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松材线虫泛素结合酶基因家族生物信息学与表达分析
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作者 赫传杰 戴文昊 潘佳亮 《西北林学院学报》 CSCD 北大核心 2024年第3期10-17,共8页
松材线虫引起的松材线虫病对东亚、欧洲等多个国家和地区的松科植物破坏严重,威胁着世界森林生态系统的稳定发展。泛素结合酶(ubiquitin conjugating enzyme,UBCs)通过蛋白酶体降解靶蛋白,在生物体生长发育及逆境胁迫应答等方面发挥着... 松材线虫引起的松材线虫病对东亚、欧洲等多个国家和地区的松科植物破坏严重,威胁着世界森林生态系统的稳定发展。泛素结合酶(ubiquitin conjugating enzyme,UBCs)通过蛋白酶体降解靶蛋白,在生物体生长发育及逆境胁迫应答等方面发挥着重要作用。通过松材线虫基因组分析获得了20个泛素结合酶家族成员,对不同发育状态的松材线虫泛素结合酶家族基因进行理化性质、蛋白结构及在松材线虫发育过程中表达水平分析。结果表明,基因染色体定位结果显示,泛素结合酶基因均匀分布于除第5条染色体外的其余染色体上。基因拓扑分析显示大部分泛素结合酶基因位于细胞内,基因结构分析显示泛素结合酶基因主要由2~8个外显子组成。外显子-内含子结构在进化上高度保守,与氨基酸序列的多态性一致,且在外显子上存在密码子偏好性。基因表达数据显示,泛素结合酶家族成员在不同生长发育状态中存在差异性表达。通过生物信息学和基因表达分析方法初步了解泛素结合酶在松材线虫的生长发育过程中所扮演的角色,对于了解松材线虫发育机制和构建分子防治靶标具有重要的指导意义和理论价值。 展开更多
关键词 松材线虫 泛素结合家族 基因鉴定 基因表达分析
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香蕉泛素结合酶基因MaUCE2在非生物胁迫下的表达分析 被引量:13
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作者 王安邦 金志强 +4 位作者 刘菊华 贾彩红 张建斌 苗红霞 徐碧玉 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第5期77-80,共4页
为了研究泛素结合酶(ubiquitin-conjugating enzyme)E2和植物抗逆性的关系,对香蕉苗进行了非生物胁迫(干旱、低温、盐胁迫)处理,利用荧光定量PCR技术分析了香蕉泛素结合酶基因MaUCE2在不同胁迫条件下的表达特性。结果表明,MaUCE2表达量... 为了研究泛素结合酶(ubiquitin-conjugating enzyme)E2和植物抗逆性的关系,对香蕉苗进行了非生物胁迫(干旱、低温、盐胁迫)处理,利用荧光定量PCR技术分析了香蕉泛素结合酶基因MaUCE2在不同胁迫条件下的表达特性。结果表明,MaUCE2表达量随着干旱程度的加重而逐步上升,在高度干旱胁迫下MaUCE2的表达量最高;低温胁迫可以诱导MaUCE2的表达,其表达量随着温度的降低而逐步升高,当温度降低到5℃时,MaUCE2的表达量最高;而在盐胁迫下,MaUCE2的表达量与对照相比略有上升,上述结果表明MaUCE2基因表达受非生物胁迫的诱导。 展开更多
关键词 香蕉 泛素结合 非生物胁迫 干旱 盐胁迫 低温
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辣椒泛素结合酶变体类似蛋白基因克隆及其与氮吸收利用的相关性分析 被引量:1
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作者 王春萍 张世才 +5 位作者 李怡斐 杨小苗 段敏杰 黄启中 黄任中 吴红 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期442-448,共7页
UEVs蛋白是泛素结合酶E2的变体,可通过与E2形成复合物催化底物泛素化。为探究UEVs蛋白在氮吸收利用中的作用,本研究参考辣椒低氮胁迫相关转录组数据,利用反转录PCR方法从辣椒叶片中克隆了泛素结合酶变体类似蛋白基因,命名为CaUev1D-L,... UEVs蛋白是泛素结合酶E2的变体,可通过与E2形成复合物催化底物泛素化。为探究UEVs蛋白在氮吸收利用中的作用,本研究参考辣椒低氮胁迫相关转录组数据,利用反转录PCR方法从辣椒叶片中克隆了泛素结合酶变体类似蛋白基因,命名为CaUev1D-L,对其进行生物信息和系统进化分析,并对转CaUev1D-L基因烟草进行低氮胁迫后的表型和生理特性分析。结果表明,CaUev1D-L开放阅读框长402 bp,编码133个氨基酸,具有E2结合酶UBC结构域,比辣椒、烟草、番茄和马铃薯等茄科作物的Uev1D蛋白氨基酸序列末端少14个氨基酸,与Uev1D蛋白的UBC结构域存在6个氨基酸的差异,与辣椒等作物的Uev1D蛋白不在同一进化分支。将CaUev1D-L转入烟草,在正常氮素水平下,转基因植株的茎叶干重显著小于野生型植株;在低氮水平下,转基因烟草植株的茎叶干重和根干重均显著大于野生型植株。本研究结果为氮吸收利用分子机制研究和相关基因的发掘利用提供了参考。 展开更多
