外源硫诱导苦荞镉胁迫响应的比较转录组学分析

Cd(镉)含量超标是影响苦荞(Fagopyrum tararicum)安全生产的主要重金属污染。为揭示外源添加硫(S)对苦荞耐Cd胁迫影响的分子机理,通过比较转录组学分析手段,分析根施100 mg/kg(NH_(4))_(2)SO_(4)(S)处理与5 mg/kg CdCl_(2)(Cd)处理后苦荞叶片的差异表达基因及其功能。结果显示,共获得393983500条干净序列,鉴定到19875个基因,其中差异表达基因共有1760个。通过GO注释和KEGG pathway对这些差异表达基因进行分析表明,外源S添加增强谷胱甘肽还原酶途径,抑制氧化还原途径,并诱导水杨酸响应、脱落酸响应以及生长素响应途径应对Cd毒害。转录组数据鉴定到苦荞FtbHLH68受Cd+S处理特异诱导表达,模式植物拟南芥(Arabidopsis thaliana)同源基因突变体Atbhlh68表现出Cd+S处理缺陷表型,且Atbhlh68中叶绿素含量、净光合、GR活性和GSH活性变化均不响应Cd+S处理。研究结果揭示了苦荞响应Cd胁迫转录水平调控过程,阐明外源添加S增强植物抗Cd胁迫的分子机理,为外源S在苦荞抗Cd胁迫中的应用奠定理论基础并提供了作用靶点。

不同产羔数绵羊性腺轴比较转录组研究

试验通过对巴美肉羊性腺轴进行转录组分析,旨在挖掘影响多羔性状的关键功能基因。分别选取双羔组巴美肉羊5只、单羔组4只,利用转录组测序(RNA-Seq)技术对下丘脑、垂体、卵巢转录组文库进行测序,然后对得到的测序数据进行生物信息学分析。测序数据经过质量控制后,27个样品共得到112Gb的有效数据。差异基因分析表明,与单羔组相比,双羔组下丘脑中,上调表达基因111个,下调表达基因106个;垂体组织中,上调表达基因97个,下调表达基因142个;卵巢组织中,上调表达基因182个,下调表达基因67个。功能富集性分析表明,神经活性的配体-受体相互作用信号通路在下丘脑-垂体-卵巢性腺轴调控排卵及卵泡发育方面发挥着重要的调控作用。通过不同产羔数巴美肉羊性腺轴比较转录组研究,提供了全部的转录本信息,筛选了影响产羔数的相关功能基因,丰富和补充了绵羊基因组信息,为进一步阐明绵羊繁殖力差异的分子机制奠定基础。

款冬花不同发育阶段的代谢组学和比较转录组学分析

以不同发育阶段款冬花(发育初期、中期、中后期、解封期及花朵期)为对象,基于核磁共振的代谢组学技术,分析其次生代谢物种类及含量的合成累积规律,并进行高通量转录组学测序,从差异表达的基因中寻找次生代谢物生物合成的关联酶基因。代谢组学分析发现,款冬花不同发育阶段的次生代谢物代谢组成明显不同,苯丙素类成分在发育初期至中后期含量较高,之后逐渐降低;黄酮类成分(芦丁、山奈酚)在发育的各个阶段含量均有波动,但总体变化不大。转录组学分析结果显示,与苯丙素类成分生物合成相关的酶基因(COMT、HCT),随着花蕾的发育表达量逐渐降低;与黄酮类成分合成相关的酶基因(FLS、F3H、DFR),其表达量在不同阶段变化不大。转录组测序中的相关酶基因表达量同次生代谢物成分的变化趋势基本一致。本文采用的代谢组学和转录组学结合的方式,对款冬花的次生代谢物累积规律进行分析,为今后款冬花次生代谢物的生物合成调控研究奠定了基础。

基于比较转录组的水稻苗期耐冷相关基因BGIOSGA032296 TALEN基因组编辑技术构建

为了挖掘水稻苗期耐冷基因,基于比较转录组分析,参考公共数据库中的基因序列信息设计靶位点,对冷胁迫条件下东乡野生稻苗期下调表达耐冷相关基因BGIOSGA032296进行TALEN基因组编辑技术构建,克隆酶切鉴定和序列比对结果表明,BGIOSGA032296 TALEN敲除植物表达载体1301TALEN-032296构建成功,利用农杆菌介导法将TALEN敲除植物表达载体1301TALEN-032296转入水稻受体品种TP309,获得了17株转基因水稻植株,经潮霉素抗性标记基因和Fok I基因特异引物PCR检测,表明获得的转基因植株皆为携带1301TALEN-032296的阳性植株。该研究为水稻BGIOSGA032296基因后续耐冷表型鉴定奠定了前期基础。

