“新疆社会科学院少数民族古籍文献测酸工作研究”研究报告

本报告对古籍文献酸化以及对保存的影响因素作了叙述，介绍了新疆社会科学院少数民族古籍文献的基本情况以及古籍文献检测酸度结果，最后对新疆社会科学院少数民族纸质古籍文献抢救与保护提出若干建议。

提高华勃氏呼吸仪测酸准确性的探讨

味精行业的生产离不开化验,化验离不开GA分析(测酸),GA分析能否准确,往往成为企业内部争论的对象,对于责任目标和奖罚挂钩的企业尤为如此,因此化验不但成了生产的眼睛,更成了生产的判官,如何提高化验分析特别是GA分析的准确性就成了技术人员和化验工作者必须认真、严肃对待的课题,本文将着重就如何提高华勃氏呼吸仪测酸准确性的问题作专题探讨。

天有不测酸雨 人类危害非线

酸雨是大气受到严重污染后的产物,是雨滴在形成和降落过程中,吸附并溶解了大气中的二氧化硫和氮氧化物、二氧化碳及尘埃等物质混溶一体所形成的雨水。酸雨不仅给农牧业、森林业、建筑业带来灾难,而且对人类的健康亦造成极大的威胁。据统计,欧州一些国家每年因酸雨导致老人和儿童死亡的病例达千余人。美国国会调查表明。

食管内测压测酸技术及临床应用

食管内测压测酸技术及临床应用夏玉亭综述侯景贵审校食管动力障碍性疾病并不罕见，对这些病的诊断仅靠放射学和内镜检查是不够的，需要做某些食管功能检查。近些年来食管功能检查，特别是食管测压和食管ｐＨ监测，在国外应用相当普遍，国内近几年来也有不少应用报道。本文...

实现“终极版”核苷酸测序仪的技术要素

20世纪70年代发明的第一代DNA测序技术,尽管测序通量有限,却成功地保证了"人类基因组计划"的实施;世纪之交出现的下一代(第二代)DNA测序技术经历了通量飞跃,为各种精准医学项目的实施提供了保障;目前的第三代技术,尽管通量居二代之后,但读长和单分子测序优势也让其有立足之本;第四代测序技术的基本标志是不经过cDNA (以RNA为模版合成的互补DNA),无PCR扩增,而直接测定单分子RNA序列,以及确定单分子RNA上的修饰核苷酸位点。从技术的角度看,第三、四代技术有一定技术要素共享(比如在单分子水平测定DNA序列),但是就测序对象而言,第四代应该属于"终极版"核苷酸测序仪:可以从单细胞出发,既能测定DNA序列,也可以测定RNA序列,也可以直接确定修饰核苷酸位点。因此,要实现这个"终极版"核苷酸测序仪,就要调动相关核心技术要素,而这些要素毫无疑问地会涉及物理、化学、工程学、生物学、半导体科学、计算机科学等领域的前沿技术,包括纳米科学、单分子光学、单分子拉曼光谱、单分子核磁共振、单分子酶学、人工智能等所谓的"硬科技"。其功能是从单细胞的裂解开始,经微纳结构实现组分分流后,直接导入RNA序列测定单元,定量分析细胞RNA分子的种类、数量、序列和修饰核苷酸位点的存在频率。本文系统介绍了第四代测序仪的可能技术要素,以及应用需求和新研究范式。

纳米孔测序技术在血流感染病原学诊断中的应用和展望

血流感染(BSI)是由细菌、真菌和病毒等微生物引起的血液播散性疾病,可导致菌血症、败血症、感染性休克,严重危及人类生命健康。明确病原体是精准治疗BSI的重要核心。传统血培养是病原体诊断的金标准,其不足是耗时长,会产生假阴性结果等,在临床实践中具有一定的局限性。纳米孔测序作为新一代测序技术,能快速检测病原体,完成耐药基因、毒力基因检测,可优化临床治疗。本文就纳米孔测序技术在BSI中的应用现状进行综述。