关键词 辣椒 泛素结合 UEVs 氮代谢
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喉鳞状细胞癌中泛素结合酶E2C、胞浆磷蛋白-1表达与预后相关性
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作者 王立娟 韩宇 李佳 《国际检验医学杂志》 CAS 2023年第6期713-718,共6页
目的探讨泛素结合酶E2C(UBE2C)、胞浆磷蛋白-1(STMN1)在喉鳞状细胞癌(简称喉鳞癌)中的表达水平及与预后的相关性。方法选取2015年2月至2017年2月在该院进行手术治疗中取得的97例喉鳞癌组织标本作为喉鳞癌组,另外选取对应的癌旁组织标本... 目的探讨泛素结合酶E2C(UBE2C)、胞浆磷蛋白-1(STMN1)在喉鳞状细胞癌(简称喉鳞癌)中的表达水平及与预后的相关性。方法选取2015年2月至2017年2月在该院进行手术治疗中取得的97例喉鳞癌组织标本作为喉鳞癌组,另外选取对应的癌旁组织标本作为癌旁组。采用免疫组化法检测UBE2C和STMN1在不同组织标本中的表达情况;通过χ^(2)检验分析UBE2C、STMN1表达与喉鳞癌患者临床病理特征的关系;采用多因素Cox回归分析影响喉鳞癌患者预后的相关因素。结果喉鳞癌组UBE2C阳性率高于癌旁组,差异有统计学意义(P<0.05);喉鳞癌组STMN1阳性率高于癌旁组,差异有统计学意义(P<0.05)。临床分期为Ⅲ~Ⅳ期、T分期为T_(3)~T_(4)期、有淋巴结转移的喉鳞癌患者UBE2C、STMN1阳性率均高于临床分期为Ⅰ~Ⅱ期、T分期为T_(1)~T_(2)期、无淋巴结转移的喉鳞癌患者(P<0.05)。UBE2C阴性的喉鳞癌患者5年生存率明显高于UBE2C阳性的喉鳞癌患者,差异有统计学意义(P<0.05);STMN1阴性的喉鳞癌患者5年生存率明显高于STMN1阳性的喉鳞癌患者,差异有统计学意义(P<0.05)。单因素分析结果显示,临床分期为Ⅰ~Ⅱ期、无淋巴结转移、UBE2C阴性、STMN1阴性的喉鳞癌患者5年生存率明显高于临床分期分期为Ⅲ~Ⅳ期、有淋巴结转移、UBE2C阳性、STMN1阳性的喉鳞癌患者(P<0.05)。多因素Cox回归分析结果显示,临床分期为Ⅲ~Ⅳ期、有淋巴结转移、UBE2C阳性、STMN1阳性表达是喉鳞癌患者预后的危险因素(P<0.05)。结论UBE2C、STMN1在喉鳞癌患者中主要呈阳性表达,且与喉鳞癌患者预后密切有关,有望成为喉鳞状细胞癌预后评估的指标。 展开更多
关键词 泛素结合E2C 胞浆磷蛋白-1 喉鳞状细胞癌 预后
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三孢布拉霉CrgA泛素连接酶功能的初步探究
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作者 杨佳敏 杨培龙 +2 位作者 曲音波 余晓斌 罗玮 《食品与生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期81-88,共8页
CrgA已经被证实是三孢布拉霉和一些其他丝状真菌中类胡萝卜素生物合成的一个负调控因子。环指结构域的存在表明,CrgA可能具有泛素连接酶的功能,是泛素化调节系统中的一个关键酶。为了验证这一假设,从三孢布拉霉中分离并鉴定了一种泛素... CrgA已经被证实是三孢布拉霉和一些其他丝状真菌中类胡萝卜素生物合成的一个负调控因子。环指结构域的存在表明,CrgA可能具有泛素连接酶的功能,是泛素化调节系统中的一个关键酶。为了验证这一假设,从三孢布拉霉中分离并鉴定了一种泛素激活酶(BtE1)和18种假定的泛素结合酶(UBC)。生物信息学分析表明,18种UBC蛋白质都包含一个UBC的保守结构域,表明它们都属于泛素结合酶。系统发育关系分析表明,18个UBC蛋白质属于7个蛋白质亚家族。根据系统进化分析结果筛选出6种候选UBC蛋白质,通过异源表达及亲和纯化得到BtE1、6种BtUBC蛋白质、BtCrgA和BtWC-1b,并在体外进行泛素化反应,BtCrgA能在BtE1和BtUBC D的协助下完成对自身的泛素修饰功能。 展开更多
关键词 CrgA 泛素连接 泛素活化 泛素结合 体外泛素
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泛素化修饰关键酶在植物抗逆反应中的功能研究进展
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作者 郭慧妍 董雪 +2 位作者 安梦楠 夏子豪 吴元华 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期1-11,共11页
