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基于MiRfilter系统的毛果杨miRNA预测
1
作者
赵洁苑
龚云路
王翼飞
《上海大学学报(自然科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第4期397-403,435,共8页
从参数训练、参数范围训练、候选成熟体打分等方面改进miRNA预测系统MiRfilter,使其适应拥有更长前体的植物miRNA的预测.预测毛果杨基因组上的miRNA,并对系统进行精度检验.利用MiRfilter系统共预测出3 860条候选miRNA;在110个正样本中,...
从参数训练、参数范围训练、候选成熟体打分等方面改进miRNA预测系统MiRfilter,使其适应拥有更长前体的植物miRNA的预测.预测毛果杨基因组上的miRNA,并对系统进行精度检验.利用MiRfilter系统共预测出3 860条候选miRNA;在110个正样本中,正确识别91条前体和80条成熟体,前体预测精度为82.73%,成熟体预测精度为72.73%;在毛果杨第4号染色体(LG_Ⅳ)上得到的1 968个负样本中,有12个数据可认为是miRNA,假阳性率为0.61%.
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关键词
植物MIRNA
MiRfilter
毛果杨基因组
一类分类法
K-最近邻分类器(KNN)
下载PDF
职称材料
题名
基于MiRfilter系统的毛果杨miRNA预测
1
作者
赵洁苑
龚云路
王翼飞
机构
上海大学理学院
出处
《上海大学学报(自然科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第4期397-403,435,共8页
基金
国家自然科学基金资助项目(30871341)
上海市重点学科建设资助项目(S30104)
上海市教委重点学科建设资助项目(J50101)
文摘
从参数训练、参数范围训练、候选成熟体打分等方面改进miRNA预测系统MiRfilter,使其适应拥有更长前体的植物miRNA的预测.预测毛果杨基因组上的miRNA,并对系统进行精度检验.利用MiRfilter系统共预测出3 860条候选miRNA;在110个正样本中,正确识别91条前体和80条成熟体,前体预测精度为82.73%,成熟体预测精度为72.73%;在毛果杨第4号染色体(LG_Ⅳ)上得到的1 968个负样本中,有12个数据可认为是miRNA,假阳性率为0.61%.
关键词
植物MIRNA
MiRfilter
毛果杨基因组
一类分类法
K-最近邻分类器(KNN)
Keywords
plant miRNA
MiRfiher
Populus trichocarpa genome
one-class methods
K-nearest neighbor (KNN)
分类号
O224 [理学—运筹学与控制论]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于MiRfilter系统的毛果杨miRNA预测
赵洁苑
龚云路
王翼飞
《上海大学学报(自然科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2010
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