蛋白质规则二级结构中亲疏水氨基酸紧邻关联特性

将氨基酸椐亲 -疏水性按 5度简并进行分类 ,然后映射于蛋白质规则二级结构中 ,对规则二级结构中氨基酸的亲 -疏水性紧邻关联作了统计分析 ,并给出规则二级结构中亲

C端亲-疏水氨基酸在蛋白质规则二级结构中使用规律

对规则二级结构中C端亲-疏水性氨基酸的紧邻关联、次邻关联、次次邻关联作了统计分析,并给出了规则二级结构中亲-疏水氨基酸的位置择优规律.

蛋白质规则二级结构中亲疏水氨基酸的次邻关联、次次邻关联

规则二级结构中亲-疏水氨基酸的紧邻关联特性对不同类蛋白质有不同的规律,但在同类蛋白质同类规则二级结构不同长度的片断中有相同的规律,并且亲-疏水氨基酸的关联特征是可以定位的,那么次邻关联、次次邻关联是否也有此规律呢?本文对此进行了讨论.

Salen Zn对氨基酸甲酯体系的手性分子识别研究

用光谱滴定法测定了手性Salen Zn与D-和L-氨基酸甲酸客体在CHCl_3中的分子识别反应的缔合常数,其大小顺序为 K(LeuOMe)>K(ValOMe)>K(AlaOMe);K(ThrOMe)>K(SerOMe)>K(TyrOMe);且X(D型)>K(L型)。根据van‘t Hoff方程确定了反应体系的热力学函数△rG^Q_m,△rH^Q_m和△rS^Q_m,并对体系的熵-焓补偿关系和对映体选择性进行了讨论.用分子力学和量子化学方法,对体系的识别行为进行了计算研究,从理论上对实验现象及识别过程的规律性给予了合理解释。

蛋白质结构与密码子上下文关联的信息论研究

从信息学的角度,对人(Homosapiens)的117个蛋白质和大肠杆菌(Ecoli)的185个蛋白质的各二级结构相对应的mRNA序列中的密码子上下文关联、蛋白质序列中氨基酸上下文关联作了统计分析,计算了各二级结构中密码子(氨基酸)上下文关联的信息剩余.结果显示,同义密码子关联有着不同于氨基酸关联偏好的反常现象,人和大肠杆菌蛋白质中反常的密码子分别占19%、16%左右;并对大肠杆菌中的稀有密码子的关联进行了讨论,发现稀有密码子的关联偏好Sheet和Coil二级结构.

同义密码子用语与蛋白质二级结构信息

对人体 1 1 7个蛋白质和大肠杆菌的 1 85个蛋白质的各二级结构相对应的mRNA序列中的同义密码子与氨基酸上下文关联熵、蛋白质序列中氨基酸与氨基酸上下文关联熵作了统计分析 ,发现密码子关联确实比氨基酸关联对蛋白质二级结构提供的信息量大 ,而且人蛋白质中同义密码子提供的二级结构信息比大肠杆菌中多 .同时 ,证明了在相对信息剩余大于等于 3 0 %的情况下 ,Adzhubei给出的九种氨基酸中的八种其同义密码子在某些二级结构中明显的携带结构信息 ;此外A ,N ,D ,R ,H ,C ,Y这几种氨基酸的同义密码子在某些二级结构中也明显地携带结构信息 .

荧光标识的环糊精二聚体与小肽衍生物之间的包合行为研究

报道了利用荧光偏振方法研究异硫氰酸盐荧光素 (FITC)标识 ,并由天冬氨酸、谷氨酸、(1R ,3R) 1 氨基 1,3 二羧基环丁烷和 (1R ,3R) 1 氨基 1,3 二羧基环戊烷衍生物桥联的环糊精二聚体 (1～ 4 ,作为主体 ) ,在pH =7.4的水溶液中与几个低分子量的多肽衍生物 :Adm Lys(Adm) Arg Arg 5 ;Adm Lys(Adm) D Arg D Arg 6 ;Adm Cha Arg Arg 7;Adm Cha D Arg D Arg 8(作为客体 ,其中Arg ,Lys,Cha和Adm分别为精氨酸 ,赖氨酸 ,β 环己烷丙氨酸和 1 羧基金刚烷 )之间的键合常数 (Kb)和包合反应的热力学参数 (ΔG° ,ΔH° ,ΔS°) .从主 -客体键合常数的比较、客体嵌入基团的结构与周边环境的考察发现 ,主、客体之间的键合能力因客体非进入基团 (Arg)空间构型上的变化而有所不同 .通过比较主体包结一对手性异构体的自由能变化增量 (-ΔΔGDL°)以及一对手性异构体 (L 与D )与同一主体的键合常数之比 (KL KD) ,讨论了环糊精二聚体对D 型或L 型多肽衍生物的手性识别能力 .根据各体系TΔS°与ΔH°之间较好的线性关系 ,探讨了环糊精二聚体与多肽衍生物之间相互作用的焓 -熵补偿行为 .