海南油茶2个优良单株的比较转录组学分析

选取“万海1号”和“万海4号”2个海南产油茶(Camellia vietnamensis)优良单株为试验材料,采用新一代高通量Illumina转录组测序技术,对二者进行转录组测序分析,并进行差异比较。结果表明,“万海1号”的特异性基因中,有651条被注释到与植株抗病性相关的途径,约占5.26%,有510条被注释到脂肪酸代谢相关的途径,约占4.12%;“万海4号”中有169条特异性基因被注释到倍半萜和三萜生物合成、油菜素类固醇生物合成、类固醇生物合成和单萜类生物合成等植物次生代谢相关途径。2个样本的单拷贝同源基因多被富集到与抗氧化能力相关的GO条目,以及与氨基酸合成代谢相关的KEGG条目,且P值均小于0.05,显示出显著的相关性。本试验可进一步探究海南本地油茶的生理特性及代谢过程,作为海南本地油茶的优良品种选育的科学依据。

大弹涂鱼(Boleophthalmus pectinirostris)单核巨噬细胞低氧胁迫比较转录组学分析

低氧是鱼类在水生环境中的关键压力之一。而大弹涂鱼(Boleophthalmus pectinirostris,mudskipper)可能是少数能在低氧中自然呼吸的脊椎动物。本研究中,我们分析了低氧胁迫8h后大弹涂鱼头肾源单核巨噬细胞(monocytes/macrophages,MO/MΦ)转录组变化。采用Illumina Hiseq 4000平台进行高通量测序,获得了大弹涂鱼MO/MΦ短时低氧胁迫相关的转录组数据,并将获得的原始数据上传至NCBI获得ID号:SRR9771486-SRR9771491(Bioproject PRJNA543702)。分析结果显示,P<0.05和|log2(fold change)|≥1条件下进行差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)筛选,低氧处理组中共获得4487个DEGs,包括2507个上调DEGs,1980个下调DEGs。其中低氧诱导因子(hypoxia-inducible factors,HIF)转录本的表达无显著变化,而血管内皮生长因子(vascular endothelial growth factor-A.VEGF-A)和3-磷酸甘油醛脱氢酶(glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase,GAPDH)基因转录本表达上调。基因本体(Gene Ontology,GO)注释以及京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)信号通路富集分析揭示了糖酵解/糖异生和氧化磷酸化可能在MO/MΦ应对短时低氧胁迫中具有重要作用。随机选择10个DEGs进行实时荧光定量PCR验证,上述基因表达变化趋势与转录组数据一致。本研究揭示了在短时低氧胁迫下大弹涂鱼MO/MΦ基因表达及信号通路调控机制。

太子参块根形成的比较转录组分析

为探讨激素调节太子参块根形成的机制,通过对不同发育时期的太子参块根进行比较转录组分析,将块根形成初期、块根迅速膨大期和块根成熟期分别与不定根形成期进行比较,从3个比较组(不定根形成期与块根形成初期、不定根形成期与块根迅速膨大期、不定根形成期与块根成熟期)中分别获得5132、5506、22709个差异表达基因.通过韦恩图进一步筛选,在不定根形成期与块根形成初期组中,根据特异上调或下调的差异表达基因挖掘块根形成过程中的关键调控因子,不定根形成期与块根形成初期组共有1215个特异性差异表达基因,其中858个基因特异性差异上调表达,357个基因特异性差异下调表达.KEGG途径富集分析表明,在不定根形成期与块根形成初期组中,特异性差异表达的激素合成及信号转导途径相关基因共27个,其中玉米素生物合成途径相关基因1个,植物激素信号转导途径相关基因26个,涉及生长素、细胞分裂素、赤霉素、乙烯和茉莉酸等信号通路.

