测序反应中PCR产物纯化方法的比较

目的寻找最佳的PCR产物纯化方法,建立稳定的重亚硫酸盐直接测序技术平台。方法应用过柱、乙醇／醋酸钠及SAP-Exon Ⅰ 3种纯化方法,对10例PCR产物进行纯化。结果经配对资料t检验,乙醇／醋酸钠和过柱纯化与SAP-Exon Ⅰ纯化法比较,纯化后PCR产物损失量均有极显著性差异(P<0．01),测序结果也有显著性差异(P<0．05)。结论应用SAP- Exon Ⅰ纯化法,PCR产物损失量低,测序结果明显优于另外两种方法。

重亚硫酸盐修饰直接测序技术检测p16基因甲基化的研究

目的建立稳定的重亚硫酸盐直接测序技术,检测p16基因甲基化状况。方法提取正常人全血基因组DNA,建立起稳定的重亚硫酸盐直接测序平台,利用该技术检测结直肠癌细胞株p16基因甲基化状况。结果应用列联表的Fisher,ExactTest比较3种纯化方法的测序结果,乙醇/醋酸钠和过柱纯化与SAP-ExonI纯化法比较,测序结果差异有统计学意义(P<0.05);应用重亚硫酸盐直接测序技术,可检测出p16基因目的片段中CpG岛所有CpG位点的甲基化状况。结论应用SAP-ExonI纯化法,建立了稳定的重亚硫酸盐直接测序技术,并可检测出目的片段中CpG岛所有CpG位点的甲基化状况。

糖尿病肾病小鼠模型的研究进展

近年来,糖尿病肾病（diabetic nephropathy,DN）已成为导致终末期肾病的主要原因之一。我国2010年进行的流行病学调查显示：20岁以上人群DM患病率已达9.7%,DM前期患病率高达15.5%。DN临床标本的稀缺性突出了DN动物模型的重要。良好的动物模型对DN发病机制的研究和治疗药物的研发至关重要。

BCR-ABL酪氨酸激酶区点突变检测多中心比对研究

目的调查不同医院BCR-ABL酪氨酸激酶区点突变检测的准确性和一致性。方法由6家医院各制备10份来自于酪氨酸激酶抑制剂耐药的BCR-ABL（＋）患者骨髓或外周血样本的cDNA，每份分装成6管派发，每家医院按照自身的操作程序检测共60份比对样本的BCR-ABL激酶区点突变，由北京大学人民医院结合测序图谱进行结果比对分析。结果37份（61．7％）比对样本的碱基及相应氨基酸突变类型6家医院报告均一致。53份样本可以确定突变类型，共涵盖23种；1份样本没有突变；6份样本由于室间图谱差异较大无法明确结果。突变比例低造成12份样本结果不一致，二者明显相关（Ps0．008）；测序图谱特殊及扩增区域未覆盖各造成1份样本结果不一致；3份样本发生扩增失败；7份样本发生检测或报告错误。80．6％的结果明确的样本室间报告突变比例差值在20％以内。标本内参弱与检测失败和室问测序图谱差异大均相关。结论通过样本比对能够发现临床常规检测存在的问题，促进检测水平的提高。突变比例低是导致室问突变报告不一致的主要因素。

肠道病毒共感染简易鉴定方法的建立及评价

目的在一代测序的基础上建立一种简易的肠道病病毒共感染鉴定方法。方法制备共感染的模拟样本,对其进行一代测序。使用Perl语言编写脚本对测序图谱进行分析,获得主峰和次峰序列。采用blastn与本地构建的肠道病毒数据库进行局部比对,同时采用stretcher进行全局比对,对主要和次要序列进行肠道病毒分型比较。结果编写了一个能够自动识别并分析一代测序色谱图结果中共感染状态并获得两个肠道病毒核苷酸序列的脚本。对于次要病毒DNA含量大于等于65ng的混合样本,只要次要病毒在混合样本中占比适中(如大于等于12.5%并小于等于25.0%)均能够顺利识别并准确分型。分型时,采用局部比对与采用全局比对的结果相当,但在1:1混合样本的分型时,局部比对的效果更好。结论本研究建立的肠道病毒共感染的简易鉴定方法可用于肠道病毒共感染的病毒识别与分型。