基于测序基因分型技术的3种石斛兰遗传关系分析

目的:本研究分析比较霍山石斛、细茎石斛和铁皮石斛的遗传关系。方法:以黄石斛为参考基因组,用测序基因分型技术获得单链核苷酸多态性,根据单链核苷酸多态性差异,分别用Admixture软件分析3种石斛的居群遗传结构,用TreeBeST软件构建邻接树,用GCTA软件做主成分分析,用GenAlEx软件计算遗传距离。结果:3种石斛平均每个样本产生的干净片段(clean reads)和单链核苷酸数目都是霍山石斛>细茎石斛>铁皮石斛;邻接树结果表明铁皮石斛样本聚为一支,霍山石斛样本和细茎石斛样本聚为另一支,且该支的霍山石斛样本与细茎石斛样本又被严格分开为2小支;遗传结构和主成分分析结果与邻接树类似;霍山石斛与细茎石斛间的遗传距离小于霍山石斛与铁皮石斛间的遗传距离。结论:根据3种石斛的核苷酸多态性差异,3种石斛能被明显分开;霍山石斛与细茎石斛间的遗传关系近于霍山石斛与铁皮石斛间的遗传关系。

基于基因测序分型技术建立NXB重组近交系小鼠群体模型

为构建NOD/ShiLtJ-C57BL/6J重组近交系(recombinant inbred,RI)(简称为NXB RI)小鼠(Mus musculus)群体模型,以保证亲本基因型覆盖度的均衡及提高其近交效率,本研究采用基因测序分型(genotyping by sequencing,GBS)技术对200只F5代NXB RI小鼠群体进行基因分型测序,然后通过主成分分析、群体间遗传分化系数与遗传距离分析、个体间亲缘关系分析等鉴定小鼠群体亲本基因型覆盖度以及近交程度。测序覆盖F5代NXB RI小鼠36个亚群的200个样本,共测得115634个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点,其中41.67%为C57BL/6J纯合位点,27.05%为NOD/ShiLtJ纯合位点,26.79%为杂合位点,SNP位点在所有染色体中均有分布;94.6%的亚群F_(st)值大于0.15,表明大部分的F5代NXB RI小鼠群体之间的遗传结构差异大,分化程度较高;200个NXB RI样本间的状态一致性(identity by state,IBS)距离平均值为0.667,最高为0.925,最低为0.480,可为下一代繁殖筛选提供依据。另外,对F5代200只NXB RI小鼠进行听力和空腹血糖测试,结果表明两种表型的数据均符合正态分布。以上研究结果表明,F5代NXB RI小鼠的亲本基因型覆盖度分布较为均衡,能够保留较多的NXB RI品系,所产生的NXB RI群体可作为一代全新的遗传参考群体,可作为相关复杂遗传性疾病研究模型。

基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱和HPV基因测序分型检测阴道自取样本用于子宫颈癌筛查的有效性研究

目的评价不同保存形式的阴道自取样本联合激光辅助解析/飞行时间质谱技术(MALDI-TOF)和HPV基因测序分型检测技术(SEQ HPV)用于宫颈癌筛查的有效性。方法 319例研究对象来自北京大学深圳医院门诊和子宫颈癌筛查项目中因异常宫颈细胞学和(或)高危型HPV阳性者需行阴道镜检查的妇女。采集液体载体、FTA固体卡和POI固体卡三种形式的阴道自取样本三份和医取样本一份。四种样本分别行PCR法(Cobas 4800)、MALDI-TOF和SEQ HPV法高危型HPV检测。结果 (1)MALDI-TOF检测阴道自取样本与Cobas4800检测医取样本比较,高危型HPV的一致率:液体载体88.58%,FTA卡83.04%,POI卡87.89%;对应的HPV16/18的一致率为97.58%、93.77%和97.23%;检测CIN2及以上病变(CIN2+)的敏感度为93.44%、88.52%和95.08%。(2)SEQ HPV检测阴道自取样本与Cobas 4800检测医取样本比较,高危型HPV的一致性:液体载体89.62%,FTA卡86.85%,POI卡89.97%,对应的HPV16/18的一致为97.23%、95.50%和97.23%;检测CIN2+的敏感度为96.72%、93.44%和96.72%,两者比较,差异无统计学意义(P>0.05)。结论与Cobas 4800检测医生取宫颈细胞样本比较,MALDI-TOF和SEQ HPV两种方法用于自取阴道宫颈脱落细胞样本高危型HPV的检测一致性较高;对于高级别宫颈病变,其筛查灵敏度无显著差别。