泛癌分析HOXA基因簇表达及预后意义

目的探讨HOXA基因簇中各蛋白编码基因和非编码基因在泛癌中的表达及对肿瘤预后评估的作用。方法使用NCBI网站GeneBank数据库分析HOXA基因簇中蛋白编码基因和非编码基因的组成及相互位置关系。应用UCSC数据库phasCons评分分析HOXA基因簇序列的保守性。基于美国阿拉巴马大学伯明翰分校创立的癌症组学数据UALCAN分析网站,评估HOXA基因簇转录的11个HOXA编码基因和6个非编码基因在24种癌症中的表达模式,Kaplan-Meier分析在泛癌中HOXA基因簇中蛋白编码基因和非编码基因表达与肿瘤预后的相关性。结果人HOXA基因簇由11个蛋白编码基因和6个已被注释的非编码基因组成,分别位于染色体7p15.2的DNA负链和正链上。HOXA基因簇各蛋白编码基因进化十分保守,而非编码基因的保守性低于编码基因。24种癌症的差异分析结果显示HOXA基因簇转录的蛋白编码基因及非编码基因在肿瘤组织中的表达与正常对照组织有差异,表达模式具有组织器官特异性。生存分析提示HOXA基因簇中蛋白编码基因和非编码基因低表达有利于肾透明细胞癌、子宫内膜癌、肺腺癌、直肠腺癌、胃腺癌、肾嫌色细胞癌、头颈部鳞状细胞癌、甲状腺癌及肾乳头状细胞癌的预后。结论HOXA基因簇成员可能是泛癌诊断和预后的重要分子生物标志物。

细胞分裂周期相关蛋白5(CDCA5)在人类肿瘤中致癌作用的泛癌分析

CDCA5高表达已被发现在多种肿瘤中具有致癌作用.运用生物信息学方法探讨CDCA5在泛癌中的表达特征,通过TCGA和GTEX数据库获得CDCA5在肿瘤样本和癌旁样本中的表达情况,从基因表达、生存分析、基因变异和免疫浸润等方面探讨了CDCA5在不同肿瘤发病机制中的作用;通过GSCA(Gene Set Cancer Analysis)分析CDCA5表达与药物IC_(50)(半数抑制浓度)的关系并用免疫组化验证了该基因;通过STRING和GEPIA2数据库获取与CDCA5相关的基因并进行KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)富集分析.结果表明:CDCA5在大多数肿瘤中高表达,且与部分肿瘤患者的预后存在明显的相关性.CDCA5表达与肿瘤浸润免疫细胞(TIICs)显著相关并且TIICs标记物表现出不同的免疫浸润模式.拷贝数变异(CNV)与CDCA5的表达呈正相关,甲基化与CDCA5的表达呈负相关.IC_(50)数据显示多种药物可显著抑制CDCA5的表达.免疫组化实验证实了CDCA5在肝恶性肿瘤和结肠恶性肿瘤中具有促癌作用,可作为肿瘤治疗的生物标志物,为肿瘤治疗提供了一种新的研究方向.

铁死亡相关基因GLS2在泛癌中的预后及免疫价值

目的基于生物信息学方法评估铁死亡相关基因GLS2在泛癌中对预后及免疫的相关作用。方法采用癌症基因组图谱(TCGA)、GTEx、癌症细胞系百科全书(CCLE)及国际癌症基因组联盟(ICGC)等在线数据库进行GLS2基因泛癌分析,从基因表达、基因突变、生存分析、免疫浸润、免疫检查点相关基因和TMB及MSI等多个方面挖掘GLS2基因在不同肿瘤中的作用。结果GLS2在大多数癌组织与癌旁组织的表达具有显著差异,并且该表达与这些癌症的预后相关。在多种癌症中,GLS2的表达与免疫细胞浸润之间存在正相关关系,并与免疫检查点相关基因有关。GLS2还与TMB、MSI和甲基化呈正相关,其表达与可能的治疗反应具有一定关系。结论通过对铁死亡相关基因GLS2的泛癌分析表明,GLS2的表达可能作为肾透明细胞癌、肾上腺皮质癌、肺腺癌、胰腺癌诊断及预后的重要标志物。

