比较基因组杂交技术分析食管鳞状细胞癌遗传变异及PPFIA1异常表达的临床意义

目的分析食管鳞状细胞癌中基因组的遗传学变异特征,探讨异常扩增基因PPFIA1与临床病理参数及预后的相关性。方法选取2014年3月—2014年7月新疆医科大学第一附属医院食管鳞状细胞癌患者手术切除的6对肿瘤组织及癌旁正常组织。采用比较基因组杂交技术(CGH)检测食管鳞状细胞癌患者基因组遗传学变化,免疫组织化学法检测异常扩增基因PPFIA1在食管鳞状细胞癌中的表达水平,分析PPFIA1基因与食管鳞状细胞癌病理参数及预后的相关性。结果CGH分析结果发现食管鳞状细胞癌患者中5号染色体p15.33和11号染色体的q13.3和q22.1变异较大。食管癌组织PPFIA1阳性表达率高于癌旁组织(P<0.05)。不同临床分期、淋巴结转移食管癌患者的PPFIA1高表达率比较,差异有统计学意义(P<0.05),临床分期越高PPFIA1的阳性表达率也越高,淋巴结有转移的患者PPFIA1的阳性表达率高于无淋巴结转移的患者。而不同性别、年龄、病理分级、分化类型、肿瘤大小、浸润深度食管癌患者的PPFIA1高表达率比较,差异无统计学意义(P>0.05)。PPFIA1高表达与低表达患者生存曲线比较,差异有统计学意义(P<0.05),PPFIA1高表达患者生存期较短,预后较差。结论食管鳞状细胞癌中11q13.3变异较大,PPFIA1基因可能在食管鳞状细胞癌的转移和预后中起一定作用。

喉癌的比较基因组杂交研究

寻找与喉癌发生进展的相关基因 ,应用比较基因组杂交技术分析了 18例喉癌患者。结果显示 ,每例喉癌细胞染色体均有不同程度的变化 ,包括染色体全部或部分的扩增或丢失。平均每例有 12 9处异常区域 ,丢失多于扩增 ,分别为每例 7 2处和 5 7处。主要为 3q(78% )、5 p(6 1% )、11q(5 6 % )、1q(5 0 % )、8p(4 4 % )、8q(39% )和 15q(39% )的扩增 ;3p(70 % )、5 q(78% )、9p(6 7% )、13q(5 0 % )、1p(4 4 % )和 14q(39% )的丢失。有多条染色体区带上出现特异的扩增或丢失 ,特别是 1p13 2 1(8/ 18)、3p2 1 2 3(14 / 18)、5 p2 1 2 2 (14 / 18)、9p12 pter(10 / 18)和 13q2 1 31(8/18)的拷贝数增加明显 ,而 1q11 2 1(11/ 18)、3q15 2 1(12 / 18)、8p2 2 2 4 (6 / 18)、11q12 13(8/ 18)、15q2 1 2 3(7/ 18)和18p11(8/ 18)区域的丢失为喉癌的特征性变化 ,说明这些区域中存在与喉癌发生发展密切相关的癌基因。

微阵列比较基因组杂交技术在多发畸形中的临床应用研究

目的将微阵列比较基因组杂交技术用于多发畸形胎儿的分子遗传学分析,并探讨其在辅助常规染色体核型分析中的价值。方法选择2012年2月-2015年5月在解放军总医院产前诊断中心超声诊断为胎儿全身多发畸形的妊娠妇女31例,孕妇年龄20~37岁,孕周21~27周。在超声引导下获取羊水或脐血,再行常规染色体核型分析和微阵列比较基因组杂交检测。结果 31例多发畸形脐血样本均进行了G显带染色体核型分析和微阵列比较基因组杂交检测。染色体核型分析中4例培养失败,1例无核分裂象,培养成功的26例中染色体核型分析正常者23例,异常3例,核型异常率为11.54%（3/26）。微阵列比较基因组杂交检测中有4例未发现致病性染色体缺失/重复,21例发现了微缺失和微重复,但均为染色体多态性,不具有致病性,6例检查异常,异常率19.35%（6/31）。结论微阵列比较基因组杂交技术具有分辨率高、覆盖广泛的优势,不仅弥补了培养失败和细胞活力不够无法进行常规染色体核型分析的缺陷,还能从亚显微结构发现缺失和重复,对于畸形原因的分析和解释提供了重要依据。

