苹果锈果类病毒的温度梯度凝胶电泳

用温度梯度凝胶电泳技术研究了苹果锈果类病毒(ASSV)的变性行为,并与菊花矮化类病毒(CSV)的变性行为进行了比较。提纯的 ASSV 的温度梯度电泳示出了类病毒特有的从类似于棒状的分子到打开的环状分子的构象转变曲线,与 CSV 及报道的马铃薯纺锤块状类病毒(PSTV)相似。但 ASSV 的构象转变中点温度及转变的协同性均低于 CSV。在8.9mol/LTBE 缓冲液中,ASSV 构象转变的中点温度和半辐值分别为41.5℃和2.4℃,而 CSV 的分别为46.0℃和1.0℃。在 ASSV 的温度梯度凝胶电泳图中,除了有代表单分子构象转变的曲线外,还观察到另一构象转变曲线,作者认为这代表了在提纯过程中由分子间碱基配对形成的双分子复合体的变性曲线。

基于微流控芯片的温度梯度毛细管电泳检测大肠癌石蜡标本中K-ras基因突变

K-ras基因突变检测可用于大肠癌的早期筛查与诊断,并有利于筛选出抗表皮生长因子受体靶向药物治疗有效的大肠癌患者,以实现肿瘤的个体化治疗.采用以倾斜式热辐射原理建立的微流控温度梯度毛细管电泳(temperature gradient capillary electrophoresis,TGCE)基因突变检测系统,实现了对98例石蜡包埋大肠癌组织中K-ras基因突变的高灵敏度筛查,突变阳性检出率为47.96%,显著高于PCR产物直接测序的23.47%.克隆测序显示该方法至少能检测到2.08%的K-ras基因突变体.K-ras基因突变与临床病理学参数的关系分析显示,直肠癌中K-ras基因突变率明显高于结肠癌(P<0.05),而与年龄、性别、组织学类型和肿瘤分期等无显著相关性.该检测方法为肿瘤早期诊断和指导临床用药提供了一种灵敏度高、检测速度快、便于大规模筛查的有效手段.

应用PCR与温度梯度凝胶电泳分析龈上菌斑微生物群落

目的应用PCR与温度梯度凝胶电泳(PCRTGGE)分子技术对成年健康口腔的龈上菌斑中微生物群落组成进行分析。方法8例成年个体包括4男4女,年龄19～29岁,分别采取每例个体上下颌牙周龈上菌斑样品,共18份(个体Subl间隔10天采集2次样品)。提取菌斑DNA,PCR扩增16SrDNAV3可变区,产物经TGGE后进行相似系数分析。结果同一个体的上下颌微生物群落组成相似性系数为81%～95%,而不同个体的龈上菌斑微生物群落组成相似性系数,均在60%以下。结论不同个体具有其独特的牙周微生物群落,而且在一定时期内组成稳定。

现代生物技术在环境微生物学中的应用:Ⅲ.限制性片段长度多态性分析、变性/温度梯度凝胶电泳和报道基因

这是现代生物技术在环境微生物学中的应用系列综述文章的第三篇 ,讨论限制性片段长度多态性 (RFLP)分析、变性梯度凝胶电泳 (DGGE)和温度梯度凝胶电泳 (TGGE)以及报道基因。

应用温度梯度凝胶电泳检测冠心病人β_2-AR基因多态性

【目的】建立用于测定β_2肾上腺素受体(β_2-AR)基因多态性的温度梯度凝胶电泳(TGGE)技术,检测 Arg16Gly和 Gln27Glu,以确定冠心病 Beta2AR 基因的多态性。【方法】以经心脏造影确定为冠状动脉阻塞的病人 DNA 标本为模板,选择性 PCR 扩增β_2-AR Arg16Gly,Gln27Glu 区域,然后经测序确定,建立并优化 TGGE 技术参数。【结果】建立了分析130bpβ_2-AR Arg16Gly,205 bp Gln27Glu 的 TGGE 技术,可检测出 Arg16Gly,Gln27Glu 的多态性。30例样品中,13例为 Arg16Arg型,5例为 Gly16Gly 型,12例为 Arg16Gly 型;22例为 Gln27Gln 型,1例为 Glu27Glu 型,7例为 Gln27Glu 型。【结论】所建立的PCR-TGGE 技术可用于β_2肾上腺素受体16及27位点基因多态性的分子筛选。

