多重耐药弗劳地枸橼酸杆菌的基因组及耐药机制分析

目的对多重耐药弗劳地枸橼酸杆菌进行全基因组分析,为研究其耐药机制提供依据。方法采用含美罗培南的MH培养基对粪便标本进行初筛,经BD Phoenix100全自动微生物鉴定仪进行菌种鉴定及药敏试验,提取耐药菌总DNA进行二代测序和细菌多位点序列分型(MLST),经质粒全基因组序列分析检测质粒的组分和功能,并与参考质粒进行比较,通过质粒接合转移实验分析耐药质粒传递情况。结果413份粪便标本中分离出1株多重耐药弗劳地枸橼酸杆菌,该菌株对头孢菌素类、碳青霉烯类抗菌药物、复方磺胺甲噁唑的耐药率均为100%,对氨曲南、环丙沙星、左氧氟沙星、庆大霉素等抗菌药物呈现不同程度耐药;MLST分型的耐药弗劳地枸橼酸杆菌为ST22型,该菌株共含有5412个基因,含耐药基因367个,包括碳青霉烯酶类耐药基因、AmpC酶基因、大环内酯类耐药基因、氨基糖苷类耐药基、喹诺酮类耐药基因等。质粒的全基因组分析结果显示,该质粒含碳青霉烯类耐药基因blaNDM-1、blaSHV12,该质粒与泄殖腔肠杆菌菌株ECN49质粒和肺炎克雷伯菌菌株质粒pA575-NDM有极高的同源性;质粒接合实验显示,blaNDM-1和blaSHV-12可以通过质粒转移。结论弗劳地枸橼酸杆菌耐药的主要原因之一是含有blaNDM-1、blaSHV-12等耐药基因,并且该耐药性能通过质粒进行水平转移。

替加环素联合头孢哌酮/舒巴坦钠治疗多重/泛耐药鲍曼不动杆菌中枢神经系统感染有效性及安全性的Meta分析

目的 评价替加环素联合头孢哌酮/舒巴坦钠治疗多重/泛耐药鲍曼不动杆菌(MDRAB/XDRAB)中枢系统感染的效果和安全性,为MDRAB/XDRAB中枢神经系统感染的抗菌药物治疗提供循证学依据。方法 计算机系统检索万方数据库、中国生物医学文献数据库、维普中文科技期刊数据库、中国国家知识基础设施(CNKI)及Pubmed、Embase和Cochrane Library数据库,检索建库至2022年9月1日公开发表的有关替加环素及头孢哌酮/舒巴坦钠治疗MDRAB/XDRAB中枢神经系统感染的随机对照试验(RCT)文献。对纳入研究的文献使用Cochrane协作网偏倚风险评价工具进行质量评价,提取有效数据后采用RevMan5.4版软件进行Meta分析。结果 初筛文献184篇,最终纳入中文RCT研究4篇,样本量267例。Meta分析显示,联合疗法对MDRAB/XDRAB中枢神经系统感染的总疗效可能优于单药疗法[OR=4.30,95%CI=(1.93,9.58),P<0.01]。联合疗法对于细菌的清除有更好的效果[OR=4.20,95%CI=(2.08,8.48),P<0.01],且联合疗法产生的不良反应更少[OR=0.19,95%CI=(0.05,0.67),P<0.05]。联合疗法与单药疗法的治愈率差异无统计学意义(P>0.05)。结论 替加环素联合头孢哌酮/舒巴坦钠治疗MDRAB/XDRAB中枢神经系统感染较单药治疗可能有更好的临床疗效和安全性,受限于纳入研究的数量及质量,尚待更多更高质量的研究予以验证。

