小鼠蛋白质泛素化位点的预测及分析

采用机器学习中的支持向量机方法开发了小鼠泛素化位点预测新工具UbiqSite。采用6种编码方式表征泛素化位点周围序列模式,5折交叉检验和独立测试方法用于评价预测模型的表现。通过比较,支持向量机对CKSAAP编码的特征构建出的模型具有较好性能。独立测试结果显示,UbiqSite的Sn、Sp、Ac、MCC、AUC和AUC01值分别为0.682、0.795、0.739、0.480、0.758和0.019。此结果明显优于其他现有的预测模型。鉴于小鼠泛素化位点的预测精度较高,已具有实用价值,进一步构建了1个可供用户免费使用的网络服务器,网址为:http://systbio.cau.edu.cn/ubiqsite/index.php。

基于蛋白质序列的泛素化位点预测研究进展

泛素化是目前广受关注的一种翻译后修饰过程,对蛋白质降解、DNA修复等多种细胞过程都具有重要的调控作用。本文根据国内外蛋白质泛素化位点预测的研究,分析了预测泛素化位点的特征属性,总结了对这些特征进行优化的特征选择方法,并对预测过程中所使用的各种机器学习分类器进行了概述。

基于LightGBM的蛋白质类泛素化修饰位点预测

蛋白质类泛素化修饰位点的准确识别对基础研究和药物开发都具有重要意义。该文提出了一种基于蛋白质序列特征的类泛素化修饰位点预测模型。该模型结合氨基酸的物理化学属性统计特征和氨基酸序列二元语法模式特征,训练一种轻量型梯度提升机(Light gradient boosting machine,LightGBM)分类器预测某个蛋白质序列的类泛素化修饰位点。该文对比了不同特征的鉴别性,以及不同分类模型的预测性能。在基准数据集上的试验结果证明了该文所提方法的有效性,相比于现有方法在性能上取得了明显的提升,马修斯相关系数为91.64%。

黑腹果蝇保幼激素受体Met泛素化修饰位点预测及功能验证

目的预测黑腹果蝇保幼激素(juvenile hormone,JH)受体Methoprene tolerant(Met)的泛素化修饰位点,并验证其功能。方法利用UbPred和CKSAAP_UbSite在线预测工具对Met的泛素化位点进行预测;通过重叠PCR技术将预测的各泛素化修饰位点赖氨酸分别突变为丙氨酸,同时将第46和526位赖氨酸突变为丙氨酸;将突变后的Met插入至表达载体p Ac5. 1/V5-His B中,构建各位点突变的表达质粒;转染果蝇Kc细胞,并经格尔德霉素(geldanamycin,GA)处理,Western blot法检测各位点突变后Met的表达。结果根据UbPred和CKSAAP_UbSite在线网站预测结果,选取7个赖氨酸位点作为Met的潜在泛素化修饰位点,CKSAAP_UbSite及UbPred预测分值最高的分别为第46和526位赖氨酸。构建的Met各位点突变表达质粒转染果蝇Kc细胞后,于相对分子质量约82 000处均可见Met目的蛋白的表达,经GA处理后,Met表达下降。结论成功构建了Met的7个预测泛素化修饰位点的单突变表达质粒及1个双突变表达质粒,这些位点的突变均不足以抑制GA诱导Met的降解。