甲基磺酸乙酯对穿梭质粒P^(Z189)的诱变作用及温度梯度凝胶电泳对SUP^F突变基因的检测

穿梭质粒P^(z189)转化原核细胞后,用甲基磺酸乙酯对转化的原核细胞进行诱变处理,使P^(z189)发生突变,突变的靶基因导致了再转化克隆在选择培养基上颜色改变。用温度梯度凝胶电泳技术检测突变子上的靶基因发现,当选择的试验条件合适时,这项技术能够检测出结构变异的DNA片段。

变性梯度凝胶电泳的原理、应用及其进展

变性梯度凝胶电泳 (DGGE)主要是基于突变型和野生型核酸序列的不同而导致其变性浓度的差异 ,利用变性梯度胶进行分离。恒定变性凝胶电泳 (CDGE)、瞬时温度梯度电泳 (TTGE)和温度梯度凝胶电泳 (TGGE)是由 DGGE经改进而成。

应用温度梯度凝胶电泳分析非缺失型〆-地中海贫血突变

目的 建立用于非缺失型 α-地中海贫血 (α-地贫 )突变筛查的温度梯度凝胶电泳(temperature gradientgel electrophoresis,TGGE)技术。方法 以不同基因型人基因组 DNA为模板 ,选择性扩增全长 α2 -珠蛋白基因 ,继以巢式 PCR扩增突变热点区域 ,然后建立并优化 TGGE参数。在此基础上 ,筛查表型阳性的 15例非缺失型 α-地贫疑诊样品 ,阳性样品经 DNA序列测定确认突变。结果 建立了分析5 43bp PCR片段和 α2珠蛋白基因全长 10 85 bp片段的 TGGE技术 ,可检测出中国人群中常见的两种 α-地贫点突变 :Hb Constant Spring(Hb CS)和 Hb Quong Sze(Hb QS)及 Hb Westmeadα2 CD12 2 CAC→ CAG(His→ Gln)。15例样品中 ,10例为 Hb CS,2例为 Hb QS,2例为 Hb Westmead,1例为新的与 Hb H病相关的突变 α2 CD31AGG→ AAG(Arg→ L ys)。结论 所建立的 PCR- TGGE技术可用于非缺失型 α-地贫点突变和

最小支撑树的DNA凝胶电泳算法

DNA计算是解决困难问题的一种很重要的方法。应用DNA计算解决图论中的最小支撑树问题。利用DNA的热力学特性,根据边的权长不同,给它们设计不同溶解温度的DNA链。根据温度的不同,电泳时DNA分子的形状不同,电泳的速度也不同,从而根据电泳速度分离出最小支撑树的所有边。在这里给出了5个顶点的赋权图为例来求它的最小支撑树,说明了该方法的简便性。

土壤微生物分子生态学研究中总DNA的提取

建立了一种土壤DNA提取方法。根据DNA产量和纯度2个评价指标,从3种手提土壤DNA方法中优选出方法B为手提DNA方法(Labmethod),它包括样品预处理,细胞裂解,粗DNA纯化,其中细胞裂解组合了玻璃珠击打,SDS裂解,溶菌酶裂解。进一步应用PCR-限制性片段长度多态性(Restrictionfragmentlengthpolymorphism,RFLP)技术及PCR-温度梯度凝胶电泳(Temperaturegradientgelelectrophoresis,TGGE)技术,结合DNA产量、纯度、片段大小以及所反映的微生物群落结构特性等指标评价了手提方法(Labmethod)得到的总DNA质量,并将这些结果与2种应用较广的商业试剂盒(MoBioUltraCleanSoilDNAKit和Bio101FastDNASPINKit(ForSoil))所得DNA的各种指标进行了比较。结果表明,手提方法(Labmethod)的粗DNA产量低于Bio101Kit的,但高于MoBioKit的。这些方法所得DNA的长度都在21kb左右,Labmethod提取的DNA没有严重被剪切现象,而2种试剂盒提取的DNA都有不同程度的剪切。手提方法得到的DNA经纯化后,应用细菌及真菌特异引物进行PCR扩增,均能获得目的片段,表明该方法能从土壤中同时有效提取细菌和真菌总基因组DNA。并且,手提方法所得DNA的细菌16SrDNA和真菌18SrDNA的PCR-RFLP图谱与两种商业试剂盒的图谱基本相似,但3种方法提取的DNA在细菌16SrDNAV3区和真菌28SrDNA片段的PCR-TGGE图谱上都存在一定差异,主要表现在一些弱势条带的有无或强弱上。这说明手提方法提取的总DNA与2种商业试剂盒一样,在一定程度上能反映微生物群落的多样性和组成。总之,手提DNA方法(Labmethod)所用试剂普通,价格便宜,能在4h以内获得够质够量的土壤DNA用于微生物分子生态学研究,较适合于广大普通实验室进行土壤DNA提取工作。