猪链球菌2型强毒株S.suis 05ZY和弱毒株S.suis 1940的比较转录谱分析

目的:比较猪链球菌2型强毒株S.suis 05ZY和弱毒株S.suis 1940毒力相关基因转录水平的差异,为进一步研究强毒株S.suis 05ZY毒力增强的原因提供实验基础。方法:分别提取S.suis 05ZY和S.suis 1940的RNA,反转录成cDNA并纯化,用Cy5或Cy3标记,与猪链球菌全基因组DNA芯片进行杂交,扫描芯片进行数据分析,比较二者在转录水平上的差异基因。结果:编码溶血素、精氨酸氨基肽酶的基因分别上调4.4和6.0倍,参与荚膜多糖合成的相关基因cps2H、cps2I、cps2J和一些可能的毒力相关基因ofs、dpr、SSU05_0196、SSU05_0272、SSU05_1408-1409均发生转录水平的上调。结论:溶血素、荚膜多糖、精氨酸氨基肽酶及一些可能的毒力因子在转录水平的上调很可能与S.suis 05ZY的毒力增强有关。

草酸青霉线性五肽生物合成的比较转录组分析

草酸青霉(Penicillium oxalicum)是一种重要的植物生防菌,从三峡河岸带分布的草酸青霉中,分离到一种线性五肽,该物质对柑橘致腐菌指状青霉(P.digitatum)具有极强的抑制作用。为了分析该五肽的生物合成机制,本研究采用BGISEQ-500平台,测定了3株不同五肽含量的草酸青霉(114-2,SG-4,SJ-3)cDNA文库,并使用参考基因组对序列进行了比较。高通量测序结果表明,3株草酸青霉平均产出了6.55 GB的序列数据,与有参转录组的平均比对率达到91.65%。差异表达基因比较分析表明,相较于不产五肽的114-2,在生产五肽的SG-4和SJ-3中,共有1648个基因上调表达,1251个基因下调表达。AntiSMASH分析表明,在草酸青霉基因组中可能存在33个非核糖体肽合成酶(NRPS),其中15个NRPS的表达与五肽物质的变化趋势一致。进一步的RT-PCR表达分析表明,基因簇PDE_01071可能是负责五肽合成的基因簇。

苏云金杆菌Bt4.0718不同时期比较转录组揭示芽胞和杀虫伴胞晶体形成机制

【目的】苏云金芽胞杆菌(Bacillus thuringiensis,Bt)在形成芽胞的过程中产生大量杀虫晶体蛋白(insecticidal crystal proteins,ICPs),是目前应用最广泛、最安全的微生物杀虫剂的主要菌株资源。本研究旨在比较Bt 3个重要时期的转录组,进一步探究芽胞和杀虫伴胞晶体的形成机制,为高效工程菌的构建奠定理论基础。【方法】选取高毒力Bt4.0718菌株营养生长中期(T1-10h)、芽胞形成前期(T2-20 h)、芽胞形成后期(T3-32 h)进行比较转录组分析,对代表性差异基因进行实时荧光定量PCR(real-time fluorescence quantitative PCR,qRT-PCR)验证、特定功能基因的敲除和表型分析验证。【结果】差异表达基因数量分别为2147个(T2/T1)、1861个(T3/T1)、1708个(T3/T2)。T1时期,培养基中营养相对丰富,主要为芽胞和杀虫伴胞晶体形成做准备。芽胞形成重要调控基因kinA/D、spo0A/F、sigE高水平转录对菌体的生长发育具有重要作用,Cry1Ac、碳源、能源贮藏物聚-羟基丁酸(poly-hydroxybutyric acid,PHB)和羟基丁酮(acetoin)也已开始转录。芽胞和ICPs的大量形成在T2和T3时期,相关基因的转录水平T2比T3时期高。T2对比T3时期,芽胞核/衣/皮质(spore core/coat/cortex)、芽胞萌发受体蛋白(germination protein)和芽胞形成的Ⅱ-Ⅵ阶段相关基因(spoⅡ-spoⅥ)在T2时才开始大量转录,为3个时期的最高水平;相应的糖类、氨基酸、脂质代谢,能量、核酸、多肽代谢、次级产物生成和环境适应系统等复杂网络均表现出差异;另外,作为营养信号刺激性生理过程,双组分信号转导系统(two-component signal transduction system,TCS)和ABC转运系统在芽胞形成和ICPs的转录表达过程中发挥重要作用,转录水平具有显著差异。【结论】随着芽胞和杀虫伴胞晶体的形成,营养成分逐渐匮乏,sigB、sigW和sigM的高效表达有助维持细胞壁的稳定和对环境变化的抗性;小热激蛋白Hsp20和Hsp20B作为分子伴侣蛋白对维持胞内稳态也十分重要,T2、T3时期高水平转录可能有助于芽胞形成和ICPs表达。

