泛癌症分析DEAH盒解旋酶16的表达及其预后意义

目的泛癌症分析DEAH盒解旋酶16 (DHX16)的表达、预后意义及作用机制。方法利用癌症基因组图谱组织(TCGA)门户网站UALCAN泛癌症分析DHX16的表达及其与预后关系;通过蛋白之间相互作用平台InBio MapTM下载与DHX16相互作用的蛋白质谱,经DAVID 6.8进行基因本体(GO)和KEGG信号通路分析。结果 DHX16在膀胱尿路上皮癌、头颈部鳞状细胞癌、食管癌、肝脏肝细胞癌和胆管癌中高表达(均P <0.001);DHX16高表达利于膀胱尿路上皮癌预后,而不利于肾上腺皮质癌、肉瘤、脑低级别胶质瘤、肝脏肝细胞癌和急性髓样白血病的预后。DHX16相互作用蛋白主要定位于剪接体、细胞核、质膜、胞内核糖核蛋白复合体等,参与mRNA剪接、加工过程等,主要结合多聚腺苷酸RNA、核苷酸、核酸、m RNA内含子等,具有RNA解旋酶活性等功能;参与的信号通路主要包括剪接体、mRNA监测、RNA降解和RNA转运过程。结论 DHX16在膀胱尿路上皮癌、头颈部鳞状细胞癌、食管癌、肝脏肝细胞癌和胆管癌中高表达,DHX16高表达有利于膀胱尿路上皮癌预后,而不利于肾上腺皮质癌、肉瘤、脑低级别胶质瘤、肝脏肝细胞癌和急性髓样白血病预后,因此可作为上述肿瘤预后的潜在标志物。

泛癌症分析跨膜蛋白81的表达及预后意义

目的:泛癌症分析跨膜蛋白81(TMEM81)的表达、预后意义及作用机制。方法:利用癌症基因组图谱组织(TCGA)门户网站UALCAN泛癌症分析TMEM81的表达变化及其与预后关系;通过癌症多组学和临床数据库LinkedOmics分析乳腺癌、肺腺癌、肝脏肝细胞癌头颈部鳞状细胞癌中与TMEM81共表达基因;经DAVID 6.8进行基因本体(GO)和KEGG信号通路分析。结果:TMEM81在肝脏肝细胞癌、肺腺癌、肺鳞状细胞癌、头颈鳞状细胞癌、直肠癌、食道癌和胆管癌中高表达(P<0.01、P<0.01、P<0.01、P<0.01、P<0.01、P<0.01、P<0.01);TMEM81高表达不利于肝脏肝细胞癌、肺腺癌、肾透明细胞癌、葡萄膜黑色素瘤、肾上腺皮质癌和急性髓样白血病的预后(P<0.001、P=0.009、P<0.001、P=0.012、P<0.001、P=0.008)。TMEM81共表达基因主要定位于细胞核、核质、高尔基复合体膜等,参与RNA聚合酶II启动子的转录负调节、蛋白质磷酸化、血液凝固等过程,主要结合多聚腺苷酸(poly A)RNA、核酸、核糖核酸、核苷酸结合,具有蛋白激酶活性、与雌激素受体结合等功能;参与的信号通路主要包括癌症中的转录失调。结论:TMEM81在乳腺癌、肝脏肝细胞癌、肺腺癌、肺鳞状细胞癌、头颈鳞状细胞癌、直肠癌、食道癌和胆管癌中高表达,TMEM81高表达不利于乳腺癌、肝脏肝细胞癌、肺腺癌、肾透明细胞癌、葡萄膜黑色素瘤、肾上腺皮质癌和急性髓样白血病的预后,可作为上述肿瘤预后的潜在标志物。