污水中肺炎克雷伯氏菌噬菌体的分离及其生物学特征、基因组分析

为探究噬菌体作为治疗肺炎克雷伯菌感染的新型潜在疗法的可能性,本研究采用双层平板法将医院周边污水中3株肺炎克雷伯菌裂解性噬菌体进行分离纯化,透射电镜观察噬菌体形态结构,并进一步分析噬菌体裂解谱、最佳感染复数、生长曲线和酸碱耐受性等生物学特征,同时通过测序技术获得噬菌体全基因组信息并注释分析.实验结果表明,KP-ZS3为肌尾科噬菌体,KP-ZS4为短尾科噬菌体,KP-ZS6为长尾科噬菌体,且KP-ZS4的感染潜伏期稍长,KP-ZS3耐酸碱能力较强,KP-ZS6的裂解能力为3株噬菌体中最强、裂解谱较宽.3株噬菌体的外壳蛋白组分大小均在33~55 kD之间.此外全基因组分析发现KP-ZS3、KP-ZS62株噬菌体的基因组大小均在100 kb以上,噬菌体KP-ZS4的基因组相对较小(40608 bp).共线性分析显示噬菌体KP-ZS3与phiEap-3、Kp15高度相似;KP-ZS6与0507KN21、vB_EcoM_KWBSE43-6高度相似.KP-ZS4与Tyrion、TL-2011b相似度相对较低,序列一致性为76.77%、76.89%.以上结果表明,这3株噬菌体具有独特的生物学特性和基因组特征,它们在肺炎克雷伯菌感染治疗方面展现出不同的潜力和优势,特别是KP-ZS6因其裂解能力强和广泛的裂解谱,以及KPZS3因其强耐酸碱性,可能成为未来抗菌治疗的备用资源,这些发现为开发新型抗菌策略和治疗肺炎克雷伯菌感染提供了新的信息基础.

泛耐药鲍氏不动杆菌获得性耐药相关基因与可移动遗传元件检测指标的聚类分析

目的 :调查泛耐药鲍氏不动杆菌(pandrug-resistant Acinetobacter baumannii,PDR-ABA)中获得性耐药相关基因和可移动遗传元件遗传标记的存在状况,以及两者的相关性。方法:收集2010年3月到2010年5月临床标本中分离的PDR-ABA菌20株,采用聚合酶链反应(PCR)的方法检测37种β-内酰胺类获得性耐药基因、15种氨基糖苷类获得性耐药基因、5种喹诺酮类获得性耐药基因和8种可移动遗传元件,并用指标聚类分析(SPSS法)分析获得性耐药相关基因和可移动遗传元件遗传标记的相关性。结果:20株PDR-ABA菌共检出5种β-酰胺类获得性耐药基因、4种氨基糖苷类获得性耐药基因、1种喹诺酮类获得性耐药基因、5种可移动遗传元件。指标聚类分析显示获得性耐药基因与多种可移动遗传元件相关联:TEM-1、ADC-like、OXA-23、aac(6′)-Ⅰb、ant(2")-Ⅰ、ant(3")-Ⅰ、aphA1、adeB与tnpU、ISCR1、IS26、ISaba1高度关联,DHA-1、CARB与IS903关联。结论:本组PDR-ABA携带获得性耐药相关基因导致对相关药物耐药,且获得性耐药相关基因和可移动遗传元件密切相关。

宏基因组方法比较分析深海和珠江口沉积物中抗生素耐药基因的特征

细菌对抗生素的耐药性是全球关注的环境健康问题之一。该研究旨在使用宏基因组方法比较分析西太平洋深海和珠江口沉积物中抗生素耐药基因,认识抗生素使用与环境细菌耐药性间的关系。研究发现,深海沉积物多重耐药基因的含量高达77.8%;珠江口沉积物多重耐药基因只有27.2%,常用抗生素的耐药基因(磺胺类、大环内酯类、氨基糖苷类等)含量明显提高(约70%)。沉积物中共发现45种耐药基因亚型,其中7种基因亚型(acrB、amrB、bacA、ceoB、macB、mexB和smeE)能在所有沉积物中发现。深海沉积物中质粒仅携带0.3%的耐药基因,而珠江口沉积物则超过40%。研究表面,由于珠江口周边区域常用抗生素的广泛使用,其沉积物中细菌抗生素耐药性明显提高、耐药机制趋于多样化。

