马铃薯X病毒湖南分离物的鉴定与分组研究

从湖南石门采集表现重花叶症状的马铃薯叶片中分离纯化到一株线状病毒HN021.经双链RNA(ds-RNA)抽提、寄主反应测定、病毒粒子和内含体的形状观察, 初步确定该病毒为马铃薯X病毒 (Potato virus X).以ds-RNA作为模板,用相应引物对HN021分离物的ORF4-UTR-ORF5片段进行RT-PCR,得到1kb左右的双链cDNA片段.对该片段进行克隆和测序,并将测序所得的核苷酸序列与Genbank登录的11株不同分离物的相应片段的核苷酸序列进行同源性比较和分析.结果表明,HN021与分离自南美洲的三株分离物(COAT,KPA和HB)的同源性为78.4%~79.4%,与其它8株(分离自亚洲、欧洲、大洋州和北美洲)分离物的同源性为96.4%-97.8%.从氨基酸水平比较,HN021与COAT,KPA和HB三者CP和8kDa蛋白氨基酸序列同源性分别为86.5%~89.0%和74.3%~75.7%,相应地与其它8株分离物的同源性分别为97.1%-98.7% 和97.1%-100%.序列分析的结果证实了HN021分离物为马铃薯X病毒,同时表明PVX明显存在两个组(组Ⅰ和组Ⅱ),HN021和其它来自亚洲、欧洲、大洋州、北美洲分离物的组II,3个南美洲分离物属于组I.

湖南省南方水稻黑条矮缩病毒分离物组分S10编码的ORF序列克隆与分析

采用RT-PCR方法扩增并克隆了2013年湖南省水稻上发生的南方水稻黑条矮缩病毒（Southern rice blackstreaked dwarf virus,SRBSDV）S10片段的近全长序列,采用生物信息学软件Mega、RDP和DnaSP分析其编码的开放阅读框（open reading fragment,ORF）遗传多样性。结果表明：2013年湖南省15个SRBSDV分离物S10编码的ORF序列同源性在99.5%以上,不同分离物中存在3~30个突变位点,绝大部分的核酸突变为无义突变,没有发现可能的重组。在系统发育树上,15个分离物聚类为2个分支,其中湖南汉寿的10个分离物和永州的2个分离物（HuNyz12和HuNyz29）与我国浙江分离物聚为1个亚组、湖南永州的其他3个分离物与我国南部的云南、海南等及越南的分离物聚为1个亚组。系统发育结果表明,SRBSDV随传毒介体白背飞虱迁飞从我国南部向北部扩散。