DPP-4与氰基吡咯烷类抑制剂相互作用的分子动力学模拟

通过分子对接、分子动力学(MD)模拟和自由能分析的方法研究3种氰基吡咯烷抑制剂与二肽基肽酶-4(DPP-4)之间的成键机制,分析和讨论3种抑制剂与二肽基肽酶之间的静电相互作用、范德华相互作用。用MM-PBSA方法计算得到的3种抑制剂的结合自由能与实验测得的结果是一致的。抑制剂与残基所形成的氢键能够使抑制剂稳定在结合位点。由残基Tyr631和Tyr666与抑制剂形成的范德华相互作用对结合自由能起到关键作用,并且显著地将3种不同抑制剂的生物活性区分开来。