温州光唇鱼病害诊治新技术

温州光唇鱼为光唇鱼属的一个地方种,分布于福建和浙江南部各水系,主要生活于石砾底质、水质清澈的溪河。自然环境里的野生光唇鱼,密度稀、水体活、水质好,一般不发病,但在人工养殖条件下,密度高、水质不稳定,易发各种寄生虫(藻)、细菌性等疾病。笔者在福建省森鑫生态农业发展有限公司光唇鱼养殖场蹲点期间,对打粉病、车轮虫病和肠炎等几种主要病害的病原、病因、症状和流行等情况进行仔细观察研究,并针对温州光唇鱼体形小、病害早期不易发现和对部分杀虫剂敏感。

基于线粒体细胞色素b基因序列的新安江流域温州光唇鱼群体遗传研究

为了解新安江流域温州光唇鱼(Acrossocheilus wenchowensis)的群体遗传变异规律,本研究采集6个不同地理群体共170个体,采用线粒体基因组细胞色素b(mtDNA Cyt b)测序方法,研究群体遗传结构以及群体变化的历史动态。研究显示,温州光唇鱼不同地理群体间的遗传多样性差异较大,整体遗传多样性水平较低。群体间检测到了不同程度的遗传分化,但由于分化时间较短(上新世晚期),分子遗传变异主要来自于群体内。温州光唇鱼约于335万年前发生过群体扩张事件。群体扩张时,全球处于末次冰川时期的早期,群体的扩张并未受到低温的影响,因此,推测新安江流域可能是潜在的冰期避难所。祖籍地重建分析结果表明,新安江流域温州光唇鱼起源于率水上游和练江上游,经过一系列的群体扩散–隔绝–分化事件,形成现今的分布。原种的鉴定为新安江流域光唇鱼群体保育工作提供理论依据。

基于线粒体Cyt b基因的皖南山区温州光唇鱼种群遗传结构

为探讨皖南山区温州光唇鱼的种群遗传结构,采用线粒体细胞色素b基因(Cyt b)对该区5个野生种群(祁门、黟县、休宁、旌德和宁国)进行群体遗传变异分析。131个样本的Cyt b基因(1141 bp)中共检出38个变异位点(变异率3.33%)、14种单倍型。序列碱基的平均含量分别为A(28.2%)、C(29.7%)、T(27.0%)、G(15.1%),A+T含量(55.2%)明显大于G+C含量(44.8%)。5个地理种群的单倍型多样性(0.0000~0.6799)和核苷酸多样性(0.0000~0.00759)普遍较低。群体分化系数(FST:0.2916-0.9782)和AMOVA分析中高达52.74%的遗传变异来自地理种群间,说明温州光唇鱼地理种群间已产生显著遗传分化;但不同水系的种群间没有显著遗传差异。群体间系统进化树显示:5个群体聚为两大进化枝,祁门和旌德种群为一枝,其余种群为另一枝。温州光唇鱼的这种种群遗传结构与地理隔离及其生态习性相关。

温州光唇鱼形态学研究

项目组将形态度量学和框架结构度量学结合起来,从多维空间去观察温州光唇鱼的外部形态,进行多变量分析。对楠溪江鲤溪段、渠口段、小楠溪段的3个江段的温州光唇鱼形态特征进行了比较研究,发现小楠溪段鱼体体长和体重都明显小于其他2个江段的鱼体,存在显著差异,且鱼体呈异速增长。鲤溪段鱼类尾部更为细长,更适应流水方向迅速的变化,渠口段鱼类最为肥硕。

基于全基因组的温州光唇鱼源大肠杆菌E105的致病性与耐药性解析

为了加深对鱼源大肠杆菌(Escherichia coli)的理解,以全基因组测序为基础,解析了温州光唇鱼(Acrossocheilus wenchowensis)源大肠杆菌E105致病性和耐药性的表型与基因型间的关系,以期丰富大肠杆菌的病原学知识。结果显示,E105全基因组包括染色体基因组(5 022 520 bp)和6个质粒基因组,共预测到4 823个编码基因,4 510个基因被COG聚类到22类,1 140个基因富集到KEGG的22条代谢通路。E105与人(Homo sapiens)源(GenBank ID CP068822.1)和鸭(Anatinae)源(GenBank ID JAGFYD010000001)大肠杆菌基因组共线性程度更高。E105血清型为O108:H9,E105为EAEC/EHEC/EPEC混合致病型。E105中有170个毒力基因。E105对小鼠(Mus musculus)和大口黑鲈(Micropterus salmoides)的半数致死浓度(median lethal dose,LD50)分别为6.67×10^(5) CFU/g和2.61×10^(7) CFU/g。E105中有84个耐药基因。E105对糖肽类的万古霉素和替考拉宁、大环内酯类的克拉霉素和红霉素、林可酰胺类的克林霉素和林可霉素、硝基咪唑类的甲硝唑、四环素类的四环素和多西环素、头孢菌素类的头孢氨苄和头孢噻肟、氨基糖苷类的庆大霉素、利福霉素类的利福平、复方磺胺类的复方新诺明、甲氧苄啶类的甲氧苄啶、青霉素类的青霉素G和氨苄西林共11类17种抗生素耐药。总之,本研究中的鱼源多重耐药性致病性大肠杆菌E105存在一定的公共卫生风险。

温州光唇鱼线粒体基因组结构及系统发育分析

采用已公布的鱼类线粒体基因组全序列,设计8对引物扩增、测定并注释温州光唇鱼(Acrossocheilus wenchowensis)线粒体基因组(GenBank登录号:KC_495074)。序列全长16 591 bp,包括13个蛋白质基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个非编码区,各基因的位置及组成与已公布的鲤科鱼类一致;37个基因中,1个蛋白质编码基因(ND6)和8个tRNA基因(tRNAGln、tRNAAla、tRNAAsn、tRNACys、tRNATyr、tRNASer(UCN)、tRNAGlu和tRNAPro)由L链编码,其余的均由H链编码。A、T、G、C碱基组成分别为30.92%、24.86%、16.41%、27.81%;除tRNASer(AGN)外,其它21个tRNA的二级结构均具有典型的三叶草结构;13个蛋白编码基因中,除COⅠ起始密码子为GTG外,其余均以ATG为起始密码子,而COⅡ、ND4和Cytb基因的终止密码子为不完整的T,其它10个基因均具有完整的终止密码子。利用鲤科共17属18种线粒体基因组13个蛋白质基因的氨基酸序列,从线粒体基因组水平探讨了温州光唇鱼在鲤科鱼类中的系统进化地位,为光唇鱼属乃至鲤科鱼类的系统分类学研究提供基础资料。