泛素化修饰是植物蛋白质翻译后修饰的重要组成部分,通过对蛋白质的选择性降解,参与调控植物生长发育和多种逆境胁迫反应。泛素化修饰反应由3种关键酶协同作用完成。泛素分子通过与泛素激活酶的巯基酯键连接从而被激活,被激活的泛素分子... 泛素化修饰是植物蛋白质翻译后修饰的重要组成部分,通过对蛋白质的选择性降解,参与调控植物生长发育和多种逆境胁迫反应。泛素化修饰反应由3种关键酶协同作用完成。泛素分子通过与泛素激活酶的巯基酯键连接从而被激活,被激活的泛素分子再与泛素结合酶形成复合体,最后在泛素连接酶的作用下完成与靶蛋白的结合。随着蛋白质组学测序技术的不断发展,人们对泛素化修饰的研究更加普遍和深入。大量被泛素化修饰的蛋白及其修饰位点被鉴定出来,有助于深入了解蛋白质的调控机制,进一步解析蛋白质的功能。本文介绍了泛素-蛋白酶体系统的反应过程,泛素化修饰关键酶的结构、数量及分类,并重点围绕泛素激活酶、泛素结合酶和泛素连接酶在植物应对非生物及生物胁迫中的功能研究开展论述,同时也对植物泛素化修饰关键酶的功能研究所面临的问题进行总结,并对泛素化修饰与其他修饰之间的串扰进行了讨论与展望,对于泛素化修饰在植物逆境胁迫领域的深入研究具有重要意义。 展开更多
关键词 泛素化修饰 泛素激活 泛素结合 泛素连接 非生物胁迫 生物胁迫
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细粒棘球绦虫泛素结合酶基因家族的生物信息学及表达分析 被引量:1
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作者 杜小迪 侯巍 +5 位作者 苏中华 马青梅 何雪 华瑞其 阳爱国 杨光友 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期2605-2618,共14页
本研究对细粒棘球绦虫泛素结合酶(EgE2s)基因家族进行鉴定、生物信息学分析以及检测其在不同发育阶段的转录水平,为其功能研究和构建优势抗原表位疫苗奠定基础。本研究基于数据库中细粒棘球绦虫基因组学信息,对EgE2s基因家族进行T-A克... 本研究对细粒棘球绦虫泛素结合酶(EgE2s)基因家族进行鉴定、生物信息学分析以及检测其在不同发育阶段的转录水平,为其功能研究和构建优势抗原表位疫苗奠定基础。本研究基于数据库中细粒棘球绦虫基因组学信息,对EgE2s基因家族进行T-A克隆、生物信息学分析以及采用qRT-PCR法检测了这些基因在原头蚴(Protoscolex, PSCs)和28日龄童虫中的转录水平。结果成功克隆并测序19个EgE2s基因,更正了两个原序列有误的EgE2s,分别为EgE2L3(登录号:MZ277618);EgE2J1(登录号:MZ277619)。三级结构和保守基序预测结果表明EgE2s高度保守。qRT-PCR结果显示,EgE2s的转录水平在PSCs和28日龄童虫中存在差异,其中EgE2A(P<0.001)、EgE2J1(P<0.01)在PSCs阶段高表达。B细胞抗原表位预测表明EgE2N的139-157区域位于EgE2s保守基序外。同时,T细胞抗原表位预测表明EgE2N与人和犬MHCⅠ类分子各有两个强结合位点,且有一个共同的抗原表位位点104-113。综上,EgE2A和EgE2J1可能在PSCs的生长发育中起重要作用。EgE2N的139-157和104-113区域可能是药物研究和疫苗开发的靶序列。 展开更多
关键词 细粒棘球绦虫 泛素结合基因家族 生物信息学 转录水平分析
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泛素结合酶2C通过Wnt/β-catenin信号通路促进肾恶性横纹肌样瘤的恶性进展
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作者 谭小军 周玉 +3 位作者 赵攀 李云祥 伍季 刘川 《重庆医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第8期958-964,共7页
目的:探讨泛素结合酶2C(ubiquitin-conjugating enzyme 2 C,UBE2C)对肾恶性横纹肌样瘤(malignant rhabdoid tumor of the kidney,MRTK)的影响及作用机制。方法:采用蛋白免疫印迹(Western blot,WB)以及免疫荧光法在收集的MRTK临床标本以... 目的:探讨泛素结合酶2C(ubiquitin-conjugating enzyme 2 C,UBE2C)对肾恶性横纹肌样瘤(malignant rhabdoid tumor of the kidney,MRTK)的影响及作用机制。方法:采用蛋白免疫印迹(Western blot,WB)以及免疫荧光法在收集的MRTK临床标本以及细胞系G401细胞中验证UBE2C的表达情况。从TARGET数据库下载MRTK的基因表达数据进行验证,Kaplan-Meier法(KM法)评估UBE2C与预后的关系。