波尔山羊ACVRⅡB基因5′调控区多态性及其与初生体重体尺的关联分析

旨在探讨波尔山羊激活素受体ⅡB(activin A receptor typeⅡB,ACVRⅡB)基因5′调控区多态性及其对初生体重体尺的影响。从103只波尔山羊耳组织中提取基因组DNA,扩增ACVRⅡB基因5′调控区序列,测序鉴定SNPs位点,分析遗传多态性,并与波尔山羊初生体重、体尺进行关联分析。结果显示,鉴定到g.-1776C>G、g.-1725G>A、g.-1697C>T、g.-1604G>A、g.-1569G>C 5个SNPs位点,其中g.-1725G>A位点AA型在群体中频率为0.049,AG型为0.359,GG型为0.592,PIC为0.29,处于中度多态;g.-1569G>C位点CG型在群体中频率为0.167,GG型为0.833,PIC为0.14,处于低度多态。连锁分析发现g.-1725 G>A与g.-1697C>T、g.-1569G>C完全连锁(相关性为100%)。关联分析发现,g.-1725G>A位点AG型初生重、初生体长均显著高于GG型(P<0.05);g.-1569G>C位点CG型初生体高显著高于GG型。综上,g.-1725G>A位点可作为波尔山羊早期生长选育的候选分子标记。

山羊FSHR基因第10外显子序列的克隆与比较研究

根据牛FSHR基因序列设计引物,以波尔山羊和莱芜黑山羊基因组为模板,应用PCR技术克隆测定了FSHR基因第10外显子序列,并与牛该区段序列进行了比较研究。结果表明,PCR扩增获得的片断为1643bp,三畜种FSHR基因第10外显子长均为1233bp。莱芜黑山羊和波尔山羊的第10外显子序列与牛该序列相比,同源性分别为97.49%和97.41%,分别在31个和32个位点发生碱基突变。均引起10处氨基酸密码改变。波尔山羊该序列与莱芜黑山羊的比,同源性为99.60%,且3个位点有碱基突变,其中+1184和+1365位点突变引起氨基酸密码改变。

波尔山羊MyoG基因的鉴定和序列分析

为了探明山羊MyoG基因的序列结构及其对肌肉的分化调控机制,用PCR产物直接测序的方法获得了波尔山羊MyoG基因2363bp长的DNA序列,并对该序列进行了分析。结果表明,波尔山羊MyoG基因包括3个外显子、2个内含子及部分5′UTR(74bp)和3′UTR(260bp)区,编码序列长675bp,共编码224个氨基酸。结构分析表明,该序列所编码的肽链没有信号肽,第1～138个氨基酸为波尔山羊MyoG基因的bHLH结构域。通过比对分析波尔山羊与已知的GenBank中的人类及其它物种MyoG基因发现,该基因编码区核苷酸以及推测的氨基酸同源性和物种间的亲缘关系相一致,无根系统进化树的聚类结果与这些物种本身的生理特性以及传统分类学中已知的生物分类结果相一致。波尔山羊MyoG基因的鉴定及序列分析为山羊肌肉发育调控的机理以及肉质改良等的研究提供了很好的生物学基础信息。

波尔山羊生长激素(GH)基因克隆及序列分析

比较生长激素(GH)基因在不同物种间的相似性,设计引物,用PCR方法从波尔山羊基因组中扩增出一条长约2.0kb的DNA片段,然后用PMD-18T载体在感受态DH5α株大肠杆菌中获得GH基因克隆子。DNA测序结果表明,波尔山羊GH基因DNA序列全长1951bp(不含引物序列),含完整的5个外显子编码区。应用ClustalW软件进行同源性分析,结果表明,波尔山羊GH基因与Tokara山羊、澳洲美利奴羊和黄牛的GH基因的相似度分别为98.5%,97.0%和95.4%;内元比外元的变异程度高,在5个外元中,第一外元的保守性最高,其他区域的变异程度随物种亲缘关系的增大而升高,在分子水平上符合物种进化原理。

