河北省保定市HIV-1流行重组毒株基因分布特征及独特重组毒株重组结构分析

目的了解河北省保定市2019年6月-2021年12月HIV-1流行重组毒株基因分布特征及独特重组毒株重组结构。方法使用自建的方法扩增HIV-1 pol区全长基因并测序,然后使用系统进化分析鉴定HIV-1亚型。对不能明确分型的标本利用近末端稀释法分两段进行HIV-1近似全长基因组的扩增。测序结果使用Sequencher 5.4.6软件进行序列拼接,使用Bioedit进行序列的比对和处理,SimPlot工具进行序列相似性分析,并利用Bootscan工具进行重组断点分析,最后使用在线工具Recombinant HIV Drawing Tool绘制重组镶嵌图谱,分析保定市HIV-1独特型重组毒株的重组结构。结果共获得296份样本的264条HIV-1 pol区全长基因序列片段(3.1kb)。HIV-1主要亚型为CRF01_AE(51.89%,137/264)、CRF07_BC(25.00%,66/264)和B亚型(10.98%,29/264)。流行重组毒株(CRFs)占85.61%(226/264),独特重组毒株(URFs)流行率为3.41%(9/264)。对其中9例URFs中的5例成功进行了近乎全长基因序列扩增并测序,均为URFs,其中1例是01B的URF,4例是0107的URF。结论保定市HIV-1重组毒株(包括CRFs和URFs)的流行率达到了89.02%,并出现了较高比例的新型独特重组毒株,应密切监测其流行趋势,采取相应的措施加以干预。

中国HIV-1主要流行重组株B/CTat基因第一外显子序列特征分析

目的研究我国人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)流行重组株B/CTat基因第一外显子变异特点,探讨这些变化对其功能的影响。方法从确诊的HIV-1感染者全血样本中提取基因组DNA,经套式聚合酶链反应(PCR)扩增和测序。使用GCG和Bioedit软件中的程序进行系统进化树和氨基酸变异分析,同时进行网上三级结构预测。结果总计154份样品中CRF07-BC为120份,CRF08-BC为34份,两种亚型有较广泛的分布,CRF07-BC与标准株的平均基因离散率为(5.748±1.352),CRF08-BC与标准株的平均基因离散率为(1.259±1.931)。结论我国流行重组株CRF07-BC比CRF08-BC有较长的流行时间,CRF07-BC与CRF08-BC基因第一外显子氨基酸相比,主要为半胱氨酸富含区和核心区的变化。在这两个区位点变化可能影响Tat与细胞因子如cyclinT1的结合能力,而成为CRF07-BC在我国流行中获得传播优势的原因。

我国HIV-1 B'/C重组流行株Tat蛋白的表达、纯化及功能分析

根据全国HIV分子流行病学研究发现,B'和C亚型HIV-1在我国发生了重组,并以优势株形式在我国广泛流行。为了探讨这种HIV-1B'/C重组毒株tat基因的变异与其表型之间的关系,利用pET表达系统在大肠杆菌中高效表达了三种不同基因变异类型的Tat蛋白,重组蛋白占菌体总蛋白的26%,Westernblot显示较好的反应原性,并通过金属鏊合层析纯化了目的蛋白。荧光素酶活性检测表明:体外表达的Tat蛋白具有明显的生物学活性,可以反式激活HIVLTR引导的报告基因的表达;三种Tat蛋白在激活活性上的差异与流行现场检测的病毒载量的高低存在明显的对应关系,说明tat基因的变异可以引起病毒生物学特性的改变,进而影响病毒的流行特征。此结果为进一步研究我国HIV重组毒株的基因变异特征及变异规律奠定了基础。

云南省红河州HIV-1毒株亚型分布及流行重组分析

自1989年首例1型艾滋病病毒（HIV-1）感染者在云南省德宏州瑞丽市的静脉吸毒者中被发现后,HIV的传播和流行越来越严重[1]。由于HIV基因变异度高,在流行过程中会形成不同的亚型及重组型,随着HIV-1流行时间的延长,亚型内的重组变异也发生着复杂的变化[2]。云南省作为中国HIV-1亚型分布和独特性重组的中心地带[3],红河州是云南省艾滋病流行程度较高的地区之一.