微阵列比较基因组杂交技术检测不明原因智力低下/发育迟缓患儿的基因组拷贝数变异

目的应用高分辨微阵列比较基因组杂交技术(Array-CGH),对中国人群不明原因的智力低下/发育迟缓(MR/DD)患儿进行全基因组拷贝数变异(CNVs)筛查,获得在这些不明原因MR/DD患儿中CNVs的检出率,并分析其中的罕见CNVs与MR/DD的相关性,以此评估Array-CGH对不明原因MR/DD可能的遗传病因诊断作用。方法根据特定筛选条件收集在首都儿科研究所临床诊断为不明原因MR/DD患儿,用Oligo244KDNA芯片筛查全基因组CNVs。针对所发现的CNVs,首先将其与国际基因组CNVs多态性数据库(databaseofgenomicvariants)进行比对,剔除常见多态性CNVs,将获得的罕见CNVs应用美国波士顿儿童医院遗传诊断实验室的临床分子诊断平台,结合基因组异常拷贝数数据库(DECIPHER)进行核查并与既往相关文献比对,以发现罕见CNVs在不明原因MR/DD患儿中的检出率。结果2004年7月至2008年7月共收集111例不明原因MR/DD患儿,平均年龄为6岁,男女比例为1.775。28例患儿发现36个罕见CNVs,CNVs平均长度为1326kb(29～8760kb),这些CNVs均无法被常规染色体G带检查所识别。通过评估,19例患儿携带可能与MR/DD相关的CNVs,另1例患儿的CNVs临床意义不明确,Array-CGH在不明原因MR/DD患儿中发现携带与疾病相关的罕见CNVs的诊断率为17.1%(19/111例)。22/36个(66.1%)罕见CNVs曾被美国波士顿儿童医院Array-CGH数据库、DECIPHER数据库、既往MR/DD微阵列研究文献所报道。1例患儿在15q11.2-13.1存在2098kb的基因组缺失,覆盖Prader-Willi综合征/Angelman综合征关键区的多个候选基因,包括SNRPN、NECDIN、SnRNAs和UBE3A,结合该患儿面部表型、临床检查以及Array-CGH结果,诊断为非典型性Prader-Willi综合征。结论基因组CNVs相关的微缺失/重复是中国人群中不明原因MR/DD患儿的原因之一,高分辨Array-CGH技术可在不明原因MR/DD患儿中发现更多的遗传病因,帮助和提高不明原因MR/DD的分子诊断水平。

羊水细胞染色体核型分析和微列阵比较基因组杂交技术验证无创产前检测的临床意义

目的:探讨羊水细胞染色体核型分析技术和微列阵比较基因组杂交技术(array-CGH)验证无创产前检测(NIPT)的临床意义。方法:对NIPT提示信号异常的95例孕妇行羊膜腔穿刺术,抽取羊水进行培养后行染色体核型分析验证其符合率;同时对提示除外21-三体、18-三体、13-三体的常染色体异常(即其他常染色体异常)的患者行array-CGH分析,验证其符合率。结果:NIPT提示21-三体高风险的染色体核型分析符合率86.96%(40/46);18-三体的染色体核型分析符合率76.92%(10/13);13-三体染色体核型分析符合率0(0/2)。性染色体核型分析的符合率50.00%(9/18),其中1例性染色体异常的染色体核型分析为46,XX,del(Xq23-25),行array-CGH验证,提示为X染色体该区带11.9 M的片段缺失。其他常染色体异常的染色体核型分析符合率12.50%(2/16),其array-CGH验证的符合率25.00(4/16)。结论:NIPT的结果需要验证,经典的羊水细胞染色体核型分析技术可以验证胎儿染色体数目和结构异常,array-CGH可以验证微缺失或者微重复,分辨率更高。