FSHR基因多态性及其与陇东绒山羊产双羔关联性分析

为了寻找控制陇东绒山羊双羔性状的分子标记,本研究以陇东绒山羊双羔母羊及所产F1代为实验材料,并以单胎的陇东绒山羊母羊和单胎的辽宁绒山羊母羊为对照,采用PCR-SSCP及测序法分析陇东绒山羊FSHR基因第10外显子遗传多态性,运用最小二乘法分析其与产羔性状的关联性。结果检测到G1542T和T1595G2个多态位点,其中T1595G位点为错义突变,可导致所编码的氨基酸由甲硫氨酸(Met)变为精氨酸(Arg),该位点包括4种基因型分别为AA型、AB型、BB型和AC型,陇东绒山羊双羔群体的优势基因型为BB型,优势等位基因为B;陇东绒山羊BB型个体的产羔数最高,AB型个体次之,且AB型、BB型母羊产羔数与AA型、AC型差异显著。因此,FSHR基因第10外显子T1595G位点B等位基因对陇东绒山羊产羔数有显著影响,可以作为陇东绒山羊产双羔的一个候选分子标记。本研究为进一步筛选陇东绒山羊双羔性状主效基因提供了技术支撑,进而为加快高繁殖力陇东绒山羊的选育进程提供依据。

波尔山羊FSHR5’端序列的SNP多态性及超排效果分析

为探索波尔山羊超排个体排卵数差异与个体遗传特性的相关性,对波尔山羊的FSHR基因(950 bp),分成四段分别设计引物进行PCR-SSCP多态性分析,结果发现一个SNP位点,导致5-’1出现两种基因型。序列分析显示该突变位点位于转录起始点上游-739bp处,属于远端转录启动调控区。统计分析表明AA型个体的平均排卵数与AB型个体的平均排卵数差异极显著(P<0.01),平均胚胎可利用率差异显著(P<0.05),这说明个体的超排潜力可能与其本身的FSHR基因的遗传特性有关。

4个山羊品种GDF9、BMP15、FSHR基因的多态性分析

采用RFLP和SSCP 2种方法研究了生长分化因子9(GDF9)基因、骨形态发生蛋白15(BMP15)基因和促卵泡素受体(FSHR)基因在河北绒山羊、美姑黑山羊、承德黑山羊、河南槐山羊4个山羊品种中的多态性。结果显示,在4个山羊品种中未检测到GDF9的突变位点;BMP15基因出现1处突变位点(890bp处,G→T),但未引起基因型改变;FSHR基因出现3种基因型HH、HK、KK,存在1处突变位点(1 568bp处,C→G)。河南槐山羊Hardy-Weinberg不平衡,且为中度多态。表明检测的FSHR基因在4个山羊品种中存在多态性。

三个山羊品种FSHR基因部分序列的克隆与分析

以波尔山羊、莱芜黑山羊、崂山奶山羊为研穷对象,对其FSHR基因5’端调控区及第一外星子部分序列进行克隆测序。结果表明,波尔山羊与莱芜黑山羊、崂山奶山羊三者序列的同源性为98．13%,相应的突变率为1．87%。三个品种间共有27处发生碱基缺失/插入,且碱基突变区段位于基因的5’端区转录启动调控区,主要集中在-210～—290bp之间,莱芜黑山羊与崂山奶山羊之间仅出现3个碱基的突变。

山羊FSHR基因5′端侧翼序列多态性对产羔性状的影响

为了研究山羊FSHR基因对产羔性状的影响,用RFLP-PCR法对多胎和单胎布尔山羊、关中奶山羊和萨能奶山羊母羊FSHR基因5′端侧翼序列进行了多态性检测。结果发现,FSHR基因5′端侧翼序列经PstⅠ、HaeⅢ、SinⅠ和TaqⅠ酶切,在多胎母羊和单胎母羊群体中均未表现出多态性;不同山羊群体FSHR基因5′端侧翼序列中各存在一些碱基的差异,但这些差异均未影响FSHR基因的转录和山羊的产羔性状。说明所检测的FSHR基因5′端侧翼序列这些酶切位点与山羊的产羔性状之间没有遗传连锁关系。

辽宁绒山羊卵泡中FSHR基因表达研究

以β-Actin作为内源性内标,采用RT-PCR技术,研究了辽宁绒山羊不同发育时期卵泡FSHR基因mRNA的表达丰度。结果表明:辽宁绒山羊和本地山羊相同发育阶段卵泡FSHR基因表达水平差异不显著(P>0.05),随着卵泡发育,其表达水平的变化趋势也相一致;辽宁绒山羊直径<1mm卵泡和直径为3～4mm卵泡的颗粒细胞FSHR基因mRNA表达水平显著高于膜细胞。

