泛癌分析HOXA基因簇表达及预后意义

目的探讨HOXA基因簇中各蛋白编码基因和非编码基因在泛癌中的表达及对肿瘤预后评估的作用。方法使用NCBI网站GeneBank数据库分析HOXA基因簇中蛋白编码基因和非编码基因的组成及相互位置关系。应用UCSC数据库phasCons评分分析HOXA基因簇序列的保守性。基于美国阿拉巴马大学伯明翰分校创立的癌症组学数据UALCAN分析网站,评估HOXA基因簇转录的11个HOXA编码基因和6个非编码基因在24种癌症中的表达模式,Kaplan-Meier分析在泛癌中HOXA基因簇中蛋白编码基因和非编码基因表达与肿瘤预后的相关性。结果人HOXA基因簇由11个蛋白编码基因和6个已被注释的非编码基因组成,分别位于染色体7p15.2的DNA负链和正链上。HOXA基因簇各蛋白编码基因进化十分保守,而非编码基因的保守性低于编码基因。24种癌症的差异分析结果显示HOXA基因簇转录的蛋白编码基因及非编码基因在肿瘤组织中的表达与正常对照组织有差异,表达模式具有组织器官特异性。生存分析提示HOXA基因簇中蛋白编码基因和非编码基因低表达有利于肾透明细胞癌、子宫内膜癌、肺腺癌、直肠腺癌、胃腺癌、肾嫌色细胞癌、头颈部鳞状细胞癌、甲状腺癌及肾乳头状细胞癌的预后。结论HOXA基因簇成员可能是泛癌诊断和预后的重要分子生物标志物。

细胞分裂周期相关蛋白5(CDCA5)在人类肿瘤中致癌作用的泛癌分析

CDCA5高表达已被发现在多种肿瘤中具有致癌作用.运用生物信息学方法探讨CDCA5在泛癌中的表达特征,通过TCGA和GTEX数据库获得CDCA5在肿瘤样本和癌旁样本中的表达情况,从基因表达、生存分析、基因变异和免疫浸润等方面探讨了CDCA5在不同肿瘤发病机制中的作用;通过GSCA(Gene Set Cancer Analysis)分析CDCA5表达与药物IC_(50)(半数抑制浓度)的关系并用免疫组化验证了该基因;通过STRING和GEPIA2数据库获取与CDCA5相关的基因并进行KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)富集分析.结果表明:CDCA5在大多数肿瘤中高表达,且与部分肿瘤患者的预后存在明显的相关性.CDCA5表达与肿瘤浸润免疫细胞(TIICs)显著相关并且TIICs标记物表现出不同的免疫浸润模式.拷贝数变异(CNV)与CDCA5的表达呈正相关,甲基化与CDCA5的表达呈负相关.IC_(50)数据显示多种药物可显著抑制CDCA5的表达.免疫组化实验证实了CDCA5在肝恶性肿瘤和结肠恶性肿瘤中具有促癌作用,可作为肿瘤治疗的生物标志物,为肿瘤治疗提供了一种新的研究方向.

铁死亡相关基因GLS2在泛癌中的预后及免疫价值

目的基于生物信息学方法评估铁死亡相关基因GLS2在泛癌中对预后及免疫的相关作用。方法采用癌症基因组图谱(TCGA)、GTEx、癌症细胞系百科全书(CCLE)及国际癌症基因组联盟(ICGC)等在线数据库进行GLS2基因泛癌分析,从基因表达、基因突变、生存分析、免疫浸润、免疫检查点相关基因和TMB及MSI等多个方面挖掘GLS2基因在不同肿瘤中的作用。结果GLS2在大多数癌组织与癌旁组织的表达具有显著差异,并且该表达与这些癌症的预后相关。在多种癌症中,GLS2的表达与免疫细胞浸润之间存在正相关关系,并与免疫检查点相关基因有关。GLS2还与TMB、MSI和甲基化呈正相关,其表达与可能的治疗反应具有一定关系。结论通过对铁死亡相关基因GLS2的泛癌分析表明,GLS2的表达可能作为肾透明细胞癌、肾上腺皮质癌、肺腺癌、胰腺癌诊断及预后的重要标志物。