SQLE在泛癌中的预后意义及免疫相关分析

目的:探讨SQLE对泛癌生物学特性的影响,应用生物信息学方法对SQLE与泛癌临床预后及免疫相关性进行预测分析。方法:分析SQLE在肿瘤及正常组织中的表达水平及与泛癌不同临床分期之间的相关性,评估SQLE表达与总体生存期的关系以及与肿瘤微环境的相关性,基因富集分析研究SQLE基因相关生物学功能和信号通路,计算SQLE基因与肿瘤突变负荷、微卫星不稳定性的相关性,分析该基因与免疫调节基因之间的相关性。结果:SQLE基因在多种肿瘤中高表达,且在不同肿瘤分期中差异表达。SQLE高表达在多种肿瘤中是危险因子,SQLE高表达的患者预后更差,且发现SQLE与TMB、MSI相关,并通过不同通路参与肿瘤发生发展。结论:SQLE作为多种癌症有价值的预后生物标志物和治疗的新靶标,在多种癌症的基础研究和临床治疗方面有一定的应用价值。

ANGPT1和TEK影响人类肿瘤进展的泛癌分析

目的探讨血管生成素1(angiopoietins-1,ANGPT1)及其受体TEK(tyrosine kinase)在泛癌中的表达、预后及免疫浸润的情况。方法应用TIMER2.0、Kaplan-Meier plotter、UALCAN等数据库分析ANGPT1及TEK在泛癌中的表达、预后;利用SangerBox3.0及R软件分析ANGPT1、TEK与肿瘤突变负荷(tumor mutation burden,TMB)、微卫星不稳定(microsatellite instability,MSI)、免疫检查点(immune checkpoint,ICP)、免疫浸润的相关性;使用String数据库、GO与KEGG分析鉴定与ANGPT1和TEK相关的蛋白及调节通路。结果ANGPT1和TEK在多数肿瘤中低表达(P<0.05)。ANGPT1、TEK低表达患者预后不良(P<0.05)。ANGPT1和TEK的表达水平与肾透明细胞癌、膀胱尿路上皮癌、乳腺浸润性癌等临床分期相关(P<0.05)。ANGPT1、TEK表达与肿瘤的TMB、MSI、ICP相关(P<0.05),与免疫浸润正相关(P<0.05)。与ANGPT1和TEK关系密切的基因有GRB2、PIK3R1、EGFR等,主要参与Grb2-EGFR、ERBB3:ERBB2、Shc-EGFR等复合物相关的生物学过程和功能,主要涉及ErbB信号通路。结论ANGPT1和TEK可能通过ErbB信号通路在肿瘤发生发展中起重要作用,有望成为多种癌症的潜在临床预后标志物。

m^(7)G甲基转移酶1与泛癌预后及免疫浸润关联的初步分析

目的:探讨多种类型肿瘤中RNA m^(7)G甲基转移酶1(METTL1)表达规律及其与预后、免疫浸润的关联,以期为癌症生物标志物的筛选及其发生、发展机制提供新的参考依据。方法:运用癌症基因组图谱(TCGA)分析33种肿瘤中METTL1 mRNA表达谱及肿瘤组与正常对照组METTL1表达差异;Cox回归模型和Kaplan-Meier探讨METTL1表达与癌症患者预后的相关性;分析肝细胞癌(LIHC)中METTL1表达与免疫浸润的关联,并结合荧光定量PCR初步验证正常肝细胞和肝癌细胞中METTL1与免疫检查点的mRNA表达水平。结果:METTL1在癌组织和癌旁组织表达水平存在差异,在大多数癌组织中呈高表达;METTL1高表达显著缩短脑低级别胶质瘤(LGG)、LIHC和间皮瘤(MESO)患者中位生存时间;LIHC中METTL1表达与多种炎症细胞水平呈正相关关系,且METTL1表达水平与免疫检测点LAG3和PDCD1表达呈正相关关系(P<0.001),这与其在体外培养的肝癌细胞中mRNA表达水平一致。结论:METTL1显著促进大多数肿瘤的发生和进展,其负向调控LGG、LIHC以及MESO患者的预后生存率,并与免疫浸润呈正相关关系,有望作为基于LAG3和PDCD1免疫治疗的癌症生物标志物。