采用小干扰RNA(small interfering RNA,siRNA)抑制UBE2C在G401细胞中的表达。通过CCK-8检测转染后G401细胞增殖情况,流式细胞术检测细胞凋亡能力,划痕实验和Transwell实验分别检测细胞迁移和侵袭能力的改变。采用基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis,GSEA)探索UBE2C调控的相关通路,并通过WB验证通路蛋白的表达。结果:在MRTK临床标本中,UBE2C表达量是癌旁对照组的(3.189±1.900)倍(P=0.033)。G401细胞系中UBE2C表达量是HEK293细胞的(2.092±0.231)倍(P=0.000),KM生存分析显示,高表达UBE2C的患者预后更差(P=0.019),并且UBE2C在4期患者(680.9±167.7)中高于早期患者(560.5±166.9),差异有统计学意义(P=0.021)。采用siRNA成功将UBE2C的表达敲低至(0.446±0.058)倍(P=0.000),并且发现敲低UBE2C抑制了G401细胞增殖、侵袭、迁移以及促进了细胞凋亡(P=0.000)。GSEA富集分析发现UBE2C与Wnt/β-catenin信号通路相关(P=0.000),敲低UBE2C可以抑制Wnt/β-catenin信号通路及上皮间质转换(epithelial-mesenchymal transition,EMT)(P=0.000)。结论:UBE2C在MRTK中高表达与不良预后相关,参与调控Wnt/β-catenin信号通路,抑制UBE2C可以抑制MRTK的增殖、迁移、侵袭,EMT,促进其凋亡。 展开更多
关键词 肾恶性横纹肌样瘤 泛素结合2C 上皮间质转换 WNT/Β-CATENIN信号通路
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泛素结合酶E2T增强鼻咽癌细胞放疗敏感性的机制研究
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作者 张峻峥 谢伟伟 樊宏 《局解手术学杂志》 2023年第1期1-6,共6页
目的 探讨泛素结合酶E2T(UBE2T)对鼻咽癌细胞放疗敏感性的影响及相关分子机制。方法 采用qRT-PCR检测鼻咽癌细胞CNE2及正常鼻咽上皮细胞NP69中UBE2T的表达水平。将UBE2T小干扰RNA序列(UBE2T-siRNA)及其阴性对照序列(NC-siRNA)转染至CNE... 目的 探讨泛素结合酶E2T(UBE2T)对鼻咽癌细胞放疗敏感性的影响及相关分子机制。方法 采用qRT-PCR检测鼻咽癌细胞CNE2及正常鼻咽上皮细胞NP69中UBE2T的表达水平。将UBE2T小干扰RNA序列(UBE2T-siRNA)及其阴性对照序列(NC-siRNA)转染至CNE2细胞,联合或不联合放射治疗,并分为Control组、NC-siRNA组、UBE2T-siRNA组、放疗组、NC-siRNA+放疗组、UBE2T-siRNA+放疗组。采用CCK-8检测各组细胞增殖能力;流式细胞术检测细胞凋亡情况;Western blot检测Wnt/β-catenin信号通路相关蛋白表达水平。结果 CNE2细胞中UBE2T mRNA表达水平高于NP69细胞(P<0.05);与Control组比较,NC-siRNA组细胞中UBE2T mRNA表达水平无明显变化(P>0.05),UBE2T-siRNA组细胞中UBE2T mRNA表达水平显著降低(P<0.05)。与Control组比较,放疗组、UBE2T-siRNA组细胞增殖活性均降低,细胞凋亡率均升高(P<0.05);与放疗组和UBE2T-siRNA组比较,UBE2T-siRNA+放疗组细胞增殖活性降低,细胞凋亡率升高(P<0.05)。与Control组比较,放疗组、UBE2T-siRNA组细胞中Wnt3α、β-catenin、c-myc蛋白表达均降低(P<0.05);与放疗组和UBE2T-siRNA组比较,UBE2T-siRNA+放疗组细胞中Wnt3α、β-catenin、c-myc蛋白表达均降低(P<0.05)。结论 UBE2T通过调控Wnt/β-catenin信号通路增强鼻咽癌细胞的放疗敏感性。 展开更多
关键词 泛素结合E2T 鼻咽癌 放疗敏感性 增殖 凋亡 WNT/Β-CATENIN信号通路
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泛素结合酶E2变体1与恶性肿瘤发生及转移的研究进展
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作者 马强 鲍金 +4 位作者 孙乃英 田传鑫 席建花 郭文君 陈颖 《诊断病理学杂志》 2023年第8期807-809,818,共4页