一组泛耐药铜绿假单胞菌耐药相关基因的样本聚类分析

目的:调查一组泛耐药铜绿假单胞菌菌株间的亲缘关系。方法:收集2010年1-12月绍兴第二医院住院患者痰液标本中分离到的泛耐药铜绿假单胞菌共20株,采用聚合酶链反应(PCR)方法分析31种β-内酰胺酶基因以及膜孔蛋白oprD2基因,14种氨基糖苷类修饰酶基因,7种16SrRNA甲基化酶基因和7种可移动遗传元件遗传标志,再对检测结果作样本聚类分析。结果:20株泛耐药铜绿假单胞菌共检出5种β-内酰胺类耐药相关基因(TEM-1、CARB、KPC、OXA-10群、oprD2突变),5种氨基糖苷类耐药相关基因[aac(6′)-Ⅰb、aac(6′)-Ⅱ、ant(2″)-Ⅰ、ant(3″)-Ⅰ、rmtB],4种可移动遗传元件的遗传标志(intⅠ1、tnp513、IS26、merA)。样本聚类分析把本组菌分为4个可操作分类单元。其中2号株簇群包含了16个成员均携带了TEM、CARB、aac(6′)-Ⅰb、aac(6′)-Ⅱ、ant(2″)-Ⅰ、rmtB、intⅠ1、tnp513、IS26、merA基因,并存在oprD2缺失,为克隆传播暴发。结论:尽管本组泛耐药铜绿假单胞菌菌株药敏表型相同,但样本聚类分析仍可分辨出4个可操作分类单元,其中2号株簇群为克隆传播暴发。获得菌株之间的亲缘关系对院内感染实时监测和控制院内感染意义重大。

京津冀地区猪源沙门氏菌耐药性及耐药基因分析

研究旨在为防控沙门氏菌引起的猪疾病以及指导猪场用药提供一定参考。试验对京津冀地区猪饲料厂、猪养殖场、猪屠宰场、超市、农贸市场等采集的饲料、猪肛拭子、水、猪肉等样品中沙门氏菌进行分离鉴定,对50株7类以上药物耐药的菌株进行全基因组测序,分析其耐药基因分布情况。对分离筛选得到沙门氏菌菌株通过抗菌药物浓度梯度法测定其对22种抗菌药物的敏感性,结合全基因组测序结果,分析不同来源沙门氏菌耐药基因。结果显示:5024份样品中共检出沙门氏菌484株,平均检出率为9.63%;484株沙门氏菌对22种抗菌药物的耐药性检测,耐药率是86.16%。耐药率大于30%的抗菌药物有庆大霉素(30.8%)、阿莫西林(31.6%)、四环素(36.8%)、多西环素(33.5%)、萘啶酸(31.8%)。对耐受7种以上抗菌药物的50株沙门氏菌进行全基因组测序,并对耐药基因进行分析,共检出43种耐药基因,其中aac6'-Iaa、aadA1、aph(3')-Ia、aph(3'')-Ib、aph3'-Iia、aac3-Iid、mcr-1、tet(B)、sul1、sul2、gyrA、floR、dfrA12、aac(6')-Ib-cr等14种耐药基因的检测率分别为74%、60%、72%、64%、68%、56%、82%、80%、46%、88%、64%、50%、96%、88%。全基因组耐药基因与耐药表型的平均对应率大于90%。研究表明,京津冀部分地区猪肉生产、屠宰、零售等环节样品中沙门氏菌检出率、耐药率均较高,且具有多重耐药性;沙门氏菌的耐药基因可决定耐药表型,应保持监测。

泛耐药鲍曼不动杆菌获得性耐药基因、可移动遗传元件检测及指标聚类分析

目的调查泛耐药鲍曼不动杆菌(PDR-ABA)获得性耐药基因、可移动遗传元件携带情况,探讨获得性耐药基因与可移动遗传元件的相关性。方法收集临床样本中分离的20株PDR-ABA,采用PCR法检测54种水平转移获得性耐药基因(与β-内酰胺类、氨基糖苷类、喹诺酮类耐药相关)以及12种可移动遗传元件(接合性质粒、转座子、插入序列、整合子等)遗传标记,并对检测结果进行指标聚类分析以探讨本组PDR-ABA菌株获得性耐药基因与可移动遗传元件的相关性。结果本组PDR-ABA菌株中TEM-1、ADC-30、OXA-23等3种β-内酰胺酶类药物耐药基因呈阳性,前二者检出率均为100%,后者为65%;提示本组PDR-ABA菌株β-内酰胺类耐药表型与这3种β-内酰胺酶相关;检出aac(3)-Ⅰ、aac(6’)-Ⅰb、ant(3″)-Ⅰ、aph(3’)-Ⅰ等4种氨基糖苷类修饰酶基因,16SrRNA甲基化酶基因无检出;提示本组PDR-ABA菌株氨基糖苷类耐药表型主要与产氨基糖苷类修饰酶相关。指标聚类分析可见TEM-1、ADC-30等2种β-内酰胺酶基因,aac(6’)-Ⅰb、ant(3″)-Ⅰ等2种氨基糖苷类修饰酶基因,abeB和qacE△1外排泵基因与intⅠ1、tnpU、tnp513、IS26、ISaba1等可移动遗传元件遗传标记高度相关。结论临床分离的PDR-ABA可携带多种获得性耐药基因、可移动遗传元件,两者之间高度相关。

