术分析大熊猫肠道菌群结构

目的 了解大熊猫肠道微生物区系结构的相似性和稳定性,并找出大熊猫肠道微生物群落结构的变化与健康状况的关系。方法 对上海动物园及上海野生动物园所饲养的3只大熊猫2次采集的粪便样品进行微生物群落总DNA的抽提,并以此为模板获得反映肠道微生物群落结构特征的ERIC- PCR和Southern杂交指纹图谱,比较各DNA样品指纹图谱的相似性指数。结果 除国庆(大熊猫)的第1次采集的样品(当时处于腹泻状态) ,其他各DNA样品的ERIC- PCR及Southern杂交指纹图谱的相似性都达到85 %～10 0 % ;佳斯及川川(大熊猫) 2个个体2次采集的样品之间ERIC指纹图谱的相似性分别为93%和87% ,而国庆腹泻时的样品与健康时的样品之间则为71%。结论 大熊猫不同个体之间肠道微生物群落结构比较相似,而且同一个体在不同时期表现出比较高的稳定性,但当个体的健康出现问题时肠道优势菌菌群结构有一定波动。所采用的DNA提取方法、ERIC- PCR和Southern杂交指纹图谱的高度重复性证明了之一分子生态学技术在大熊猫肠道微生物区系动态监测中的可行性。

分子对接结合比较分子相似性指数分析用于雌激素类化合物活性预测和分子机理研究

雌激素类化合物通过干扰人和野生动物正常内分泌的功能,对人和野生动物的健康产生严重的负面影响.对雌激素类化合物雌激素活性的分子机理和活性预测一直受到广泛的关注.以44个结构差异较大的化合物为研究对象,发展了基于雌激素受体(α亚型)结构的比较分子相似性指数分析方法(COMSIA),研究雌激素类化合物结构与活性的关系,对雌激素化合物活性进行预测,建立了相关性显著、预测能力强的定量模型(R2=0.965,Q2LOO=0.599,R2pred=0.825).并且阐明了影响化合物雌激素活性的分子结构特征,揭示了受体结合腔中起关键作用的氨基酸残基以及这些氨基酸残基与配体化合物作用的具体方式。

物流产业效率的影响因素与多元路径——基于31个省市区的模糊集定性比较分析

本文基于DEA-Malmquist指数模型,全面测度我国31个省市区物流产业效率,并运用模糊集定性比较分析法(fsQCA),从产业内外两个维度探讨区域物流产业效率高水平发展路径和关键影响因素。研究发现:高水平区域物流产业效率受产业内外多元因素联合作用,无法被单因素单独解释;高水平物流产业效率的条件组态可归纳为资本-产业型、开放性制度缺失型、非物流产业集聚型以及人力资本-产业结构-区域经济发展-信息化程度协同型4类。通过4条路径和替代效应分析,得出加大固定资产投资、提升制度的开放性是提高物流产业效率的重要途径。

山西省信息经济测定与比较分析

在信息化水平测度方法选择的基础上 ,对日本学者提出的信息化指数模型进行修正 ,以此分析了山西省信息化指数。

中国林产品生产侧碳排放量的测度与效应分解--基于多区域投入产出与结构分解分析模型

中国已成为林产品生产和贸易大国,承接全球价值链加工转移环节,在木材资源大量消耗和低效利用的同时也污染了环境,故有必要针对林产品生产侧碳排放进行测算与影响因素研究。文章选取中国1995-2018年“木材、木材家具制品和软木”和“纸浆、纸张和印刷品”两类木质林产品,构建多区域投入产出(MRIO)模型测算生产侧碳排放量,并运用结构分解分析(SDA)法考察其变化的影响因素。研究发现,1995-2010年两类林产品生产侧总碳排放量不断增长,加入世贸组织后外需排放占比却在下降,说明国民收入提升带来林产品内需排放的提高;而2011-2018年总排放量逐渐降低,外需排放占比却在上升,关键在于2011年碳交易点的设立间接推动林产品内需排放的下降;1995-2018年纸浆等的碳排放量远高于木材等的碳排放量。进一步发现比较碳指数大于1,中国林产品出口碳强度一直高于进口碳强度,说明其生产侧承担了较高碳排放量。结构分解的结果表明,总体上技术效应起主导的抑制作用,规模效应起主导的正向作用,并且贡献率大小接近,很大程度上实现相互抵消;结构效应贡献率最低,但对于总体上占比下降的纸浆、纸张和印刷品来说也发挥了一定程度的负效应。政策启示:在保证中国林产品贸易经济效益的同时,适当调整林产品出口规模,更需注重技术水平的提高,推进林产品产业升级。