长非编码RNA NRAV在泛癌中的表达和功能研究

LncRNA NRAV是近年来新发现的lncRNA分子,仅少数研究显示其表达水平与肺癌、胰腺导管腺癌的发展紧密相关,但NRAV在其它癌症中的表达情况和功能尚不清晰。通过生物信息学的方法分析NRAV在不同癌症中的差异表达情况及其与癌症患者生存期的关系,并以肝细胞癌(LIHC)作为重点研究对象,基于转录组数据筛选与NRAV共表达的mRNA并进行GO和KEGG功能富集分析,探究NRAV在LIHC中的调控机制与功能。结果显示,NRAV在7种癌症与癌旁组织中差异表达显著,其表达量与5种癌症患者的总生存期以及4种癌症患者的无病生存期显著相关。另外,筛选出的479个共表达靶基因主要富集在DNA修复、蛋白质结合、细胞周期等通路上。该文为进一步了解NRAV与泛癌尤其是肝细胞癌的发生发展关系提供初步依据。

RPL5在泛癌中的预后价值及免疫作用的生物信息学分析

目的核糖体蛋白L5(Ribosomal protein L5,RPL5)是核糖体蛋白家族成员。然而,RPL5在肿瘤发生、进展和免疫治疗中的作用尚未完全阐明。方法通过多种数据库分析RPL5在泛癌中的表达,及其与肿瘤患者的预后、免疫细胞浸润、免疫调节基因、肿瘤突变负荷(tumor mutational burden,TMB)及微卫星不稳定性(microsatellite instability,MSI)的相关性。结果与正常组织相比,RPL5在结肠癌、多形性胶质细胞瘤、肾透明细胞癌、肺腺癌、肺鳞癌、肝细胞肝癌中mRNA表达和蛋白质水平均升高,且RPL5是肾上腺皮质癌、肾乳头状细胞癌和肝细胞肝癌的预后危险因素。在某些癌症中,RPL5表达与免疫细胞浸润、免疫调节基因、TMB及MSI呈负相关。结论RPL5可作为癌症的预后生物标志物和潜在的免疫治疗靶点。

基于单细胞数据研究泛癌相关坏死性凋亡的生物标志物

目的:基于单细胞测序数据筛选泛癌相关坏死性凋亡的生物标志物,阐明生物标志物对肿瘤的预后和免疫治疗的价值。方法:采用高通量基因表达数据库中下载的23种癌症的单细胞转录组测序数据,基于基因名片数据库中下载的坏死性凋亡基因集对单细胞数据打分,筛选差异表达基因。通过机器学习模型筛选差异基因得到泛癌相关坏死性凋亡的基因集。采用TCGA数据库下载的33种癌症的转录组数据和临床数据,利用基因集变异分析对基因集打分。基于GO、KEGG和GSEA分析基因集的功能和通路、使用COX分析、Kaplan-Meier分析和深度生存模型分析生物标志物的预后价值,并利用深度学习生存分析模型验证基因集预后效果。使用cBioPortal数据库分析免疫浸润相关性。结果:通过单细胞数据筛选出包含34个基因的生物标志物。基因集在大多数肿瘤中表达升高,在坏死性凋亡通路上高表达,并且在葡萄膜黑色素瘤、胰腺腺癌、间皮瘤等多种癌症中与较差的预后相关。基因集的评分与多种免疫细胞浸润相关,包括巨噬细胞、T细胞。结论:基因集在多种肿瘤中高表达,并于预后不良相关,且与免疫细胞密切相关。基因集可能作为一种生物标志物和免疫治疗效果的预测因子,成为有潜力的新的治疗靶点。