泛耐药鲍曼不动杆菌基于管家基因和水平转移基因的菌株亲缘性分析

目的调查20株泛耐药鲍曼不动杆菌(pandrug-resistant Acinetobacter baumannii,PDR-ABA)的菌株亲缘性。方法收集2010年3月到2010年5月临床标本中分离的PDR-ABA菌20株,采用聚合酶链反应(PCR)的方法检测3种管家基因和37种β-内酰胺类获得性耐药基因、15种氨基糖苷类获得性耐药基因、5种喹诺酮类获得性耐药基因和8种可移动遗传元件等水平转移基因检测,并对检测结果作了样本聚类分析。结果本组PDR-ABA菌carO、gyrA和parC3种管家基因均存在突变,且突变形式一致;blaTEM、blaADC-like、blaOXA-23、aac(6')-Ⅰb、ant(2")-Ⅰ、ant(3")-Ⅰ、aphA1、adeB、tnpU、ISCR1、IS26和ISaba1基因全部阳性,blaCARB-2、blaDHA-1和IS903基因阳性率为5%。样本聚类分析显示本组PDR-ABA菌为克隆传播。结论本组PDR-ABA菌为医院内克隆传播,应加强控制。

1株分离自猩红热患儿的耐多药嵴链球菌全基因组测序及比较基因组分析

目的研究杭州地区1株分离自猩红热患儿咽拭子的耐多药嵴链球菌(Streptococcus cristatus,S.cristatus)S22的致病、耐药机理,基因组水平与其他嵴链球菌的进化关系以及与猩红热的潜在联系。方法对S22进行高通量测序,分析基因组基本特征、毒力基因和耐药基因。联合NCBI基因组数据库中相关链球菌的基因组,分析平均核苷酸相似度(ANI)和构建全基因组SNPs进化树,分析嵴链球菌的进化关系。结果菌株S22基因组全长2.041 84 Mb,有1 980个CDS,平均GC含量42.7%。S22含有33个毒力基因,是条件致病菌,与猩红热致病菌化脓链球菌毒力基因分布差异很大,从基因组角度没有直接证据显示S22与猩红热的关系。S22含有3个耐药基因ermB、tetM、bacA,与耐药表型一致。其中ermB,tetM位于类Tn6002的转座子上。比较基因组学显示S22在进化上亲缘关系最近的是分离自中国的3株嵴链球菌AS 1.3089,NBRC106105,NCTC13807,在这4株菌上均发现了类Tn6002转座子。此外,基因序列分析的结果提示嵴链球菌771_SOLI和嵴链球菌787_SOLI应归为格氏链球菌(Streptococcus gordonii,S.gordonii),嵴链球菌550_SOLI应归为血链球菌(Streptococcus gordonii,S.sanguinis)。结论条件致病菌S22不直接引起猩红热,但S22寄居在咽部,并耐大环内酯类抗生素,在使用大环内酯类抗生素后,S22有可能成为咽部的优势菌群,引起菌群失调甚至致病。有4株已测序的嵴链球菌中发现耐大环内酯类和四环素的转座子,均分离自中国,提示我们要控制抗生素尤其是大环内酯类抗生素的使用。

