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胰岛素受体底物氨基酸相互作用网络鲁棒性研究
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作者 苗孟君 颜洲 +1 位作者 刘东旭 王善勤 《信阳农林学院学报》 2022年第2期120-124,共5页
为了研究胰岛素受体底物2(IRS2)与胰岛素受体底物1(IRS1)在调节胰岛素对肝脏新陈代谢的作用差异,本文根据复杂网络思想,构建IRS1和IRS2的氨基酸酸相互作用网络,研究两者的鲁棒性差异。通过度攻击、随机攻击、介数攻击、接近程度攻击4种... 为了研究胰岛素受体底物2(IRS2)与胰岛素受体底物1(IRS1)在调节胰岛素对肝脏新陈代谢的作用差异,本文根据复杂网络思想,构建IRS1和IRS2的氨基酸酸相互作用网络,研究两者的鲁棒性差异。通过度攻击、随机攻击、介数攻击、接近程度攻击4种方式攻击两者的氨基酸相互作用网络,实验表明,在4种方式的攻击下,IRS2的网络鲁棒性均优于IRS1,表明IRS2的氨基酸相互作用网络更加稳定,容错性更高,推测IRS2比IRS1在调节胰岛素对肝脏新陈代谢中起着更重要的作用。 展开更多
关键词 胰岛素受体底物 鲁棒性 氨基酸相互作用网络
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应用ABEEM极化力场研究核酸碱基和氨基酸侧链的相互作用
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作者 卢丽男 杨忠志 赵东霞 《辽宁师范大学学报(自然科学版)》 CAS 2023年第1期56-63,共8页
对ABEEM极化力场(ABEEM PFF)对核酸碱基、氨基酸侧链以及它们之间的相互作用进行研究.ABEEM PFF将体系的电荷密度分解到了原子区域、σ键区域、π键区域和孤对电子区域,各个区域的电荷可以随着体系结构的变化以及周围环境不同而浮动,很... 对ABEEM极化力场(ABEEM PFF)对核酸碱基、氨基酸侧链以及它们之间的相互作用进行研究.ABEEM PFF将体系的电荷密度分解到了原子区域、σ键区域、π键区域和孤对电子区域,各个区域的电荷可以随着体系结构的变化以及周围环境不同而浮动,很好体现了体系极化效应.在碱基和氨基酸之间的相互作用中氢键起到了很重要的关键作用.ABEEMPFF通过氢键拟合函数对氢键相互作用区域进行特殊的考虑和处理.研究结果表明,应用ABEEM电荷模型计算得到4个碱基模型、5个氨基酸侧链模型和20个相互作用模型的电荷分布以及偶极矩,计算结果与量子力学方法(QM)相媲美.应用ABEEMPFF对29个模型分子进行结构的优化得到稳定结构,与QM计算的结果以及实验的构象有很好的一致性.应用ABEEMPFF和QM方法计算20个碱基和氨基酸相互作用模型的相互作用能,计算结果表明带电的氨基酸侧链与碱基的相互作用能大于不带电氨基酸侧链.氨基酸侧链与碱基的相互作用能的顺序为:Lys>Asp/Glu>Arg>Asn/Gln>Ser/Thr.ABEEMPFF研究碱基和氨基酸侧链的相互作用,为研究和揭示蛋白质和核酸的相互识别机理奠定了良好的基础. 展开更多
关键词 ABEEM极化力场 电荷分布 氢键 碱基和氨基酸侧链相互作用
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胰岛素受体底物1和2的氨基酸网络特征研究 被引量:1
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作者 苗孟君 李云松 张延义 《盐城工学院学报(自然科学版)》 CAS 2021年第2期66-73,共8页
在胰岛素对脂质代谢的调控作用中,胰岛素受体底物2(IRS2)比胰岛素受体底物1(IRS1)发挥了更加重要的作用。为研究两者发挥作用的差异,分别选择IRS1、IRS2的4个结构数据,构建氨基酸相互作用网络,计算整体拓扑特征,分析网络的hub氨基酸差异... 在胰岛素对脂质代谢的调控作用中,胰岛素受体底物2(IRS2)比胰岛素受体底物1(IRS1)发挥了更加重要的作用。为研究两者发挥作用的差异,分别选择IRS1、IRS2的4个结构数据,构建氨基酸相互作用网络,计算整体拓扑特征,分析网络的hub氨基酸差异,计算7种中心性特征。实验表明,IRS2氨基酸相互作用网络的平均度及聚类系数高于IRS1的1QQG、5U1M、6BNT;IRS2中的hub氨基酸ATP、LYS、ILE是IRS1所没有的;除子图中心性和特征向量中心性外,IRS2网络中节点的其他中心性特征均优于IRS1。结果表明,IRS2的氨基酸相互作用网络中,节点聚集程度较高,更容易形成模块,更容易到达其他节点,与其他节点发生通讯。可以推测:IRS2在胰岛素对肝脏的代谢调控中比IRS1发挥着更加重要的作用。 展开更多
关键词 胰岛素受体底物1 2 氨基酸相互作用网络 拓扑特征 hub氨基酸 中心性特征
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基于蛋白质序列的氨基酸字母表简化
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作者 张鑫鹏 王骏 王炜 《南京大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2022年第1期103-114,共12页
蛋白质的结构和功能特性由其氨基酸序列编码,控制序列结构映射的规则被认为是二级遗传密码,氨基酸字母表的简化可以减少蛋白质序列中的冗余,有助于揭示编码规则.基于氨基酸的单体特征、成对相互作用和相似性,可以简化氨基酸字母表.目前... 蛋白质的结构和功能特性由其氨基酸序列编码,控制序列结构映射的规则被认为是二级遗传密码,氨基酸字母表的简化可以减少蛋白质序列中的冗余,有助于揭示编码规则.基于氨基酸的单体特征、成对相互作用和相似性,可以简化氨基酸字母表.目前,仅基于蛋白质的序列信息,根据最近邻氨基酸的出现频率构建了一个氨基酸的嵌入表示.在此基础上,提出一种通过重构最近邻氨基酸的出现频率来压缩嵌入表示的模型,将此方法命名为AA2Vec.实验结果表明,与其他表示维相比,特定表示维(三维)具有显著的鲁棒性.提取的信息捕捉了氨基酸的物理化学和生化特性以及最近邻氨基酸之间的相互作用.值得注意的是,提出的方法对于具有不同序列标识的序列数据集(SCOPe)是稳定的.这种方法给出了氨基酸的最简表示,有助于生成蛋白质序列的简化表示和建立蛋白质的简化模型. 展开更多
关键词 序列信息 氨基酸相互作用 AA2Vec 氨基酸字母表
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基于二叉树支持向量机的蛋白质结构类预测 被引量:1
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作者 张同亮 丁永生 《生物医学工程学杂志》 EI CAS CSCD 北大核心 2008年第4期921-924,共4页
