目的运用网络药理学和分子对接探讨清热药作用机制。方法检索TCMSP、TCMID、NPASS数据库获取5类清热中药活性成分,检索DrugBank、NPASS数据库收集对应靶点,使用UniProt数据库规范靶点名称。使用STRING数据库构建交集靶点蛋白相互作用网...目的运用网络药理学和分子对接探讨清热药作用机制。方法检索TCMSP、TCMID、NPASS数据库获取5类清热中药活性成分,检索DrugBank、NPASS数据库收集对应靶点,使用UniProt数据库规范靶点名称。使用STRING数据库构建交集靶点蛋白相互作用网络,采用Cytoscape3.9.1软件筛选核心靶点。使用在线软件DAVID进行GO功能、KEGG通路及疾病富集分析,使用Metascape数据库分析特有靶点。使用Discovery Studio 4.5.0软件对清热药共有成分与核心靶点进行分子对接。结果获得清热泻火药活性成分297个、清热燥湿药活性成分609个、清热解毒药活性成分1196个、清热凉血药活性成分224个、清虚热药活性成分为389个,对应靶点分别为117、241、402、87和260个;获得共有活性成分7个,对应靶点196个。GO功能、KEGG通路及疾病富集分析显示,清热药可能通过调节外源代谢过程、单碳代谢过程中的代谢途径对乳腺癌和肿瘤发挥治疗作用。分子对接结果表明,清热药发挥抗肿瘤、抗乳腺癌的核心化学成分可能为棕榈酸、槲皮素、亚油酸。结论清热类中药可通过多途径发挥治疗作用,其中,清热泻火药、清热燥湿药、清热解毒药的生物过程及信号通路较为相似,均可通过调节外源代谢过程、单碳代谢过程、葡萄糖醛酸基转移酶活性的负调控、细胞葡萄糖醛酸化的负调控、雌激素代谢过程、细胞葡萄糖醛酸化中的新陈代谢类信号通路发挥治疗乳腺癌的作用。展开更多
[目的]利用网络药理学方法探究连花清瘟胶囊治疗新型冠状病毒肺炎(corona virus disease 2019,COVID-19)的作用机制。[方法]通过中药系统药理学分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis plat...[目的]利用网络药理学方法探究连花清瘟胶囊治疗新型冠状病毒肺炎(corona virus disease 2019,COVID-19)的作用机制。[方法]通过中药系统药理学分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)和人类基因组注释数据库(Human Genome Annotation Database,GeneCards)分别获取连花清瘟胶囊有效成分作用靶点和COVID-19靶点。利用String平台构建共同靶点的蛋白互作(proteinprotein interaction,PPI)网络,并通过Cytoscape软件筛选核心靶点。在Metascape数据库进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析。运用Cytoscape构建"有效成分-核心靶点"网络,筛选主要有效成分。[结果]共获得连花清瘟胶囊有效成分184种,有效成分的作用靶点255个,COVID-19靶点587个,其中共同靶点65个。通过String平台及Cytoscape软件对共同靶点PPI网络进行拓扑学分析,得到血管内皮生长因子A(vascular endothelial growth factor A,VEGFA)、丝裂原活化蛋白激酶3(mitogen-activated protein kinase 3,MAPK3)、肿瘤抗原p53(tumor antigen p53,TP53)、白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)等23个核心靶点。Metascape数据库的富集分析表明,核心靶点主要涉及多种病毒感染通路。通过对"有效成分-核心靶点"进行交互网络分析,从连花清瘟胶囊中筛选得到槲皮素、木犀草素等22种主要活性成分,参与COVID-19的治疗。[结论]连花清瘟胶囊可以作用于VEGFA、MAPK3、TP53、IL-6等核心靶点,通过抑制炎症因子、调控心血管疾病相关通路、抗病毒等过程,发挥治疗COVID-19的作用。展开更多
文摘目的运用网络药理学和分子对接探讨清热药作用机制。方法检索TCMSP、TCMID、NPASS数据库获取5类清热中药活性成分,检索DrugBank、NPASS数据库收集对应靶点,使用UniProt数据库规范靶点名称。使用STRING数据库构建交集靶点蛋白相互作用网络,采用Cytoscape3.9.1软件筛选核心靶点。使用在线软件DAVID进行GO功能、KEGG通路及疾病富集分析,使用Metascape数据库分析特有靶点。使用Discovery Studio 4.5.0软件对清热药共有成分与核心靶点进行分子对接。结果获得清热泻火药活性成分297个、清热燥湿药活性成分609个、清热解毒药活性成分1196个、清热凉血药活性成分224个、清虚热药活性成分为389个,对应靶点分别为117、241、402、87和260个;获得共有活性成分7个,对应靶点196个。GO功能、KEGG通路及疾病富集分析显示,清热药可能通过调节外源代谢过程、单碳代谢过程中的代谢途径对乳腺癌和肿瘤发挥治疗作用。分子对接结果表明,清热药发挥抗肿瘤、抗乳腺癌的核心化学成分可能为棕榈酸、槲皮素、亚油酸。结论清热类中药可通过多途径发挥治疗作用,其中,清热泻火药、清热燥湿药、清热解毒药的生物过程及信号通路较为相似,均可通过调节外源代谢过程、单碳代谢过程、葡萄糖醛酸基转移酶活性的负调控、细胞葡萄糖醛酸化的负调控、雌激素代谢过程、细胞葡萄糖醛酸化中的新陈代谢类信号通路发挥治疗乳腺癌的作用。
文摘[目的]利用网络药理学方法探究连花清瘟胶囊治疗新型冠状病毒肺炎(corona virus disease 2019,COVID-19)的作用机制。[方法]通过中药系统药理学分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)和人类基因组注释数据库(Human Genome Annotation Database,GeneCards)分别获取连花清瘟胶囊有效成分作用靶点和COVID-19靶点。利用String平台构建共同靶点的蛋白互作(proteinprotein interaction,PPI)网络,并通过Cytoscape软件筛选核心靶点。在Metascape数据库进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析。运用Cytoscape构建"有效成分-核心靶点"网络,筛选主要有效成分。[结果]共获得连花清瘟胶囊有效成分184种,有效成分的作用靶点255个,COVID-19靶点587个,其中共同靶点65个。通过String平台及Cytoscape软件对共同靶点PPI网络进行拓扑学分析,得到血管内皮生长因子A(vascular endothelial growth factor A,VEGFA)、丝裂原活化蛋白激酶3(mitogen-activated protein kinase 3,MAPK3)、肿瘤抗原p53(tumor antigen p53,TP53)、白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)等23个核心靶点。Metascape数据库的富集分析表明,核心靶点主要涉及多种病毒感染通路。通过对"有效成分-核心靶点"进行交互网络分析,从连花清瘟胶囊中筛选得到槲皮素、木犀草素等22种主要活性成分,参与COVID-19的治疗。[结论]连花清瘟胶囊可以作用于VEGFA、MAPK3、TP53、IL-6等核心靶点,通过抑制炎症因子、调控心血管疾病相关通路、抗病毒等过程,发挥治疗COVID-19的作用。