FBXO43在泛癌中的表达及其与免疫细胞浸润和预后的关系

目的基于生物信息学探讨FBXO43在泛癌中的表达及其与免疫细胞浸润和预后的关系。方法从癌症基因组图谱(TCGA)和基因型-组织表达(GTEx)数据库获取33种癌症的基因表达数据,分析FBXO43在33种癌组织中的表达水平;从TCGA数据库中获得33种癌症的临床病理和生存数据,使用基因表达谱交互式分析(GEPIA)工具分析FBXO43表达与患者临床分期相关性;采用Kaplan-Meier生存分析评估FBXO43表达与预后的关系;利用R语言分析FBXO43与免疫细胞浸润、免疫检查点(ICP)基因、肿瘤突变负荷(TMB)、微卫星不稳定性(MSI)、错配修复(MMR)基因的关系。通过基因集富集分析(GSEA)分析FBXO43潜在的生物学机制。采用qRT-PCR检测正常胃黏膜细胞(GES-1)和胃癌细胞(HGC-27、MGC-803、MKN-45),正常肝细胞(LO-2)和肝癌细胞(SMMC-7721、HEPG2、HuH7、MHCC-97H)中FBXO43的表达水平。结果TCGA联合GTEx数据库统计结果显示,肾上腺皮质癌(ACC)、膀胱尿路上皮癌(BLCA)、乳腺浸润癌(BRCA)、宫颈鳞癌和腺癌(CESC)、胆管癌(CHOL)、结肠癌(COAD)和弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBC)等26种癌组织中,FBXO43的表达均高于正常组织(均P<0.05);而肾嫌色细胞癌(KICH)、睾丸癌(TGCT)和甲状腺癌(THCA)3种癌组织中,FBXO43的表达均低于正常组织(均P<0.05)。GEPIA数据分析结果显示,FBXO43表达与ACC、KICH、肾透明细胞癌(KIRC)和肾乳头状细胞癌(KIRP)的临床分期呈正相关,而与卵巢浆液性囊腺癌(OV)和TGCT的临床分期呈负相关(均P<0.05)。Kaplan-Meier生存分析结果显示,FBXO43异常表达与多种癌症的预后相关(均P<0.05)。其中,FBXO43高表达是ACC、KICH、KIRC、KIRP、脑低级别胶质瘤(LGG)、肝细胞癌(LIHC)、间皮瘤(MESO)和肉瘤(SARC)的危险因素;但在胸腺瘤(THYM)中则是保护因素。XCELL算法发现,FBXO43表达与多形成性胶质细胞瘤(GBM)、KIRP、急性髓系白血病(LAML)、肺鳞状细胞癌(LUSC)和OV等9种癌组织中的免疫评分呈负相关(均P<0.05),并与BLCA、COAD、头颈部鳞癌(HNSC)、SARC和THYM等24种癌组织中的免疫细胞浸润水平密切相关,尤其在SARC中与大部分免疫细胞呈显著负相关(P<0.01)。相关性分析表明FBXO43与泛癌中的TMB、MSI和MMR存在显著相关性。GSEA分析显示FBXO43与多种肿瘤的细胞周期和免疫相关功能有关。qRT-PCR结果显示,与正常细胞比较,FBXO43在肝癌细胞中表达上调,在胃癌细胞中表达下降(均P<0.05)。结论FBXO43异常表达与多种癌症的发生、发展密切相关;FBXO43可能是新的免疫细胞浸润和预后的标志物,可为癌症的靶向治疗提供新的方向。

SQLE在泛癌中的预后意义及免疫相关分析

目的:探讨SQLE对泛癌生物学特性的影响,应用生物信息学方法对SQLE与泛癌临床预后及免疫相关性进行预测分析。方法:分析SQLE在肿瘤及正常组织中的表达水平及与泛癌不同临床分期之间的相关性,评估SQLE表达与总体生存期的关系以及与肿瘤微环境的相关性,基因富集分析研究SQLE基因相关生物学功能和信号通路,计算SQLE基因与肿瘤突变负荷、微卫星不稳定性的相关性,分析该基因与免疫调节基因之间的相关性。结果:SQLE基因在多种肿瘤中高表达,且在不同肿瘤分期中差异表达。SQLE高表达在多种肿瘤中是危险因子,SQLE高表达的患者预后更差,且发现SQLE与TMB、MSI相关,并通过不同通路参与肿瘤发生发展。结论:SQLE作为多种癌症有价值的预后生物标志物和治疗的新靶标,在多种癌症的基础研究和临床治疗方面有一定的应用价值。