DGGE/TGGE技术及其在微生物分子生态学中的应用

变性梯度凝胶电泳 (DGGE)和温度梯度凝胶电泳 (TGGE)是近些年微生物分子生态学研究中的热点技术之一。由于DGGE TGGE技术具有可靠性强、重现性高、方便快捷等优点 ,被广泛地应用于微生物群落多样性和动态性分析。文章对DGGE TGGE技术原理与关键环节。

不同施肥模式对茶园红黄壤细菌群落基因多样性的影响

运用温度梯度凝胶电泳技术研究不同培肥措施下闽东地区红黄壤茶园定位实验地的土壤细菌群落基因多样性。结果表明,不同培肥措施对细菌丰富度和多样性都有明显的影响,其中单施无机肥降低了土壤细菌群落结构多样性,不利于保持茶园土壤生态系统的稳定性,而"无机肥+有机肥+豆科绿肥"综合培肥模式对土壤微生物丰富度和基因多样性提高幅度最大。聚类分析表明,不施肥与单施无机肥的细菌群落结构最为相近,而"无机肥+有机肥+豆科绿肥"和"无机肥+豆科绿肥"培肥模式的细菌群落结构与其它施肥处理间的差异性较大,其中"无机肥+有机肥+豆科绿肥"尤为显著,说明套种豆科绿肥对微生物群落结构有显著影响。"无机肥+有机肥+豆科绿肥"培肥模式的茶叶产量和茶叶营养物质累积量最大,这进一步佐证了此培肥模式能促进茶园生态系统生产力。

DGGE/TGGE技术在土壤微生物分子生态学研究中的应用

传统的微生物生态学研究方法只限于环境样品中极少部分(0.1%￣1%)可培养的微生物类群,极大程度地限制了对土壤微生物群落结构的研究。综述了以16S rDNA为主要研究对象的DGGE/TGGE(Denaturing gradientgel electrophoresis,DGGE/Temperature gradient gel electrophoresis,TGGE)技术原理,以其为主要手段结合PCR扩增、克隆建库、序列测定以及种系分析对土壤微生物的群落结构和多样性研究的最新动态。DGGE/TGGE技术极大地推动了土壤微生物分子生态学的发展,同时也为实际问题的诊断、作物生长跟踪监测等提供了技术支撑,在土壤微生物分子生态学研究和生产实践中起着越来越重要的作用。

应用TGGE技术分析人肠道中双歧杆菌的组成

用温度梯度凝胶电泳(TGGE)技术结合16SrDNA克隆、测序,对健康人肠道中双歧杆菌的组成进行了分析。10例健康人肠道双歧杆菌的TGGE分析显示:人肠道内双歧杆菌的组成具有宿主特异性,不同人肠道双歧杆菌种的多样性和种类不同。通过对一健康儿童肠道双歧杆菌属特异性PCR扩增产物的测序及TGGE电泳行为的分析发现,该个体双歧杆菌TGGE图谱中的条带分别代表Bifidobacteriumbifidum、B.infantis、B.longum、B.adolescentis、B.pseudocatenulatum等种和一新种,其中B.pseudocatenulatum(假小链双歧杆菌)是大多数个体共有且较优势的种类。用传统培养方法只检出B.pseudocatenulatum和B.longum两种。基于双歧杆菌属特异性PCR基础上的TGGE方法结合16SrDNA克隆文库分析可较灵敏、直观地反映人肠道中双歧杆菌的组成。