基于TCGA泛癌症分析线粒体裂变调节因子1的表达和预后意义

目的:基于TCGA泛癌症分析线粒体裂变调节因子1(mitochondrial fission regulator 1,MTFR1)的表达、预后意义及作用机制。方法:应用TCGA门户网站UALCAN泛癌症分析MTFR1的表达变化及预后关系;通过蛋白质相互作用平台STRING下载与MTFR1相互作用的蛋白质谱,经DAVID 6.8进行基因本体(GO)和KEGG信号通路分析。结果:UALCAN分析表明MTFR1在乳腺癌、肺鳞状细胞癌、头颈部鳞状细胞癌和食管癌中高表达(P<0.001),而在肾透明细胞癌和甲状腺癌中低表达(P<0.001)。MTFR1表达不利于乳腺癌、肺鳞状细胞癌和甲状腺癌的预后(P=0.014、P=0.022、P=0.0013),而利于肾透明细胞癌的预后(P=0.0053)。DAVID 6.8分析表明MTFR1相互作用蛋白主要定位于细胞膜;参与蛋白水解、线粒体靶向蛋白、蛋白质靶向内质网、信号肽处理过程;主要结合金属离子,具有金属肽酶、丝氨酸型肽酶和丝氨酸型内切酶活性等功能;参与的信号通路主要包括肾素-血管紧张素系统和谷胱甘肽代谢等。结论:MTFR1在乳腺癌、肺鳞状细胞癌、头颈部鳞状细胞癌和食管癌中高表达,而在肾透明细胞癌和甲状腺癌中低表达。MTFR1表达不利于乳腺癌、肺鳞状细胞癌和甲状腺癌的预后,而利于肾透明细胞癌的预后,可作为上述肿瘤预后的潜在标志物。

泛癌症分析揭示HIV诱导IL-6的表达对多种癌症的潜在预后影响和机制研究

目的:通过泛癌症分析来揭示人类免疫缺陷病毒(HIV)诱导白细胞介素-6(IL-6)的表达对不同类型肿瘤潜在预后的影响,并研究其免疫学机制。方法:将THP-1细胞分为对照组和HIV-1感染组,采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)法检测IL-6在两组中的表达水平;通过从cBioPortal和癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载33种的10688个样本癌症的基因表达数据和临床数据,分析IL-6在泛癌症中的表达水平,采用COX回归分析检验IL-6基因表达与每种癌症类型患者生存的相关性;使用xCell Web服务器分析33种癌症类型的免疫细胞丰度并进行相关性分析。结果:与对照组相比,在12 h、24 h时,HIV-1感染组IL-6表达水平升高(P<0.05)。公共数据库整合分析结果显示,IL-6在不同癌症类型中有明显的差异表达,生存分析结果提示IL-6的表达与癌症患者的生存时间显著相关。xCell Web服务器分析结果显示,HIV诱导的IL-6表达水平可能通过调节Th1、Th2等免疫效应细胞的激活而特异性地影响肿瘤微环境,导致不同的预后。结论:IL-6在不同类型肿瘤组织中的表达和功能具有高度的异质性,HIV诱导IL-6的高表达可能导致感染HIV的不同癌症类型患者的不同预后,对艾滋病合并肿瘤患者的治疗和预后预测有着重要意义。

线粒体分布和形态调节因子1的泛癌症分析

目的分析线粒体分布和形态调节因子1(MSTO1)在多种肿瘤中的表达、预后及作用机制。方法利用癌症基因组图谱计划(TCGA)门户网站UALCAN泛癌症分析MSTO1的表达变化及其与预后的关系;用LinkedOmics网站和DAVID 6.8网站进行基因本体(GO)和KEGG信号通路分析。结果在膀胱尿路上皮癌、结肠癌、肝脏肝细胞癌、肺腺癌、直肠腺癌和胃腺癌中MSTO1基因表达较各自正常组织显著上调(P<0.01);MSTO1高表达利于卵巢癌和肾上腺皮质瘤预后(P<0.05);MSTO1高表达不利于肾透明细胞瘤、肝脏肝细胞癌、脑低级神经胶质瘤和黑色素瘤的预后(P<0.05)。基因本体(GO)和KEGG信号通路分析发现MSTO1共表达蛋白主要定位于细胞质和细胞核等,主要参与细胞分裂及细胞周期调控等过程,功能包括结合蛋白质、多聚腺苷酸RNA、ATP、核糖体等。结论MSTO1有可能成为预测肿瘤预后的潜在标志物,为肿瘤生物学研究提供了一个新的思路。

泛癌症分析ANLN基因的表达与预后意义

目的:泛癌症分析肌动蛋白结合蛋白(ANLN)基因的表达、预后及其潜在作用机制。方法:应用TCGA及GTEx数据库及Oncomine和TIMER网站泛癌症分析ANLN的表达变化及其与预后的关系;通过Coexpedia网站获取ANLN的共表达基因,应用Metascape网站进行基因本体(GO)和KEGG信号通路分析;通过R软件分析获得ANLN与DNA甲基化的相关性。结果:ANLN在肾上腺皮质癌、乳腺癌及结直肠癌等26种肿瘤中高表达(P<0.001),而在急性髓细胞样白血病中低表达(P<0.001)。ANLN表达不利于肾上腺皮质癌、膀胱癌、宫颈鳞癌和腺癌等13种肿瘤的预后(P<0.05),而利于胸腺癌的预后(P=0.00053)。ANLN的共表达基因主要富集于细胞分裂、DNA复制及细胞周期相变等基因模块;其参与的信号通路主要包括细胞周期、DNA复制及p53信号通路等。此外,泛癌症分析显示ANLN与DNA甲基化过程中的甲基转移酶具有一定相关性。结论:ANLN在泛癌分析中普遍高表达,而在急性髓细胞样白血病中低表达。且ANLN表达利于胸腺癌的预后,而不利于肾上腺皮质癌、膀胱癌、宫颈鳞癌和腺癌等13种肿瘤的预后,可作为上述肿瘤的潜在预后标志物及治疗靶点。