泛素结合酶E2变体1(ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 1,Ube2v1)属于泛素结合酶E2的一种变体蛋白(Ube2v),Ube2v1主要参与调控炎症及癌症的发生。目前有关Ube2v1的研究涉及多种肿瘤,多与肿瘤预后相关。有望成为肿瘤治疗的潜在靶... 泛素结合酶E2变体1(ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 1,Ube2v1)属于泛素结合酶E2的一种变体蛋白(Ube2v),Ube2v1主要参与调控炎症及癌症的发生。目前有关Ube2v1的研究涉及多种肿瘤,多与肿瘤预后相关。有望成为肿瘤治疗的潜在靶点。在此就近年来Ube2v1在恶性肿瘤方面的研究进展作一综述。 展开更多
关键词 泛素结合E2变体1 恶性肿瘤 泛素 预后 进展
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条斑紫菜泛素结合酶基因的cDNA序列克隆与分析 被引量:10
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作者 易乐飞 刘楚吾 +1 位作者 王萍 周向红 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期719-726,共8页
泛素蛋白酶体系统(ubiquitin-proteasomes system,UPS)是真核生物重要的翻译后修饰系统,参与了许多重要的生理反应,同时也参与了蛋白质的质量控制和细胞的稳态维持,因此研究条斑紫菜UPS有助于阐明条斑紫菜在逆境胁迫下通过UPS降解异常... 泛素蛋白酶体系统(ubiquitin-proteasomes system,UPS)是真核生物重要的翻译后修饰系统,参与了许多重要的生理反应,同时也参与了蛋白质的质量控制和细胞的稳态维持,因此研究条斑紫菜UPS有助于阐明条斑紫菜在逆境胁迫下通过UPS降解异常蛋白和调节蛋白的生物学活性。泛素结合酶(ubiquitin-conjugating enzyme,E2)是UPS的重要组成部分。根据电子克隆结果指导RT-PCR实验,成功克隆了条斑紫菜泛素结合酶基因(PyE2)的cDNA序列(GenBank accession:FJ232910)。该cDNA序列含有长444 nt的完整ORF,编码蛋白(PyE2)的分子量16.6 ku,长147 AA。PyE2与其它物种的E2具有高度的一致性和相似性,反映出E2在进化上相当保守。PyE2含有E2活性位点的保守序列及半胱氨酸残基,其三维结构与人的I类E2高度一致。PyE2不含C端和N端延伸结构,所以在条斑紫菜E2家族中属于I类E2。 展开更多
关键词 条斑紫菜 泛素结合 克隆 生物信息学
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小鼠泛素结合酶UBE2W的抗体制备及组织表达谱分析 被引量:6
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作者 张莹莹 朱恒奇 +2 位作者 赵莉霞 周晓巍 黄培堂 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期547-552,共6页
泛素结合酶(E2)是蛋白泛素化修饰所需的第二个连接酶,在泛素转移和底物特异性识别过程中发挥着重要作用。UBE2W是一种新发现的E2酶,其果蝇属同源蛋白可能在光转导或视网膜变性过程中发挥作用,鼠和人同源蛋白功能未见报道。生物信息学分... 泛素结合酶(E2)是蛋白泛素化修饰所需的第二个连接酶,在泛素转移和底物特异性识别过程中发挥着重要作用。UBE2W是一种新发现的E2酶,其果蝇属同源蛋白可能在光转导或视网膜变性过程中发挥作用,鼠和人同源蛋白功能未见报道。生物信息学分析UBE2W鼠源氨基酸序列,发现UBE2W具有典型的UBC结构域并在多种物种高度保守。通过构建UBE2W原核表达质粒,在大肠杆菌中表达并纯化了GST-UBE2W融合蛋白。以此纯化蛋白作为抗原免疫新西兰白兔制备抗UBE2W多抗血清,并利用制备的UBE2W抗原柱亲和纯化UBE2W多抗。为了检测纯化抗体特异性,在真核细胞中瞬时表达了myc-UBE2W融合蛋白,分别用myc单抗和UBE2W多抗进行Western blotting分析,结果表明获得了特异性的UBE2W抗体。利用此特异性抗体在小鼠脑、心脏、肾脏、肝脏、肺、肌肉、脾脏和睾丸等组织中均检测到了UBE2W的表达,且在小鼠睾丸中成年期表达最高。 展开更多
关键词 泛素结合 UBE2W 抗体 组织表达谱
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玉米泛素结合酶基因ZmUBC-76的功能分析 被引量:6
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作者 决登伟 桑雪莲 +3 位作者 舒波 刘丽琴 王一承 石胜友 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2017年第8期1507-1511,共5页