ANGPT1和TEK影响人类肿瘤进展的泛癌分析

目的探讨血管生成素1(angiopoietins-1,ANGPT1)及其受体TEK(tyrosine kinase)在泛癌中的表达、预后及免疫浸润的情况。方法应用TIMER2.0、Kaplan-Meier plotter、UALCAN等数据库分析ANGPT1及TEK在泛癌中的表达、预后;利用SangerBox3.0及R软件分析ANGPT1、TEK与肿瘤突变负荷(tumor mutation burden,TMB)、微卫星不稳定(microsatellite instability,MSI)、免疫检查点(immune checkpoint,ICP)、免疫浸润的相关性;使用String数据库、GO与KEGG分析鉴定与ANGPT1和TEK相关的蛋白及调节通路。结果ANGPT1和TEK在多数肿瘤中低表达(P<0.05)。ANGPT1、TEK低表达患者预后不良(P<0.05)。ANGPT1和TEK的表达水平与肾透明细胞癌、膀胱尿路上皮癌、乳腺浸润性癌等临床分期相关(P<0.05)。ANGPT1、TEK表达与肿瘤的TMB、MSI、ICP相关(P<0.05),与免疫浸润正相关(P<0.05)。与ANGPT1和TEK关系密切的基因有GRB2、PIK3R1、EGFR等,主要参与Grb2-EGFR、ERBB3:ERBB2、Shc-EGFR等复合物相关的生物学过程和功能,主要涉及ErbB信号通路。结论ANGPT1和TEK可能通过ErbB信号通路在肿瘤发生发展中起重要作用,有望成为多种癌症的潜在临床预后标志物。

m^(7)G甲基转移酶1与泛癌预后及免疫浸润关联的初步分析

目的:探讨多种类型肿瘤中RNA m^(7)G甲基转移酶1(METTL1)表达规律及其与预后、免疫浸润的关联,以期为癌症生物标志物的筛选及其发生、发展机制提供新的参考依据。方法:运用癌症基因组图谱(TCGA)分析33种肿瘤中METTL1 mRNA表达谱及肿瘤组与正常对照组METTL1表达差异;Cox回归模型和Kaplan-Meier探讨METTL1表达与癌症患者预后的相关性;分析肝细胞癌(LIHC)中METTL1表达与免疫浸润的关联,并结合荧光定量PCR初步验证正常肝细胞和肝癌细胞中METTL1与免疫检查点的mRNA表达水平。结果:METTL1在癌组织和癌旁组织表达水平存在差异,在大多数癌组织中呈高表达;METTL1高表达显著缩短脑低级别胶质瘤(LGG)、LIHC和间皮瘤(MESO)患者中位生存时间;LIHC中METTL1表达与多种炎症细胞水平呈正相关关系,且METTL1表达水平与免疫检测点LAG3和PDCD1表达呈正相关关系(P<0.001),这与其在体外培养的肝癌细胞中mRNA表达水平一致。结论:METTL1显著促进大多数肿瘤的发生和进展,其负向调控LGG、LIHC以及MESO患者的预后生存率,并与免疫浸润呈正相关关系,有望作为基于LAG3和PDCD1免疫治疗的癌症生物标志物。

长非编码RNA NRAV在泛癌中的表达和功能研究

LncRNA NRAV是近年来新发现的lncRNA分子,仅少数研究显示其表达水平与肺癌、胰腺导管腺癌的发展紧密相关,但NRAV在其它癌症中的表达情况和功能尚不清晰。通过生物信息学的方法分析NRAV在不同癌症中的差异表达情况及其与癌症患者生存期的关系,并以肝细胞癌(LIHC)作为重点研究对象,基于转录组数据筛选与NRAV共表达的mRNA并进行GO和KEGG功能富集分析,探究NRAV在LIHC中的调控机制与功能。结果显示,NRAV在7种癌症与癌旁组织中差异表达显著,其表达量与5种癌症患者的总生存期以及4种癌症患者的无病生存期显著相关。另外,筛选出的479个共表达靶基因主要富集在DNA修复、蛋白质结合、细胞周期等通路上。该文为进一步了解NRAV与泛癌尤其是肝细胞癌的发生发展关系提供初步依据。

