番茄泛素结合酶变体基因鉴定及表达分析

【目的】开展番茄泛素结合酶变体(UEV)家族基因鉴定、组织特异性和非生物胁迫表达模式分析,为阐明UEV基因在番茄生长和逆境响应中的功能研究奠定基础。【方法】利用已知拟南芥UEV家族基因为探针,在番茄基因组数据库中查找并下载番茄UEV基因序列,同时查找其CDS、氨基酸长度及染色体位置等信息。利用生物信息学方法,通过在线工具GSDS 2.0、Expasy-protparam、Plant-PLoc、MEME对获得序列的基因结构、蛋白质分子量、等电点、亚细胞定位、保守结构域、保守基序原件等进行预测和分析。利用ClustalX(1.83)和MEGA 6.0软件进行同源序列比对并构建系统进化树。运用实时荧光定量RT-PCR分析番茄UEV基因组织表达特异性及高盐、干旱、高温、低温胁迫下UEV基因的表达差异。【结果】从番茄基因组数据库中共鉴定到5个UEV家族基因,分别命名为SlUEV1~SlUEV5,分布在1、4、10三条染色体上。SlUEV的CDS长度为441~855 bp,氨基酸数目为146~284 aa,分子量在16.2~33.14 kD。SlUEV分为3个亚家族,其中SlUEV1、SlUEV2、SlUEV5属于UEV1亚家族,且其基因结构、保守结构域和保守基序均相似;SlUEV4属于COP10亚家族,而SlUEV3在拟南芥中并未找到同源蛋白,表明UEV家族在进化过程中发生分离。组织表达分析发现SlUEV1、SlUEV3分别在番茄花和茎中表达量高,SlUEV4在果实发育期表达量高,而SlUEV2和SlUEV5呈组成性表达。非生物胁迫试验发现SlUEV对干旱胁迫较为敏感,多个SlUEV基因上调表达,表明SlUEV基因响应番茄干旱胁迫。【结论】番茄基因组中包括5个UEV家族基因,系统进化树分析将其分为3个亚家族。多个SlUEV基因在番茄不同组织表达存在差异,表明UEV基因影响番茄的生长发育。多个SlUEV基因在干旱胁迫下显著上调表达,推测其在番茄适应干旱胁迫过程中起着重要作用。该研究为后续开展番茄UEV基因调控植物生长和逆境胁迫功能研究提供理论基础。

泛素结合酶E2变体1与恶性肿瘤发生及转移的研究进展

泛素结合酶E2变体1(ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 1,Ube2v1)属于泛素结合酶E2的一种变体蛋白(Ube2v),Ube2v1主要参与调控炎症及癌症的发生。目前有关Ube2v1的研究涉及多种肿瘤,多与肿瘤预后相关。有望成为肿瘤治疗的潜在靶点。在此就近年来Ube2v1在恶性肿瘤方面的研究进展作一综述。

