河南地方猪mtDNA D-loop序列遗传多样性及系统进化分析

为了解河南省地方猪种的遗传资源状况,探究猪种间的亲缘关系,对河南省地方猪种(南阳黑猪、确山黑猪、淮南猪、豫西黑猪)及2个参考猪种(莱芜黑猪、二花脸猪)和野猪共计282个样本的mtDNA D-loop序列进行PCR扩增及序列测定,并结合GenBank中3个国外猪种(杜洛克猪、长白猪、约克夏猪)的38条mtDNA D-loop序列,进行单倍型、遗传多样性、系统发育树、网络分析、歧点分布分析。结果表明,河南省地方猪4个品种共236条序列,定义了32种单倍型,单倍型多样度(Hd)和核苷酸多样度(Pi)分别为0.788~0.854、0.00156~0.00455。构建的NJ系统进化树将所有样本分为2个独立分支,一支包含所有河南各猪种和部分约克夏猪,另一支全部为引进猪种,表明河南地方猪和3个国外猪种具有2个明显不同的母系起源。网络中介图和歧点分布显示,在历史驯养过程中,整个河南地方猪群体曾经历过群体扩张事件。说明河南地方猪种具有较为丰富的遗传多样性,且彼此之间有一定的基因交流。

部分河南地方猪与藏猪选择信号分析

本实验旨在对部分河南地方猪和藏猪筛选全基因组选择信号,研究它们之间的遗传分化情况和基因交流情况。实验基于淮南猪、南阳黑猪、确山黑猪、河南野猪、藏猪以及中国野猪6个猪品种共计66个个体的全基因组重测序数据,通过多种软件对重测序数据进行群体结构分析和选择信号分析,同时利用TreeMix软件对河南地方猪与藏猪进行基因流分析。结果显示:河南地方猪、藏猪与野猪的遗传关系比较远,而河南地方猪和藏猪之间的遗传关系较近。通过群体分化指数(Fixation indices,Fst)方法进行选择信号分析,并对分析结果进行基因功能注释和富集分析,共找到369个基因,GO和KEGG富集分析显示,这些基因主要富集于RNA聚合酶II对转录的负调控通路、神经营养因子信号通路等通路,通过查阅文献得到47个与重要性状相关的候选基因。基因流分析显示藏猪与确山黑猪有基因交流情况。