TTC9A在泛癌中的表达水平与多种癌症的预后和免疫微环境相关

目的确定四肽重复蛋白9A(TTC9A)在泛癌中的基因表达及其预后价值,明确其与免疫浸润的关系。方法R语言分析癌症基因组图谱及GTEx网站中TTC9A在不同肿瘤组织与正常组织中的表达及其与各种癌症的预后、DNA甲基化、肿瘤突变负荷、微卫星不稳定性的关系;应用TIMER和xCell比较TTC9A表达与免疫浸润的关系;运用免疫印迹法与RT-qPCR检测TTC9A在4种癌症中的表达情况。结果生信结果显示与正常组织相比,TTC9A在多种肿瘤中mRNA表达水平升高,少数肿瘤中下调(P<0.05)。实验结果显示在肺癌、结肠癌和肝癌中,TTC9A的蛋白和mRNA水平均较正常细胞高,与泛癌分析结果一致;而在膀胱癌细胞系中的表达下降,与泛癌分析结果相反。在头颈鳞状细胞癌、肾透明细胞癌、肾乳头状细胞癌、低级别胶质瘤、恶性间皮瘤、子宫内膜癌等肿瘤中,TTC9A的高表达与更好的总生存期、疾病特异性生存期、无进展间期密切相关(P<0.05);而在肺腺癌、胰腺癌、肾上腺癌、直肠腺癌中,高表达TTC9A与更差的总生存期、疾病特异性生存期、无进展间期密切相关(P<0.05)。在多形成性胶质细胞瘤、低级别胶质瘤、葡萄膜黑色素瘤、卵巢浆液性囊腺癌中,TTC9A高甲基化患者预后较好(P<0.05);但是,在宫颈鳞状细胞癌和宫颈内腺癌、头颈部鳞状细胞癌、肺鳞状细胞癌、肾上腺癌、子宫内膜癌中,TTC9A高甲基化患者预后较差(P<0.05)。TTC9A基因表达分别与7种和4种癌症类型的TMB和MSI显著相关(P<0.05)。在大多数癌症类型中,TTC9A与免疫细胞的浸润水平显著相关(P<0.05),尤其B细胞、CD4^(+)T细胞、CD8^(+)T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞和树突状细胞。结论TTC9A可作为多种癌症的预后标志物,且与肿瘤突变负荷、微卫星不稳定性和免疫细胞浸润密切相关。

血型CD36基因在泛癌中的综合分析

目的通过生物信息学方法研究血型CD36基因在人类恶性肿瘤的表达及其与预后、临床分期和免疫浸润的关系,阐明其对肿瘤的预后评估价值。方法运用UALCAN数据库分析CD36蛋白在肿瘤组织和正常组织间的表达差异;运用GEPIA数据库分析CD36表达与泛癌分期之间的关系;运用SangerBox数据库分析CD36表达与泛癌患者生存预后的关系,分析泛癌中CD36蛋白表达与免疫浸润及TMB、MSI等的相关性,运用String数据库分析与CD36上下游相关的蛋白。结果研究显示CD 36基因在9种肿瘤中观察到了显著上调(P<0.05),18种肿瘤中观察到了显著下调(P<0.05),CD36表达的高低与不同类型肿瘤患者的分期和预后密切相关,CD36在不同的肿瘤中发挥着不同的作用。CD36基因在39个癌种中表达与免疫浸润显著正相关(P<0.05),CD36可能在调节肿瘤免疫环境方面起到重要作用。KEGG和GO富集分析结果显示,候选基因主要参与了toll样受体信号通路、NF-κB信号通路和免疫相关通路免疫应答激活信号。结论CD36基因在不同肿瘤中存在表达差异,CD36基因与多种肿瘤患者的分期和预后密切相关,血型CD36基因有望作为一个重要的肿瘤预后预测基因。

微管蛋白α-1B在泛癌中的表达及临床意义

目的利用生物信息学分析系统阐述微管蛋白α-1B(TUBA1B)与泛癌特征的关系。方法利用TCGA数据库中的肿瘤患者临床资料,从表达水平、疾病分期、预后、基因突变特征、免疫浸润水平和基因富集分析6个方面探讨TUBA1B与各种肿瘤类型的相关性。结果TUBA1B的表达水平在多数肿瘤中高于癌旁(P<0.05),在包括侵袭性乳腺癌等14种肿瘤中具有早期诊断价值(P<0.05),在肾上腺皮质癌等3种肾脏肿瘤中具有晚期进展监测价值(P<0.05),且高表达TUBA1B在多种肿瘤预示较差预后(P<0.05)。免疫浸润分析提示TUBA1B与泛癌中多数免疫浸润细胞及多种免疫相关基因表达呈正相关(P<0.05)。基因富集分析表明TUBA1B可能通过调控细胞周期、DNA损伤修复、有丝分裂等生物学过程参与肿瘤发生发展。结论TUBA1B参与了多种肿瘤的发生发展和免疫浸润,可作为泛癌的肿瘤标志物和潜在的药物靶点。