轮状病毒感染与健康儿童肠道菌群结构的比较

目的比较轮状病毒(RV)感染与健康儿童肠道菌群结构的差异,为临床治疗提供有价值的参考依据。方法采集20例RV感染及6例健康儿童粪便样品,提取粪便样品中细菌的混合DNA,先通过肠道菌重复性基因内一致性序列(ERIC)-聚合酶链反应(PCR)结合分子杂交技术分析两组儿童之间肠道微生物组成的相似性;再扩增粪便样品中菌群的16 S rDNA基因V3区,利用PCR-TGGE技术分析肠道菌群的组成情况,研究两组儿童肠道微生物菌群组成的差异。结果肠道菌群的组成有很强的宿主专一性。RV感染与健康儿童相比,肠道菌群中糖皮质激素(GC)水平较低的细菌明显减少。微生态制剂治疗组温度梯度凝胶电泳(TGGE)条带数有一个逐渐增加的过程。结论轮状病毒感染时,可致患儿肠道菌群紊乱,但用抗生素治疗将更致肠道微生态失调,不利于患儿肠道菌群恢复,建议临床医师在轮状病毒感染时,慎用抗生素。

TISTD反应器中的菌群结构及生态变化

以两相一体式污泥浓缩消化反应器(Two-phase Integrated Sludge Thickening andDigestion reactor,TISTD)为对象,研究了反应器稳定运行期间菌群结构及反应器负荷改变时其内部生态结构的变化。在以30%的投配率稳定运行时,从产酸相和产甲烷相分别取样、培养和分离出20株优势菌属。选取其中6株进行了16S rDNA序列分析,分属于芽孢杆菌属、产甲烷螺菌属和产甲烷球菌属。在投配率分别为10%、20%、30%以及启动期和系统崩溃期5个时期采取10组样品,对其污泥进行DNA提取、纯化和16S rDNA PCR扩增及温度梯度凝胶电泳(Temperature gradientgel electrophoresis,TGGE)电泳检测等。结果表明:中温下反应器中微生物菌群呈多样性分布,生态系统复杂稳定,维持了反应器的正常功能;反应器不同负荷时期污泥DNA提取及扩增效果良好;TGGE图谱分析表明,投配率20%、30%时的群落结构相似度最高,污泥中生物含量丰富,支撑了TISTD在污泥浓缩下良好的消化效果。

DGGE/TGGE技术在微生物生态学中的应用

变性梯度凝胶电泳(deaturing grad ien t ge l e lectrophores is,DGGE)和温度梯度凝胶电泳(tem perature grad ien t ge le lectrophores is,TGGE)可以直接分离PCR扩增片段,作为一种分子指纹技术而逐渐被人们应用于微生态研究中。通过DGGE/TGGE对微生物组成的遗传特性进行表征,不但省去了菌种分离耗时耗力的工作量,更可鉴定出根据传统方法无法分离出来的菌种。作者重点描述了DGGE/TGGE的基本原理以及在胃肠道微生态研究中的应用。

肺癌患者全线粒体DNA体细胞性突变检测

目的 检测肺癌患者线粒体DNA体细胞性突变并探讨它在肿瘤发生中的作用。方法 利用时相温度梯度凝胶电泳对 16例肺癌患者的肿瘤及相应癌旁组织全线粒体DNA进行突变筛查 ,然后直接测序明确突变并进行分析。结果 在 10例 ( 62 .5 % )患者中发现 2 9个体细胞性突变 ,其中 2个位于rRNA区( 6.90 % ) ,10个位于mRNA区 ( 3 4.48% ) ,17个位于高变D环区 ( 5 8.62 % )。检测到 2例肿瘤和 3例癌旁组织具有常见的 4977bp缺失突变。除np3 0 3～ 3 0 9位点具有长度不稳定外 ,未发现其它微卫星区域不稳定。结论 肺癌患者的线粒体DNA存在高频率的体细胞性突变。