RPL5在泛癌中的预后价值及免疫作用的生物信息学分析

目的核糖体蛋白L5(Ribosomal protein L5,RPL5)是核糖体蛋白家族成员。然而,RPL5在肿瘤发生、进展和免疫治疗中的作用尚未完全阐明。方法通过多种数据库分析RPL5在泛癌中的表达,及其与肿瘤患者的预后、免疫细胞浸润、免疫调节基因、肿瘤突变负荷(tumor mutational burden,TMB)及微卫星不稳定性(microsatellite instability,MSI)的相关性。结果与正常组织相比,RPL5在结肠癌、多形性胶质细胞瘤、肾透明细胞癌、肺腺癌、肺鳞癌、肝细胞肝癌中mRNA表达和蛋白质水平均升高,且RPL5是肾上腺皮质癌、肾乳头状细胞癌和肝细胞肝癌的预后危险因素。在某些癌症中,RPL5表达与免疫细胞浸润、免疫调节基因、TMB及MSI呈负相关。结论RPL5可作为癌症的预后生物标志物和潜在的免疫治疗靶点。

SLC29A1在泛癌中的表达及其临床意义

目的 分析溶质载体家族1号基因(solute carrier family 29 member 1, SLC29A1, ENT1)在泛癌中的表达及其临床意义。方法 利用数据库分析SLC29A1在泛癌中的表达水平及其与肿瘤患者生存期、免疫浸润、免疫检查点、肿瘤突变负荷、微卫星不稳定性、趋化因子及趋化因子受体的关系,并分析SLC29A1在泛癌中的突变特征及SLC29A1与泛癌生物学行为的关系。结果 SLC29A1在急性成淋巴细胞性白血病(acute lymphoblastic leukemia,ALL)、胶质母细胞瘤(glioblastoma,GMBLGG)、脑低级别胶质瘤(lower-grade glioma, LGG)等13种肿瘤中呈显著高表达;而在子宫内膜癌(uterine corpus endometrial carcinoma, UCEC)、宫颈鳞癌和腺癌(cervical squamous cell carcinoma and endocervical adenocarcinoma, CESC)、肺鳞癌(lung squamous cell carcinoma, LUSC)等18种肿瘤中呈显著低表达。且SLC29A1表达水平与肾上腺皮质癌(adrenocortical carcinoma, ACC)患者预后呈正相关,而与LGG患者预后呈负相关。SLC29A1在前列腺癌(prostate adenocarcinoma, PRAD)中的表达水平越高,免疫细胞浸润程度越高,基质评分、免疫评分和基质免疫评分越高。SLC29A1在PRAD中与大多数免疫检查点相关基因呈正相关,而在胸腺癌(thymoma, THYM)中与ENTPD1、TLR4等免疫激活因子呈负相关。SLC29A1在间皮瘤(mesothelioma,MESO)中与趋化因子CX3CL1呈显著正相关,而在多形性胶质母细胞瘤(glioblastoma multiforme,GBM)中与趋化因子受体CXCR2呈显著正相关。SLC29A1在GBMLGG、LGG中与肿瘤突变负荷显著正相关,而在胃腺癌(stomach adenocarcinoma, STAD)中与肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性显著负相关。SLC29A1在食管腺癌患者突变频率最高,且在大多数肿瘤中SLC29A1均与DNA损伤呈正相关。结论 SLC29A1与多种肿瘤的预后、免疫浸润、免疫检查点、肿瘤突变负荷、微卫星不稳定性及肿瘤生物学行为等密切相关,提示其可能成为富有前景的肿瘤治疗靶点。

基于单细胞数据研究泛癌相关坏死性凋亡的生物标志物

目的:基于单细胞测序数据筛选泛癌相关坏死性凋亡的生物标志物,阐明生物标志物对肿瘤的预后和免疫治疗的价值。方法:采用高通量基因表达数据库中下载的23种癌症的单细胞转录组测序数据,基于基因名片数据库中下载的坏死性凋亡基因集对单细胞数据打分,筛选差异表达基因。通过机器学习模型筛选差异基因得到泛癌相关坏死性凋亡的基因集。采用TCGA数据库下载的33种癌症的转录组数据和临床数据,利用基因集变异分析对基因集打分。基于GO、KEGG和GSEA分析基因集的功能和通路、使用COX分析、Kaplan-Meier分析和深度生存模型分析生物标志物的预后价值,并利用深度学习生存分析模型验证基因集预后效果。使用cBioPortal数据库分析免疫浸润相关性。结果:通过单细胞数据筛选出包含34个基因的生物标志物。基因集在大多数肿瘤中表达升高,在坏死性凋亡通路上高表达,并且在葡萄膜黑色素瘤、胰腺腺癌、间皮瘤等多种癌症中与较差的预后相关。基因集的评分与多种免疫细胞浸润相关,包括巨噬细胞、T细胞。结论:基因集在多种肿瘤中高表达,并于预后不良相关,且与免疫细胞密切相关。基因集可能作为一种生物标志物和免疫治疗效果的预测因子,成为有潜力的新的治疗靶点。