通过生物信息学方法,从玉米基因组中得到1个泛素结合酶家族基因序列,将其命名为ZmUBC-76。该基因序列开放阅读框为2 589 bp,编码的蛋白具有862个氨基酸,其分子量为98.91 ku,理论等电点为8.07。预测定位于细胞核。荧光定量PCR分析表明,... 通过生物信息学方法,从玉米基因组中得到1个泛素结合酶家族基因序列,将其命名为ZmUBC-76。该基因序列开放阅读框为2 589 bp,编码的蛋白具有862个氨基酸,其分子量为98.91 ku,理论等电点为8.07。预测定位于细胞核。荧光定量PCR分析表明,该基因具有组织表达特异性,在根和幼果中的表达量最高,在穗丝中表达最低。非生物胁迫表达分析结果表明:在盐胁迫和干旱胁迫下,ZmUBC-76的表达呈逐渐下降趋势,在处理24 h时达到最低;在低温胁迫时,ZmUBC-76的表达量未出现显著变化。上述结果表明,ZmUBC-76可能参与了植物对盐和干旱胁迫的响应。 展开更多
关键词 玉米 泛素结合基因 干旱 低温 盐胁迫
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家蝇泛素结合酶基因的生物信息学分析 被引量:6
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作者 国果 吴沁怡 +3 位作者 吴建伟 赵学军 付萍 张勇 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期107-111,共5页
利用EST测序技术从家蝇幼虫cDNA文库中获得家蝇泛素结合酶基因(MD-E2)cDNA序列,采用NCBI、ExPASY中的相关工具,对该基因及其编码蛋白的基本理化性质、疏水性、信号肽、二级结构和亚细胞定位等方面进行预测和分析,MEGA软件构建了进化树... 利用EST测序技术从家蝇幼虫cDNA文库中获得家蝇泛素结合酶基因(MD-E2)cDNA序列,采用NCBI、ExPASY中的相关工具,对该基因及其编码蛋白的基本理化性质、疏水性、信号肽、二级结构和亚细胞定位等方面进行预测和分析,MEGA软件构建了进化树。结果表明,家蝇泛素结合酶基因的cDNA序列具有完整的ORF框,全长480 bp,一共编码159个氨基酸。其编码的蛋白质理论分子量为18.117 9 kD,等电点8.64,无信号肽及跨膜区,属于亲水性蛋白,具有泛素结合酶家族的活性位点(FHPNVYPSGTVCLSLL),主要分布于细胞核;二级结构以无规则卷曲为主,β折叠较少。 展开更多
关键词 家蝇 泛素结合 生物信息学
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普通油茶泛素结合酶UBE2-J2的cDNA序列及蛋白质结构分析 被引量:5
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作者 林萍 姚小华 +3 位作者 曹永庆 龙伟 王开良 滕建华 《林业科学研究》 CSCD 北大核心 2013年第6期744-751,共8页
泛素结合酶(E2)是泛素/26S蛋白酶体途径中3个关键酶之一,在靶蛋白识别、与泛素连接酶(E3)互作等蛋白的泛素依赖性水解和N-末端规则依赖性水解途径的关键环节中起重要作用。采用Solexa测序技术获得了1条普通油茶E2的全长cDNA序列,命名为U... 泛素结合酶(E2)是泛素/26S蛋白酶体途径中3个关键酶之一,在靶蛋白识别、与泛素连接酶(E3)互作等蛋白的泛素依赖性水解和N-末端规则依赖性水解途径的关键环节中起重要作用。采用Solexa测序技术获得了1条普通油茶E2的全长cDNA序列,命名为UBE2-J2,该基因编码239AA,与其它物种的E2具有较高的一致性和相似性;同源建模的结果表明:普通油茶UBE2-J2蛋白具有泛素结合酶催化位点(UBCc),第8 122位氨基酸碱基为其泛素结合酶基因家族的保守区域,第75 122位氨基酸残基区域中有17个可与泛素形成硫酯键中间产物的残基,其中,87位的半胱氨酸残基是该酶活性中心位点,另有5个残基是与E3酶相互作用的位点。UBE2-J2具有C端延伸结构,故普通油茶UBE2-J2蛋白属于II类E2基因家族成员。 展开更多
关键词 普通油茶 泛素结合 Solexa测序 生物信息学
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疣粒野生稻泛素结合酶基因的全长cDNA序列克隆与分析 被引量:6
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作者 蒋春苗 黄兴奇 +7 位作者 付坚 余腾琼 钟巧芳 李定琴 殷富有 张敦宇 王玲仙 程在全 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第5期808-813,共6页