大叶桉根、茎、叶转录组比较和AP 2/ERF基因家族分析

2021年对广西六峰山林场的大叶桉(Eucalyptus robusta)进行采样,采用Hiseq 2000对大叶桉根、茎、叶组织分别进行转录组测序。结果获得40786个Unigene;通过数据库比对,共注释了31662个Unigene。GO注释结果最多的条目为膜组成部分;KEGG注释结果表明,5654条序列参与129条代谢通路,参与基因最多的通路为核糖体。对比分析大叶桉根部和茎,以及根部和叶之间的转录差异,发现多条富集的通路,包括α-亚麻酸代谢和萜类骨架生物合成等。鉴定出AP 2/ERF家族基因84个,其中AP 2家族含有9个基因,RAV家族含有2个基因,ERF家族包含73个基因,各基因家族在根茎叶中的表达模式有所差异。

低温和常温下萌发的青霉菌孢子比较转录组研究

扩展青霉菌是一种自然界中分布广泛的常见植物病原真菌,其侵染采后果实,造成腐烂和霉变.为了发掘低温和常温下孢子萌发过程中差异的分子机制和参与孢子萌发的重要基因,分别对4℃和25℃下培养的扩展青霉菌孢子进行转录组测序;利用比较转录组分析方法进行基因表达数据的挖掘和比较分析.形态学观察表明,25℃培养8 h后,孢子呈现凸起,开始萌发;12 h后,大部分孢子萌发形成细长菌丝,完成萌发过程.而4℃培养12 h后,孢子的萌发仍然被抑制.对4℃和25℃下分别培养8、12 h的孢子取样,进行转录组测序.差异表达基因的分析表明:4℃和25℃下,不同的细胞生长和分裂相关基因在孢子萌发过程中差异表达;同时挖掘得到608个温度调控孢子萌发的核心基因.此外,萌发过程中,与扩展青霉菌毒力相关的部分过氧化物酶编码基因、效应因子基因和棒曲霉素合成途径基因的表达水平明显响应了温度的变化;参与了不同温度下孢子萌发的调控.效应因子基因PeHsp70_1被鉴定为是一个参与低温调控孢子萌发且涉及多个通路的重要基因;其在4℃下培养的孢子中明显被下调表达,与其他效应因子的蛋白互作网络分析表明其处于网络的核心中央节点.本研究结果可为扩展青霉菌的防治研究提供优良的候选基因.(图9表3参39)

不同种质油茶的比较转录组分析

本研究采用高通量Illumina转录组测序技术对‘万海4号’(WH4)、‘博白大果’(BBDG)、‘长林40’(CL40)、‘岑软’(CR)和‘红花油茶’(HH)五个不同种质的油茶进行转录组测序并进行差异比较分析。结果表明,WH4、BBDG、CL40、CR以及HH通过组装分别获得了71 852、111 693、75 436、15 899和96 205个Unigenes,将所有Unigenes与公共数据库(Nr, Swiss-Prot, KOG, KEGG)进行相似性比对并注释,五种油茶注释基因所占百分比依次为65.51%、46.41%、60.57%、91.94%、54.98%;KEGG富集分析表明WH4、BBDG、CL40和HH中基因丰度最高的都是核糖体途径,而CR中基因丰度最高的是碳代谢途径;GO富集分析显示,WH4、BBDG、CL40、CR和HH基因分布结果一致。结合KEGG、GO和KOG富集分析,绘制出了油茶三萜皂苷生物合成途径通路图,筛选出该途径中的关键酶及相关基因,并对其进行了差异分析。该研究结果完善了油茶三萜皂苷生物合成途径相关基因的表达特征,可为油茶三萜皂苷的生物合成提供科学依据。

