碱基与氮甲基乙酰胺相互作用的从头算和ABEEM_(σπ)研究

选取氮甲基乙酰胺(N-Methylacetamide,NMA)和DNA碱基为研究对象,应用ABEEMσπ/MM方法研究了NMA与碱基之间形成的二聚体的几何构型、电荷分布及结合能等性质,并进行了相应的从头算(abinitio)MP2水平研究,在B3LYP/6-311++G(d,p)水平下对结构进行了优化.将2种方法的研究结果进行比较发现,所获得的构型、电荷及结合能之间具有很好的一致性,NMA与DNA碱基相互作用的强度大小依次为:鸟嘌呤>胸腺嘧啶>胞嘧啶>腺嘌呤,且证明了ABEEMσπ/MM模型的参数具有很好的可转移性.

应用ABEEM/MM力场探究Na^+与氮-甲基乙酰胺及水的相互作用

应用量子化学方法 MP2/6-311++G(d,p)//B3LYP/6-31+G(d,p)和原子-键电负性均衡浮动电荷分子力场(ABEEM/MM),对[Na(H_2O)n]+(n=3～8),[Na(NMA)n]+(n=3～8)和[Na(NMA)n(H_2O)m]+(n+m=4,6)(NMA=氮-甲基乙酰胺)体系的结构、结合能和电荷分布进行研究.在计算结果的基础上,构建上述体系的ABEEM/MM可极化势能函数,优选并确定相关参数.结果表明,ABEEM/MM的计算结果与量子化学的计算结果相符:Na+与配体间距离的平均绝对偏差(AAD)小于0. 007 nm,相对均方根偏差(RRMSD)小于3. 5%,夹角的AAD小于2. 4°,RRMSD小于2. 0%,结合能的AAD小于8. 9 k J/mol,RRMSD小于12. 4%;ABEEM/MM电荷分布与量子力学(QM)电荷分布的线性相关系数在0. 97以上.

Li^+/Be^(2+)与NMA相互作用的理论研究

采用量子化学B3PW91/6-31+G(d,p)方法,对Li+/Be2+与氮甲基乙酰胺(NMA)形成的M(NMA)n(M=Li+/Be2+;n=1~6)团簇进行理论研究.优化得到多种稳定结构,计算并比较不同金属离子配位数下的结合能及电荷分布.结果表明:Be2+与羰基氧的距离RBe-O比Li+与羰基氧的距离RLi-O小;随着金属离子配位数的增加,金属与NMA团簇中羰基氧的距离RM-O变大,内层NMA上的羰基键长RC=O逐渐变小;金属离子上所带的电荷随NMA分子数增加而减小.

应用从头计算和ABEEMσπ极化力场方法对ML_n(M=Na^+/K^+;L=NMA,H_2O;n=1～6)的研究

本文使用从头计算MP2/6-311++G(2d,2p)//B3LYP/6-31+G(d,p)和ABEEM??极化力场(ABEEM??/MM)方法,对MLn(M=Na+/K+;L=N-methlylacetamide,H2O;n=1~6)体系的结构、结合能和电荷分布进行系统研究.研究结果表明,ABEEM??/MM所获得的各种物理量与从头算结果符合很好,其中键长的平均绝对偏差(AAD)接近0.03?,键角的AAD小于0.69°,结合能的AAD小于5%,ABEEM??的电荷分布与从头算的电荷分布的线性相关系数均在0.97以上.