四号染色体开放式阅读框19通过调节氮代谢参与结直肠腺癌恶性表型

目的通过基因共表达网络筛选与结直肠腺癌(COAD)发展相关的关键基因,并初步验证其潜在功能。方法从肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库下载COAD患者基因表达谱和临床信息,包括379例COAD患者及39例对照,Kaplan-Meier分析得到COAD预后相关基因后进行权重基因共表达模块(WGCNA)分析;最终获得关键基因后结合分子实验初步验证其功能及潜在机制;多组均数比较采用Kruskal-Wallis检验、两组均数比较采用Mann-whitneyU检验,相关性分析使用Pearson检验。结果共筛出3 170个预后相关基因;WGCNA构建出9个基因模块,其中Brown模块不仅与COAD呈负相关,且与临床分期、TNM分期呈负相关;Brown模块的中心基因C4orf19在COAD肿瘤组织中表达低于对照组[4.37 (4.10~4.49)比2.70 (2.18~3.18),U=684,P<0.01],并且与临床分期(H=9.442,)、T分期(H=9.336)、M分期(U=5 842)和N分期(U=14 572)相关(P均<0.05);免疫组织化学示C4orf19在癌组织组表达低于癌旁组,阳性例数分别为11(27.5%)和35(87.5%),差异有统计学意义(χ^(2)=29.460,P<0.01);沉默C4orf19后,结肠癌细胞增殖(4.494±0.438比3.415±0.453,t=-4.527)、迁移(15.007±0.439比7.583±0.701,t=12.69)及侵袭能力(154.000±4.546比96.667±4.643,t=12.48)高于对照组(P<0.01)。结论 WGCNA是一种有效的系统生物学方法,通过此方法识别出新的抑癌基因C4orf19。