聚合酶链反应-直接测序法在强直性脊柱炎患者HLA-B27检测中的应用

目的探讨聚合酶链反应-直接测序法(polymerase chain reaction sequence-based typing,PCR-SBT)检测人类白细胞抗原B27(human leukocyte antigen B27,HLA-B27)在强直性脊柱炎(ankylosing spondylitis,AS)临床诊断中的价值。方法应用PCR-SBT法和临床常用的IMS-ELISA法对120例疑似AS患者外周血进行HLA-B27检测。以SPSS17.0软件的配对χ2检验和受试者工作特征曲线下面积对两种方法检测HLA-B27在AS诊断中的价值进行评价。结果 120例疑似AS患者中,PCR-SBT和IMS-ELISA法HLA-B27检测阳性率分别为45.83%(55/120),37.50%(45/120)。两种方法检测HLA-B27有统计学差异(P=0.031)。PCR-SBT法敏感度和特异度分别为96.36%,96.92%;IMS-ELISA法的敏感度和特异度分别为69.09%,89.23%。两者的AUC分别为0.966和0.792。结论与传统的IMS-ELISA法相比,在AS的临床诊断中PCR-SBT法检测HLA-B27的敏感度和特异度更高,方法更优。

聚合酶链反应-测序技术快速检测耐异烟肼结核分枝杆菌KatG基因突变的研究

目的应用PCR-DNA测序技术快速检测耐异烟肼结核分枝杆菌分离株KatG基因突变,评价其在检测结核分枝杆菌异烟肼耐药性方面的应用价值。方法47株耐异烟肼结核分枝杆菌临床分离株及30株结核分枝杆菌敏感分离株用PCR-DNA测序技术检测KatG基因突变。结果47株耐异烟肼结核分枝杆菌分离株中,有31株KatG基因检出有突变,突变检出率为66.0%(31/47);30株结核分枝杆菌敏感株检出1株KatG基因突变。结论PCR-DNA测序技术方法敏感、准确、特异,可快速检测结核分枝杆菌KatG耐药基因突变,有利于耐异烟肼结核分枝杆菌耐药性的快速检测。

高灵敏度焦磷酸测序平台的建立及应用研究

焦测序技术是一种基于生物发光法测定焦磷酸盐的测序技术,在进行DNA序列分析时不需要电泳和荧光标记,定量性能好,结果准确,可实现自动化。但其应用过程中存在3个技术瓶颈:一是测序试剂灵敏度低、成本高;二是测定仪器价格昂贵;三是测序模板制备过程繁琐。本课题组针对这些技术瓶颈,提出了一整套解决方案,包括高灵敏度焦测序反应试剂的研制、小型便携式焦测序仪的研制、测序模板的制备方法研究等。建立的高灵敏度微型化焦测序平台在分子诊断的各个领域得到了充分的应用,如细菌病毒转基因成分等的序列测定、单核苷酸多态性测定、拷贝数变异测定、基因突变位点测定、microRNA测定、基因表达量测定和药物基因组学研究,具有测序灵敏度高、仪器体积小、成本低、操作简便快速等优点,应用前景广阔。本文详细介绍了本课题组在提高焦磷酸测序反应灵敏度、简化测序过程、改进测序仪器和拓展焦磷酸测序应用范畴所做的系列创新性工作。

PCR-SBT检测HLA-C座位1-7外显子序列鉴别HLA-C＊07：01：01G和C＊07：02：01G组等位基因

本研究旨在探讨区分人类白细胞抗原(HLA)-C*07:01:01G和HLA-C*07:02:01G组内等位基因,并分析其与HLA-B的连锁情况。通过收集HLA-C*07:01:01G组和HLA-C*07:02:01G组标本,采用聚合酶链反应测序分析方法(PCR-SBT)检测HLA-C座位第1-7外显子编码序列,并采用PCR-SBT方法对标本进行HLA-B基因分型。结果表明,13例HLA-C*07:01:01G组标本中,4例(30.8%)标本为HLA-C*07:01:01,9例(69.2%)标本为HLA-C*07:06;连锁分析显示,HLA-C*07:06与HLA-B*44:03高度连锁。102例HLA-C*07:02:01G组标本全部为HLA-C*07:02:01;连锁分析显示,HLA-C*07:02:01与HLA-B*51:01、B*46:01、B*39:01、B*40:01、B*38:02、B*15:02高度连锁。结论:HLA-C*07:01:01G组中发现存在HLA-C*07:01:01和HLA-C*07:06,而HLA-C*07:02:01G组中以HLA-C*07:02:01为主导。

