基于基因组DNA混合池的EST-SSR引物快速筛选方法研究

林木SSR标记的引物筛选工作量大,十分费时且消耗大量实验材料。采用基因组DNA混合池技术,将研究对象的若干个基因组DNA样品等量混合后,作为单一模板进行SSR的PCR扩增,能显著降低实验的工作量和成本。以选择的150对EST-SSR引物为对象,对6个桉树基因组DNA样品进行等量混合,进行PCR扩增筛选引物,结果表明,与常规筛选方法相比,基因组DNA混合池方法大幅度缩短了实验周期,显著减少了基因组DNA的消耗,可用于大量林木SSR引物的快速高效筛选。

基因组DNA混合池技术在SSR引物筛选中的可靠性分析

SSR-PCR产物的重测序是SSR标记技术开发和应用的必要步骤。本研究以6个桉树DNA样品为对照组,1个基因组DNA混合池为试验组进行基因组DNA混合池在SSR引物筛选中的可靠性性分析。通过SSR-PCR产物的重测序分析,6个桉树单一DNA样品与基因组DNA混合池的扩增序列比对结果分析显示,两种模板扩增结果差异不显著,即基因组DNA混合池可以替代多个单一DNA样品进行SSR引物的高效筛选。利用20对SSR引物在6种桉树DNA样品中的扩增序列进行多态性分析发现,同一位点不同桉树种间的扩增序列存在长度多态性和核苷酸多态性,从而证实了SSR序列的多态性和复杂性,为SSR标记技术在桉树遗传育种研究中的应用提供了理论依据。

洼地绵羊与四个羊种分子遗传标记的比较研究

采用RAPD技术 ,利用混合基因池 (DNApool)法 ,对洼地绵羊、小尾寒羊、大尾寒羊、滩羊和鲁北白山羊进行了遗传相关分析。其中洼地绵羊与大尾寒羊间的遗传距离为 0 0 5 60 ,与小尾寒羊的遗传距离为 0 0 678,与滩羊的遗传距离为 0 12 66,而与鲁北白山羊的遗传距离为 0 3 60 7。可以认为洼地绵羊、小尾寒羊、大尾寒羊、滩羊有共同的原始祖先 ,均是由蒙古羊在不同的生态条件下 ,经过长时期的自然选择和人工选择而形成的地方优良品种。根据遗传距离做出了它们之间的聚类图。同时在分析过程中发现 ,洼地绵羊、小尾寒羊、大尾寒羊和鲁北白山羊均出现了具有品种特征的特异性条带 。

桉树Genomic-SSR和EST-SSR引物的快速筛选与通用性研究

桉树是桃金娘科（Myrtaceae）桉属（Eucalyptus）、杯果木属（Angophora）和伞房属（Corymbia）3个属的树种总称,约有945种。桉树具有生长迅速、轮伐期短、耐干旱、耐贫瘠、适应性广等优良特性,且用途广、经济效益高,因此,桉树现已被世界近百个国家与地区引种,遍布于地中海地区、东南亚、美洲和非洲,目前已经成为世界第二大类造林树种（陈少雄等,2008;欧阳乐军等,2008;祈述雄,2006）。

甜菜SSR—PCR反应体系优化及基于DNA混合池的SSR引物快速筛选

应用L16（4^4）正交设计对影响甜菜SSR—PCR的主要参数进行优化，建立适于甜菜的SSR反应体系和扩增程序。20ul反应体系中含有模板70ngDNA，150umol／LdNTP，0．7umol／LSSR引物，0．5TaqDNA聚合酶／U，10×PCRBuffer（含Mg^2＋）2．0ul。以选择的87对SSR引物为对象，对10个甜菜基因组DNA样品等量混合，进行PCR扩增筛选引物，结果表明，与常规筛选方法相比，DNA混合池方法大幅度缩短了实验周期，显著减少了实验资源的消耗，可用于大量甜菜SSR引物的快速高效筛选。

短丝木犀SSR-PCR反应体系优化及基于DNA混合池的引物快速筛选

本研究采用L9(23)正交试验设计确定短丝木犀的SSR-PCR最佳反应体系,同时设置12个不同的温度梯度优化引物退火温度;利用优化后的体系以50对候选SSR引物为对象,对6个短丝木犀基因组DNA样品等量混合,进行PCR扩增筛选引物。结果表明,第一,短丝木犀SSR-PCR最优反应体系为:1.0μL50ng/μL模板DNA,1.0μL 100μmol/L引物,12.5μL 2×Taq PCR Master Mix,补ddH2O至25μL;第二,DNA混合池方法比常规的筛选方法具有效率高,实验资源消耗低的优点,可用于短丝木犀SSR引物的大量筛选;第三,最终筛选出10对具有高多态性、高稳定性且重复性好的SSR引物。本研究旨在建立适合短丝木犀的SSR-PCR最佳反应体系,并以DNA混合池为模板进行引物筛选,为短丝木犀引物的大量开发提供了一种新的途径。