徐州地区泛耐药鲍曼不动杆菌相关耐药基因及流行病学分析

目的调查本地区泛耐药鲍曼不动杆菌(extend-drug resistant Acinetobacter baumannii,XDR-AB)37种耐药基因的携带情况及亲缘性关系,包括2种管家基因以及35种获得性耐药基因。方法基于K-B纸片法检测菌株对16种抗菌药物的敏感性,采用聚合酶链反应检测耐药基因并通过SPSS软件进行样本聚类分析。结果54株XDR-AB菌株共检测到18种阳性基因,包括OXA-23(53株)、strB(52株)、CarO和abeM(51株)、ADCs(49株)、adeB、aacC和OXA-51(各48株)、adeA(45株)、SHV(26株)、adeC(14株)、CTX-M-9(6株)、IMP(5株)、qacE和CTX-M-1(4株)、tetA(3株)、gyrA(2株)、OmpW(1株),同源性菌株分布于临床不同科室。结论本地区XDR-AB耐药基因主要集中在β-内酰胺酶、外排泵、氨基糖苷类耐药基因并存在流行传播趋势,应采取有效控制措施并选择联合药物治疗,防止细菌耐药的进一步增加。

用全基因组测序评价VNTR分型在泛耐药结核分枝杆菌传播中的应用

近年来,随着技术的进步、测序成本的降低,全基因组测序(whole-genome sequencing,WGS)技术开始应用于结核分枝杆菌传播的研究。本研究采用基于单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)的分型方法评价多位点数目可变串联重复序列(variable-number tandem-repeat,VNTR)分型判断泛耐药结核分枝杆菌(extensively drug-resistant Mycobacterium tuberculosis,XDR-TB)传播及成簇特征的准确性。对2003—2009年重庆市肺科医院诊断的55例XDR-TB菌株分别进行9+3个位点的VNTR分型和WGS分析,分别构建系统进化树,并比较两种方法判断成簇的一致性与差异。VNTR分型方法鉴定出45个基因型,其中39株为单一基因型,16株(29.1%)分别归入6个基因簇。规定菌株间差异不超过12个SNP即为成簇,WGS将20株(36.4%)分为5个簇。两种方法判断成簇的一致性为63.6%。与WGS相比,VNTR分型的灵敏度为40.0%,特异度为77.1%。相比于WGS,VNTR分型特异度较高,但仅凭其结果可能会错误估计XDR-TB的传播性。因此,规定菌株间相差不超过12个SNP即有近期传播关系是否适用于XDRTB,有待进一步研究。

2007-2017年我国部分地区人源及动物源印第安纳沙门菌耐药特征分析

目的回顾性分析2007-2017年我国人来源和动物来源印第安纳沙门菌的耐药表型及遗传特征,为耐药性产生来源提供线索。方法对2007-2017年分离的100株印第安纳沙门菌,采用微量肉汤稀释法测定所有菌株对23种抗菌药物的耐药表型。对全部菌株进行基因组测序,利用ResFinder和PlasmidFinder数据库进行耐药基因和质粒型别鉴定,并构建基于核心基因组SNPs的系统发育树进行菌株间遗传进化关系分析。结果100株印第安纳沙门菌对多种药物都呈现高水平耐药,且对阿米卡星、头孢他啶、头孢噻肟、头孢吡肟、左氧氟沙星、吉米沙星的耐药率均呈现逐年上升趋势。阿莫西林-克拉维酸钾和阿奇霉素动物分离株耐药率高于人源株。IncH家族为印第安纳沙门菌携带质粒主要型别,菌株耐药表型与耐药基因携带一致率在95%以上。基于核心基因组SNPs的系统进化树表明印第安纳沙门菌分布呈现一定的时空聚集性,动物分离株与人分离株交叉分布,部分动物株与人源株聚集在一起。结论我国人源及动物源印第安纳沙门菌的多重耐药现象均较严重。随着时间的推移,菌株对多数药物耐药水平呈上升趋势,人与动物之间存在潜在的交互传播,提示我们应密切关注并加强沙门菌在人间及动物间耐药性变迁的监测,以便及时发现耐药克隆播散。