提出了一种基于二叉树支持向量机(BT-SVM)的蛋白质结构类多类预测新方法。采用26维的向量来表示蛋白质序列的特征。BT-SVM多类分类方法能消除SVM在多分类问题中存在的不可分数据问题。采用两个经典数据集作为测试数据,通过自身一致性和... 提出了一种基于二叉树支持向量机(BT-SVM)的蛋白质结构类多类预测新方法。采用26维的向量来表示蛋白质序列的特征。BT-SVM多类分类方法能消除SVM在多分类问题中存在的不可分数据问题。采用两个经典数据集作为测试数据,通过自身一致性和n折叠交叉验证方法测试了新方法的性能。预测结果表明新方法具有良好的预测能力,与使用同一数据集的已有结果相比较,新方法的Jackknife结果和目前最好的方法取得的结果相当,可作为蛋白质结构类预测的一个工具。 展开更多
关键词 蛋白质结构类预测 二叉树支持向量机 氨基酸相互作用 疏水模式
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Ultrasonic Studies of 4-Aminobutyric Acid in Aqueous Salbutamol Sulphate Solutions at Different Temperatures 被引量:2
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作者 K.Rajagopal S.S.Jayabalakrishnan 《Chinese Journal of Chemical Engineering》 SCIE EI CAS CSCD 2010年第4期659-666,共8页
Ultrasonic speeds of 4-aminobutyric acid in 0.0041,0.0125 and 0.0207 mol·kg^-1 aqueous salbutamol sulphate(SBS) solutions are measured at 308.15,313.15 and 318.15 K.Isentropic compressibility kS,change in isent... Ultrasonic speeds of 4-aminobutyric acid in 0.0041,0.0125 and 0.0207 mol·kg^-1 aqueous salbutamol sulphate(SBS) solutions are measured at 308.15,313.15 and 318.15 K.Isentropic compressibility kS,change in isentropic compressibility△k S,relative change in isentropic compressibility( △kS /kS^0) ,apparent molal compressibility kφ,limiting apparent molal compressibility kφ^0 ,transfer limiting apparent molal compressibility k φ^0,hydration number nH,pair and triplet interaction parameters kAS,kASS are estimated.The above parameters are used to interpret the solute-solute and solute-solvent interactions of 4-aminobutyric acid in the aqueous salbutamol sulphate solutions. 展开更多
关键词 ultrasonic speed isentropic compressibility limiting apparent molal compressibility hydration number salbutamol sulphate
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Volumetric and Viscometric Studies of 4-Aminobutyric Acid in Aqueous Solutions of Salbutamol Sulphate at 308.15, 313.15 and 318.15K 被引量:4
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作者 K. Rajagopal S.S. Jayabalakrishnan 《Chinese Journal of Chemical Engineering》 SCIE EI CAS CSCD 2009年第5期796-804,共9页
Density (ρ) and viscosity (η) measurements were carried out for 4-aminobutyric acid in 0.0041,0.0125 and 0.0207 mol·L-1 aqueous salbutamol sulphate at T=308.15,313.15 and 318.15K.The measured values of dens... Density (ρ) and viscosity (η) measurements were carried out for 4-aminobutyric acid in 0.0041,0.0125 and 0.0207 mol·L-1 aqueous salbutamol sulphate at T=308.15,313.15 and 318.15K.The measured values of density and viscosity were used to estimate some important parameters such as apparent molar volume Vφ,limiting apparent molar volume Vφ0,transfer volume △Vφ0,hydration number Hn,second derivative of infinite dilution of partial molar volume with temperature 2Vφ0/T2,viscosity B-coefficients,variation of B with temperature dB/dT,free energy of activation per mole of solvent △μ10* and solute △μ20*,activation entropy △S20* and activation enthalpy △H20* of the amino acids.These parameters have been interpreted in terms of solute-solute and solute-solvent interactions and structure making/breaking ability of solutes in the given solution. 展开更多