TTC9A在泛癌中的表达水平与多种癌症的预后和免疫微环境相关

目的确定四肽重复蛋白9A(TTC9A)在泛癌中的基因表达及其预后价值,明确其与免疫浸润的关系。方法R语言分析癌症基因组图谱及GTEx网站中TTC9A在不同肿瘤组织与正常组织中的表达及其与各种癌症的预后、DNA甲基化、肿瘤突变负荷、微卫星不稳定性的关系;应用TIMER和xCell比较TTC9A表达与免疫浸润的关系;运用免疫印迹法与RT-qPCR检测TTC9A在4种癌症中的表达情况。结果生信结果显示与正常组织相比,TTC9A在多种肿瘤中mRNA表达水平升高,少数肿瘤中下调(P<0.05)。实验结果显示在肺癌、结肠癌和肝癌中,TTC9A的蛋白和mRNA水平均较正常细胞高,与泛癌分析结果一致;而在膀胱癌细胞系中的表达下降,与泛癌分析结果相反。在头颈鳞状细胞癌、肾透明细胞癌、肾乳头状细胞癌、低级别胶质瘤、恶性间皮瘤、子宫内膜癌等肿瘤中,TTC9A的高表达与更好的总生存期、疾病特异性生存期、无进展间期密切相关(P<0.05);而在肺腺癌、胰腺癌、肾上腺癌、直肠腺癌中,高表达TTC9A与更差的总生存期、疾病特异性生存期、无进展间期密切相关(P<0.05)。在多形成性胶质细胞瘤、低级别胶质瘤、葡萄膜黑色素瘤、卵巢浆液性囊腺癌中,TTC9A高甲基化患者预后较好(P<0.05);但是,在宫颈鳞状细胞癌和宫颈内腺癌、头颈部鳞状细胞癌、肺鳞状细胞癌、肾上腺癌、子宫内膜癌中,TTC9A高甲基化患者预后较差(P<0.05)。TTC9A基因表达分别与7种和4种癌症类型的TMB和MSI显著相关(P<0.05)。在大多数癌症类型中,TTC9A与免疫细胞的浸润水平显著相关(P<0.05),尤其B细胞、CD4^(+)T细胞、CD8^(+)T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞和树突状细胞。结论TTC9A可作为多种癌症的预后标志物,且与肿瘤突变负荷、微卫星不稳定性和免疫细胞浸润密切相关。

泛癌中CBLL1的差异表达、预后及其免疫细胞浸润的相关性分析

分析m6A甲基转移酶Cbl原癌基因E3泛素蛋白连接酶样1基因(Hakai,CBLL1)在泛癌中的表达及对肿瘤微环境的影响。方法 从tcga的癌症基因组图谱数据库中获取了多种不同的癌症病例,并利用生物信息学技术研究了CBLL1基因在不同类型的肿瘤中的表现以及其对预后的影响。探讨CBLL1在肿瘤微环境相关细胞浸润方面的影响。结果 CBLL1基因在大多数恶性肿瘤中表达上调,导致了直肠癌、肾透明细胞癌患者远期总生存率及无进展生存期延长;肾上腺皮质癌、膀胱尿路上皮癌及头颈癌患者远期PFS更短。在直肠癌、肾透明细胞癌、膀胱尿路上皮癌和头颈癌中,CBLL1的表达水平与多种免疫细胞浸润水平及抑制性免疫检查点基因的表达水平相关(P<0.05)。结论 CBLL1基因表达水平上调与直肠癌、肾透明细胞癌、膀胱尿路上皮癌和头颈癌的不良预后相关,可能通过抑制免疫浸润及增加抑制性免疫检查点基因的表达水平发挥作用。