基于生物信息学分析MYD88在泛癌中的差异表达和临床意义

目的通过生物信息学方法探索和揭示泛癌中MYD88的功能和分子作用。方法通过多种生物数据库和工具,从基因表达水平、预后、免疫细胞浸润等多个角度分析MYD88在泛癌中的分子作用。进一步选择5种癌症类型并收集癌组织样本,采用免疫组化技术对上述生物信息学分析结果进行验证。结果经生物信息学分析及免疫组化分析,在宫颈鳞癌与宫颈腺癌、胶质瘤、卵巢浆液性囊腺癌、多形性胶质母细胞瘤、胃腺癌、乳腺浸润癌组织中的MYD88表达水平高于正常组织(P<0.05),MYD88表达水平升高与部分癌症患者预后、免疫细胞浸润具有明显相关性(P<0.05)。与MYD88相互作用基因和共表达基因参与了核因子κB(nuclear factor kappa-B,NF-κB)信号通路、Toll样受体(toll-like receptor,TLR)信号通路、NOD样受体(NOD-like receptor,NLR)信号通路等关键信号通路。另外,这些基因参与了天然免疫应答、炎症反应、信号转导、转录调控、细胞凋亡等多种生物过程。结论MYD88在多种癌组织中高表达,与患者预后存在相关性,有望成为多种癌症的新型生物标志物。

基于网络数据库的TFEB泛癌分析

目的:研究转录因子EB(TFEB)基因在人肿瘤组织中的表达、预后相关性及免疫浸润等情况,进而探究其临床意义。方法:使用TIMER2.0、GEPIA2分析各类肿瘤组织中TFEB的表达情况及其与患者预后的相关性,使用TIME2.0分析TFEB在肿瘤中与免疫浸润水平的相关性。结果:肾上腺皮质癌、宫颈癌、胰腺腺癌等肿瘤组织中TFEB高表达与预后相关,且与免疫浸润水平呈正相关。结论:TFEB表达与多种恶性肿瘤患者临床预后及免疫浸润水平相关,可作为肾上腺皮质癌、宫颈癌、胰腺腺癌等恶性肿瘤新的生物标志物。

BMP7在泛癌中的表达及与食管癌增殖的关系

探究BMP7在泛癌中的表达及对食管癌细胞增殖的影响。 方法 通过多个在线数据库进行BMP7在泛癌中的差异表达分析。通过体外食管癌细胞增殖实验了解BMP7对食管癌细胞增殖的影响。结果BMP7在THCA、READ、PRAD、PCPG、LUSC、LUAD、LIHC、KIRP、KIRC、KICH、HNSC、ESCA、COAD、CHOL、BRCA、BLCA中癌组织的表达水平较非肿瘤组织更高(所有P<0.05);ESCA中癌组织的BMP7比非癌组织表达更高(P<0.05),相对于正常组织,在ESCA中,1期、2期和3期、4期可见有差异(P<0.05)。细胞平板克隆实验可见抑制BMP7后食管癌细胞增殖变差。结论 BMP7在泛癌中包括食管癌的发病中可能有促癌作用。

丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶11在泛癌的发生和预后中的作用及免疫分析

目的探讨丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶11(STK11)在各种肿瘤中的潜在免疫功能和预后价值,为肿瘤的免疫治疗和预后提供依据。方法从TCGA、CCLE和GTEx数据库获取正常组织、肿瘤细胞和肿瘤组织中STK11基因的表达水平,采用R软件、Kaplan-Meier方法和对数秩检验分析STK11表达水平与预后的相关性,ESTIMATE算法计算每个肿瘤样品的免疫评分、基质评分和综合评分,R软件分析STK11表达与这些评分之间的关系。结果STK11在胆管癌、头颈部鳞状细胞癌、肾嫌色细胞癌、肺鳞癌、胰腺癌和直肠腺癌中高表达,而在宫颈癌和子宫肉瘤等16种肿瘤中低表达;其表达水平与肝细胞癌和子宫内膜癌等7种肿瘤总体生存期显著相关,可作为预后指标。STK11表达水平在多形胶质母细胞瘤和肺腺癌等6种肿瘤中与免疫评分、基质评分和综合评分呈显著负相关,且与肝细胞癌和肺腺癌等部分肿瘤的免疫浸润密切相关。结论STK11基因在不同类型肿瘤中的表达有差异性(6种肿瘤中高表达,16种肿瘤中低表达),且与部分肿瘤免疫浸润相关,可作为预后指标。