基于核苷酸测序揭示辣椒CMS线粒体基因组结构变异

背景:胞质雄性不育(CMS)是由于线粒体基因组突变导致无功能性花粉产生的一种现象。对CMS和非CMS线粒体基因组的比较分析,揭示线粒体基因组间结构差异及因重组导致的广泛性重排具有重要意义。然而,在辣椒中与CMS相关的线粒体基因组结构及DNA重排机制仍不清楚。结果:获得了辣椒CMS FS4401(507 452 bp)和可育系Jeju(511 530 bp)线粒体完全基因组序列。并对辣椒、烟草线粒体基因组进行了比较分析,发现其均存在广泛的DNA重排和低保守性的非编码DNA区。FS4401和Jeju线粒体基因组比较发现,除了FS4401线粒体基因组中多了一个atp6(ψatp6-2)基因拷贝外,线粒体所有蛋白编码基因都一致。在基因组结构方面,发现两个线粒体基因组上的18个同线性序列区在基因组上存在重排,这些同线性序列区之间的序列总长度分别为30 380(FS4401)和17 847 bp(Jeju)。此前报道的CMS候选基因、orf507和ψatp6-2均位于FS4401最大特异序列片段的边界,在此区间大量的短序列片段聚集在一起,而Jeju中这些短序列表现为缺失或存在于不同的位点。连接序列片段的重复序列和重叠序列(由少数几个核苷酸组成)暗示同源重组导致的广泛性重排可能涉及到该区段的序列进化。本研究还利用其他植物种类的线粒体DNA序列进行分析,揭示CMS相关基因DNA区段的共同特征。结论:辣椒CMS和雄性可育系线粒体基因组大部分序列表现出一致性,但存在大量的基因组重排现象。辣椒CMS候选基因位于高度重排的CMS特定DNA区域的边界或重复序列附近。通过对其他物种CMS相关基因的特征分析,揭示出可能涉及到CMS相关基因进化的共同机制。

全基因组测序在结核分枝杆菌研究中的应用

全基因组测序技术已经广泛应用于结核分枝杆菌的研究中,包括结核分枝杆菌谱系或亚种鉴定、区分患者的发病模式,以及识别传染源、超级传播者和确定传播方向,以及用于结核分枝杆菌的耐药性预测和微进化研究等,在临床和公共卫生领域发挥了很重要的作用。即便如此,目前还存在很多问题需要解决。作者对全基因组测序技术在结核分枝杆菌研究中的相关内容、应用成果及进展进行综述。

二代测序法用于先天性长QT综合征临床基因检测的假阴性分析

目的:探讨二代测序法在先天性长QT综合征(LQTS)临床基因检测中的假阴性问题。方法:选取2个商业医学检验实验室(Lab1和Lab2,Hi Seq2000测序平台)、1个商业科研服务实验室(Lab3,Ion Torrnet测序平台)和1个学术机构实验室(Lab 4,Hi Seq2000测序平台)产生的共28例样本数据(Lab1:6例;Lab2:8例;Lab3:8例;Lab4:6例),定量分析LQTS的三个主要致病基因KCNQ1、KCNH2和SCN5A外显子区域测序覆盖度以及可能漏检的致病变异数目。结果:采用Hi Seq2000测序平台的3个实验室(Lab1、Lab2和Lab4)中,三个致病基因外显子区域覆盖度>10倍的比例均高于98%,覆盖度>30倍的区域介于90%~95%。KCNQ1在两个商业医学检验实验室的14例样本中,低于10倍和30倍覆盖的外显子区域比例平均为3.63%和9.84%;低于10倍覆盖区域集中在第一外显子,平均包含约2%的已知致病或疑似致病变异。KCNH2在两个商业医学检验实验室14个样本中,低于10倍和30倍覆盖的区域分别为2.64%和15.76%,低覆盖区分布在多个外显子中。Lab1的数据中,KCNH2低于30倍覆盖区域最高达28.56%,其内包含已知致病或疑似致病变异113个(19.79%)。SCN5A的整体覆盖度最好,四个实验室的数据都不存在低于10倍覆盖的区域,其中两个商业医学检验实验室也不存在低于30倍覆盖的区域。结论:当前的LQTS基因二代测序检测中,KCNQ1和KCNH2都存在一定程度的低覆盖区,因此普遍存在漏检致病变异的可能,假阴性问题值得高度重视。

高通量测序平台对卵巢癌基因突变的检测及意义

目的:利用高通量测序平台研究卵巢癌基因突变的分布和特点,寻找相应的突变靶点,并对突变位点的类型和频度进行分析。方法:取自临床上卵巢癌的组织石蜡标本16例,运用高通量基因测序Ion torrent PGM平台,对50个基因2835个位点进行检测。结果:50个基因中突变集中在EGFR、KDR、KIT、KRAS、NOTCH1、SMAD4、TP53等7个基因21个位点上。其中TP53突变比例高达75%,且突变点是4号外显子c.215C>G的比例最高。结论:卵巢癌患者可以根据基因突变靶点进行精准治疗,TP53的高突变比例提示其在肿瘤的发生发展中起着重要的作用,结合临床可为复发转移预测提供依据。