应用二代测序技术排除PCR-SBT零错配的HLA-C基因型

目的:对3例PCR-SBT结果零错配的HLA-C罕见等位基因进行全长测序分析,以确定其真实基因型。方法:从临床移植配型样本中筛查出3例PCR-SBT结果零错配的HLA-C罕见等位基因,应用下一代测序技术检测序列全长以准确分型。结果:3例样本PCR-SBT分型结果分别为HLA-C*03:04,HLA-C*12:167;HLA-C*07:291,HLA-C*15:02;HLA-C*01:43,HLA-C*08:16;除HLA-C*03:04、HLA-C*15:02为HLA常见等位基因,其他等位基因均不在中国常见及确认HLA等位基因CWD表(2.3版本)中。NGS全长测序发现3例样本HLA-C基因型均为常见等位基因和新等位基因的组合,3个新等位基因分别在第6、2、4外显子存在一个碱基突变。新鉴定的等位基因序列已提交给Genbank数据库(MK629722、MK335474、MK641803),被WHO HLA命名委员会正式命名为HLA-C*03:04:74、HLA-C*15:192、HLA-C*08:01:25。3例样本的HLA高分辨分型结果应该为HLA-C*03:04:74,12:03;HLA-C*07:02,15:192;HLA-C*01:02,08:01:25。结论:HLA分型结果中含有罕见等位基因的零错配结果应谨慎对待,须通过NGS或克隆等方法对全长序列加以复核确认。本实验室通过加做NGS最终确认3例PCR-SBT零错配的HLA-C基因型均为常见等位基因和新等位基因的组合,为临床移植配型提供了准确依据,丰富了人类HLA遗传数据库。

神经纤维瘤病Ⅰ型患者HLA-DRB1位点等位基因的测序分型

目的 进行神经纤维瘤病Ⅰ型患者的HLA DRB1位点等位基因高分辨率测序分型 ,探讨HLA与神经纤维瘤病发病之间的关系。方法 应用聚合酶链反应 直接测序方法 (PCR SBT) ,对 3 0例神经纤维瘤病Ⅰ型患者及 10 8例正常人进行HLA DRB1位点等位基因分型。结果 神经纤维瘤病Ⅰ型患者HLA DRB1 0 40 6位点等位基因以较高频率出现 ,与对照组比较差异有显著性。结论 HLA DRB1位点等位基因频率在神经纤维瘤病Ⅰ型患者和正常人之间分布不同。

液相定点基因测序仪问世

基因测序是基因治疗中必不可少的关键一步,也是基因检测的金标准。一般基因测序主要包括三个步骤:PCR扩增,对待检测的DNA进行复制放量;用诺贝尔奖成果'末端终止法'进行测序反应;对完成反应的基因序列进行毛细管电泳,而后检测DNA中含有的荧光信号,即可获取基因序列的'密码'。这种方法要求被检样品的癌细胞数不得低于40%,否则会出现假阴性。

PCR-SBT 与 IMS-ELISA 法在强直性脊柱炎患者 HLA-B27检测中的比较

目的：比较聚合酶链反应-直接测序法（polymerase chain reaction sequence-based typing，PCR-SBT）和磁珠酶联免疫法（immunomagnetic separation and enzyme-linked immunosorbent assay，IMS-ELISA）检测人类白细胞抗原 B27（human leukocyte antigen B27，HLA-B27）在强直性脊柱炎（ankylosing spondylitis，AS）临床诊断中的价值。方法应用 PCR-SBT法和 IMS-ELISA 法对120例疑似 AS 患者外周血进行 HLA-B27检测。以 SPSS17.0软件的配对χ^2检验和受试者工作特征曲线下面积对两种方法检测 HLA-B27在 AS 诊断中的价值进行评价。结果120例疑似 AS 患者中，PCR-SBT 和 IMS-ELISA 法 HLA-B27检测阳性率分别为45.83％（55／120）和37.50％（45／120）。两种方法检测 HLA-B27差异有统计学意义（χ2＝59.455，P ＝0.000）。PCR-SBT 法敏感度和特异度分别为96.36％和96.92％；IMS-ELISA 法的敏感度和特异度分别为69.09％和89.23％。两者的 AUC 分别为0.966和0.792。结论与 IMS-ELISA 法相比，在 AS 的临床诊断中PCR-SBT 法检测 HLA-B27的敏感度和特异度更高，方法更优。

