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基于5993个核基因的被子植物系统发育关系研究
1
作者
金鑫
程书
+5 位作者
杨拓
余慷
段肖霞
倪雪梅
李世明
张耕耘
《广西植物》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第1期44-59,共16页
系统发育关系的构建对被子植物分类及进化研究非常重要。长期以来,被子植物系统发育的研究,大多使用质体基因、线粒体基因或少数保守的单拷贝核基因。该研究从已注释基因组或转录组中搜集88种被子植物(包含58目)的核基因集;通过对其进...
系统发育关系的构建对被子植物分类及进化研究非常重要。长期以来,被子植物系统发育的研究,大多使用质体基因、线粒体基因或少数保守的单拷贝核基因。该研究从已注释基因组或转录组中搜集88种被子植物(包含58目)的核基因集;通过对其进行同源基因聚类及去旁系同源基因,获得了5993个一对一的直系同源基因家族(即对于每个基因家族,每种植物最多一条序列,最少包含50个物种);使用截取各种不同数目基因集的DNA或氨基酸序列,采用串联法(concatenation)和溯祖法(coalescence),共构建了20棵进化树。比较这些进化树,虽然大部分结果支持APG IV中描述的被子植物主要支系之间的关系[(真双子叶植物,单子叶植物),木兰类植物],但真双子叶植物内部各目分支的演化关系与APG IV有一个很大的不同,即认为檀香目和石竹目是蔷薇类植物的姊妹群。基于这些进化树,估算了被子植物各目分支的分化时间,结果表明被子植物的起源时间为237.78百万年前(95%置信区间为202.6~278.08),与主流观点认为的225百万年至240百万年前一致。以上结果为构建进化树提供了一种可行性策略,这种方法允许使用基因数目更多而计算速度更快。
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关键词
系统发育关系
被子植物
核基因
同源基因聚类
串联法
溯祖法
分化时间
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职称材料
题名
基于5993个核基因的被子植物系统发育关系研究
1
作者
金鑫
程书
杨拓
余慷
段肖霞
倪雪梅
李世明
张耕耘
机构
深圳华大生命科学研究院
深圳市华大农业应用研究院
国家基因库
基因组学农业部重点实验室
出处
《广西植物》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第1期44-59,共16页
基金
国家科技支撑计划(2015BAD02B01-7)
广东省农作物核心资源开发应用企业重点实验室(2011A091000047)
+1 种基金
深圳市科技计划项目(JCYJ20150831201123287)
深圳作物分子设计聚合育种工程实验室提升项目(深发改[2015]946号)~~
文摘
系统发育关系的构建对被子植物分类及进化研究非常重要。长期以来,被子植物系统发育的研究,大多使用质体基因、线粒体基因或少数保守的单拷贝核基因。该研究从已注释基因组或转录组中搜集88种被子植物(包含58目)的核基因集;通过对其进行同源基因聚类及去旁系同源基因,获得了5993个一对一的直系同源基因家族(即对于每个基因家族,每种植物最多一条序列,最少包含50个物种);使用截取各种不同数目基因集的DNA或氨基酸序列,采用串联法(concatenation)和溯祖法(coalescence),共构建了20棵进化树。比较这些进化树,虽然大部分结果支持APG IV中描述的被子植物主要支系之间的关系[(真双子叶植物,单子叶植物),木兰类植物],但真双子叶植物内部各目分支的演化关系与APG IV有一个很大的不同,即认为檀香目和石竹目是蔷薇类植物的姊妹群。基于这些进化树,估算了被子植物各目分支的分化时间,结果表明被子植物的起源时间为237.78百万年前(95%置信区间为202.6~278.08),与主流观点认为的225百万年至240百万年前一致。以上结果为构建进化树提供了一种可行性策略,这种方法允许使用基因数目更多而计算速度更快。
关键词
系统发育关系
被子植物
核基因
同源基因聚类
串联法
溯祖法
分化时间
Keywords
phylogeny
angiosperms
nuclear genes
ortholog inference
concatenation
coalescence
divergence time
分类号
Q949.4 [生物学—植物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于5993个核基因的被子植物系统发育关系研究
金鑫
程书
杨拓
余慷
段肖霞
倪雪梅
李世明
张耕耘
《广西植物》
CAS
CSCD
北大核心
2020
0
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参考文献
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