变铅青链霉菌66中对噬菌ΦHAU3显示抗性的基因（ψHAU3￣R）的核苷酸定序和分析

杂合质粒ｐＩＪ８３１０是链霉菌低拷贝质粒ｐＩＪ９２２１携带了１０．８ｋｂ来自变铅青链霉菌ＪＴ４６菌株，编码对噬菌体ΦＨＡＵ３抗性的ＤＮＡ片段。已知Ｔｎ４５６０插到该克隆中３ｋｂ的ＥｃｏＲＩ或３．３ｋｂ的ＢａｍＨＩ片段（这两个片段之间有２．５ｋｂ的重叠区）上，中断了ΦＨＡＵ３抗性基因的表达。已将３．０ｋｂ的ＢｃｏＡＩ片段分别以两种不同的取向克隆到ｐＢｌｕｅｓｃｒｉｐｔＳＫ（＋）上。核苷酸序列分析揭示出一个１．３ｋｂ的ＯＲＦ的存在，其所编码的４７８个氨基酸组成的蛋白与λ噬菌体的ｅａ５９基因所编码的氨基酸序列显示了高度的同源性，其氨基酸序列的同一性高达３７％，相似性达５８％，而λ噬菌体的ｅａ５９基因是编码赖ＡＴＰ和单键ＤＮＡ的核酸内切酶Ｉ的，该区域与λ的复制无关。此外，这段具有高度同源性的ＤＮＡ区域的Ｇ＋Ｃ％只有６０％，低于变铅青霉菌ＤＮＡＧ＋Ｃ％的平均值（７４％）。

分子诊断技术在传染病病原体检测中的应用

传染病病原体的准确检测是传染病有效防控的前提,也是合理用药的基础。然而,传统的病原体分离、培养等诊断方法不能完全满足临床治疗和疾病控制的需要。新发展的传染病分子诊断技术可有效弥补传统方法的不足。本文就新一代测序、核酸扩增、生物芯片和生物传感等传染病分子诊断新技术及其应用研究进展进行综述。

肠道病毒核苷酸序列和血清型的相关性

目的了解肠道病毒VP1区、VP4-VP2区核苷酸序列与血清型的相关性。方法逆转录-多聚酶链反应（RT-PCR）和核苷酸测序后,病毒分离物与肠道病毒原型株部分VP1区、VP4-VP2区的核苷酸和氨基酸一致性比较、亲缘关系树分析及血清中和实验。结果与同源原型株比较,16株病毒分离物VP1区核苷酸一致性为78%-85%,氨基酸一致性为90%-99%;VP4-VP2区核苷酸一致性为77%-86%,氨基酸一致性为96%-99%。VP1区核苷酸亲缘关系树分析显示同源血清型聚集在同一进化分支上（bootstrap值90%-99%）。15株分离物的VP4-VP2区血清型与VP1区血清型一致。14株分离物的血清型用经典中和实验得到证实。结论VP1区核苷酸序列同病毒血清型相关联。