噬菌体PCCM_KpP1172的鉴定及其对大蜡螟幼虫碳青霉烯耐药高毒力肺炎克雷伯菌感染的疗效评估

背景碳青霉烯耐药的高毒力肺炎克雷伯菌感染发生率逐年增加,临床治疗困难,死亡率高。使用具有高裂解能力的噬菌体治疗细菌感染是颇具前景的治疗方法。目的针对碳青霉烯耐药高毒力肺炎克雷伯菌分离一株新型裂解性T7噬菌体,对该分离株进行生物学特性测定和基因组学测序分析,为临床开展噬菌体治疗提供可应用的噬菌体资源。方法从肺部感染患者的痰液中分离出肺炎克雷伯菌,通过细菌鉴定、药敏分析、全基因组测序和PCR检测验证菌株的毒力基因与耐药基因,以此株肺炎克雷伯菌为宿主菌,在污水中分离出一株裂解性噬菌体,命名为PCCM_KpP1172。测定该噬菌体生物学特性,分析其基因组序列,并通过大蜡螟幼虫感染模型检测该噬菌体的治疗效果。结果该株肺炎克雷伯菌基因组分析存在耐药基因与毒力基因rmpA2、rmpA、iroN、icu。以此菌株为宿主菌分离到新型肺炎克雷伯菌噬菌体,命名为PCCM_KpP1172,在宿主菌菌苔上可形成完全透明的噬菌斑并伴晕圈;透射电镜下呈现有尾噬菌体目短尾病毒科病毒的典型形态特征;一步生长曲线显示其潜伏期为15 min,最佳感染复数(multiplicity of infection,MOI)为0.0001,对ST11KL64型肺炎克雷伯菌有广泛裂解范围。基因组分析显示,该噬菌体为双链DNA(总长度为40222 bp),G+C含量为53%,基因组包含49个开放阅读框(open reading frames,ORF),无毒力或抗生素耐药性相关基因。基于系统发育分析,该噬菌体可归属于有尾噬菌体目Studiervirinae亚科Przondovirus属的一个新种。此外,噬菌体PCCM_KpP1172可在体外3 h内有效抑制碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌的生长,并能提高宿主菌感染的大蜡螟幼虫存活率(P<0.01)。结论本研究针对碳青霉烯耐药的高毒力肺炎克雷伯菌分离并鉴定了一株新的T7噬菌体PCCM_KpP1172,具有高裂解力,无耐药基因和毒力基因,对大蜡螟幼虫感染模型具有良好治疗效果。

替加环素治疗泛耐药鲍曼不动杆菌感染临床疗效及安全性分析

目的:回顾性研究替加环素治疗泛耐药鲍曼不动杆菌(XDRAB)的疗效及安全性。方法:收集2012年6月–2014年1月我院使用替加环素治疗XDRAB感染病例,对其给药方案、联合用药、临床治愈率、细菌清除率及不良反应等数据进行汇总并分析。结果:共收集到13例病例,其中6例为替加环素与其他抗菌药物联合使用;替加环素治疗XDRAB感染临床治愈率为53.8%,细菌清除率为46.2%;有2例患者出现药品不良反应,与替加环素可能相关。结论:替加环素治疗XDRAB感染有良好的临床疗效,在治疗过程中应密切关注其不良反应,权衡收益风险比,为患者提供安全、有效的治疗。

头孢哌酮舒巴坦联合替加环素治疗多重耐药/泛耐药鲍曼不动杆菌肺炎的Meta分析

目的:评价头孢哌酮舒巴坦联合替加环素在多重耐药/泛耐药鲍曼不动杆菌(multi-drug resistant/pan-resistant Acinetobacter baumannii,MDRAB/XDRAB)肺炎治疗中的疗效,为MDRAB/XDRAB肺炎的抗生素治疗提供循证学依据。方法:制定原始文献的纳入标准及检索策略,计算机检索中国知网、维普中文科技期刊全文数据库、万方医学数据库,提取有关抗生素治疗MDRAB/XDRAB肺炎的对照研究文献。其中实验组采用替加环素联合头孢哌酮舒巴坦进行治疗,对照组采用其他两种抗生素联合(其中一种为替加环素或头孢哌酮舒巴坦)疗法。评价纳入研究的文献质量,提取有效数据后采用RevMan 5.3 软件进行Meta分析。结果:本研究共纳入12篇中文文献,研究对象739例,其中实验组364例,对照组375例。Meta分析显示,实验组治愈率为61.50%,明显高于对照组的38.67%;实验组总有效率为88.74%,明显高于对照组的68.53%;实验组痰菌转阴率为71.63%,明显高于对照组的49.65%(均 P <0.01);实验组不良反应发生率为13.04%,对照组为10.87%,差异无统计学意义( P >0.05)。结论:头孢哌酮舒巴坦联合替加环素治疗MDRAB/XDRAB肺炎临床疗效较好,建议进一步推广使用。