应用完整外显子2/3序列解决HLA-DRB1座位基因分型的歧义结果

背景:人类白细胞抗原基因测序分型中,当等位基因的差异碱基位于测序范围之外或不同等位基因对的杂合序列相同时,无法得到清晰的结果。目的:通过完整外显子2/3序列的测定,解决常规HLA-DRB1基因分型中的高比例歧义结果。方法:初次分型采用常规的测序方法检测320份样本的HLA-DRB1外显子2第一高变区以外的序列,测序反应设置codon86。后期采用一次性扩增外显子2/3,测序反应针对外显子2设置组特异性引物:DRB1*04/07/09为一组,其它基因家族为一组,设置conden86,对初次分型后为歧义结果的样本重新分型。结果与结论:初次分型有180份样本为歧义结果,占总样本数的56.25%。其中A类为差异碱基位于测序范围之外,共114例;B类为等位基因对的杂合序列相同,共17例;C类为两种情况同时存在,有49例。3种类别的歧义等位基因数分别为119个、34个、98个,占等位基因总数的33.06%、9.44%、27.22%。完整外显子2/3序列的测定使歧义结果比例从56.25%下降到14.37%,其中A类103例、B类8例、C类23例样本的等位基因得到确认。此次研究中发现了一个新等位基因,与跟它最相近的等位基因DRB1*110101相比,其外显子3的第381位碱基G>T,导致第98位氨基酸AAG(赖氨酸Lys)>AAT(天冬酰氨Asn)。序列已提交Genbank,编号HM807583,2010-08被世界卫生组织HLA因子命名委员会命名为HLA-DRB1*1197(编号HWS10010999)。提示,完整外显子2/3序列的测定能大幅降低歧义分型结果的比例。

一例白血病患者及家系HLA-B基因全长序列及18个点突变分析

背景:人类白细胞抗原HLA经过长期进化形成丰富的多态性,近几年由于受检人数增加及HLA分型技术快速发展,HLA新基因不断被发现。目的:采用下一代测序技术对1例白血病患者及家系HLA-B基因的全长序列及18个点突变进行分析。方法:应用序列特异性寡核苷酸探针杂交(PCR-SSOP)及聚合酶链反应-直接测序法(PCR-SBT)发现患者的HLA-B结果异常。为了鉴定该基因,采用下一代测序技术对该基因全长进行测序,同时采集患者父亲、母亲及2位同胞姐妹的血样进行HLA基因的遗传学分析。结果与结论:应用序列特异性寡核苷酸探针杂交及聚合酶链反应-直接测序法均提示该样本HLA-B无完全匹配的基因型。应用下一代测序技术分析发现,与同源性最高的等位基因B*15:09:01相比,该基因在外显子、内含子和3′UTR共存在18个碱基突变。5个外显子碱基突变位于第3,4外显子,分别为:第486位G→C、第583位T→C、第636位T→C、第652位A→G和第756位C→T,导致5个相应密码子发生改变,其中2个碱基替换为错义突变,第171位酪氨酸(Tyr)→组氨酸(His)、第194位异亮氨酸(Ile)→缬氨酸(Val)。家系调查显示患者HLA-B新基因来源于父亲。新基因序列已递交给Genbank数据库(MG595995)。应用下一代测序技术鉴定了1个HLA-B新等位基因,该基因于2017年12月被WHOHLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*15:435。

胶质瘤表皮生长因子受体基因突变检测方法的对比研究

目的分析普通聚合酶链式反应(PCR)联合直接测序法与实时聚合酶链式反应-高分辨率融解(qPCR-HRM)曲线分析技术对胶质瘤表皮生长因子受体(EGFR)基因突变的检测效果。方法用普通PCR联合直接测序法与qPCR-HRM曲线分析技术检测胶质瘤患者EGFR基因突变类型,检测结果比较采用χ2检验。结果普通PCR联合直接测序法与qPCR-HRM曲线分析技术对胶质瘤患者肿瘤组织EGFR突变的检测结果一致性较高,达90.91%,两者间差异无统计学意义(P>0.05)。结论 qPCR-HRM曲线分析技术操作较普通PCR联合直接测序法简便,实验时间较短,降低了交叉污染的风险,通过HRM曲线分析检测结果可以实现对样品基因型的判定。

