湖南大围子猪SLA-DR基因克隆及其生物信息学分析

目的:研究湖南大围子猪SLA-DR基因特性,评价该猪种在异种器官移植中是否具有应用前景。方法:应用RT-PCR扩增大围子猪SLA-DRA和SLA-DRB基因,插入pUCM-T载体,双向测序,用NCBI中的BLAST和ExPASY软件进行生物信息学分析。结果:大围子猪SLA-DRA和SLA-DRB基因扩增片段大小分别为1177bp和909bp,均包含完整的开放阅读框,分别编码252和266个氨基酸残基。生物信息学分析结果表明,大围子猪SLA-DRA和SLA-DRB与人类相应的DRA、DRB相比,氨基酸同源性分别为82%和73%。SLADRα链与人CD4分子结合部位介于第124至136位氨基酸,大围子猪SLA-DRA在该结合区域与人类相应的DRA存在两个氨基酸差异,即:第127位(lle→Val),第136位(Ser→Thr);SLADRβ链与人CD4分子结合部位位于第134至148位氨基酸,大围子猪SLA-DRB在该结合区域与人类相应的DRB相比氨基酸序列完全相同。与国际GenBank已登录的许多猪种相比,SLA-DRA基因同源性高达100%,而SLA-DRB基因在各猪种之间具有很高的多态性。结论:克隆湖南大围子猪SLA-DRA和SLA-DRB基因,该基因与人类相应的HLA-DRA和HLA-DRB基因高度同源,提示该猪种有望作为异种移植的候选供体。