南通市2022—2023年流感H3N2亚型分子进化特征

目的了解近年南通市流感暴发疫情中H3N2流感病毒的分子进化特征。方法采集2022—2023流感监测年南通市流感暴发疫情中患者鼻咽拭子样品,运用RT-qPCR进行核酸检测,将Ct值<30的样品进行病毒分离,分离的H3N2病毒株构建文库后进行高通量测序分析,对HA、NA基因进行核苷酸和氨基酸相似度分析并构建系统进化树。结果共报告23起流感暴发疫情,均为甲型流感病毒,H3N2亚型12起(占52.17%)和H1N1型11起(占47.83%)。测序10株H3N2型毒株,HA、NA基因的核苷酸同源性为96.59%~100.00%、98.58%~100.00%,氨基酸同源性为96.13%~100.00%、96.40%~100.00%;与WHO推荐的北半球疫苗株A/Darwin/9/2021相比,HA、NA基因的核苷酸同源性为96.62%~97.38%、96.87%~97.36%,氨基酸同源性为96.86%~97.21%、94.58%~96.67%。HA基因发生的重要氨基酸突变有I156K,K187N,I208F,G241D;RBS位点均未发生突变;NA基因发生的重要突变有S331G,S150R/H;神经氨酸酶抑制剂(NAI)作用位点保守。系统发育分析显示,10株H3N2型分成2a.3和3C.2a1b.2b两个进化分支,与疫苗株的匹配性较好。结论H3N2流感病毒持续进化,应加强监测,掌握流感病毒的基因进化特征,为精准防控提供科学依据。

吉林省2018—2021年柯萨奇病毒A组16型病毒基因特征分析

目的探讨2018年、2019年和2021年流行于吉林省的柯萨奇病毒A组16型肠道病毒流行特征、种系进化及基因变异特征。方法收集2018年、2019年和2021年吉林省手足口病例临床标本,通过病毒分离筛选出60株CVA16的阳性毒株,并对其VP1编码区全基因组核苷酸序列进行测定和分析。结果60株CVA16分离株中有15株为B1a基因亚型,45株为B1b基因亚型;CVA16分离株氨基酸序列的14、23、164、235、251及266位点发生了氨基酸突变。结论CVA16为吉林省手足口病的主要病原体之一,15株CVA16分离株为B1a基因亚型,45株CVA16分离株为B1b基因亚型,与2008年青海株相比共发生了6处氨基酸位点突变。

2015~2017年吉林省柯萨奇病毒A组16型基因特征分析

目的分析2015~2017年吉林省流行的柯萨奇病毒A组16型(coxasckievirus A16,CVA16)的流行特征、种系进化及基因特征。方法收集2015~2017年吉林省手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)患儿的咽拭子或粪便标本,通过病毒分离筛选出CVA16阳性毒株,并对其VP1编码区基因组核苷酸序列进行测定和分析。结果24株CVA16流行株均为B1b基因亚型,与甘肃株核苷酸和氨基酸序列同源性分别为94.6%~96.1%和99.6%~100%;24株CVA16流行株氨基酸序列的第11、14、23、221及266位点发生了氨基酸突变。结论CVA16为吉林省HFMD的主要病原体之一,24株CVA16流行株与2007年甘肃株亲缘关系最近,与2008年青海株相比,共发生了5处氨基酸位点突变。