广西首起新冠奥密克戎变异株引起的本土聚集性疫情病例新冠病毒基因特征分析

目的揭示2022年2月广西德保县本土新冠疫情中病例新型冠状病毒(SARS-CoV-2)基因组特征及变异情况,为广西新型冠状病毒肺炎(COVID-19)疫情溯源及防控工作提供科学依据。方法从广西德保县2月本土新冠疫情的确诊病例中选取30份病例的上呼吸道标本进行核酸提取、构建DNA测序文库、第二代测序仪上机测序、拼接测序数据,通过基因比对和构建进化树完成病毒基因变异位点和进化分析。结果与武汉参考株相比,广西德保县2月本土聚集性新冠疫情病例的SARS-CoV-2核苷酸突变中位数为57个(56~58个),氨基酸突变的中位数为63个(62~65个),同源性非常高,均属于VOC/Omicron变异株BA.1进化分支。结论SARS-CoV-2全基因组测序分析对新冠疫情的溯源研判提供科学依据,对新冠疫情的防控至关重要。

输入病毒导致的十起本土疫情首例病例新冠病毒基因特征分析

2020年4月中国阻断湖北省武汉市新冠肺炎疫情传播后,中国国内报道了多起由境外输入导致的本土聚集性新冠肺炎疫情。为分析引起聚集性疫情的输入性新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的基因组特征,本研究对2020年4-11月份十起输入相关本土疫情首例病例的SARS-CoV-2全基因组基因特征进行分析,系统阐述了相关SARS-CoV-2的全基因组和氨基酸变异特征。结果显示,与武汉参考株相比,十起本土聚集性疫情首例病例的SARS-CoV-2核苷酸突变中位数为10个(8个-26个),氨基酸突变的中位数为6个(4个-16个),且刺突(spike,S)蛋白只有D614G一个氨基酸发生突变。除分支位点外,10条SARS-CoV-2全基因组序列的65个核苷酸突变位点以及35个氨基酸突变仅出现1-2次,呈现随机性。全基因组分析表明,这十起本土疫情的首例病例基因组按照中国分型法可划分为4个型,按照Pangolin分型法可划分为7个型,与我国2020年1-3月份武汉流行的毒株属于不同基因型,不是本土SARS-CoV-2的持续传播。与2020年9-12月英国和南非变异株属于不同基因型,无相关性。本文系统分析了2020年由输入病毒导致的十起本土疫情首例病例的SARS-CoV-2核苷酸与氨基酸变异特征,为我国新冠防控策略的制定以及后续新冠疫情的溯源提供了参考依据。