从已构建的疣粒野生稻消减cDNA文库中随机挑取阳性单克隆经测序得到ESTs,通过生物信息学分析,选取与泛素结合酶具有同源功能的EST以RACE技术分离克隆到1个疣粒野生稻泛素结合酶基因的全长cDNA序列,命名为OmE2(Oryza meyeriana Baill.ubi... 从已构建的疣粒野生稻消减cDNA文库中随机挑取阳性单克隆经测序得到ESTs,通过生物信息学分析,选取与泛素结合酶具有同源功能的EST以RACE技术分离克隆到1个疣粒野生稻泛素结合酶基因的全长cDNA序列,命名为OmE2(Oryza meyeriana Baill.ubiquitin-conjugating enzyme),该序列长917bp,最大开放阅读框为528bp,编码的蛋白具有175个氨基酸,该蛋白的分子量为19.31kD,理论等电点为9.32。OmE2蛋白与其他物种的泛素结合酶具有高度的一致性和相似性,含有泛素结合酶活性位点的保守序列及半胱氨酸残基,且具有3个跨膜结构域,推测OmE2是一类泛素结合蛋白兼跨膜蛋白。经RT-PCR分析,OmE2基因是受白叶枯病病原菌胁迫诱导表达。这是首次从野生稻中发现可能参与疣粒野生稻胁迫信号传导和抗病应答反应的基因。 展开更多
关键词 疣粒野生稻 泛素结合 序列分析
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应用H1-U6双启动子RNAi载体筛选人泛素结合酶hUBE2W的RNAi有效靶点 被引量:5
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作者 张莹莹 李朝 +4 位作者 杨志新 许龙 朱恒奇 周晓巍 黄培堂 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第11期1975-1980,共6页
hUBE2W是新近鉴定出的一种I型泛素结合酶,可能在肿瘤发生和DNA损伤修复过程中起重要作用。RNA干涉是指通过形成局部双链RNA进而特异性地降解细胞内同源基因mRNA的机制,目前已成为基因功能研究的有力工具。通过构建H1-U6双启动子RNAi载体... hUBE2W是新近鉴定出的一种I型泛素结合酶,可能在肿瘤发生和DNA损伤修复过程中起重要作用。RNA干涉是指通过形成局部双链RNA进而特异性地降解细胞内同源基因mRNA的机制,目前已成为基因功能研究的有力工具。通过构建H1-U6双启动子RNAi载体,可以在体内直接转录出针对hUbe2w基因的两段互补小RNA,更接近于生理状态下小干涉RNA的作用。利用RT-PCR方法从293FT细胞总RNA中扩增出hUbe2w基因,分别将其连接至质粒pGL3-Control、pCMV-myc和pDsRed-express-C1中,以便在mRNA水平和蛋白水平检测RNA干涉效果。RNA干涉载体分别与上述报告载体共转染293FT细胞,测定萤光素酶活性和hUBE2W蛋白表达水平,结果显示靶点125和259能够在mRNA水平和蛋白质水平显著降低hUbe2w的表达。 展开更多
关键词 泛素结合 hUBE2W RNA干涉
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可可泛素结合酶基因家族的生物信息学初步分析 被引量:5
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作者 赵秋芳 董晨 +2 位作者 决登伟 陈宏良 贾利强 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2016年第9期1732-1740,共9页
泛素结合酶(E2s)促进底物泛素化或者与E3s链接,是靶蛋白泛素化的关键酶,在泛素-蛋白酶体途径中起重要作用。利用可可(Theobroma cacao L.)全基因组测序数据,共鉴定出45个E2s基因家族成员,包括39个UBC和6个UEV基因。通过生物信息学方... 泛素结合酶(E2s)促进底物泛素化或者与E3s链接,是靶蛋白泛素化的关键酶,在泛素-蛋白酶体途径中起重要作用。利用可可(Theobroma cacao L.)全基因组测序数据,共鉴定出45个E2s基因家族成员,包括39个UBC和6个UEV基因。通过生物信息学方法,对可可E2s家族的基本理化性质、基因结构、二级结构预测、亚细胞定位、进化关系等方面进行初步分析。结果表明:可可E2s基因CDS长度在441(Tc UEV3)~3 651 bp(Tc UBC7)之间,对应的编码蛋白氨基酸数目在146(Tc UEV3)~1 216 aa(Tc UBC7)之间,编码蛋白分子量在16.39~134.71 ku之间。E2s基因外显子在1~11之间,多数基因外显子数目在5~7之间。E2s基因在10条染色体上均有分布,1号染色体为7个,数量最多;6号染色体2个基因,数量最少。可可E2s蛋白大多为不稳定蛋白,且均为亲水性蛋白,其二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主要构成元件。大多数可可E2s蛋白定位在细胞核,少数定位在内质网或者细胞质。进化树分析表明:可可E2s蛋白被分为20个亚家族,包括16个UBC亚家族和4个UEV亚家族,第Ⅵ亚家族E2s数目最多为9个;E2s家族蛋白在物种进化过程中具有高度保守性。 展开更多