不同方法在强直性脊柱炎患者HLA-B27检测中的比较

目的探讨聚合酶链式反应-直接测序(PCR-SBT)法与磁珠酶联免疫吸附剂测定(IMSELISA)法检测人类白细胞抗原B27(HLA-B27)在强直性脊柱炎(AS)患者临床诊断中的价值。方法采用上述两种方法对150例AS患者进行外周静脉血HLA-B27检测,比较两种方法检测HLA-B27阳性率等。结果 PCR-SBT的HLA-B27阳性检出率为49.33%(74/150),而IMS-ELISA的HLA-B27阳性检出率为36.67%(55/150),两种检测方法阳性检出率比较差异有统计学意义(χ2=5.36,P=0.027<0.05)。结论 PCR-SBT法更适合用于AS患者的临床诊断。

北京地区人群HLA-A、B、DRB1的聚合酶链反应-直接测序分型研究

目的调查北京人群人类白细胞抗原(humanleukocyte antigen,HLA)-A、B、DRB1的基因多态性,获得完整准确的遗传学数据。方法应用聚合酶链反应-直接测序分型(polymerase chain reaction se-quence-basedtyping,PCR-SBT)法对北京地区人群中618名健康无关个体进行HLA-A、B、DRB1基因座高分辨分型。结果检出HLA-A、B、DRB1的基因型数和等位基因数分别为199和84、366和143、286和122,这3个基因座分布均符合Hardy-Weinberg平衡定律(P>0.05)。结论从基因水平分析了北京地区HLA-A、B、DRB1基因座的群体分布特征,提供了一套比较完整准确的HLA-A、B、DRB1等位基因频率、基因型频率,为器官移植的供体选择、法医学个体认定、HLA与疾病相关性及人类学等研究提供了重要的参考数据。

深圳地区乙型肝炎病毒携带者人白细胞抗原C等位基因多态性分布特点

背景:目前,较多文献是研究乙型肝炎病毒与人白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)A、B、DR之间的关系,较少文献报道乙型肝炎病毒与HLA-C的相关性,可能与HLA基因型检测方法的发展有关系。目的:研究深圳地区乙型肝炎病毒携带者HLA-C等位基因多态性分布特征。方法:应用聚合酶链反应-直接测序分型法分别对186名深圳地区健康人群(对照组)和122名乙型肝炎病毒携带者HLA-C基因进行基因分型。结果与结论:在对照组中检出的HLA-C等位基因有24种,其中HLA-C*01:02、07:02、03:04以及08:01最为常见;携带组检出HLA-C等位基因有18种,常见等位基因有HLA-C*07:02、01:02、03:04、08:01。携带组中未检出基因HLA-C*12:02,对照组HLA-C*12:02检出率显著高于携带组,提示深圳地区乙型肝炎病毒携带者HLA-C等位基因频率分布与对照组比较同样具有高度的遗传多态性。HLA-C*12:02基因可能与深圳地区感染乙型肝炎病毒的机会呈负相关性。

国人非综合征型遗传性聋患者GJB3基因突变分析

目的 研究GJB3基因[编码缝隙连接蛋白31(Cx31) ]突变在国人耳聋患者中的特征。方法 应用聚合酶链反应(PCR)产物直接测序方法对各种感音神经性聋患者及家属14 1名、对照组15 0名进行GJB3基因编码区突变检测及鉴定。结果 在14 1名患者中发现GJB3基因的三种单核苷酸改变,其中有两种碱基变化导致了氨基酸的改变,为错义突变方式。其中一个突变( 5 4 7G→A)与夏家辉等报道相同;另一个突变形式( 2 5 0G→A)为本研究首次发现,且进一步的各物种多种连接蛋白氨基酸序列进化分析证实该突变位点位于Cx31高度保守的第二跨膜区。15 0名正常对照组中未发现同样突变。结论 国人非综合征型遗传性聋者GJB3基因突变筛查研究发现了一个GJB3基因新的突变形式( 2 5 0G→A) ,为进一步开展耳聋相关基因的筛查研究打下了基础。