应用微阵列比较基因组杂交技术产前检测室间隔缺损胎儿2p16.3微缺失的临床研究

目的了解心脏室间隔缺损胎儿基因组拷贝数变化,寻找其致病的遗传学基础,探讨微阵列基因组杂交技术在产前诊断中应用的可行性。方法用G显带核型分析技术分析胎儿及其父母外周血染色体,用微阵列比较基因组杂交技术(ArrayCGH)进行患儿及其父母DNA拷贝数变异分析,经数据库比对和文献分析明确异常缺失区域的病理意义。结果患儿父母外周血染色体核型分析未见异常;Array-CGH检测患儿发现染色体2p16.3区存在640×103 bp的缺失,15q11区存在2 028×103 bp的缺失,20p13区存在535×103 bp的重复。结论经查数据库及相关文献发现染色体2p16.3区域微缺失可能与胎儿室间隔缺损相关。

鼻咽癌转移相关基因的比较基因组杂交和cDNA微阵列研究

为筛选在鼻咽癌转移中起重要作用的基因 ,应用比较基因组杂交 (CGH)和cDNA微阵列方法研究成瘤和转移能力不同的鼻咽癌细胞株 6 10B和 5 8F .CGH结果显示 ,2种细胞株在 5p、7q、8p、9q、11p、12q和 17p的一定区域存在差异性扩增 ,在 2q存在差异性缺失 ;cDNA微阵列显示 ,相对于非转移性 6 10B细胞株 ,高转移性 5 8F细胞表现一些基因表达的上调及下调 。

利用微阵列比较基因组杂交技术检测多发性骨髓瘤的遗传学异常

目的:利用微阵列比较基因组杂交技术分析初诊多发性骨髓瘤(MM)患者的遗传学异常,探讨其在MM遗传学异常检测中的应用价值。方法:对20例初发MM患者,利用CytoScan 750K芯片对其骨髓细胞进行全基因组拷贝数变异分析;另外通过骨髓细胞染色体核型分析及利用多个荧光探针(D13S319、RB1、p53、1q21、IgH、IgH/CCND1、IgH/FGFR3、IgH/MAF、IgH/MAFB)FISH检测骨髓细胞的染色体异常。结果:20例MM患者中,染色体核型异常者3例(15%);FISH检测染色体异常13例(65%),而芯片检出18例(90%)患者具有染色体拷贝数异常(CNV),包括拷贝数增加(106个)、拷贝数缺失(156个)以及单亲二倍体(23个),除了5号、9号、18号、21号以及Y染色体未发现CNV外,其余染色体上均包含不同数量的拷贝数增加和/或缺失。FISH和芯片检测比较显示,13号染色体缺失(D13S319、RB1)发生率分别为35%(7/20)和40%(8/20);1q21扩增分别为40%(8/20)和50%(10/20);P53缺失均为15%(3/20);FISH检出IgH重排阳性8例,芯片检出4例11q13(CCND1基因)扩增,3例16q23(MAF基因)扩增,1例4p16(FGFR3基因)扩增,2例20q12(MAFB基因)扩增。另外,芯片还可以发现了新的如7号、8号、12号、X等染色体异常。结论:半数以上MM患者都存在染色体改变,而且大部分均为复杂异常,利用微阵列芯片可以提高染色体异常的检出率,为MM预后判断提供更多的分子遗传学信息。