噻吩并[3,2-d]嘧啶-6-甲酰胺类SIRT1~3抑制剂的3D-QSAR模型建立及初步分析

目的选取33个噻吩并[3,2-d]嘧啶-6-甲酰胺类SIRT1~3抑制剂,进行三维定量构效关系（3D-QSAR）研究,为筛选高活性SIRT1~3抑制剂的研究奠定基础。方法通过2种经典的比较分子力场分析（Co MFA）法和比较分子相似性指数分析（Co MSIA）法,针对SIRT1~3抑制剂依次建立3组3D-QSAR模型,进行构效关系研究。结果 Co MFA模型交叉验证系数q2分别为0.814、0.833、0.726,相关系数r2分别为0.999、1.000、0.981;Co MSIA模型q2分别为0.716、0.785、0.608,r2分别为0.924、0.990、0.962。结论 3组3D-QSAR模型均具有较好预测能力和较强稳定性,可为SIRT1~3抑制剂的设计和筛选提供可靠的理论依据。

利用CoMFA和CoMSIA对氟乐灵抗体识别特异性进行3D-QSAR分析

为了探究氟乐灵多克隆抗体PcAb-2C识别特异性与药物分子三维结构的定量关系,利用PcAb-2C的交叉反应数据,选取比较分子力场分析法(CoMFA),比较分子相似指数法(CoMSIA)进行三维定量构效关系(3D-QSAR)研究,并建立相应的模型。结果表明:CoMFA模型的交叉验证系数(r_(cv)^(2))为0.497,非交叉验证系数(r_(ncv)^(2))为0.999;CoMSIA模型的交叉验证系数(r_(cv)^(2))为0.498,非交叉验证系数(r_(ncv)^(2))为0.979。CoMFA模型中立体场和静电场的贡献值分别为63.10%和36.90%,CoMSIA模型中疏水场、静电场和立体场的贡献值分别为54.90%、38.40%和6.70%。各力场的贡献比例表明基团的疏水作用对化合物影响较大,推测出抗原疏水性的增强特别是N,N-二丙基部位的疏水性增强,有利于诱导出亲和力更强的抗体,为设计氟乐灵半抗原提供了信息。

HLA-A*0201限制性CTL表位肽的分子力场分析

运用比较分子力场(CoMFA)和比较相似性指数分析(CoMSIA)方法研究了50个HLA-A* 0201限制性CTL表位九肽结构与亲和性间的关系,另外15个表位九肽作为预测集用于检验模型的预测能力。结果表明,采用CoMSIA得到的构效关系模型(q2 =0.608,r2 =0.987,F=440.4,SD=0. 111)要明显优于采用CoMFA得到的构效关系模型。在CoMSIA计算中,当引入疏水场时,三维构效关系模型得到明显改善,通过该三维构效关系模型,可较精确地估算预测集中15个CTL表位肽与HLA-A* 0201间的亲和力(r2pred=0. 703,SD=0. 368)。通过分析分子场等势面图在空间的分布,可以观察到表位肽分子周围的立体及疏水特征对表位肽与HLA-A* 0201间结合亲和力的影响,从而为进一步对CTL表位肽进行结构改造并基于此进行治疗性疫苗分子设计提供理论基础。

新磺酰脲类化合物除草活性的3D-QSAR分析

用比较分子力场分析(CoMFA)方法和比较分子相似性指数分析(CoMSIA)方法对所合成的新磺酰脲类化合物的除草活性进行了较为系统的3D-QSAR分析.两种方法所建立的模型对化合物的除草活性预测能力均较好,所得三维等值线图为合成高活性的化合物能提供指导作用.

含氮杂环类润滑油添加剂CoMFA-QSTR及CoMSIA-QSTR抗磨损性能模型的构建

依据摩擦学定量构效关系理论(QSTR),采用比较分子力场分析(CoMFA)和比较分子相似性指数分析(CoMSIA)这两种方法研究了含氮杂环类润滑油添加剂的抗磨损性能的摩擦学三维定量构效关系(3D-QSTR),并建立了相应的3D-QSTR模型.结果表明:仅利用静电场构建CoMFA或CoMSIA模型时,模型预测能力最好,r^2,q^2均大于0.5.根据CoMFA或CoMSIA模型等高线图分析得出:分子静电场对含氮杂环类润滑油添加剂的抗磨损性能影响最大,在特定区域的引入带负电荷或带正电荷的基团将有助于抗磨性能的提高.

五元杂环并嘧啶类胸苷酸合成酶抑制剂的构效关系和分子对接

用比较分子场分析法(CoMFA)和比较分子相似性指数分析法(CoMSIA)研究了38个五元杂环并嘧啶衍生物类胸苷酸合成酶抑制剂的三维定量构效关系(3D-QSAR),建立了相关预测模型.CoMFA和CoMSIA模型的交互验证相关系数q^2分别为0.662和0.672、非交互验证相关系数R^2分别为0.921和0.884、外部交互验证相关系数Q_(ext^2)分别为0.85和0.81.分子对接得到的结合模式与三维定量构效关系得到的结果一致.结果表明这两种模型都具有良好的预测能力,可应用于指导化合物的设计和结构修饰,为进一步设计新型胸苷酸合成酶抑制剂提供了理论依据.