甘蓝型油菜BnEOD3基因克隆与比较测序分析

【目的】克隆拟南芥籽粒大小发育母体效应基因EOD3在甘蓝型油菜籽粒中表达的同源基因拷贝,并在大、小籽粒材料间开展序列比较分析。【方法】以1份大籽粒与1份小籽粒种质发育中的籽粒为研究材料,利用RT-PCR克隆发育中籽粒表达的BnEOD3基因拷贝,结合生物信息学手段在大、小籽粒材料间进行差异比较分析。【结果】生物信息学分析发现BnEOD3基因在甘蓝型油菜中有4个同源拷贝(BnaC04g00760D,BnaA05g01200D,BnaC04g50960D,BnaA04g27100D)。其中BnaA04g27100D在大、小籽粒材料发育籽粒中均有表达,且在第114碱基处存在SNP变异(大籽粒为C,小籽粒为G),BnaC04g50960D则仅在小籽粒材料中检测到表达,BnaC04g00760D与BnaA05g01200D基因则在大、小籽粒中均未检测到表达。【结论】BnEOD3基因仅有2个拷贝(BnaA04g27100D和BnaC04g50960D)在发育籽粒中检测到表达,其中BnaA04g27100D在第114碱基处的SNP变异导致氨基酸序列甘氨酸(G)与丙氨酸(A)的氨基酸的差异,可能与大、小籽粒性状有关。

一株腮腺炎野毒分离传代前后其SH基因cDNA的测序比较

为证实鸡胚分离传代是否引起腮腺炎病毒基因组高变区小疏水蛋白（ＳＨ）基因的变异，用来源于上海的腮腺炎野毒Ｗｓｈ３株在鸡胚尿囊腔分离前和传代５次后测定ＳＨ基因及其旁侧区３８０个核苷酸的ｃＤＮＡ序列，两者结果相同，未见该基因的突变。该基因核苷酸测序可用于腮腺炎病毒的分子流行病学和毒株基因鉴别研究。

甘蓝型油菜BnGS3和BnGhd7的同源克隆及其与油菜产量相关性状的关系

甘蓝型油菜为异源四倍体,基因组结构复杂,而水稻基因组与油菜基因组具有一定的共线性。本研究利用水稻产量相关基因GS3和Ghd7序列信息,通过同源克隆方法,获得了甘蓝型油菜的同源基因BnGS3和Bn Ghd7。BnGS3有6个外显子,ORF全长666 bp,编码222个氨基酸。BnGS3蛋白具有水稻GS3四个保守结构域中的VWF结构,属于A型。Bn Ghd7含有1个外显子,ORF全长1014 bp,编码337个氨基酸。Bn Ghd7蛋白具有N端的B-Box和C端的CCT两个重要的结构域。BnGS3和Bn Ghd7分别位于A2和A10连锁群,比较测序得到BnGS3的多态性标记brgs-16及Bn Ghd7的多态性标记brghd-3和ghd7-7,其中brghd-3与千粒重(P<0.05)、ghd7-7与株高(P<0.01)正相关,ghd7-7与开花期负相关(P<0.05)。上述结果表明,利用水稻功能基因序列信息克隆甘蓝型油菜的同源基因是可行的,为油菜功能基因研究提供了一种有效途径。

白菜型油菜srb多室性状的遗传分析与分子鉴定

油菜多室角果是一种高产相关性状,本研究对桑日白油菜(srb)多室性状的遗传调控机制进行研究。性状分析表明,该突变体具有稳定的多室角果表型,单株多室角果比例为94.7%~100.0%,每角果平均3.5个心皮。遗传上srb突变体中的多室性状受1对隐性核基因控制。比较测序分析发现,srb中BrCLV3基因的CLE motif中存在一种新的单核苷酸突变(C/G),可导致其保守结构域的第12位组氨酸突变为天冬氨酸,将该位点命名为Brclv3Asp12。利用SNP标记进行分离群体的鉴定,证实Brclv3Asp12中的C/G单核苷酸变异与多室表型共分离。转基因互补测验和体外多肽的处理试验进一步证实,该材料中控制多室性状位点Brclv3Asp12突变导致了CLV3多肽活性的减弱,是形成多室角果性状的原因。本研究初步阐明了白菜型油菜srb多室性状形成的机制。