海门山羊FSHR基因外显子10的PCR-SSCP分析

对海门山羊抽样群体FSHR基因的EXON10部分序列进行PCR-SSCP基因型判定,发现两种基因型:HK型和HH型。HK基因型频率为0.925,HH基因型频率为0.075,基因H的频率为0.5375,基因K的频率为0.4625。HK基因型个体数远远高于HH基因型个体数。对不同基因型个体测序,发现第90位有单碱基C→T,HK型个体为C,HH型个体为T。对抽样群体进行统计学分析,发现野生型HK基因型海门山羊产羔数比突变纯合型HH基因型多0.34只(P<0.05),K等位基因与海门山羊产羔数呈显著正相关。

波尔山羊PLAG1基因克隆、多态性鉴定及其与出生体重、体尺性状的关联分析

【目的】试验旨在研究多形性腺瘤基因1(plemorphic adenoma gene 1,PLAG1)基因序列特征、多态性以及对山羊出生体重、体尺的影响。【方法】以波尔山羊为研究对象,克隆PLAG1基因序列并测序,采用实时荧光定量PCR鉴定其在不同年龄和体重波尔山羊组织中的表达模式,采用Western blotting方法检测PLAG1在不同体重羔羊腿肌中的表达水平,进一步筛选PLAG1基因CDS和3′-UTR区SNP,并分析各位点不同基因型与波尔山羊出生体重、体尺的相关性。【结果】波尔山羊PLAG1基因CDS全长1 500 bp,编码499个氨基酸,PLAG1蛋白相对保守。组织表达谱显示,PLAG1基因在出生体重较大的羔羊心脏、小肠和腿肌中表达水平显著或极显著高于出生体重较小的羔羊,在胎羊各组织中mRNA表达水平均显著或极显著高于成年母羊(P<0.05;P<0.01);PLAG1蛋白在出生体重较大的羔羊腿肌中表达量极显著高于出生体重较小的羔羊(P<0.01)。在波尔山羊PLAG1基因3′-UTR区共筛选到6个SNPs位点,分别为:2664 A>G、2712 A>G、2721 T>C、2879 T>A、2990 A>T和3270 A>G。关联分析发现,2664 A>G位点AG基因型个体出生管围显著大于GG基因型(P<0.05);2721 T>C位点TT基因型个体出生体长显著大于TC基因型(P<0.05);2879 T>A位点TA基因型个体出生管围显著大于AA基因型(P<0.05);2990 A>T位点AA基因型个体出生体重显著高于AT基因型(P<0.05);3270 A>G位点GG基因型个体出生体长显著大于AA基因型,AG基因型个体出生胸围显著大于AA基因型(P<0.05)。【结论】PLAG1基因在波尔山羊胎羊各组织中表达水平均高于成年母羊,发育早期的表达水平与出生羔羊体重相关。PLAG1基因可作为分子标记用于波尔山羊早期生长选育。

基于简化基因组测序的黄色波尔山羊公羊亲缘关系及近交系数分析

为提高云南黄山羊新品种培育的育种效率和遗传进展,准确度量育种素材波尔山羊黄色群体的近交程度及亲缘关系是一个有效途径。本研究采用简化基因组测序(GBS)技术对来自云南省种羊推广中心的37只黄色波尔山羊公羊进行测序,通过质控获取高质量高密度SNP变异信息,并使用Gmatrix v2、Plink v1.90、MegaX v10.0等软件进行主成分分析(PCA)、状态同源距离计算(identity by state,IBS)、基因型亲缘关系G矩阵构建、亲缘系数计算、NJ聚类分析和基因组近交系数计算。结果显示,在37只黄色公羊中检测出位于29条常染色体上的高质量SNPs位点88393个,共检测出长纯合片段(ROH)1537条,大小在1000.582~18400.12 kb之间,平均每条ROH长2576.34 kb,平均含有93.15个SNPs;37只黄色公羊被分为11个家系,其中3个家系仅各有1只黄色公羊,家系A与K亲缘关系最远;基于ROH的群体平均基因组近交系数为0.043,其中3只黄色公羊的基因组近交系数>0.125,存在较多的近交积累。本研究结果为波尔山羊黄色群体在云南黄山羊新品种培育中的合理利用提供了科学依据,也为评估山羊个体近交水平、防止近交衰退、优化选种选配方案提供了有力的技术手段。