河南林州食管癌家族史阳性患者比较基因组杂交特征

目的探讨河南食管癌高发区食管癌家族史阳性患者基因组变化特征。方法应用比较基因组杂交技术分析13例食管癌家族史阳性和32例食管癌家族史阴性患者染色体基因组变化。结果10q染色体部位DNA拷贝数扩增在食管癌家族史阳性患者为23%(3/13)而食管癌家族史阴性患者中无发生(P<0.05)。15q染色体部位DNA拷贝数丢失在食管癌家族史阳性为38%(5/13),明显高于食管癌家族史阴性的6%(2/32)(P<0.05)。3q、8q、7p、5p等染色体部位DNA拷贝数增加和3p、19q、9q等染色体部位DNA拷贝数丢失在食管癌家族史阳性和阴性患者中发生率均超过20%(P>0.05)。结论10q、15q可能存在与食管癌遗传高易感性相关的关键基因,而3q、8q、7p、5p、3p、19q、9q等可能存在与环境因素相关的食管癌关键基因。

微阵列比较基因组杂交分析18等臂双着丝粒染色体胎儿全基因组拷贝数变化

目的了解18q等臂双着丝粒染色体[idic(18)(p11→qter)]胎儿全基因组拷贝数变化的情况,确定idic(18)(p11→qter)的结构和组成,探讨微阵列比较基因组杂交在分子细胞遗传诊断中运用的可行性和优越性。方法运用微阵列比较基因组杂交芯片对一被传统G显带和荧光原位杂交诊断为idic(18)(p11→qter)的胎儿进行全基因组高分辨率扫描和分析。结果微阵列比较基因组杂交显示胎儿存在18p11.21→pter缺失、18p11.21→qter复制,断裂点位于12 104 527～12 145 199(距离18p端粒),确定idic(18)(p11→qter)是idic(18)(p11.21→qter)。另外,还检测出了21个亚显微拷贝数变化。结论与传统的细胞遗传分析方法相比,微阵列比较基因组杂交不仅能准确、高分辨率和高通量地检测出基因组拷贝数变化,还能高分辨率地确定拷贝数变化的断裂点。

微阵列比较基因组杂交用于智力低下和发育迟缓伴2q37微缺失患儿的分子诊断

目的寻找1例生长发育迟缓(development delay,DD)、智力低下(mental retardation,MR)患儿潜在的致病性基因组不平衡(genomic imbalance),分析其与表型的相关性;探讨高密度微阵列比较基因组杂交技术(array-based comparative genomichybridization,array-CGH)在临床分子遗传学诊断中的应用价值。方法用array-CGH技术对患儿进行全基因组高分辨率扫描分析,并用多重连接探针扩增技术(multiplex ligation-dependent probe amplification,MLPA)对新发现的基因组不平衡进行验证。结果该患儿外周血细胞G显带核型未见异常,array-CGH结果发现患儿2号染色体末端存在1个亚显微结构微缺失del(2q37.1-37.3,-9.3 Mb)。MLPA结果也验证了患儿该缺失区域的存在,患儿的基因组不平衡为新发的,但患儿父母该区域未见异常。文献查询与表型基因型分析证实了该缺失具有病理性意义。结论新发现的Del(2q37.1-37.3,-9.3Mb)是该患儿真正的致病原因;array-CGH技术在MR/DD患儿的分子遗传学诊断中具有重要价值。

经寡核苷酸微阵列比较基因组杂交技术证实的12号染色体短臂中间缺失的病例报告及文献复习

目的 12号染色体短臂中间缺失是罕见的。文中报道1例智力低下,身材矮小,界限性高血压和短指趾畸形的女性患儿经寡核苷酸微阵列比较基因组杂交(oligonucleotide array-based comparative genomic hybridization,OaCGH)技术证实位于12号染色体的p12.2—p11.21区域有11.47Mb中间缺失。方法对患儿进行G显带高分辨染色体核型分析,多色荧光原位杂交及寡核苷酸微阵列比较基因组杂交分析。结果高分辨核型疑12p11.2中间缺失,经多色荧光原位杂交检测未发现有易位存在。寡核苷酸微阵列比较基因组杂交技术显示在12p12.2—p11.21有11.47Mb的缺失,确定患儿核型为46,XX,del(12)(p11.21p12.2).arrcgh12p11.21p12.2(PDE3A->BICD1)×1。在该缺失的区域有注释的基因71个。结论患者特有的表型包括智力低下、界限性高血压、身材矮小和短指趾畸形等均是该区域内基因缺失的结果 。