重组流行性乙型脑炎病毒E基因原核表达条件的优化

目的:对重组流行性乙型脑炎病毒E基因(JEVE)进行优化表达研究。方法:采用正交实验设计L9(34)方案,通过SDS-PAGE分析,对诱导时机、诱导时间、IPTG浓度、诱导温度四因素对重组产物表达的影响进行了研究。结果:菌体在37℃培养条件下,当LB培养基OD600达到0.8时,加入终浓度为0.025mmol/L的异丙基硫代-β-D-半乳糖苷(Isopropylthio-β-D-galactoside,IPTG)诱导4h,可获得较高表达量的重组乙脑病毒E蛋白。结论:获得较为满意的表达条件,为下步纯化和进一步大规模生产奠定了基础。

HIV-1的基因重组:分子机制及生物学特征

基因重组是导致HIV-1多态性不断增加的重要进化机制。重组发生在病毒基因组的逆转录过程中,通过模板选择来实现。新的重组病毒可能具有传播优势,从而成为流行重组形式(circulating recombinant forms,CRFs)。全世界现已发现43种CRFs,此数量还会不断增加。HIV-1基因重组将有利于病毒复制和传播的突变联合起来,使病毒能更快地逃避药物选择和宿主免疫压力。因此,基因重组在HIV-1的分子进化、适应宿主和逃避药物治疗等方面都是不可或缺的部分。目前对HIV-1基因重组产生和发展的机制及重组毒株的生物学特征了解得还不是很清楚。本文对HIV-1基因重组的分子机制及其对传播及致病特征的影响进行综述。

山东省HIV-1流行株多基因区亚型分析

目的了解流行于山东省境内HIV-1毒株的亚型,尤其是流行重组型毒株的种类及变异情况,分析其来源并推测其流行趋势。方法采集93份HIV-1感染者的外周静脉防凝血,提取前病毒DNA进行体外扩增,获得包膜蛋白(env)、核心蛋白(gag)、tat区基因的核酸片段,并对各基因区核苷酸进行测定和分析。结果发现在所有目标人群中共存在B、B′、C3种亚型以及CRF07-BC、CRF08-BC、CRF01-AG和CRF01-AE4种重组毒株,其中B′亚型数量最大71株(占77.2%),CRF01-AE9株(占9.8%),CRF07-BC、CRF0B-BC各3株(均占3.3%),B、C和CRF02-AG各2株(占2.2%)。3个基因区env区变异最大,gag和tat相对保守。3种优势亚型中,A/E变异最大,B'次之,B'/C最保守。结论山东省HIV-1流行毒株亚型众多,各优势毒株发生了不同程度的变异,在山东省有流行加快的趋势,应加强防控。

HIV-1 CRF55_01B毒株流行特征的研究进展

CRF55_01B是我国报道的HIV-1主要流行毒株之一,具有较为独特的流行病学和基因进化特征。近几年HIV-1分子流行病学监测发现CRF55_01B已经成为我国第五个主要流行HIV-1毒株。本研究从他的发现起源、流行情况、致病性和耐药性及参与的重组等方面进行综述,并讨论了与其流行密切相关的社会和生物学因素。

我国男男性行为人群艾滋病流行情况及HIV-1基因亚型特征

我国男男性行为（MSM）人群中艾滋病的发病率呈逐年上升趋势，需要引起社会重视。近年来，我国MSM人群中各种新HIV-1独特重组型（URFs）和流行重组型（CRFs）不断被发现，CRF01-AE和CRF07-BC已经成为我国主要的HIV-1流行亚型。及时发现和鉴定各种HIV-1亚型，对预防和控制艾滋病流行具有重大意义。

HIV-1 CRF10301B近全长基因组遗传特征分析

目的描述一株新鉴定的流行重组型HIV-1 CRF103_01B在北京的检出情况,并分析其近全长基因组(near full-length genome,NFLG)遗传特征。方法对2017—2020年北京新诊断或初始抗病毒治疗病例进行HIV-1基因型耐药监测,发现5例疑似感染CRF103_01B毒株。通过逆转录、近末端稀释法,分两段巢式PCR扩增HIV-1 NFLG。获得的序列与分型参考序列进行基因比对,使用MEGA11软件构建邻接法(neighbor-joining,NJ)系统进化树。用SimPlot 3.5软件分析确定基因重组断点,绘制基因组结构图。基于亲本毒株同源NFLG序列比对,挑选较长的重组片段构建NJ进化树,判断可能的亲本毒株来源。用斯坦福大学HIV耐药数据库解析基因型耐药特征。结果共获得5条CRF103_01B NFLG序列,其中4例经男男性行为(men who have sex with men,MSM)感染,1例为女性。与从河北检出的4条CRF103_01B NFLG序列合并分析其重组特征:在CRF01_AE骨架上,gag、pol和nef-3'-LTR基因片段被B亚型重组替换[HXB2 nt 1111±19-1539±16,2531-4478±16(片段Ⅴ),9008±23-9615]。亲本来源分析显示,CRF103_01B的片段Ⅳ与Ⅴ分别与北京B亚型(BJMP3294B)和g5簇CRF01_AE序列(JX112804)聚集成大单系进化簇(bootstrap值分别为97%和100%)。9个CRF103_01B病例均携带非核苷类逆转录酶抑制剂类V106I突变。结论CRF103_01B毒株最可能起源于北京MSM人群,并在北京和河北等地的MSM人群中低水平持续流行,并经异性性途径向一般人群播散。需加强该毒株分子流行病学和耐药监测,关注疾病进展。