ICU内泛耐药不动杆菌肺部感染患者死亡危险因素的Logistic回归分析

目的:探讨影响ICU内泛耐药鲍曼不动杆菌(PDR-Ab)肺部感染患者预后的危险因素。方法:回顾性分析2010年1月至2013年1月ICU内60例肺部感染病原菌为PDR-Ab的患者的临床资料,根据患者30d的情况分为死亡组及存活组,用SSPS13.0对数据进行单因素分析及Logistic回归分析。结果:60例PDR-Ab肺部感染患者30d内的病死率为40%;APACHEⅡ评分、血清白蛋白水平、机械通气时间>7d、基础疾病、器官衰竭数目、肺部合并真菌感染在存活组和死亡组中均具有显著差异;APACHEⅡ评分、血清白蛋白水平、器官衰竭数目为患者死亡的独立危险因素。结论:APACHEⅡ评分高、低白蛋白血症、器官衰竭数目≥2个,提示PDR-Ab肺部感染患者预后不良。

多重耐药胸膜肺炎放线杆菌GD2107株全基因组测序及生物信息学分析

【目的】通过对多重耐药胸膜肺炎放线杆菌(Actinobacillus pleuropneumoniae,APP)GD2107株进行全基因组测序及生物信息学分析,丰富APP基因组数据库信息;构建基于ApxⅣ基因的系统进化树,分析该菌株的进化关系,为探索APP致病机制和临床防控猪传染性胸膜肺炎(porcine contagious pleuropneumia,PCP)提供参考。【方法】通过药敏试验测定分离菌株的耐药谱;采用全基因组测序技术(whole genome sequencing,WGS)对细菌DNA进行全基因组测序,分别利用Illumina NovaSeq、PacBio SequeI测序平台对全基因组测序结果进行基因功能注释及生物信息学分析(包括基因组基本信息、功能元件分析及亚系统分析等);基于ApxⅣ基因构建系统进化树。【结果】药敏试验结果显示,GD2107菌株对青霉素、头孢拉定(先锋Ⅵ)、卡那霉素等14种抗菌药均耐药。对GD2107株全基因组测序得到1条大小为2271987 bp的环状染色体(GC含量为41.21%)和2个大小分别为5027和3497 bp的环状质粒,共预测到2290个编码基因,包含19个rRNA(7个5S rRNA、6个16S rRNA、6个23S rRNA)、21个tRNA基因、20个ncRNA;23个基因岛、4个原噬菌体和2组CRISPR相关序列;分别有2112、1549和1866个基因在COG、KEGG和GO数据库中得到注释,且相关蛋白集中分布于APP的代谢过程;另外在毒力因子(VFDB)和耐药因子(CARD)数据库中还注释到48个毒力基因和22个耐药基因(仅floR基因位于质粒上)。绘制该菌株的全基因组圈图,将基因组信息提交至NCBI,获得染色体GenBank登录号为CP097377,质粒登录号分别为CP097378和CP097379。系统进化树分析发现,该菌株与来自中国的APP菌株(CP063424.1)进化关系最近。【结论】本研究完成了对多重耐药菌株GD2107的全基因组测序与生物信息学分析,全面认识了该菌株基因组的结构和功能并探究了耐药和致病机制中的相关基因,进化关系显示该菌株具有一定的地域流行性,为预防PCP的流行和探索APP的致病机制提供了参考。

泛耐药鲍曼不动杆菌感染相关因素分析

回顾性分析2012年1月～2013年12月全院225株患者送检各种标本检出鲍曼不动杆菌的临床资料，寻找发生泛耐药鲍曼不动杆菌感染的危险因素。结果225株鲍曼不动杆菌共分离出泛耐鲍曼不动杆菌58株，占25.8%，单因素分析，泛耐药鲍曼不动杆菌的发生与年龄、使用抗菌药物时间、使用β￣内酰胺酶抑制复合剂、使用碳青酶烯类、糖尿病、静脉插管、气管插管明显相关，差异有统计学意义（P<0.05），而与性别、冠心病、肿瘤、导尿插管无明显相关性。应针对引发鲍曼不动杆菌泛耐药的危险因素采取相应的预防措施，从而减少危险因素的发生。