基于MSR1 mRNA和蛋白在泛癌组织中表达的生物信息学分析及其意义

目的:通过生物信息学分析探讨巨噬细胞清道夫受体1 (MSR1)在泛癌组织中的表达水平、患者生存情况和免疫特性,阐明MSR1作为新的生物标志物对肿瘤的诊断、预后和免疫治疗的价值。方法:采用临床生信之家数据库和Sangerbox数据库分析正常组织和肿瘤组织中MSR1 mRNA表达水平,采用人类蛋白质图谱(HPA)数据库分析MSR1蛋白表达情况,采用单因素生存分析和Kaplan-Meier分析评估MSR1对预后的价值,采用肿瘤免疫单细胞中心(TISCH)数据库的单细胞测序结果分析MSR1在各种细胞类型中的表达情况,采用肿瘤免疫估计资源(TIMER2.0)、肿瘤免疫共基因小鼠(TISMO)、肿瘤免疫功能障碍与排斥(TIDE)和基因集癌症分析(GSCA)数据库分析泛癌组织中MSR1表达水平与免疫细胞浸润、免疫检查点基因表达和免疫治疗反应之间的相关性。结果:与正常组织比较,在17种肿瘤组织中MSR1 mRNA表达水平上调,包括乳腺浸润性癌(BRCA)、结肠腺癌(COAD)、食道癌(ESCA)、多形性胶质母细胞瘤(GBM)、头颈部鳞状细胞癌(HNSC)、肾透明细胞癌(KIRC)、肾性肾乳头状细胞癌(KIRP)、脑低级别胶质瘤(LGG)、肝细胞癌(LIHC)、卵巢浆液性囊腺癌(OV)、胰腺腺癌(PAAD)、前列腺癌(PRAD)、皮肤黑色素瘤(SKCM)、胃腺癌(STAD)、睾丸生殖细胞肿瘤(TGCT)、甲状腺癌(THCA)和子宫颈肉瘤(UCS)(P<0.01);与正常组织比较,乳腺癌、子宫内膜癌、肝癌、卵巢癌、皮肤黑色素瘤、睾丸癌、胰腺癌和前列腺癌组织中MSR1蛋白表达水平也有不同程度的升高。在膀胱尿路上皮癌(BLCA)[风险比(HR)=1.01, P=0.047, 95%CI (1.00, 1.03)]、 LGG [HR=1.03, P<0.001,95%CI (1.02, 1.04)]、 LIHC [HR=1.04, P=0.007, 95%CI (1.01, 1.07)]、 OV [HR=1.02, P=0.028, 95%CI (1.00, 1.03)]、 STAD [HR=1.02, P=0.016, 95%CI (1.00,1.04)]、 THCA [HR=1.06, P=0.006, 95%CI (1.02, 1.11)]和葡萄膜黑色素瘤(UVM)[HR=1.18,P=0.044,95%CI (1.00,1.40)]中MSR1高表达与患者较差的总生存期(OS)有关;在LGG [HR=1.03,P<0.001,95%CI (1.02,1.04)]、子宫宫体内膜癌(UCEC)[HR=1.05,P=0.038,95%CI(1.00,1.10)]和UVM [HR=1.2,P=0.036,95%CI(1.01,1.41)]中MSR1高表达与患者较差的疾病特异生存期(DSS)有关。单细胞测序,MSR1主要表达于树突状细胞(DC)和单核巨噬细胞。MSR1表达与多种免疫细胞浸润呈正相关关系(P<0.05),包括CD8+T淋巴细胞、自然杀伤(NK)细胞、调节性T淋巴细胞(Treg)和肿瘤相关成纤维细胞(CAF)。MSR1与经典免疫检查点基因和免疫治疗反应标志物呈明显正相关关系(P<0.05)。结论:MSR1在多种肿瘤组织中高表达,与多种肿瘤患者预后不良和免疫因素密切相关。MSR1可能作为一种诊断性的肿瘤标记物和肿瘤预后及免疫治疗效果的预测因子,并且有潜力成为一种新的治疗靶点。