我国近海龟足3个地理群体比较转录组及环境适应性研究

龟足(Capitulum mitella)隶属于节肢动物门(Arthropoda)指茗荷科(Pollicipedidae)龟足属,广泛分布于亚热带及热带近海沿岸中高潮地带。由于龟足生存环境复杂多变,可能导致其不同地理群体形成与其生境相适应的特征。本研究基于高通量测序技术对浙江舟山、福建宁德和广东珠海3个典型海域的龟足进行比较转录组分析,并利用生物信息学方法探究3个地理群体对环境的适应机制。结果表明,3个地理群体间存在651个(广东珠海和福建宁德群体间)至3738个(浙江舟山和福建宁德群体间)数量不等的差异表达基因(DEGs),主要涉及核糖体合成、抗原加工与递呈、分子伴侣代谢通路。基因序列的非同义替换率(K_(a))和同义替换率(K_(s))之间的比例K_(a)/K_(s),如果其超过1,则认为有正选择压力作用于该基因,基因正在快速进化。3个地理群体间龟足直系同源基因正选择压力分析结果显示,254个直系同源基因中有7个基因受到正选择压力,包括D-天冬氨酸酶基因(K_(a)/K_(s)=2.076)、GTP结合核蛋白基因(K_(a)/K_(s)=1.001)、凋亡抑制蛋白基因(K_(a)/K_(s)=1.008)、真核起始因子2B基因(K_(a)/K_(s)=1.001)、RNA聚合酶介体II基因(K_(a)/K_(s)=2.867)、吡咯啉-5-羧酸还原酶基因(K_(a)/K_(s)=1.131)和组蛋白去乙酰化酶基因(K_(a)/K_(s)=1.145),它们是参与龟足免疫系统调节、生长发育等生物过程的关键基因。本研究的开展有助于初步了解龟足对外界多重环境的适应机制,为研究龟足这3个地理群体的遗传多样性、种质资源保护和开发利用提供了基础数据。

红肉枇杷和白肉枇杷果实成熟不同阶段的比较转录组研究

本研究对红肉枇杷和白肉枇杷在果实转色到成熟间的4个时期(授粉后第171天,第175天,第180天,第185天)样本进行转录组测序。除去低质量数据后共得到约9.5 Gb的Clean reads,组装出61 587条Unigenes。在阈值为|log2 Ratio|≥1和Probability>0.8时,共检测到28 216个Unigenes(13 676个上调和14 540个下调)差异表达。Gene Ontology(GO)和KEGG分析表明有40个GO类别和121代谢通路显著富集,涉及次级代谢物合成、植物激素信号传导、氧化磷酸化、糖酵解、淀粉与蔗糖代谢、氨基糖与核糖代谢等。此外从中鉴定出21个与类胡萝卜素代谢相关的基因,大部分基因在授粉后171 d时在红肉枇杷果肉中的表达量要显著高于白肉枇杷。研究结果为枇杷果肉颜色形成机制的阐明和枇杷遗传改良育种提供了理论依据。

基于比较转录组学分析揭示中华蜜蜂及意大利蜜蜂幼虫的球囊菌抗性差异机制

为探究中华蜜蜂(Apis cerana cerana,以下简称中蜂)与意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica,以下简称意蜂)幼虫的球囊菌(Ascospahaera apis)抗性差异产生的原因,利用Venn分析、GO分类分析、KEGG代谢通路分析以及Ka/Ks分析对二者的转录组进行比较研究。Venn分析结果显示,中蜂与意蜂的同源基因有17 656个,归属于8 111个基因家族,二者的特有基因分别有1 158和241个,分别归属于468和86个基因家族。GO分类结果显示,中蜂和意蜂的特有基因分别富集在38和28个GO条目。KEGG代谢通路富集分析结果显示,中蜂和意蜂的特有基因分别富集于96和21个代谢通路;进一步分析发现中蜂的特有基因富集在内吞作用、溶酶体、泛素介导的蛋白水解和黑化作用等4个细胞免疫通路,以及MAPK信号通路和Toll-like受体信号通路等2个体液免疫通路,而意蜂仅有1个特有基因富集在MAPK信号通路。Ka/Ks分析结果显示受到强烈正向选择、弱正向选择、中性选择和负向选择的单拷贝同源基因分别有37、281、2 630和3 269个。对受到强烈正向选择的基因进行GO分类和KEGG代谢通路富集分析,GO结果显示中蜂和意蜂的单拷贝同源基因富集的GO条目类型相同;KEGG结果显示中蜂的单拷贝基因仅富集在氧化磷酸化。上述结果表明免疫相关基因数量的差异是二者的球囊菌抗性差异产生的重要原因之一,中蜂在与球囊菌的协同进化过程中可能通过提高能量利用从而限制球囊菌的增殖。本研究结果可为阐明中蜂及意蜂幼虫的球囊菌抗性差异产生的分子机制提供参考。