全基因组测序预测深圳市耐多药结核分枝杆菌的耐药性分析

目的通过全基因组测序技术分析深圳市耐多药结核分枝杆菌(MDR-MTB)的耐药性检测情况,为MDR-TB患者的治疗及防控提供科学依据。方法选取2013-2017年存储于深圳市慢性病防治中心结核病实验室并成功复苏的420株MDR-MTB临床分离株,对其提取DNA后进行全基因组测序。使用内部Perl脚本分析原始数据,参考MTB耐药基因数据库、耐药决定突变数据库及无害突变数据库确定相关基因突变以判断菌株对异烟肼、利福平、链霉素、乙胺丁醇、氟喹诺酮类、吡嗪酰胺、乙硫异烟胺、对氨基水杨酸、卡那霉素、阿米卡星、卷曲霉素、利奈唑胺、贝达喹啉和氯法齐明的耐药情况,同时绘制菌株耐药情况弦图,以及准广泛耐药MTB(pre-XDR-MTB)及XDR-MTB菌株耐药情况热图。结果全基因组测序从420株菌株中检出23株XDR-MTB菌株(5.48%)和97株pre-XDR-TB菌株(23.10%);其中,所有菌株除对异烟肼、利福平全部耐药外,对链霉素的耐药率最高,达67.86%(285/420),其次为乙胺丁醇(66.19%,278/420)、氟喹诺酮(28.57%,120/420)、吡嗪酰胺(28.33%,119/420)、乙硫异烟胺(13.33%,56/420),对氨基水杨酸(7.38%,31/420)、卡那霉素(6.67%,28/420)、阿米卡星(5.48%,23/420)、卷曲霉素(5.48%,23/420)、利奈唑胺(0.24%,1/420),但未见对贝达喹啉和氯法齐明耐药。全基因组测序发现菌株有212种基因突变类型,以katG-315-S/T(81.43%,342/420)、rpoB-450-S/L(58.57%,246/420)、rpsL-43-K/R(65.96%,188/285)、embB-306-M/V(32.37%,90/278)突变居多。结论全基因组测序预测深圳市MDR-MTB临床分离株中的pre-XDR-MTB比例较高,对一线抗结核药品及氟喹诺酮类药品的耐药率较高,临床实践中应结合药敏试验结果谨慎使用;而对乙硫异烟胺、氯法齐明、对氨基水杨酸等二线抗结核药品的耐药率较低,考虑这些药品可作为MDR-TB患者治疗方案的组成部分。

基于高通量测序对糖尿病肾脏疾病和2型糖尿病肠道菌群失调模式的研究

目的观察2型糖尿病(type 2 diabetes mellitus,T2DM)和糖尿病肾脏疾病(diabetic kidney disease,DKD)患者相对于正常对照人群肠道菌群失调模式,以探寻疾病患者特异的肠道菌群物种。方法以包头医学院第一附属医院肾内科和内分泌科住院部患者为研究对象,选取20例T2DM患者、20例DKD患者,以及10名DKD患者的健康家属和10名健康体检者作为正常对照(Control),收集粪便标本。采用Illumina高通量测序技术对粪便样本中所有细菌的16S rDNA-V4区进行DNA测序,使用QIIME2对原始序列进行处理、分析。结果(1)DKD组和T2DM组与正常对照组相比肠道菌群构成差异有统计学意义(P<0.05)。(2)健康受试者中,从门到目水平中最具差异丰度的菌是厚壁菌门(Firmicutes phylum)。葡萄球菌科(Staphylococcaceae families)和穆里巴库鲁姆菌属(Muribaculum genus)在T2DM患者肠道菌群中数量高。棒状杆菌目(Corynebacteriales orders)和艾森伯格氏菌属(Eisenbergiella genus)、劳尔氏菌属(Ralstonia genus)在DKD患者中的富集最具差异性。(3)Muribaculum属的丰度值能相对精准的区别T2DM个体和正常对照(AUC=0.9048),Eisenbergiella属和Muribaculum属的丰度值可区分DKD和T2DM受试者的样本(AUC=0.9091)。结论DKD患者和T2DM患者部分肠道菌群变化信号一致,但亦有差异。Muribaculum属可作为区分T2DM患者和正常对照人群肠道微生物标志物,Eisenbergiella属和Muribaculum属可作为区分DKD和T2DM患者的标志物。

肺癌全基因组测序

肺癌是全球肿瘤发病率和病死率的主因,且预后很差。加强对肿瘤生物学的认识对肺癌研究至关重要。被誉为"下一代测序技术"的NGS技术(next-generation sequencing)是一种针对全基因组鉴定的有力工具,可以对致癌体细胞突变进行全面检测。大多数的NGS技术是基于平台特异性DNA文库进行多重聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR),从而对目的基因扩增后测序。这种技术适用于高通量测序,可以检测出肿瘤中出现的全部基因组变异。缺点是这种技术需要在时间、实验设备、计算机数据分析、生物信息技术等各方面的大量投入。NGS技术已广泛应用于全基因组、外显子组、转录组和表观基因组的研究中,为肺癌研究和医疗模式带来改变。这项新技术的开展将转变当前对致癌信号通路的认识,可为癌症诊疗提供新的分子靶点。肺癌体细胞突变已有NGS技术的分析报道,但大规模基因组研究仍在进行中。个体化治疗策略将改善那些潜在获益患者的治疗方式,避免"无辜"患者受无效治疗带来的高额费用和不良反应。NGS的组织化、计算机化和生物信息化技术推动了科技的进步,同时,患者知情权和数据发布的相关伦理问题也浮现出来。信号通路中,驱动基因(driver gene)突变和传递基因(passenger gene)突变的区别,需要对测序结果进行细致解读。解读准确与否取决于DNA提取的样本类型、样本处理技术和样本含量。肿瘤异质性也会降低肿瘤基因突变的检测效能。NGS技术将推动对肿瘤基因突变的基础和临床研究,而且,也可应用于单细胞和游离的循环DNA,未来还将用于从体液和肿瘤亚群中获取的DNA样本。如果能进一步降低费用、提高检验速度和精度,NGS技术无疑将会成为肺癌研究的绝佳选择。

