基于COI基因和D-loop区部分序列比较雷州半岛东、西岸湖栖鳍虾虎鱼群体的遗传多样性

为比较分析雷州半岛东、西两岸湖栖鳍虾虎鱼(Gobiopterus lacustris)遗传差异,以COI基因和D-loop区部分序列为分子标记,获取雷州半岛湖栖鳍虾虎鱼群体COI序列44条(九龙山群体21条,高桥群体23条)、D-loop序列53条(九龙山群体25条,高桥群体28条)。基于COI基因部分序列分析结果显示:619 bp的44条序列中,统计的变异位点29个;T、C、A、G碱基组成分别为:27.8%、31.0%、23.7%、17.5%,且A+T(51.5%)高于C+G(48.5%);单倍型多样性比较,九龙山群体(0.695)>高桥群体(0.324);遗传分化分析表明东、西群体分化显著(Snn=0.0.591,0.01<P<0.05),基因流(Nm)为5.37,遗传分化系数(Gst)为0.147,固定指数(Fst)为0.042(0.001<P<0.01),核苷酸差异数(Kxy)为2.547,核苷酸歧义度(Dxy)为0.004。而基于D-loop区部分序列分析结果表明:563 bp的53条序列中,变异位点133个;T、C、A、G碱基组成分别为:32.3%、14.8%、35.5%、17.4%,A+T(67.8%)明显高于C+G(32.2%);单倍型多样性与COI分析结果类似,九龙山群体(0.797)>高桥群体(0.661);遗传分化分析表明东、西群体分化极显著(Snn=0.970,P<0.001),Fst为0.315(P<0.001),Nm值为0.55,Gst、Kxy、Dxy分别为:0.157、3.506、0.006;AMOVA分析揭示群体内变异程度高于群体间;聚类分析表明,基于COI基因与D-loop区部分序列构建的邻位链接法聚类树(NJ树)均存在按照采样点聚类的现象,但D-loop更为明显。综上,雷州半岛东、西两岸湖栖鳍虾虎鱼群体出现较为明显的分化现象。

湖栖鳍虾虎鱼在发育生物学综合性实验中的应用初探

以湖栖鳍虾虎鱼为实验材料,从受精、正常胚胎发育过程的观察,环境因素对胚胎发育的影响,内分泌干扰物的浓度梯度刺激对胚胎发育的形态学观察及相关基因表达水平的检测等一系列连续实验的设计,可为生物科学专业发育生物学的综合性实验设计提供参考,使学生掌握一系列发育生物学的基本实验技术,增强学生对知识的理解层次,培养学生的科研兴趣。

湖栖鳍虾虎鱼微卫星DNA标记的开发与群体遗传多样性分析

为研究雷州半岛湖栖鳍虾虎鱼(Gobiopterus lacustris)遗传多样性,对湖栖鳍虾虎鱼雌雄性腺进行转录组测序,采用MISA软件进行微卫星分析,共获得25 452个微卫星标记,其中包含14 708个单碱基重复类型,6 175个2碱基重复类型,3、4、5和6碱基重复类型数目分别为4 223、327、15和4。随机选取50个微卫星位点设计引物,能够扩增出清晰稳定条带的有39对,其中,11个位点表现出不同程度的多态,28个位点呈现单态。利用11个具有多态性的微卫星位点分析湖栖鳍虾虎鱼在廉江市高桥镇红树林保护区、湛江东海岛、雷州市附城镇和雷州市九龙山红树林国家湿地公园4个野生群体中的遗传多样性及遗传结构,11个微卫星位点呈现出不同程度的多态性,等位基因数(Na)2~15,平均等位基因为(6?3.9)个,有效等位基因数(Ne)、平均观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别在1.919~2.485、0.343~0.465和0.381~0.483之间,平均多态信息含量(PIC)为0.348~0.465。Hardy-Weinber平衡分析显示,4个群体的大部分位点未偏离平衡。在每个群体中进行连锁不平衡分析,有18对位点间显著(P <0.05)或者极显著(P <0.01)偏离连锁平衡。遗传分化系数在0.107~0.216之间,表明4个群体的遗传分化达到了中等水平以上。分子方差分析(AMOVA)显示,湖栖鳍虾虎鱼大部分的差异来自于群体内而非群体间。

中国鳍虾虎鱼属(鲈形目:虾虎鱼科)一新纪录种

【目的】描述分布在广东省雷州半岛鳍虾虎鱼属的一中国新纪录种湖栖鳍虾虎鱼(Gobiopterus lacustris)。【方法】用体视显微镜对样品进行拍照,用cell Sens Standard软件测量样本各形态学测量指标;依据线粒体Cytb基因以邻接法构建鳍虾虎鱼属系统发育树。【结果】该虾虎鱼半透明、无色或淡黄色等体色特征与大鳞鳍虾虎鱼(G.macrolepis)最为相似,与后者明显区别的特征为:从第2背鳍和臀鳍起点处的鳞片向前凸出,呈"<"状(vs.第1排纵列鳞排列整齐,呈"\");雄鱼上颌具犬齿9对,下颌后半部有小犬齿8对(vs.雄鱼上颌具犬齿11对,下颌后半部有小犬齿9对);纵列鳞19~21(vs.17~19),横列鳞5(vs.5~6);胸鳍条13(vs.14),尾鳍主鳍条13(vs.14);鳍上有斑点(vs各鳍均无斑纹)。鳍虾虎鱼属4个物种间的系统发育树表明,新纪录种与湄公河鳍虾虎鱼(G.chuno)亲缘关系最近,与半饰鳍虾虎鱼(G.semivestita)亲缘关系最远。【结论】雷州半岛分布的鳍虾虎鱼的形态参数及Cytb分子结果均显示其为中国新纪录种。