果糖和甘露糖代谢在泛癌中的综合多组学分析

目的:探讨果糖和甘露糖代谢基因在各种癌症类型中的变化。方法:利用生物信息学方法分析果糖和甘露糖代谢基因在各种癌症类型中的变化。结果:在部分癌症类型中果糖和甘露糖代谢基因表达上调,这些基因表达的变化源于拷贝数变异和DNA甲基化。进一步的通路分析发现,果糖和甘露糖代谢基因的改变可以影响常见的致癌通路,如细胞凋亡、细胞周期、上皮—间质转化通路等。结论:癌症疾病中存在果糖与甘露糖代谢失调,而这一变化影响到癌症的发生发展。

基于数据库探索HLA-DPB1基因在泛癌中的潜在价值

目的:探索HLA-DPB1在泛癌中的表达及其对患者预后、肿瘤免疫细胞浸润的影响及作用机制。方法:从UCSC XENA、TCGA数据库获取基因转录组和临床数据,从UALCAN、HPA数据库获取HLA-DPB1蛋白质在泛癌中的表达情况;使用Cox回归和Kaplan-Meier分析评估HLA-DPB1在泛癌中的预后价值;使用ESTIMATE算法和Timer数据库分析HLA-DPB1表达与免疫细胞浸润的相关性;使用cBioPortal数据库分析泛癌中HLA-DPB1的基因突变及其对预后的影响;使用STRING,GEPIA2及R包对HLA-DPB1相关基因进行GO功能注释及KEGG通路富集分析,进一步通过GSEA软件分析HLA-DPB1的生物学功能;采用Cancer SEA数据库分析HLA-DPB1对单个细胞功能状态的影响。结果:HLA-DPB1在大多数肿瘤组织中表达升高,HLA-DPB1高表达与宫颈鳞癌和腺癌(P=0.03)、肾透明细胞癌(P=1.8×10^(-3))、肺腺癌(P=1.0×10^(-4))、子宫内膜癌(P=0.02)、肉瘤(P=4.5×10^(-3))、皮肤黑色素瘤(P=5.6×10^(-7))的良好预后显著相关。HLA-DPB1基因突变存在于多种恶性肿瘤中,是皮肤恶性肿瘤的不良预后因素。HLA-DPB1表达促进肿瘤微环境中的免疫细胞浸润和免疫检查点相关基因的表达。HLA-DPB1可能通过FcεRI介导Ca^(2+)动员、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)激活及NF-κB激活等信号通路参与肿瘤免疫、炎症反应过程。结论:HLA-DPB1的表达水平与不同肿瘤患者的临床预后及免疫细胞浸润高度相关,HLA-DPB1有望成为新的肿瘤预后标志物和免疫治疗的潜在靶点。

m5C修饰调节因子在泛癌中的作用和潜在抑制剂分析

目的 RNA的5-甲基胞嘧啶(m5C)修饰参与多种生理和病理过程,特别是在肿瘤的发生和发展中。本研究通过泛癌中m5C修饰调节因子分析泛癌中的m5C水平与预后的关系,并探究潜在的m5C抑制药物。方法 从癌症基因图谱(TCGA)数据库下载33种癌症的RNA-Seq数据,使用R软件分析m5C修饰调节因子在癌和癌旁组织中的表达水平。随后,我们通过CMap预测可能抑制泛癌中m5C修饰的潜在药物,并通过m5C dot blot和细胞生长实验验证其抑制作用。结果 在大多数肿瘤类型中,m5C的Writers和Readers都有着明显的高表达,肿瘤组织m5C总体水平高的相较于m5C总体水平低的患者,其总体生存期(OS)显著缩短(P<0.05)。重要的是,预测的m5C抑制药物可以有效抑制癌细胞的总体m5C水平以及增殖。结论 我们的研究表明,在多种癌症类型中,高水平的m5C修饰和m5C修饰调节因子的异常表达与恶性肿瘤密切相关,表明m5C修饰调节因子可能是有希望的预后生物标志物,并可作为癌症治疗的潜在靶点。