在科学研究过程中,科研人员需要考虑针对不同的研究问题选择合适的研究方法,有时还会对研究方法进行优化,从而更好地解决研究问题。因此,研究方法往往是解决研究问题的关键,是学术文献的重要知识。帮助科研人员快速发现学术文献全文内...在科学研究过程中,科研人员需要考虑针对不同的研究问题选择合适的研究方法,有时还会对研究方法进行优化,从而更好地解决研究问题。因此,研究方法往往是解决研究问题的关键,是学术文献的重要知识。帮助科研人员快速发现学术文献全文内容中蕴含的方法实体,为其推荐适用于自身研究问题的关键解决方法提供实践参考,可以提高科研人员解决问题的效率。当前相关研究缺乏对方法实体之间共现关系的分析,未充分挖掘学术文献中蕴含的丰富知识。为此,本研究以自然语言处理领域为例,将方法实体细分为算法、数据集、指标以及工具4种类型,并标注了50篇论文作为训练语料。本研究构建了CRF(conditional random field)、BiLSTM(bi-directional long short-term memory)+CRF等4种实体抽取模型。研究结果表明,SciBERT(scientific bidirectional encoder representations from transformers)+CRF模型的性能最优。以ACL年会(Annual Meeting of the Association for Computational Linguistics)在2001—2020年共20年收录的论文全文数据为基础,进一步分析抽取出的方法实体的使用情况。本研究结合经典关联规则挖掘算法Apriori和卡方值构建方法实体共现数据集,并分析方法实体的演化。研究结果揭示了方法实体间的共现关系及其整体演化情况,可辅助特定领域的科研人员寻找合适的研究方法。展开更多
目的为快速、高效、准确地检出羊口疮病毒(ORFV),并进一步明确皖北地区羊群ORFV流行毒株的遗传变异情况。方法本研究基于ORFV F1L基因建立SYBR Green I实时荧光定量PCR(qPCR)方法,对皖北地区羊场开展ORFV检测,并从阳性病料中PCR扩增ORF...目的为快速、高效、准确地检出羊口疮病毒(ORFV),并进一步明确皖北地区羊群ORFV流行毒株的遗传变异情况。方法本研究基于ORFV F1L基因建立SYBR Green I实时荧光定量PCR(qPCR)方法,对皖北地区羊场开展ORFV检测,并从阳性病料中PCR扩增ORFV的完整VIR基因,直接测序后进行遗传演化分析。结果所建立ORFV SYBR Green I qPCR方法的线性关系良好,R 2=0.994;扩增效率高,E%=95.62%;检测速度快,理论反应时间约15 min;灵敏度较高,检测下限为10 copies/μL,是普通PCR法的100倍;重复性良好,组内和组间变异系数分别为0.44%~1.14%和2.82%~3.16%。用该qPCR方法对采集自皖北地区的168份羊临床样本进行检测,其ORFV阳性率为37.5%(63/168)。PCR扩增阳性样本中ORFV的完整VIR基因并直接测序,共获得52条全长VIR基因序列,其中21条来源于山羊,31条来源于绵羊。52条VIR基因间核苷酸序列及氨基酸序列的一致性分别为95.8%~100.0%和93.5%~100.0%,与参考毒株VIR基因核苷酸序列及氨基酸序列的一致性分别为95.1%~100.0%和91.3%~100.0%。基于ORFV VIR基因的遗传进化树分析显示,本次检测的21株山羊源ORFV毒株与8株国内外山羊源参考毒株和1株人源hChi17.2017参考毒株位于同一大分支,而本次检测的31株绵羊源ORFV毒株与7株国内外绵羊源参考毒株、1株人源hMbu15参考毒株及1株OV-V疫苗毒株位于遗传距离较远的另一大分支。结论建立了用于检测ORFV的高效、快捷、特异、灵敏、稳定的SYBR Green I qPCR方法。从临床样本中检测到的不同宿主来源ORFV的VIR基因间存在较大遗传差异。该研究结果可为ORFV的临床监测、检测、诊断及防控提供参考和指导。展开更多
文摘在科学研究过程中,科研人员需要考虑针对不同的研究问题选择合适的研究方法,有时还会对研究方法进行优化,从而更好地解决研究问题。因此,研究方法往往是解决研究问题的关键,是学术文献的重要知识。帮助科研人员快速发现学术文献全文内容中蕴含的方法实体,为其推荐适用于自身研究问题的关键解决方法提供实践参考,可以提高科研人员解决问题的效率。当前相关研究缺乏对方法实体之间共现关系的分析,未充分挖掘学术文献中蕴含的丰富知识。为此,本研究以自然语言处理领域为例,将方法实体细分为算法、数据集、指标以及工具4种类型,并标注了50篇论文作为训练语料。本研究构建了CRF(conditional random field)、BiLSTM(bi-directional long short-term memory)+CRF等4种实体抽取模型。研究结果表明,SciBERT(scientific bidirectional encoder representations from transformers)+CRF模型的性能最优。以ACL年会(Annual Meeting of the Association for Computational Linguistics)在2001—2020年共20年收录的论文全文数据为基础,进一步分析抽取出的方法实体的使用情况。本研究结合经典关联规则挖掘算法Apriori和卡方值构建方法实体共现数据集,并分析方法实体的演化。研究结果揭示了方法实体间的共现关系及其整体演化情况,可辅助特定领域的科研人员寻找合适的研究方法。
文摘目的为快速、高效、准确地检出羊口疮病毒(ORFV),并进一步明确皖北地区羊群ORFV流行毒株的遗传变异情况。方法本研究基于ORFV F1L基因建立SYBR Green I实时荧光定量PCR(qPCR)方法,对皖北地区羊场开展ORFV检测,并从阳性病料中PCR扩增ORFV的完整VIR基因,直接测序后进行遗传演化分析。结果所建立ORFV SYBR Green I qPCR方法的线性关系良好,R 2=0.994;扩增效率高,E%=95.62%;检测速度快,理论反应时间约15 min;灵敏度较高,检测下限为10 copies/μL,是普通PCR法的100倍;重复性良好,组内和组间变异系数分别为0.44%~1.14%和2.82%~3.16%。用该qPCR方法对采集自皖北地区的168份羊临床样本进行检测,其ORFV阳性率为37.5%(63/168)。PCR扩增阳性样本中ORFV的完整VIR基因并直接测序,共获得52条全长VIR基因序列,其中21条来源于山羊,31条来源于绵羊。52条VIR基因间核苷酸序列及氨基酸序列的一致性分别为95.8%~100.0%和93.5%~100.0%,与参考毒株VIR基因核苷酸序列及氨基酸序列的一致性分别为95.1%~100.0%和91.3%~100.0%。基于ORFV VIR基因的遗传进化树分析显示,本次检测的21株山羊源ORFV毒株与8株国内外山羊源参考毒株和1株人源hChi17.2017参考毒株位于同一大分支,而本次检测的31株绵羊源ORFV毒株与7株国内外绵羊源参考毒株、1株人源hMbu15参考毒株及1株OV-V疫苗毒株位于遗传距离较远的另一大分支。结论建立了用于检测ORFV的高效、快捷、特异、灵敏、稳定的SYBR Green I qPCR方法。从临床样本中检测到的不同宿主来源ORFV的VIR基因间存在较大遗传差异。该研究结果可为ORFV的临床监测、检测、诊断及防控提供参考和指导。
