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基于LightGBM的蛋白质类泛素化修饰位点预测
1
作者
陈焕超
魏志森
+2 位作者
於东军
杨敬民
杨静宇
《南京理工大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第2期156-163,共8页
蛋白质类泛素化修饰位点的准确识别对基础研究和药物开发都具有重要意义。该文提出了一种基于蛋白质序列特征的类泛素化修饰位点预测模型。该模型结合氨基酸的物理化学属性统计特征和氨基酸序列二元语法模式特征,训练一种轻量型梯度提升...
蛋白质类泛素化修饰位点的准确识别对基础研究和药物开发都具有重要意义。该文提出了一种基于蛋白质序列特征的类泛素化修饰位点预测模型。该模型结合氨基酸的物理化学属性统计特征和氨基酸序列二元语法模式特征,训练一种轻量型梯度提升机(Light gradient boosting machine,LightGBM)分类器预测某个蛋白质序列的类泛素化修饰位点。该文对比了不同特征的鉴别性,以及不同分类模型的预测性能。在基准数据集上的试验结果证明了该文所提方法的有效性,相比于现有方法在性能上取得了明显的提升,马修斯相关系数为91.64%。
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关键词
蛋白质翻译后
修饰
蛋白质类
泛素化修饰位点
基于序列的预测
轻量型梯度提升机
二元语法模式
下载PDF
职称材料
黑腹果蝇保幼激素受体Met泛素化修饰位点预测及功能验证
2
作者
陈金霞
陈姗姗
+4 位作者
董文韬
王博
郭小舟
张凯悦
何倩毓
《中国生物制品学杂志》
CAS
CSCD
2019年第6期634-639,共6页
目的预测黑腹果蝇保幼激素(juvenile hormone,JH)受体Methoprene tolerant(Met)的泛素化修饰位点,并验证其功能。方法利用UbPred和CKSAAP_UbSite在线预测工具对Met的泛素化位点进行预测;通过重叠PCR技术将预测的各泛素化修饰位点赖氨酸...
目的预测黑腹果蝇保幼激素(juvenile hormone,JH)受体Methoprene tolerant(Met)的泛素化修饰位点,并验证其功能。方法利用UbPred和CKSAAP_UbSite在线预测工具对Met的泛素化位点进行预测;通过重叠PCR技术将预测的各泛素化修饰位点赖氨酸分别突变为丙氨酸,同时将第46和526位赖氨酸突变为丙氨酸;将突变后的Met插入至表达载体p Ac5. 1/V5-His B中,构建各位点突变的表达质粒;转染果蝇Kc细胞,并经格尔德霉素(geldanamycin,GA)处理,Western blot法检测各位点突变后Met的表达。结果根据UbPred和CKSAAP_UbSite在线网站预测结果,选取7个赖氨酸位点作为Met的潜在泛素化修饰位点,CKSAAP_UbSite及UbPred预测分值最高的分别为第46和526位赖氨酸。构建的Met各位点突变表达质粒转染果蝇Kc细胞后,于相对分子质量约82 000处均可见Met目的蛋白的表达,经GA处理后,Met表达下降。结论成功构建了Met的7个预测泛素化修饰位点的单突变表达质粒及1个双突变表达质粒,这些位点的突变均不足以抑制GA诱导Met的降解。
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关键词
黑腹果蝇
保幼激素
MET
泛素化修饰位点
点突变
原文传递
题名
基于LightGBM的蛋白质类泛素化修饰位点预测
1
作者
陈焕超
魏志森
於东军
杨敬民
杨静宇
机构
闽南师范大学计算机学院
闽南师范大学数据科学与智能应用福建省高校重点实验室
南京理工大学计算机科学与工程学院
出处
《南京理工大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第2期156-163,共8页
基金
福建省自然科学基金(2020J01813)
福建省教育厅中青年项目(JAT190362)。
文摘
蛋白质类泛素化修饰位点的准确识别对基础研究和药物开发都具有重要意义。该文提出了一种基于蛋白质序列特征的类泛素化修饰位点预测模型。该模型结合氨基酸的物理化学属性统计特征和氨基酸序列二元语法模式特征,训练一种轻量型梯度提升机(Light gradient boosting machine,LightGBM)分类器预测某个蛋白质序列的类泛素化修饰位点。该文对比了不同特征的鉴别性,以及不同分类模型的预测性能。在基准数据集上的试验结果证明了该文所提方法的有效性,相比于现有方法在性能上取得了明显的提升,马修斯相关系数为91.64%。
关键词
蛋白质翻译后
修饰
蛋白质类
泛素化修饰位点
基于序列的预测
轻量型梯度提升机
二元语法模式
Keywords
post-translational modifications
protein sumoylation sites
sequence-based prediction
light gradient boosting machine
bi-gram pattern
分类号
TP391.4 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
下载PDF
职称材料
题名
黑腹果蝇保幼激素受体Met泛素化修饰位点预测及功能验证
2
作者
陈金霞
陈姗姗
董文韬
王博
郭小舟
张凯悦
何倩毓
机构
黑龙江八一农垦大学动物科技学院
出处
《中国生物制品学杂志》
CAS
CSCD
2019年第6期634-639,共6页
基金
黑龙江省大学生创新创业训练计划项目(201710223018)
国家自然科学基金项目(31501899)
+1 种基金
黑龙江省自然科学基金项目(C2016040)
中国博士后基金(2016M591558)
文摘
目的预测黑腹果蝇保幼激素(juvenile hormone,JH)受体Methoprene tolerant(Met)的泛素化修饰位点,并验证其功能。方法利用UbPred和CKSAAP_UbSite在线预测工具对Met的泛素化位点进行预测;通过重叠PCR技术将预测的各泛素化修饰位点赖氨酸分别突变为丙氨酸,同时将第46和526位赖氨酸突变为丙氨酸;将突变后的Met插入至表达载体p Ac5. 1/V5-His B中,构建各位点突变的表达质粒;转染果蝇Kc细胞,并经格尔德霉素(geldanamycin,GA)处理,Western blot法检测各位点突变后Met的表达。结果根据UbPred和CKSAAP_UbSite在线网站预测结果,选取7个赖氨酸位点作为Met的潜在泛素化修饰位点,CKSAAP_UbSite及UbPred预测分值最高的分别为第46和526位赖氨酸。构建的Met各位点突变表达质粒转染果蝇Kc细胞后,于相对分子质量约82 000处均可见Met目的蛋白的表达,经GA处理后,Met表达下降。结论成功构建了Met的7个预测泛素化修饰位点的单突变表达质粒及1个双突变表达质粒,这些位点的突变均不足以抑制GA诱导Met的降解。
关键词
黑腹果蝇
保幼激素
MET
泛素化修饰位点
点突变
Keywords
Drosophila melanogaster
Juvenile hormone(JH)
Met
Ubiquitin sites
Point mutation
分类号
Q75 [生物学—分子生物学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于LightGBM的蛋白质类泛素化修饰位点预测
陈焕超
魏志森
於东军
杨敬民
杨静宇
《南京理工大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022
0
下载PDF
职称材料
2
黑腹果蝇保幼激素受体Met泛素化修饰位点预测及功能验证
陈金霞
陈姗姗
董文韬
王博
郭小舟
张凯悦
何倩毓
《中国生物制品学杂志》
CAS
CSCD
2019
0
原文传递
已选择
0
条
导出题录
引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
检索结果
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