泛癌症分析CDC6基因的表达与预后意义

泛癌症分析细胞分裂周期蛋白6(cell divison cycle 6,CDC6)基因的表达、预后及其潜在的分子机制。方法 本研究从UCSC数据库中下载肿瘤相关的数据集并且分析肿瘤的表达情况;使用GEPIA2网站分析肿瘤预后情况;通过cBioPortal网站获取CDC6的共表达基因,然后进行富集分析。结果 CDC6在多种肿瘤中表达上调。CDC6在肺腺癌、肉瘤、胰腺癌等8种肿瘤中高表达预后差,在直肠腺癌和胸腺癌中高表达预后好。CDC6共表达的基因主要定位在细胞内非膜结合细胞器、染色体、微管细胞骨架等,主要结合ATP、腺苷基核糖核苷酸和药物等,参与细胞周期、染色体组分离等生物学过程,参与的信号通路主要是细胞周期、DNA复制、p53信号通路等。结论 CDC6在泛癌分析中普遍为高表达,在肺腺癌、肉瘤和前列腺癌等高表达不利于预后,但在直肠腺癌和胸腺癌中高表达有利于肿瘤患者的预后, 因此CDC6有望成为肿瘤患者预后不良的生物学标记物及潜在的治疗靶点。

2-氧化戊二酸依赖性加氧酶在10种癌症中的双重预后作用:对细胞周期调节和细胞黏附维持的影响

背景与目的肿瘤缺氧与转移和放化疗耐药相关。氧敏感相关基因具有临床价值,对预后有重要意义。在本研究中,我们研究了2-氧化戊二酸依赖性加氧酶家族氧敏感基因的泛癌症预后意义。方法对25种癌症的20,752个样本的转录谱进行回顾性多队列研究,以鉴定2-氧化戊二酸依赖性加氧酶基因家族(由61个基因组成的氧依赖酶家族)的泛癌症预后特征。我们使用3个独立的胰腺癌队列(n=681)来确定最小的预后基因集。发现了2个特征,每个特征由5个基因组成。利用Cox回归和受试者工作特征(receiver operatingcharacteristic,ROC)曲线分析,测试了这些特征对生存的预测效能。结果特征1(KDM8、KDM6B、P4HTM、ALKBH4、ALKBH7)和特征2(KDM3A、P4HA1、ASPH、PLOD1、PLOD2)分别与预后良好、预后不佳相关。特征1在6种癌症的8个队列(n=2627)中具有预后意义:膀胱尿路上皮癌(P=0.039)、肾乳头细胞癌(P=0.013)、肝癌(P=0.033和P=0.025)、肺腺癌(P=0.014)、胰腺癌(P<0.001和P=0.040)和子宫内膜癌(P<0.001)。特征2在9种癌症的12个队列(n=4134)中具有预后意义:膀胱尿路上皮癌(P=0.039)、宫颈鳞状细胞癌和宫颈腺癌(P=0.035)、头颈鳞状细胞癌(P=0.038)、肾透明细胞癌(P=0.012)、乳头状细胞癌(P=0.002)、肝癌(P<0.001,P<0.001)、肺腺癌(P=0.011)、胰腺癌(P=0.002,P=0.018,P<0.001)和胃腺癌(P=0.004)。多变量Cox回归分析证实了这些癌症特征独立的临床相关性。ROC曲线分析证实了这些特征比目前的肿瘤分期标准更佳。在肝癌和胰腺癌中,KDM8可能是一种下调的肿瘤抑制因子,是一个独立的预后因子。KDM8表达与细胞周期调控因子表达负相关。肿瘤中KDM8低表达与HNF4A信号转导介导的细胞黏附力降低相关。结论明确了氧敏感基因的2个泛癌症预后特征。这些基因可用于10种不同癌症的风险分层,以揭示侵袭性肿瘤亚型。