中国HIV-1主要流行重组株B/CTat基因第一外显子序列特征分析

目的研究我国人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)流行重组株B/CTat基因第一外显子变异特点,探讨这些变化对其功能的影响。方法从确诊的HIV-1感染者全血样本中提取基因组DNA,经套式聚合酶链反应(PCR)扩增和测序。使用GCG和Bioedit软件中的程序进行系统进化树和氨基酸变异分析,同时进行网上三级结构预测。结果总计154份样品中CRF07-BC为120份,CRF08-BC为34份,两种亚型有较广泛的分布,CRF07-BC与标准株的平均基因离散率为(5.748±1.352),CRF08-BC与标准株的平均基因离散率为(1.259±1.931)。结论我国流行重组株CRF07-BC比CRF08-BC有较长的流行时间,CRF07-BC与CRF08-BC基因第一外显子氨基酸相比,主要为半胱氨酸富含区和核心区的变化。在这两个区位点变化可能影响Tat与细胞因子如cyclinT1的结合能力,而成为CRF07-BC在我国流行中获得传播优势的原因。