血型CD36基因在泛癌中的综合分析

目的通过生物信息学方法研究血型CD36基因在人类恶性肿瘤的表达及其与预后、临床分期和免疫浸润的关系,阐明其对肿瘤的预后评估价值。方法运用UALCAN数据库分析CD36蛋白在肿瘤组织和正常组织间的表达差异;运用GEPIA数据库分析CD36表达与泛癌分期之间的关系;运用SangerBox数据库分析CD36表达与泛癌患者生存预后的关系,分析泛癌中CD36蛋白表达与免疫浸润及TMB、MSI等的相关性,运用String数据库分析与CD36上下游相关的蛋白。结果研究显示CD 36基因在9种肿瘤中观察到了显著上调(P<0.05),18种肿瘤中观察到了显著下调(P<0.05),CD36表达的高低与不同类型肿瘤患者的分期和预后密切相关,CD36在不同的肿瘤中发挥着不同的作用。CD36基因在39个癌种中表达与免疫浸润显著正相关(P<0.05),CD36可能在调节肿瘤免疫环境方面起到重要作用。KEGG和GO富集分析结果显示,候选基因主要参与了toll样受体信号通路、NF-κB信号通路和免疫相关通路免疫应答激活信号。结论CD36基因在不同肿瘤中存在表达差异,CD36基因与多种肿瘤患者的分期和预后密切相关,血型CD36基因有望作为一个重要的肿瘤预后预测基因。

微管蛋白α-1B在泛癌中的表达及临床意义

目的利用生物信息学分析系统阐述微管蛋白α-1B(TUBA1B)与泛癌特征的关系。方法利用TCGA数据库中的肿瘤患者临床资料,从表达水平、疾病分期、预后、基因突变特征、免疫浸润水平和基因富集分析6个方面探讨TUBA1B与各种肿瘤类型的相关性。结果TUBA1B的表达水平在多数肿瘤中高于癌旁(P<0.05),在包括侵袭性乳腺癌等14种肿瘤中具有早期诊断价值(P<0.05),在肾上腺皮质癌等3种肾脏肿瘤中具有晚期进展监测价值(P<0.05),且高表达TUBA1B在多种肿瘤预示较差预后(P<0.05)。免疫浸润分析提示TUBA1B与泛癌中多数免疫浸润细胞及多种免疫相关基因表达呈正相关(P<0.05)。基因富集分析表明TUBA1B可能通过调控细胞周期、DNA损伤修复、有丝分裂等生物学过程参与肿瘤发生发展。结论TUBA1B参与了多种肿瘤的发生发展和免疫浸润,可作为泛癌的肿瘤标志物和潜在的药物靶点。

基于生物信息学分析MYD88在泛癌中的差异表达和临床意义

目的通过生物信息学方法探索和揭示泛癌中MYD88的功能和分子作用。方法通过多种生物数据库和工具,从基因表达水平、预后、免疫细胞浸润等多个角度分析MYD88在泛癌中的分子作用。进一步选择5种癌症类型并收集癌组织样本,采用免疫组化技术对上述生物信息学分析结果进行验证。结果经生物信息学分析及免疫组化分析,在宫颈鳞癌与宫颈腺癌、胶质瘤、卵巢浆液性囊腺癌、多形性胶质母细胞瘤、胃腺癌、乳腺浸润癌组织中的MYD88表达水平高于正常组织(P<0.05),MYD88表达水平升高与部分癌症患者预后、免疫细胞浸润具有明显相关性(P<0.05)。与MYD88相互作用基因和共表达基因参与了核因子κB(nuclear factor kappa-B,NF-κB)信号通路、Toll样受体(toll-like receptor,TLR)信号通路、NOD样受体(NOD-like receptor,NLR)信号通路等关键信号通路。另外,这些基因参与了天然免疫应答、炎症反应、信号转导、转录调控、细胞凋亡等多种生物过程。结论MYD88在多种癌组织中高表达,与患者预后存在相关性,有望成为多种癌症的新型生物标志物。