髓母细胞瘤比较基因组杂交分析及ERBB-2异常表达的意义

目的研究髓母细胞瘤全基因组的遗传学异常,探讨癌基因的异常表达在髓母细胞瘤发病机制中的作用以及与预后的关系。方法应用比较基因组杂交(comparativegenomichybridization,CGH)技术检测14例髓母细胞瘤全基因组的遗传学改变;同时,在扩大系列的29例髓母细胞瘤中,应用荧光原位杂交(fluorescenceinsituhybridization,FISH)和免疫组化染色分别检测ERBB2在基因水平和蛋白水平的表达。结果(1)CGH结果显示,在所有14例髓母细胞瘤标本中,每一条染色体臂上都检测到了染色体的失衡(获得或丢失),最常见的染色体异常为17q(85.7%)和7q(35.7%)的获得,以及8p(50%)、16q(28.6%)和17p(35.7%)的丢失;(2)FISH检测中,44.5%(13/29例)的肿瘤细胞有ERBB2基因的异常表达;(3)免疫组化结果显示,37.9%(11/29例)的病例有抗体cerbB2的阳性表达;(4)在预后较差的16例患者中,56%(9/16例)的病例有ERBB2的过度表达。结论CGH研究发现了髓母细胞瘤全基因组的染色体失衡。在染色体17q特异性位点上ERBB2基因的异常改变很可能在髓母细胞瘤的发病机制中起着重要的作用,其过度表达与患者的预后密切相关。

鼻咽癌的比较基因组杂交研究

目的 :研究鼻咽癌的遗传变异特性。方法 :采用激光微切割技术分离鼻咽癌细胞DNA ,用比较基因组杂交检测 6例鼻咽癌组织。结果 :6q1 2 2 2、8q染色体区域的扩增 ,染色体 1 1 q2 3 2 4、1 3q基因缺失。 结论 :鼻咽癌具有染色体变异 ,其中 6q1 2 2 2、8q、1 1 q2 3 2 4和 1

应用比较基因组杂交技术研究外阴鳞癌组织的遗传变异

背景与目的:外阴鳞状细胞癌约占女性外阴恶性肿瘤的80%～90%。但有关其遗传学研究却不多,本研究采用比较基因组杂交(comparative genomic hybridization,CGH)技术分析外阴鳞癌组织的遗传变异,了解其遗传改变的特征。以期发现外阴鳞癌相关基因。方法:应用CGH技术检测21例外阴鳞癌基因组的不平衡性即其DNA的扩增或丢失。结果:外阴鳞癌常见的扩增染色体是3q,8q,12q。常见的丢失染色体是4p和3p。结论:外阴鳞癌细胞中存在多条染色体拷贝数的改变,由此引起相应癌基因的扩增和抑癌基因的丢失可能参与了外阴鳞癌的发生、发展。

星形细胞起源肿瘤的比较基因组杂交研究及其新进展

胶质瘤是人中枢神经系统中最常见的肿瘤，并且多数为星形细胞起源肿瘤。因该类肿瘤生长部位特殊以及多数呈浸润性生长。手术不易全部切除，目前采用的手术切除辅以放射治疗与化疗的综合治疗方法疗效仍不理想，预后普遍较差。即使是组织病理学分类属于同一类型和级别的胶质瘤，对放射治疗和化疗的反应、肿瘤进展速度、