波尔山羊MyOG基因的鉴定和序列分析

为了探明山羊MyoG基因的序列结构及其对肌肉的分化调控机制。用PCR产物直接测序的方法获得了波尔山羊MyoG基因2363bp长的DNA序列，并对该序列进行了分析。结果表明，波尔山革MyoG基因包括3个外显子、2个内含子及部分5＇UTR（74bp）和3＇UTR（260bp）区，编码序列长675bp，

山羊MC1R基因克隆、表达及其多态性研究

为研究黑色素皮质素受体1(MC1R)基因与山羊毛色形成的相关性,以苏淮山羊和波尔山羊为研究对象,克隆测序获得了山羊MC1R基因编码区全序列,实时定量荧光PCR(Real-Time PCR)检测其在苏淮山羊和波尔山羊耳组织中的表达水平,DNA池方法筛选其在山羊群体中的SNPs位点。结果发现,MC1R基因在苏淮山羊中全长954 bp,编码317个氨基酸残基。波尔山羊和苏淮山羊MC1R基因核苷酸和氨基酸序列一致性为99.79%和98.77%;系统进化分析发现,波尔山羊与苏淮山羊聚在一起后再与绵羊聚在一起。在苏淮山羊群体中发现183C/T和748T/G 2个突变位点,在波尔山羊群体中检测到701G/A突变。MC1R基因在波尔山羊耳组织中的表达水平高于苏淮山羊,但差异不显著。该研究显示MC1R基因可能在调控山羊毛色形成中发挥一定的作用。

山羊促卵泡素受体基因研究进展

促卵泡素受体(FSHR)作为影响动物繁殖力的主效基因,已在不同物种中被广泛和持续地研究。作者归纳和分析了山羊FSHR基因的结构及其蛋白质的结构、作用机制、表达范围和规律,总结了该基因单核苷酸多态性的遗传效应,发现山羊FSHR基因的生物信息和基因效应相关研究比较深入,且近期在信号传导方面的研究证实FSHR基因是卵泡形成和发育过程中的关键因素;与不同种群繁殖性能的关联分析提示,FSHR基因的某些单核苷酸突变位点可作为遗传标记辅助选择的依据,但不同山羊种群中的突变效应仍需进一步证实。

利用微卫星标记对波尔山羊遗传多样性的研究

利用 5个微卫星位点对波尔山羊进行了遗传多样性研究 ,通过检测 ,除 INRA0 0 2 3外均呈现多态 ,基因杂合度在 0 .2 0 62～ 0 .7368之间 ,多态信息含量在 0 .3743～ 0 .6770之间 ;

TGF-β1基因多态性及其与两个山羊品种产羔数的相关分析

为研究波尔山羊和陕南白山羊转化生长因子β1(TGF-β1)基因遗传多态性及其与产羔数的相关性,根据绵羊TGF-β1基因序列设计3对引物,采用PCR-SSCP技术和DNA测序技术检测山羊TGF-β1基因外显子1和内含子2的多态性,同时用最小二乘法研究了其多态性与产羔数的关系。结果表明,在波尔山羊和陕南白山羊中,仅第2内含子(P2)存在多态位点,分别定义为MM、LM和LL基因型。MM型与LL型相比在内含子2的790bp处碱基发生G→C的突变。多态位点均以L为优势等位基因,基因频率分别为0.540和0.659,在波尔山羊的3~4胎和平均产羔数中,MM型个体的产羔数显著高于LM和LL型个体(P【0.05);LM型个体的第2胎产羔数显著高于LL型个体(P【0.05);在陕南白山羊的2~4胎和平均产羔数中,MM型个体显著高于LM和LL型个体(P【0.05),TGF-β1基因多态位点与产羔数显著相关,可以用于山羊分子遗传育种的候选基因。

波尔山羊繁育新体系研究

波尔山羊是世界上日前惟一公认的肉山羊良种,其优异的生产性能已引起世界上众多国家的广泛关注,被认为是发展中国家进入21世纪值得进一步研究和开发的有重要潜力的肉山羊良种.……