16S rDNA快速鉴定血液制品中污染细菌的测序方法的建立

目的建立基于16SrDNA快速鉴定细菌的PCR测序方法（PCR-SBT）。方法通过一组16SrDNA通用引物扩增得到基因组全长，PCR产物经纯化后直接测序分析。利用BLAST软件从GenBank数据库中搜索相关菌株的16SrDNA全序列，采用Clustal X软件进行多序列比对和同源性分析，确定细菌的种属，并与常规生化鉴定结果比较。利用大肠杆菌基因组一系列稀释度标本进行PCR扩增，检测方法的敏感性。结果实验利用多对引物建立了16SrDNA全长序列分析方法，13个标准菌株通过PCR．SBT方法获得约1400bp的全长序列。比对分析13个标准菌株测序结果与预期标准序列完全一致，证实建立的PCR—SBT方法结果可靠。利用建立的PCR—SBT法，对实验室从血小板制品和脐带血中分离得到不同未知菌株进行鉴定，成功确定了这些菌株的种属。以大肠杆菌DNA为模板，方法的最低检测限为反应体系DNA含量0．2ng。结论建立的基于16SrDNA的PCR—SBT方法是可行的，可快速准确地检测及鉴定细菌种类，尽早发现细菌污染血制品，对污染血制品输注后的针对性治疗方面具有潜在的应用价值。

GJB3基因在新疆维汉两民族遗传性非综合征耳聋患者的突变分析

目的耳聋具有高度的遗传异质性,分析GJB3基因在新疆地区维汉两族中的突变,了解其分子病因学机制。方法调查对象来自新疆地区非综合征耳聋患者(耳聋组)93例,其中维吾尔族43例。对照组为听力正常者110例,其中维吾尔族56例。所有受检者均采集外周血并提取DNA,应用聚合酶链反应(PCR)产物直接测序方法对各种感音神经性耳聋患者93名、对照组110名进行GJB3基因编码区突变检测及鉴定。结果在93名患者中发现GJB3基因的3种单核苷酸改变,其中有两种碱基变化导致了氨基酸的改变,为错义突变方式。其中1个突变(256G→A),另1个突变形式(33C→T)为本研究首次发现。110名正常对照组中未发现同样突变。结论国人非综合征型遗传性聋者GJB3基因突变筛查研究发现了一个GJB3基因新的突变形式(256G→A),为进一步开展耳聋相关基因的筛查研究打下了基础。

慕尼黑分枝杆菌引起术后伤口感染1例附文献复习

目的报道1例由慕尼黑分枝杆菌引起术后伤口感染病例。方法对1例慕尼黑分枝杆菌引起术后感染患者的临床表现、实验室检查结果、治疗及预后进行分析,并以"Mycobacterium monacense"和"慕尼黑分枝杆菌"为关键词,检索Pubmed和维普数据库2006-2019年关于慕尼黑分枝杆菌引起感染的文献,筛选并总结分析患者的临床资料及该菌的药敏结果。结果该例55岁男性患者以神经鞘瘤术后3个月,颈背部红肿流脓7d为主要表现,CT检查显示颈椎术后,后颈部软组织内广泛感染。伤口分泌物结核培养出分枝杆菌,经测序提示为慕尼黑分枝杆菌,结核T淋巴细胞酶联免疫斑点试验(T-SPOT.TB)有反应性,经规则治疗后痊愈,考虑慕尼黑分枝杆菌所致术后伤口感染。通过文献复习并结合本例患者,目前全世界共有7篇文章10个病例报道,其中男性3例,女性4例,3例性别不明,年龄11~82岁,主要临床表现为呼吸系统感染5例、外伤史2例和皮肤反复感染1例;标本类型:6例呼吸道标本,3例组织标本,1例脑脊液标本;2例有明确的诊疗过程,其余未提及;规律用药后,预后良好。结论从手术感染部位分离出慕尼黑分枝杆菌,快速分子生物学进行菌种鉴定,手术切除感染部位及抗菌药物的联合运用可提高疾病治愈率,预后良好。