203例B超异常胎儿的染色体核型及微阵列比较基因组杂交技术检测结果分析

目的:探讨传统染色体核型分析联合微阵列比较基因组杂交技术(array-CGH)在孕中期B超异常的胎儿产前诊断中的应用价值。方法:选取2018年7月2日至2019年4月16日在广西玉林市妇幼保健院就诊的孕中期B超提示异常的孕妇203例,采集羊水标本,进行传统G显带染色体核型分析,并同时采用array-CGH技术对羊水DNA的全基因组拷贝数变异(CNV)进行检测。比较G显带染色体核型分析和array-CGH检测结果。结果:染色体核型分析技术共检出21例异常核型(包括结构异常及数目异常),染色体异常检出率为10. 34%;array-CGH技术共检出43例异常核型(其中14例为α地中海贫血),染色体异常检出率为21. 18%,但另有3例异常核型array-CGH漏检为正常。不同B超异常项目数的孕妇的胎儿array-CGH染色体异常检出率比较,差异有统计学意义(P<0. 001)。结论:array-CGH技术可作为产前超声异常胎儿遗传学检测的首选诊断方法,但联合传统染色体核型分析可进一步提高染色体异常检出率与准确率。

原发性肺癌染色体比较基因组杂交研究

目的分析原发性肺癌不同病理分类(鳞癌、腺癌和其他类型原发性肺癌)的遗传物质不平衡特征,为寻找肺癌发生发展相关基因、揭示肺癌发病机制提供线索。方法应用比较基因组杂交技术分析55例原发性肺癌患者肿瘤细胞染色体,按病理分类分为鳞状细胞癌组24例(鳞癌组),腺癌13例(腺癌组),其他组18例(腺鳞癌5例、细支气管肺泡癌8例、小细胞癌4例及非典型类癌1例),正常外周血淋巴细胞染色体DNA标本由20名健康男性志愿者提供。结果原发性肺癌鳞癌组常见染色体扩增区是2Q、5P、11Q、22Q,常见缺失区是1P、4Q、5Q、6Q、8P、9P、10Q、11P、13Q、18Q、21Q。腺癌组常见扩增区是5P、8Q、11Q,常见缺失区是10P、19。其他组中,腺鳞癌、肺泡细胞癌、小细胞癌等各有不同。结论原发性肺癌不同病理分型存在广泛的遗传物质不平衡现象,染色体基因扩增和缺失可能是不同类型肺癌发生发展的基础。

比较基因组杂交技术:贲门癌和淋巴结转移灶的染色体变化特征

目的:探测河南食管贲门癌高发区居民贲门癌及其淋巴结转移灶中染色体基因组的变化特征,为进一步筛选与贲门癌变和淋巴结转移相关基因提供理论依据和范围. 方法:应用比较基因组杂交技术(comparative genomic hybridization,CGH)来分析原发性贲门癌患者30例及其相应淋巴结转移灶7例中染色体基因组的变化. 结果:在贲门癌30个样本中总共有126增加和117丢失:每例患者平均DNA拷贝数的增加和丢失分别为4.2 和3.9.染色体基因组增加频率最高的是20q(43%),其次为6q(40%),8q(37%),7p(27%),6p(33%),7q(33%), 1q(30%),13q(23%),11q(20%)和5p(20%).染色体基因组丢失频率最高的是17p(57%),其他为19q(50%), 1p(47%),3p(30%)和4p(20%).在贲门癌淋巴结转移灶7例中,总共有75增加和58个丢失,平均DNA 拷贝数的增加和丢失分别为10.7和8.3.染色体增加为8q(5/7),20(4/7)和1q,2p,3q,6,7,11P11- q13,11q14-q23,13(均为3/7),染色体的丢失为9p13-qter(4/7),4(3/7)和1pter-1q33,7p12-qter, 16p,17p,18(均为2/7). 结论:20q,6q,8q,7p,6p,7q,1q,13q,11q, 5p的染色体基因组增加和17p,19q,1P,3p,4p 的丢失与贲门癌相关,而8q,20的增加和9p13-qter, 4Pq的丢失可能与贲门癌的淋巴结转移相关.