乳腺癌组织中UEV1A、UBE2N表达与上皮间质转化的关系及临床预后价值

目的分析乳腺癌组织中泛素结合酶变体1A(UEV1A)、泛素连接酶E2N(UBE2N)的表达与上皮间质转化(EMT)基因表达的相关性及临床预后意义。方法选取2016年2月—2017年2月琼海市人民医院/海南省东部区域医疗中心乳腺甲状腺外科诊治的乳腺癌患者124例为研究对象。采用实时荧光定量PCR法检测乳腺癌组织和癌旁组织中UEV1A、UBE2N及EMT通路基因E-钙黏蛋白(E-cad)、N-钙黏蛋白(N-cad)、波形蛋白(Vim)、Snail mRNA的表达;免疫组化法检测组织中UEV1A、UBE2N蛋白水平。比较不同临床病理特征乳腺癌患者癌组织中UEV1A、UBE2N蛋白水平差异。采用Pearson相关分析和Spearman秩相关分析乳腺癌组织中UEV1A、UBE2N mRNA与EMT相关基因表达的相关性,以及癌组织UEV1A与UBE2N蛋白水平的相关性。Kaplan-Meier生存分析UEV1A、UBE2N蛋白水平对乳腺癌患者生存预后的影响。多因素Cox回归分析影响乳腺癌患者生存预后的因素。结果乳腺癌组织UEV1A、UBE2N及N-cad、Vim、Snail mRNA表达高于癌旁组织,E-cad mRNA表达低于癌旁组织(t/P=28.803/<0.001、48.654/<0.001、54.411/<0.001、46.213/<0.001、27.273/<0.001、22.228/<0.001)。癌组织中UEV1A、UBE2N mRNA表达与N-cad、Vim、Snail mRNA呈正相关(UEV1A:r=0.694、0.702、0.806,P均<0.001;UBE2N:r=0.717、0.756、0.803,P均<0.001),与E-cad呈负相关(r=-0.741、-0.756,P均<0.001)。乳腺癌组织UEV1A、UBE2N蛋白表达阳性率高于癌旁组织(χ^(2)/P=68.896/<0.001、64.851/<0.001);癌组织中UEV1A与UBE2N蛋白表达呈显著正相关(r/P=0.785/<0.001)。肿瘤T2~T4期、有淋巴结转移乳腺癌患者癌组织中UEV1A、UBE2N蛋白表达阳性率分别高于T1期、无淋巴结转移患者(UEV1A:χ^(2)/P=29.803/<0.001、4.015/0.045;UBE2N:χ^(2)/P=7.038/0.008、8.572/0.003)。UEV1A阳性表达患者5年总体生存率低于阴性表达患者(χ^(2)/P=5.085/0.024),UBE2N阳性表达患者5年总体生存率低于阴性表达患者(χ^(2)/P=8.391/0.004)。肿瘤T2~T4期、合并淋巴结转移、UEV1A阳性、UBE2N阳性是影响乳腺癌患者生存预后的独立危险因素[OR(95%CI)=1.777(1.299~2.432)、1.613(1.193~2.181)、1.838(1.302~2.596)、1.735(1.224~2.459),P均<0.001]。结论乳腺癌组织UEV1A、UBE2N表达升高,二者与肿瘤分期及淋巴结转移有关,是影响乳腺癌患者预后的独立危险因素。

SF3B1、UBE2V2和SETD2的表达与老年骨质疏松性椎体骨折的相关性研究

目的探究剪切因子3B亚基1(subunit 1 of splicing factor 3b,SF3B1)、泛素结合酶E2变体2(ubiquitin conjugating enzyme E2 V2,UBE2V2)和组蛋白甲基转移酶(SET domain-containing protein 2,SETD2)的表达与老年骨质疏松性椎体骨折(osteoporotic vertebral fracture,OVF)的相关性。方法收集2020年8月至2021年8月烟台市烟台山医院31例骨质疏松性椎体骨折(vertebral fracture,VF)(VF组)和16例骨质疏松非椎体骨折(non vertebral fracture,NVF)(NVF组)的老年患者(年龄>60岁)的外周血样本,提取RNA进行转录组测序筛选差异表达基因。通过基因本体论(gene ontology,GO)分析、蛋白相互作用(protein protein interaction,PPI)网络分析、ROC曲线分析筛选VF相关基因。采用qRT-PCR检测基因的表达水平。结果相对于NVF组,VF中有822个差异表达基因,691个上调,131个下调。qRT-PCR结果显示,相对于NVF患者(1.55±0.33)(1.70±0.33)(1.64±0.33),VF患者外周血中SF3B1(1.83±0.23)(t=2.84,P=0.008)、UBE2V2(2.24±0.43)(t=3.91,P<0.001)的表达增强,SETD2(1.18±0.46)(t=3.25,P=0.003)表达降低。ROC曲线分析显示,SF3B1、UBE2V2和SETD2在VF中的AUC分别为0.8034(P=0.007)、0.8145(P=0.005)和0.7863(P=0.0014)。结论SF3B1、UBE2V2和SETD2与老年OVF高度相关,对OVF的诊断和预测具有重要价值。