二代测序技术对活动性结核病患者的诊断价值

目的评价二代测序技术在活动性结核病患者中的诊断价值。方法前瞻性纳入2017年3月1日至2017年9月1日来华山医院就诊的临床怀疑活动性结核病的患者34例，在华山医院进行二代测序，并跟踪随访临床诊疗结局。送检标本（支气管灌洗液4例，脑脊液18例，胸腔积液4例，脓液3例，腹腔积液、肝组织各2例，关节积液1例）均在BGISEQ-100平台上行二代测序，测序所得病原序列和病原数据库进行比对得到最终结果。二代测序结果以检测到结核分枝杆菌复合群唯一匹配序列为阳性，未检测到唯一匹配序列为阴性。以符合各类标本结核分枝杆菌培养阳性、病理诊断为结核感染、XpertMTB／RIF检测阳性及结核分枝杆菌核酸检测阳性等4项中至少1项即为确诊活动性结核病患者；临床可疑活动性结核病且抗结核药物治疗有效为临床诊断患者；有其他病原学依据或临床排除活动性结核病者为非结核感染。分析二代测序在活动性结核病诊断中的敏感度、特异度。结果确诊为活动性结核病患者9例，其中XpertMTB／RIF检测阳性6例，病理诊断为结核感染4例，培养阳性3例，结核核酸PCR检测阳性1例；临床诊断为活动性结核病患者10例，非结核感染患者15例。在确诊及临床诊断患者中，二代测序技术检测到结核分枝杆菌复合群序列11例，敏感度为57．9％（11／19），特异度为100．0％（15／15）。在确诊患者中，二代测序技术的敏感度为66．7％（6／9）；在同步进行XpertMTB／RIF检测与二代测序的31例标本中，以临床诊断为金标准，两者的特异度均为100．O％（15／15），敏感度分别为37．5％（6／16）与50．0％（8／16），两者比较差异无统计学意义（McNemartest，P=0．727）。结论二代测序技术能够较为快速地检测多类标本中的结核分枝杆菌复合群，且其敏感度及特异度与XpertMTB／RIF相当，可以作为确诊试验用于活动性结核病的早期辅助诊断。

二代测序技术诊断难治性结核性脑膜炎合并血管炎一例

1 病例报告患者男,22岁,海员,菲律宾籍。主因“左侧肢体无力6d”于2017-06-08入院。6d前醒后发现左侧肢体无力,不能持物、抬举及行走,伴头痛、发热。2017-06-02于外院行头部DWI检查,结果显示右侧基底节区高信号,诊断为“脑梗死”。给予改善循环、抗炎等治疗6d(具体不详),患者病情无好转,遂转入作者医院。

《中国前列腺癌患者基因检测专家共识(2020年版)》解读

国内外前列腺癌的诊疗中,基于第二代测序(next generation sequencing,NGS)技术的基因检测及精准医学实践已经得到了广泛的应用。特别是胚系基因突变(如DNA同源重组修复基因BRCA1/2、ATM、前列腺癌易感基因HOXB13等)与前列腺癌的发生、发展、预后及治疗密切相关。《中国前列腺癌患者基因检测专家共识(2020年版)》推荐转移性去势抵抗型前列腺癌(metastatic castration-resistant prostate cancer,mCRPC)和特定家族史及临床病理学特征的前列腺癌患者接受基因检测,并划分了相应人群基因检测的内容和优先级。同时,检测的适用人群、具体内容、检测技术要求、结果判读等各方面,均影响了NGS的临床应用和进一步推广,决定NGS检测的临床价值。本文将根据最新的循证医学证据对《中国前列腺癌患者基因检测专家共识(2020年版)》进行解读。