MAP4K1于泛癌中的突变、转录与免疫调控图谱

目的探讨MAP4K1基因在泛癌中的表达、突变、预后影响和免疫浸润,并考察其作为免疫疗法新靶点的潜力。方法利用UCSC数据库中的泛癌数据集与GEPIA 2数据库,探究MAP4K1的表达差异和生存率关系。小提琴图展示MAP4K1在泛癌与正常组织中的差异;Kaplan-Meier曲线评估生存关联。此外,还进行了实时荧光定量PCR测定MAP4K1mRNA水平,cBioPortal网站分析基因突变和编码顺序变化,TIMER1.0网站探索免疫浸润联系。结果MAP4K1基因在大多数泛癌组织中的表达量高于正常组织,MAP4K1mRNA在胰腺癌和急性髓性白血病细胞中明显高表达;而在卵巢癌细胞,黑色素瘤细胞,胶质瘤细胞中低表达,与肿瘤纯度负相关、免疫浸润正相关。基因改变频率为2.9%,以扩增和深度缺失为主,子宫内膜癌等癌症中突变频率高。此外,MAP4K1在泛癌中一共有156处突变,其中错义突变为主要类型。MAP4K1的表达与生存期关系复杂,既可能与较长生存期相关,也可能预示较短生存期。结论本研究探究了MAP4K1在多种癌症发生和发展中的重要作用,揭示了其在癌症治疗中作为潜在靶标的可能性。这些发现能为癌症免疫治疗策略的发展提供一定的参考,可能对未来癌症治疗方法具有借鉴意义。

基于网络数据库的TFEB泛癌分析

目的:研究转录因子EB(TFEB)基因在人肿瘤组织中的表达、预后相关性及免疫浸润等情况,进而探究其临床意义。方法:使用TIMER2.0、GEPIA2分析各类肿瘤组织中TFEB的表达情况及其与患者预后的相关性,使用TIME2.0分析TFEB在肿瘤中与免疫浸润水平的相关性。结果:肾上腺皮质癌、宫颈癌、胰腺腺癌等肿瘤组织中TFEB高表达与预后相关,且与免疫浸润水平呈正相关。结论:TFEB表达与多种恶性肿瘤患者临床预后及免疫浸润水平相关,可作为肾上腺皮质癌、宫颈癌、胰腺腺癌等恶性肿瘤新的生物标志物。

7-脱氢胆固醇还原酶在人类肿瘤中致癌作用的泛癌分析

探究DHCR7(7-脱氢胆固醇还原酶)基因在肿瘤里的表达概况,以及临床预后关联情况。方法 采用数据库(TCGA和GEO)的数据研究DHCR7在癌组织和癌旁组织里的表达差异情况,采用GEPIA2数据库里分析DHCR7不同表达情况肿瘤患者的OS(总生存率)和DFS(无病生存率);使用cBioPortal工具分析肿瘤的蛋白质结构的改变频率、突变位点信息及类型、copy number changes (CNA)和3D (three-dimensional)结构数据;使用TIMER2数据库分析DHCR7的表达与所有TCGA数据库中肿瘤免疫浸润的关系。结果 与正常组织相比,DHCR7的表达水平在大多数人类肿瘤中增加,在几种原发性肿瘤组织中DHCR7的蛋白有更高的表达;DHCR7表达的升高与CESC、HNSC、BLCA和UVM癌症的的不良预后有关;DHCR7的最高改变频率在食管腺癌患者中约为22%,在不同类型的遗传改变中,扩增是最常见的类型;免疫细胞浸润分析结果显示DHCR7的表达与HNSC中CD8+ T细胞的浸润之间负相关。结论 DHCR7的表达水平在大多数人类肿瘤中升高,并且和临床不良预后紧密相关,DHCR7的表达的升高影响了肿瘤中免疫细胞的浸润,因此其可能作为肿瘤治疗新靶点。

BMP7在泛癌中的表达及与食管癌增殖的关系

探究BMP7在泛癌中的表达及对食管癌细胞增殖的影响。 方法 通过多个在线数据库进行BMP7在泛癌中的差异表达分析。通过体外食管癌细胞增殖实验了解BMP7对食管癌细胞增殖的影响。结果BMP7在THCA、READ、PRAD、PCPG、LUSC、LUAD、LIHC、KIRP、KIRC、KICH、HNSC、ESCA、COAD、CHOL、BRCA、BLCA中癌组织的表达水平较非肿瘤组织更高(所有P<0.05);ESCA中癌组织的BMP7比非癌组织表达更高(P<0.05),相对于正常组织,在ESCA中,1期、2期和3期、4期可见有差异(P<0.05)。细胞平板克隆实验可见抑制BMP7后食管癌细胞增殖变差。结论 BMP7在泛癌中包括食管癌的发病中可能有促癌作用。