牛耳朵与黄花牛耳朵比较转录组学分析

牛耳朵和黄花牛耳朵在岩溶环境的适应性上区别显著。为研究它们在岩溶环境中分子适应机制的差异及相关基因,本实验对它们的叶片转录组进行了测序,通过比较转录组分析,筛选两个物种中的直系同源基因,检测正选择基因,寻找可能参与适应岩溶环境的基因。结果表明,牛耳朵与黄花牛耳朵的N50值分别为795和819,在牛耳朵中测序得到了157 728个unigene,黄花牛耳朵为156 965个。为了解两个物种unigene的功能信息,将其与公共数据库进行BLAST同源比对;用OrthoMCL筛选两个物种间的直系同源基因,经过严格的数据筛选后,共得到了1 898对直系同源基因,并计算其Ka、Ks及Ka/Ks值,利用公式T=K/2r估算两个物种的分化时间约为0.86±0.72百万年前(Mya)。在两个物种中有152对直系同源基因受到了强烈的正选择作用,对其进行GO、KEGG功能富集分析及基因功能注释,得到了与岩溶环境适应有关的19对功能基因。对两个物种的进化分析不仅估算了大概的分化时间,而且还发现了在岩溶环境中差异适应的相关基因。

盐碱胁迫下GF677和毛桃根部显微观察和比较转录组分析

土壤盐碱化已成为危害植物生长的重要因素之一。本研究中,我们对盐碱胁迫下两种桃树(GF677和毛桃)的根部分别进行细胞学观察和比较转录组分析。扫描电子显微镜结果表明GF677根部的根毛密度要显著多于毛桃根部。比较转录组分析显示在|log2 Ratio|≥1和Probability>0.8的阈值下共检测到1 379个基因差异表达,其中279个上调,1 100个下调。对差异表达基因进行Gene ontology(GO)聚类共得到27个小类显著富集。Pathway富集分析显示脯氨酸代谢、类黄酮代谢和氧化磷酸化代谢等通路在GF677中被显著激活,暗示了GF677可能通过提高渗透压和维持氧化还原平衡使植物体免受盐碱胁迫的危害。研究结果为耐盐碱基因挖掘以及桃树耐盐碱分子改良育种提供了理论依据。

不同生长时期鼠疫耶尔森菌调控子Fis转录谱的比较分析

目的:进行不同生长时期鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)野生株和fis突变株转录谱的比较分析。方法:基于Red重组系统缺失替换鼠疫菌的fis基因;用鼠疫菌全基因组DNA芯片转录谱技术,比较不同生长时期鼠疫菌野生株和fis突变株在转录水平上的差异;用实时定量RT-PCR对转录谱结果进行验证。结果:构建了鼠疫菌fis::Km突变株,芯片杂交数据与RT-PCR验证的比较结果表明二者有较高的相关性,相关系数r=0.93。结论:无论生长对数期还是稳定期,Fis都能够激活或抑制鼠疫菌一些重要基因的转录,如Ⅲ型分泌系统效应蛋白编码基因、psaAB、pla、rovA等,表明Fis可能与其他调控子一起,在鼠疫菌的代谢及毒力因子转录的协调控制上起关键作用。

PRRSV感染原代和传代PAM的比较转录组学分析

猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)是严重危害世界养猪业的重要病原。PRRSV对原代猪肺泡巨噬细胞(porcine alveolar macrophage,PAM)和传代猪肺泡巨噬细胞系(immortalized porcine alveolar macrophage,IPAM)均易感,但在感染早期,PRRSV在IPAM中的感染率显著高于PAM。为了揭示这2种细胞在PRRSV感染后的应答差异,本研究运用Illumina高通量测序技术对PRRSV感染的IPAM和PAM进行转录组测序,结果表明,PRRSV感染PAM和IPAM后能够诱导相似的免疫应答,但PAM的免疫应答反应更强;与代谢相关的基因在PRRSV感染的IPAM中差异更显著。进一步分析发现,PRRSV感染IPAM后下调细胞周期相关基因的表达水平,导致细胞周期停滞在G0/M期,从而促进PRRSV增殖;IPAM抗原递呈相关基因的缺失或低丰度表达可能是IPAM中免疫应答水平较低的原因;Nod-like receptor(NLR)、Toll-like receptor(TLR)、Target of rapamycin(TOR)、adenosine 5'monophosphate-activated protein kinase(AMPK)和phosphatidylinositol 3-kinase-protein kinase B(PI3K-Akt)等信号通路在PRRSV感染的PAM和IPAM中激活状态不同,可能导致了PRRSV在这2种细胞中的增殖差异。本研究结果为深入了解PRRSV感染原代和传代PAM后的应答差异补充了有用的数据。