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基于SSU rDNA和线粒体cox 1序列分析甲藻中不同生态类群的演化规律
1
作者
唐晨
董丽
+6 位作者
饶涛
贾睿
于克锋
吴维宁
王金辉
徐韧
何培民
《中国水产科学》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第4期577-585,共9页
应用SSU rDNA和线粒体cox 1序列研究甲藻(Dinoflagellate)中不同生态类群的演化关系。通过PCR扩增和测序获取4株甲藻SSU rDNA及其线粒体cox 1部分片段,结合GenBank中24株甲藻的相关序列,以Plasmodium falciparum为外群,构建ML树和NJ树,...
应用SSU rDNA和线粒体cox 1序列研究甲藻(Dinoflagellate)中不同生态类群的演化关系。通过PCR扩增和测序获取4株甲藻SSU rDNA及其线粒体cox 1部分片段,结合GenBank中24株甲藻的相关序列,以Plasmodium falciparum为外群,构建ML树和NJ树,并采用自展支持度评估进化树分支结构,通过计算后验概率评估进化树整体结构,应用1sKH、SH、ELW和2sKH等方法评估两株ML树间的拓扑结构。结果显示,在由上述两序列构建的进化树上,底栖原甲藻均未与浮游原甲藻聚类,且前沟藻具有独特演化地位。表明联合选择SSU rDNA和线粒体cox 1序列构建的进化树在一定程度上能够反映出甲藻的演化规律。这为从基因层面深入探索甲藻中不同生态类群的演化关系初步奠定了基础。
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关键词
浮游型甲藻
底栖
型
甲藻
利玛原
甲藻
强壮前沟藻
SSU
rDNA
cox1
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职称材料
题名
基于SSU rDNA和线粒体cox 1序列分析甲藻中不同生态类群的演化规律
1
作者
唐晨
董丽
饶涛
贾睿
于克锋
吴维宁
王金辉
徐韧
何培民
机构
上海海洋大学水产与生命学院
国家海洋局东海环境监测中心
出处
《中国水产科学》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第4期577-585,共9页
基金
上海市优秀学科带头人计划项目(08XD1403700)
上海市科委国际合作项目(08540702600)
+2 种基金
上海市科委农业重点攻关项目(10391901900)
海洋公益性行业科研专项经费(200905010)
国家海洋局重点实验室开放研究基金资助项目(MATHAB200907)
文摘
应用SSU rDNA和线粒体cox 1序列研究甲藻(Dinoflagellate)中不同生态类群的演化关系。通过PCR扩增和测序获取4株甲藻SSU rDNA及其线粒体cox 1部分片段,结合GenBank中24株甲藻的相关序列,以Plasmodium falciparum为外群,构建ML树和NJ树,并采用自展支持度评估进化树分支结构,通过计算后验概率评估进化树整体结构,应用1sKH、SH、ELW和2sKH等方法评估两株ML树间的拓扑结构。结果显示,在由上述两序列构建的进化树上,底栖原甲藻均未与浮游原甲藻聚类,且前沟藻具有独特演化地位。表明联合选择SSU rDNA和线粒体cox 1序列构建的进化树在一定程度上能够反映出甲藻的演化规律。这为从基因层面深入探索甲藻中不同生态类群的演化关系初步奠定了基础。
关键词
浮游型甲藻
底栖
型
甲藻
利玛原
甲藻
强壮前沟藻
SSU
rDNA
cox1
Keywords
Planktonic dinoflagellates
benthic dinoflagellates
Prorocentrum lima
Amphidinium carterae
SSU rDNA
cox 1
分类号
S96 [农业科学—水产养殖]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于SSU rDNA和线粒体cox 1序列分析甲藻中不同生态类群的演化规律
唐晨
董丽
饶涛
贾睿
于克锋
吴维宁
王金辉
徐韧
何培民
《中国水产科学》
CAS
CSCD
北大核心
2012
0
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