关键词 可可 泛素结合(E2s) 基因家族 生物信息学
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玉米泛素结合酶基因家族的生物信息学及表达分析 被引量:5
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作者 陈曙 赵秋芳 +1 位作者 陈宏良 贾利强 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第8期1476-1483,共8页
【目的】利用生物信息学分析玉米泛素结合酶(E2)基因家族的理化性质和功能,并研究低磷处理下泛素E2基因在玉米幼苗不同组织部位的表达情况,为深入研究泛素E2基因响应低磷胁迫的分子机制提供理论参考。【方法】以MEGA 6.0邻接法(NJ)构建... 【目的】利用生物信息学分析玉米泛素结合酶(E2)基因家族的理化性质和功能,并研究低磷处理下泛素E2基因在玉米幼苗不同组织部位的表达情况,为深入研究泛素E2基因响应低磷胁迫的分子机制提供理论参考。【方法】以MEGA 6.0邻接法(NJ)构建拟南芥、水稻和玉米E2基因家族成员的系统发育进化树,利用生物信息学方法对75个玉米E2基因进行序列分析及理化性质预测。对玉米幼苗进行低磷处理,分别在0、1、6和24 h时采集其根部和叶片样品,并分别通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测其E2亚家族XVIII成员基因即ZmUBC17、ZmUBC18、ZmUBC48、ZmUBC57和ZmUBC58在玉米幼苗不同组织中的表达情况。【结果】拟南芥、水稻和玉米的E2基因可划分为18个亚家族,各亚家族间基因功能和进化关系较相近,但含有的E2基因数量差异明显,以亚家族VI的成员最多,亚家族X、XII和XV的成员数最少,均为3个,各亚家族中均分别含拟南芥、水稻和玉米E2基因各1个。玉米E2基因的编码区序列(CDS)长度为402~2616 bp,编码133~871个氨基酸,外显子数目数量存在明显差异,以4~6个居多,最少为1个,最多为12个。86.8%的玉米E2蛋白为不稳定蛋白。玉米E2亚家族XVIII成员中,ZmUBC18、ZmUBC48、ZmUBC57和ZmUBC58蛋白UBC结构域序列具有高度相似性,但与ZmUBC17存在明显差异,且这4个基因在玉米根和叶中均有表达,基因表达模式相似,整体上在低磷处理6 h时的表达量最高;低磷处理下ZmUBC17基因在根中不同时间点的表达量变幅较小,但在叶0~24 h时的表达量呈逐渐升高的变化趋势,尤其是24 h时表达量达最高,表明ZmUBC17基因的响应部位是叶片。【结论】玉米泛素E2蛋白可能参与调控对磷元素的吸收,尤其是ZmUBC17基因具有组织表达特异性,在叶片中大量表达,推测ZmUBC17基因通过调控玉米对磷元素吸收和转运间接影响光合作用效率。 展开更多
关键词 玉米 泛素结合(E2) 生物信息学 系统发育进化树 基因表达
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巴西橡胶树泛素结合酶基因HbUBC5的克隆和表达分析 被引量:3
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作者 朱家红 徐靖 +1 位作者 畅文军 张治礼 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2014年第9期1710-1714,共5页
根据先前获得的EST序列,从橡胶树中克隆了1个编码泛素结合酶的基因HbUBC5。HbUBC5 cDNA长度为567 bp,编码185个氨基酸;HbUBC5在基因组中序列长度为2 441 bp,包含6个外显子和5个内含子。HbUBC5编码蛋白具有典型的植物泛素结合酶E2的结构... 根据先前获得的EST序列,从橡胶树中克隆了1个编码泛素结合酶的基因HbUBC5。HbUBC5 cDNA长度为567 bp,编码185个氨基酸;HbUBC5在基因组中序列长度为2 441 bp,包含6个外显子和5个内含子。HbUBC5编码蛋白具有典型的植物泛素结合酶E2的结构特征,包含1个保守的UBC结构域和1个高度保守的半胱氨酸活性位点,和其他植物中的E2蛋白具有很高的同源性。对HbUBC5启动子区域进行分析,发现含有众多应答激素和胁迫信号元件。实时荧光定量分析结果表明,HbUBC5在树皮的表达量最高,在花中的表达量次之,在胶乳和叶片中的表达量相对较低;乙烯诱导能显著上调基因的表达。研究结果表明,HbUBC5能对乙烯做出响应,推测其可能参与了乙烯利刺激橡胶树产生副作用的过程。 展开更多
关键词 巴西橡胶树 泛素结合 基因表达 乙烯利
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