关键词 DENSITY standard partial molar volume hydration ntnZnber relative viscosity B-COEFFICIENT activation parameters
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Effect of Dietary Nitrogen Corrected-True Metabolism Energy and Digestible Amino Acids on Broiler Breeder Reproductive Performance
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作者 J. Nasr A. Yaghobfar +1 位作者 Y. Ebrahimnezhad K. Nazeradl 《Journal of Agricultural Science and Technology(A)》 2011年第8期1137-1140,共4页
A study was conducted to determine the effects of dietary digestible amino acids of feedstuffs and true metabolizable energy corrected for nitrogen on broiler breeder performance in 50 weeks to 64 weeks of age. 140 fe... A study was conducted to determine the effects of dietary digestible amino acids of feedstuffs and true metabolizable energy corrected for nitrogen on broiler breeder performance in 50 weeks to 64 weeks of age. 140 females and 20 males broiler breeders in 4 treatments with 5 replicates (7 females with a male) were used in the form of a completely randomized trial design 2 ~ 2 factorial. Four experimental diets were formulation based on two factors, first factor was included, two types of Apparent and True Metabolizable Energy corrected for Nitrogen (AMEn and TMEn) and the second factor was included, two types of Total Amino Acids (TAA) and Digestible (DAA) of feedstuffs. The result showed that egg weight, egg production (%) and egg mass (g/hen/day) was significantly different which was affected by diets formulation based on energy and interaction between energy and amino acids (P 〈 0.01). Treatment 2 (AMEn + DAA) was at the highest level significantly different (P 〈 0.01) in egg weight 68.97 g, egg production 62.45%, and egg mass 43. i g/hen/day. Hatching eggs were significantly different which was affected by diet formulation based on amino acids. Fertility, hatchability and number of chicks per hen were significant different, that were affected by diet formulation based on energy (P 〈 0.05). Interaction between two factors, were significantly different in two reproductive traits fertility and hatchability (P 〈 0.05). This experiment showed that diet formulation based on AMEn and DAA for broiler breeder was better and significant on performance. 展开更多
关键词 Broiler breeders performance digestible amino acids TMEn AMEn
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基于统计特征的酶蛋白质中特殊模体βαβ的预测 被引量:3
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作者 宋航宇 胡秀珍 +2 位作者 冯振兴 姜卓 孙利霞 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第9期658-668,共11页
酶类是蛋白质中的重要组成部分,对其结构和功能的研究有重要的生物学意义。因此,作者对酶类蛋白质中的复杂超二级结构βαβ模体进行了统计分析和预测。建立了包含1141个酶蛋白质的βαβ模体数据库,通过统计分析,确定以loop-α-loop长1... 酶类是蛋白质中的重要组成部分,对其结构和功能的研究有重要的生物学意义。因此,作者对酶类蛋白质中的复杂超二级结构βαβ模体进行了统计分析和预测。建立了包含1141个酶蛋白质的βαβ模体数据库,通过统计分析,确定以loop-α-loop长10~26个氨基酸的βαβ模体为研究对象,以离散增量值、残基间的相互作用信息、预测的二级结构信息和矩阵打分值为特征参数,使用随机森林算法对βαβ模体进行预测,5交叉检验预测总精度为84.7%,相关系数达到0.686。将相同特征参数输入到支持向量机算法中,比较后发现随机森林算法得到的预测结果较好。 展开更多
关键词 βαβ模体 随机森林算法 氨基酸残基相互作用 离散增量值 矩阵打分值
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